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分子生药学是分子生物学和中药学的交叉学科，已被列为中药学（一级学科）下属的二级学科，并入选国家中医药管理局高水平中医药重点学科。
“生药”一词在我国出现得很早，它是相对“熟药”而来的。宋代官府设立“熟药库”“熟药所”等机构，负责炮制、修合、储藏、出售饮片或成药制剂。与此相对，生药则是指未作加工或经简单加工但未经复杂炮制的药材。明代太医院规定，“凡天下解纳药材，俱贮本院生药库”，“凡太医院所用药饵，均由……各地解来生药制造”；清代太医院规定，“凡遇内药房取用药材……俱以生药材交进，由内药房医生切造炮制”。由此可见，我国古代所谓生药是和“熟药”对比时所用的名称，生药就是药材的同义词。
目前我国已经形成了较为完善的生药鉴定及质量控制体系，但依然有一些重要问题未得到解决和阐明，如多来源药材的鉴定、正品和近缘伪品的鉴定、动物药的鉴定、道地药材的形成机制等，同时随着中药材规范化栽培的发展，又产生了新的问题，如药用植物种质资源的鉴定、活性成分的生物合成途径解析等问题。
近年来，随着分子生物学的飞速发展，它在解决生物学及其分支学科科学问题中起着越来越重要的作用，生物来源中药及其资源研究也迅速吸收分子生物学的知识和技术，促进了中药学科的发展，分子生药学是在解决中药鉴定、质量形成、资源保护与生产等关键问题过程中诞生的前沿新兴学科。