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1912年1月5日，蔡元培被任命为南京临时政府教育总长。南北议和后，他又出任北京政府教育总长，成为中华民国历史上首任教育总长。
蔡元培担任南京临时政府教育总长时，教育部没有办公场所，他询问大总统孙中山，得到的回答是：“此须汝自行寻觅，我不能管也。”后来，在时任江苏都督府内务司长马相伯的帮助下，借南京碑亭巷内务司楼上三间房间作为教育部的办公室。蔡元培“亲诣大总统领印，白巾咫尺，裹一方寸物，乘人力车往返”，成为民国开国史之趣谈。
在创建教育部的过程中，蔡元培坚持两条用人原则：一是“为事择人，不设冗员”。当时南京临时政府其他各部人员，多或至百余人，唯教育部连缮写者在内仅30余人。部员津贴上自总长下至录事，不分等级，每月一律30元。整个教育部开支，每月仅及千元。而工作效率却很高，部员各负其责，各司其事，“绝无官署意味”。教育部成立了学制起草委员会，邀集教育界著名人士以及从英、美、德、法、俄、日等国回来的留学生，各就所长，分别起草有关小学、中学、专门学校以及大学各项制度。南京临时政府教育部存在才2个多月，“而中华民国全部学制草案，实于此时大略完成”。后来北京政府教育部成立后，在此基础上制订了中华民国第一部学制“壬子癸丑学制”，又称1912—1913年学制。可以说，南京临时政府教育部是一个平民化的，精兵简政的、高效率的教育部。
蔡元培用人的另一条重要原则是唯才是用。它包括两层含义：其一，不管资历、学历。王云五当时年仅23岁，没有受过高等教育，在上海从事教育工作，与蔡元培素不相识。在蔡元培出任民国教育总长后，他将自己对于民国高等教育改革的想法写成书面意见寄给蔡元培。蔡认为他所提建议极为中肯，即复函坚邀他到教育部“相助为理”。后来北京政府教育部成立，蔡元培仍请他北上，任职专门教育司第一科科长，掌管“大学及游学生”事宜。两人从此结下了近三十年的友谊，1940年蔡元培在香港逝世，王云五是朋友中唯一随侍病榻的送终者。
唯才是用的第二层含义是不分党派。范源濂早年留学日本，原系学部参事，籍隶共和党。蔡元培深知自己对于教育偏于理想，而范源濂注重实践，两人合作，可以取长补短，于民国教育有益。所以他不顾国民党内的反对，二次亲自访问范源濂，对他说：“我请出一位异党的次长，在国民党里边并不是没有反对的意见；但是我为了公忠体国，使教育部有全国代表性，是不管这种反对意见的。”范源濂为蔡元培的真诚和以民国教育为重的精神所感动，不顾共和党内的反对意见，接受了蔡元培的要求。事实证明，他们的合作是成功的。
1912年1月19日，蔡元培以教育部的名义，颁布了两个重要法令：《普通教育暂行办法》和《普通教育暂行课程标准》。前者共14条，主要内容有：各级各类学堂均改称为学校，监督、堂长一律改称校长；初等小学可以男女同校；小学读经科一律废止；小学应注重手工科；中学为普通教育，文、实不必分科；废止旧时奖励出身，各级学校毕业者，称某级学校毕业生。这个教育法令，在新旧社会交替之际，对于安定人心，稳定局势，建立新的教育秩序，起了非同一般的作用。
2月8、9、10日，《民立报》连续发表蔡元培的重要教育论文《对于新教育之意见》（后改名为《对于教育方针之意见》）。该文围绕“养成共和国民健全之人格”的思想，全面阐述了军国民教育、实利主义教育、公民道德教育、世界观教育、美感教育五育并举的民国教育方针，以取代清末“忠君”“尊孔”的教育宗旨。五育的核心是公民道德教育。蔡元培说：“五者以公民道德为中坚，盖世界观及美育皆所以完成道德，而军国民教育及实利主义，则必以道德为根本。”公民道德教育的要旨即是自由、平等、博爱。蔡元培以公民道德教育为核心的五育并举思想，实质上是德智体美诸育和谐发展的思想，这在中国近代教育史上是首创。它适应了辛亥革命后教育发展的客观需要，顺应了当时社会变革的潮流。
1912年9月2日，北京政府教育部公布的教育宗旨是：“注重道德教育，以实利教育、军国民教育辅之，更以美感教育完成其道德。”很明显受到了蔡元培思想的影响。蔡元培是这个教育方针的理论奠基者。
（选自《蔡元培：中华民国第一任教育总长》）