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直接促使祖父摆脱传统旧观念，吸收西方新学说的是1894年的中日甲午战争。中国惨败的消息传来，朝野震惊，割地赔款、丧权辱国的和议激起祖父无比的愤怒。他觉得历史上韩魏对秦、宋朝对金，都还没有这么屈辱。而“疆臣跋扈，政府榻葺，外内狼狈，虚疑恫滇”，根子全在清政府的昏庸腐败，“以成炀灶之计，聚铁铸错，一至于此，可为痛哭长太息者七”。战败之后，救国图强的呼声高涨，却想以仿效西方，变法维新的日本为模板，于是“朝士竞言西学”。祖父也在这时接触到翻译过来的西书。不久，就以最大的热情阅读了大量关于西方国家和“西学”的书籍。其中主要是以下几类：
（一）介绍西方和日本的现状及历史的书籍。如《海国图志》（魏源）、《环游地球新录》（李圭）、《俄游汇编》（缪佑孙）、《日本新政考》（顾厚琨）、《东瀛闻见录》以及《日本史略》（阿波冈本监甫）、《外国史略》《列国海战记》等。
（二）自然科学基础教程，包括数、理、化、天文各方面。如《几何原本》《华若汀算学丛存》《电学源流》《电学纲目》《光学量克力器图说》《声学》《化学启蒙初阶》《星学辩证》以及《农家新书》等农业技术方面的书。
（三）国内关于学习西方的言论。如郑观应的《醒世危言》、宋育仁的《采风记》、马建忠的《适可斋记言》、陈炽的《庸书》、汤寿潜的《蛰仙危言》等以及梁启超的《西学书目表》和《读西学书法》。
（四）关于当时中外关系的书。如严复所译，传教士宓克所著的《教案论》。
（五）严复所译的《天演论》等西方哲学思想代表作以及严复、谭嗣同的有关论著。
此外，他还订阅梁启超的《时务报》以及他的友人主办的《农学报》。和《经世报》、借阅澳门的《知新报》。对这些主张维新的报刊的论说都为注意。
不久，通过中文翻译本书来了解西方，已不能满足他求知的欲望。他决心学习外国文。当时他认为西方文字比较难学，非三五年不能通，而书价很贵。日文则半年就可以有效果，而日本人翻译西书很多，学通日文就可以博览西书。1898年（戊戌）年夏，他就同几位友人一起学习日文，先后延请中、日籍教师教授。因为学习的目的是阅读，所以学会假名读音后就不学日语而开始“硬读”日文书，练习翻译了多篇日文文章，不到一个月，在译《俄土战史》时已觉得有“文从字顺”的乐趣了。
正当他在研习西学、日文，日进一日的时候，戊戌百日维新发生。对于这场革新运动，祖父虽然很同情，但在维新派权势炙手可热时，他又“耻相依附”而不愿去赶热闹。到八月间变法失败，谭嗣同等六君子被杀，他却极为激愤。在九月就全家离京回绍兴去办学。别人说他是康党，他也不与分辩。从变法的失败，他看到清政府已无所希望。认为像康、梁那样靠少数人从上层弋取政权来搞改革是行不通的。只有走发展教育，培养革新人才的道路，所以把翰林院的位置弃若敝屣而决心把一生奉献给改革教育的事业。
（选自《蔡元培青少年时代的读书生活》）