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1938年冬，王星拱携家眷离开安徽大学，由安庆来到辛亥革命的发祥地——武昌，同李四光、周鲠生、刘树杞、曾昭安、任凯南等人共同着手筹建国立武汉大学。
当时的武昌，由于军阀连年混战，百业凋敝，满目疮痍。政治上，由于蒋介石的公开叛变革命，对共产党人血腥镇压，中国人民革命正处在低潮时期。刚上台的蒋介石，为达到其反动统治目的，一方面利用名流办几所像样的大学，为其装潢门面；另一方面对教育界加紧控制，企图培养一批为蒋政权效忠的人才。身为孙中山三民主义信徒、老同盟会会员的王星拱，为了民主与科学，便在这夹缝中着手筹建国立武汉大学。在这样的环境中办大学，其困难和阻力是可想而知的。
首先，在办学规模和指导思想上，冲破封建势力和军阀残余分子因循守旧的思想束缚，大胆学习西方办学模式，兼容并蓄，开拓创新。例如在确定武大校址问题上，当时国内所有的大学都是建在城市中心地带，以便于控制。王星拱同李四光、周鲠生等人坚决反对将武大新校址设在原东厂口或市区其他地方，最终确定将新校址选在武昌远郊的东湖之滨珞珈山一带。
筹建国立武汉大学，是以原国立武昌中山大学为基础的。谁都清楚，武昌中山大学是国共两党合作的产物，尤其是后期，校长李汉俊曾将许多进步师生和共产党员隐蔽在这里。王星拱作为武大副校长，走马上任碰到的头桩大事，便是要按上面的训令对原武昌中山大学过来的学生实行甄别编级，清除“赤化分子”，实行“党化教育”。
然而，作为学者的王星拱对此心怀不满，只在布告栏上告示，谁是共党分子请于某日前来自首登记。后来查明，当时既没有人去自首登记，也未听说有教师学生被逮捕。而且学校还为原中大学生代办毕业文凭。这些在当时全国其他大学里是鲜见的。
其次，在筹措办学经费上，当时国民政府虽然拨款150万元为武大建筑设备费。而武大建设实际所需费用大大超出此数。为了不影响学校整体建设，王星拱等人，上下乞讨，左右求援，以补经费之不足。精诚所至，金石为开。结果平汉铁路管理局湖南省政府以及湘鄂赣有识之士，慷慨解囊，所集经费大大超过政府的拨款。
有了充足的经费作保障，武大珞珈山校舍建设，从1929年3月勘测设计，到1932年2月全体师生搬进新校舍，仅用了不到3年的时间。以这样短的时间，在一片乱石丛生、荒草遍地、交通不便的武昌远郊建成一座规模庞大气势雄伟的高等学府，在中国教育史上展开崭新的篇章。
最后，向封建势力挑战，同封建遗老遗少作不屈的斗争。李四光、王星拱等人从有利于学校长期发展和师生教学研究的目的出发，经过斗争并经湖北省政府同意，终于选定珞珈山一带作为武大新校址。正当武大大兴土木之际，以武昌业主会陈云五为首的封建士绅们，纠集一起，以武汉大学建校毁了他们的祖坟、破坏了风水为由，联名四处控告，企图阻止武大新校舍的建设。湖北省政府屈于封建势力的压力，出尔反尔，收回成命，硬要武大另寻校址。
武汉大学建校之初
武汉大学老牌坊
面对如此局面，王星拱等认为这不单是几个绅商的阻拦，而是代表了一股封建势力向新式教育的挑战。武大另寻新址事小，此风断不可长。于是一方面派人到各官署说明武大建校迁坟的实情，另一方面组织学生到社会上进行反封建迷信的广泛宣传，取得社会各界有识之士的同情和支持。
经过9个多月的努力，这场风波才告平息，珞珈山校舍建设又继续动工。武大建校伊始，适逢显赫一时的前大总统黎元洪去世。当时的湖北省军政当局，说是尊重大总统的遗嘱，三番五次要将黎元洪的灵柩葬在珞珈山，遭到王星拱的拒绝。湖北省主席兼武汉行辕主任何成濬的儿子投考武大三年未取，最后只许旁听不给学籍。这种清廉正直、不畏权贵的精神，为建立优良的武大校风，打下了坚实的基础。
在国立武汉大学创建的初期，王星拱除了担任筹委会委员、建筑设备委员会委员、理学院长、化学系主任、农学院筹委会主任、仪器委员会主席、图书委员会委员、理科季刊委员会主席、教务长、副校长、校长等职务以外，还两度代理校长，总揽校务。即便是王世杰担任校长时，主要校务仍是由王星拱负责。
他不计较名誉地位，礼贤下士，事必躬亲。在蒋介石制造白色恐怖推行“党化教育”的年代里，作为一校之长的王星拱，却“对于党务方面，所做的工作不多。对于政治方面，完全是外行”。他的目标和信念是“要秉承学术独立的精神，以满足我们共同求知的欲望，使武汉大学不愧为全国知识的中心”。
《忠诚教育事业的王星拱》