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在抗战期间，重庆大学先后发生过两次“拒长风潮”，即当时各报纸刊载的“挽胡拒曹”和“驱梁运动”。
1938年6月，校长胡庶华辞职，消息传出后，学校师生成立了挽留胡庶华大会（简称挽胡会），发电报，派代表请愿等。国民党四川省政府却委派曹四勿接任校长，从而发生了“挽胡拒曹”的斗争。几经周折，直到同年10月，省政府最后确定并报经国民政府教育部批准，由叶元龙教授担任校长，曹四勿另有任用，风潮才平息下来。到1940年12月，校长叶元龙又提出辞职。1941年7月，经省政府批准任命梁颖文接任校长，遭到学校师生的反对，虽经张群亲自出马做工作，谈判仍然失败。8月22日，梁颖文率领保安部队冲进学校，以武力保护接事，引起师生的强烈不满，学生对此特别气愤，爆发了“驱梁运动”。国民党政府竟勒令解散重大，并当场逮捕学生多人。
这时候，中国共产党和社会各界人士对此表示了极大的关注，纷纷谴责这种摧残教育和青年的法西斯暴行，同情学生为争取民主而遭受迫害的困难处境，有力地声援了重大维护自身权益的合理斗争。中共办的《解放日报》，张季鸾、王芸生主办的重庆《大公报》都专门为此发表了社论，给师生以极大的鼓舞和支持。社会各界人士包括四川省参议会都极力主张恢复重大。9月30日，梁颖文迫于社会舆论的压力而辞职，省政府采取了恢复重大的过渡措施，成立以张洪沅教授为主任委员的重庆大学整理委员会。1942年2月17日，行政院第五五一次会议，通过教育部根据张洪沅《关于〈重大整理任务完成，请求复校开学行课报告〉的报告》，撤销重大整理委员会，明令复校。并于3月5日任命张洪沅为重大校长。至此，重大师生的这场斗争，终于取得了胜利。
张洪沅继任重大校长以后，学校从严重挫折打击下又开始了稳步发展。1942年，先后成立了公路工程实验室和应用化学研究室，开展了有关科研活动。公路工程实验室和省公路局合作，修筑了上清寺至小龙坎一段柏油路，由该室负责进行路面试验、材料试验和公路设计，公路局负责路面建筑。重大学生还实地参加建筑路面工程，受到工人们的称赞。该室还为重庆运输统制局开展公路研究，该局提供经费5万元，以支持研究工作的开展。
应用化学研究室是由化学系和化工系共同创办的，由张校长兼任。该室的研究任务是：接受社会各界人士关于化工之一切咨询设计及代为化验等业务；应社会需要从事土产调查及研究。因两室学生实验消耗药品数量甚大，特别是香港沦陷后，药品矛盾更加突出。经过师生的艰苦奋斗，基本上做到药品自给。该室还为四川自流井富荣试验盐工改进操作，由张洪沅和金锡如、杜长明合作设计了真空制盐机，大大提高了工作效率，减轻了工人的劳动强度，取得可喜的研究成果。
在这期间，张校长和全校师生一道，为将重大由省立改为国立而进行不懈努力。1942年秋，张校长去成都会见当时的省政府兼主席张群，取得同意，乃由省政府去函教育部，该部于同年12月据此呈报行政院。该院始于12月29日第五九四次会议通过决议，将重大改为国立，再次任命张洪沅为重大校长。此决定公布后，师生皆大欢喜，张灯结彩，热烈庆祝。此后，学校经费有所增加，教职员工薪也有提高。
《抗战烽火中的重庆大学》