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关于同仁堂收集古方的经过，在清光绪十五年（1889年）重刊的同仁堂药目叙言中说：
本堂之有药目也有由来矣。先四世祖尊育公为太医院官，喜阅方书，辨药味地道疑似。尝曰：古方无不效之理，所虑者修合未工，品味不正耳。爰依古方按法炮制，以之养生，以之济人，多历年所。五世伯祖梧冈公守其遗训，于康熙壬午岁在京都正阳门外大栅栏路南设立本堂字号，肆庑之余，博览群书。自国初诸名医循流溯源，上逮岐伯黄帝之属，凡古方之适用者，无不悉心考究。炮制必依古法，购料不惜重赀，五易寒暑，而丸散膏丹厘然各备。遂别类分门，汇为一书。一时海内流播，各省仕商之至京师者皆枉顾本堂，按目购取，以备除疴延年之用。其对症服食莫不应验如响。迄今御药房供奉各珍品，亦必由本堂拣选。所谓门擅桐君之术，家传葛氏之方者，殆久为举世所共信矣。嗣是世守先业，遇有奇方，立即修治，及先大夫印川公职司兵曹，情殷济世，更于公余之暇，广求活人之方。前此品汇，愈加精炼，所增药目，殆不下数十百种。如虎骨酒之强壮筋骨，经治风湿、脚气、气虚、作喘诸般风痰；安坤赞育丸之调经养血，种子延年，兼治小产滑胎，胎前产后诸般弱症，而益仙救苦金丹之培养血气，凡虚痨失血等症尤征验不爽；八宝药墨之消肿败毒，凡狂血不止、口舌生疮、飞丝入目等症，亦效应如神。它如五味槟榔之健脾和胃，消瘴止疟；定喘丸之止嗽定喘，助气安神；参茸酒之能治五痨七伤，痿痹虚弱；如意长生酒之能治气血两亏，夜不成寐诸症。凡此等类皆系先大夫印川公虔诚创造，屡奏奇功，实古方所未备，用弥秘而不授人者也。
由于同仁堂长期供奉御药房及和太医院的关系，清宫的秘方流传到同仁堂来是很有可能的。清慈禧当政后，认为同仁堂的药好，曾令代制宫内服用的成药。在此以前，同仁堂只交进生药。重刊药目叙言中所说：“迄今御药房供奉各珍品，亦必由本堂拣选。”就是指慈禧当政后的事。在代制清宫服用的成药中，就可能采用宫内秘方，因而更丰富了同仁堂的配本。现在清故宫档案中还藏有同仁堂的配本。
《北京同仁堂》