中美合作所的物资,主要由昆明到重庆和各战区的汽车运输队负责运输。当时,美国先将物资空运到印度,然后再从印度陆运到昆明。前面说过,史迪威曾经拖延空运中美合作所的物资。所以,中美合作所的运输,曾经是让戴笠和梅乐斯都非常头疼的一件大事。后来,为此事,梅乐斯专程回美,由海军部专派3架运输机参加中美合作所的物资运送,这才算是解决了中美合作所的运输难题。
从1943年起,海军部专派的3架运输机日夜不停来回地为中美合作所空运物资,以每机5吨计算,每天约运送15吨物资,每月约运送500吨。滇缅公路打通后,中美合作所还从仰光进口用汽车运的物资。
而中美合作所从昆明至贵阳、重庆、西安等地的物资运输,则由军统局和其掌握的机关的汽车运输。后来,中美合作所由美国运来卡车、吉普车约500余辆,这些车辆担负起了在国内运输中美合作所的物资的任务。
日本投降后,中美合作所结束,美国特务逐次离开中国,积存在印度和缅甸仰光的物资,都用运输舰装运到上海交军统储用。这里不得不提一句,当时,光是供中美合作所的医疗器械,就足够装备三个军医院,而武器弹药,至少也能装备10万的武装人员,可见当时中美合作所从美国运输了多少物资到中国。