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在《中美特种技术合作协定》正式签订前，中美合作所就正式开始办公了。中美合作所的建立如此快速，与戴笠的推进不无关系。
中美合作所的筹建，大大刺激了戴笠的扩张欲望，于是，他借此机会，向蒋介石提出扩编忠义救国军，而蒋介石也因为得到了美方的支持，所以信心满满，于是便支持了戴笠的这一提议。获得蒋介石的批准后，戴笠就扩大和强化了位于江南敌后的忠义救国军。他调代理总指挥阮清源少将去将官班受训，邀马志超中将出任忠义救国军总指挥，派郭履州少将出任参谋长。又加派王春晖少将为副总指挥。在扩大和强化了忠义救国军之后，戴笠就急于开始促成梅乐斯许诺自己的，为中美合作所培训武装力量的工作。因此，戴笠大力推进中美合作所的筹建。
中美合作所于1943年元月正式开始办公，其大部分工作，由秘书室主任潘其武负责落实。
中美合作所最初开展的工作，除了加紧挑选特务，就是开办情报、气象和特警等各种培训班，这些培训班，统称为中美合作所特务训练班。
特务武装训练从西北陕坝起，到广西南宁，共设立了13个训练班。主体是在西北、西南和东南，就地轮流调训军统特务武装别动军和忠义救国军各纵队，受训期间约3个月。训练课目为卡宾、汤姆森冲锋枪，火箭筒（曲射、直射）、150 型重机枪的使用，射击、擒拿术。训练完毕换发美国武器。各训练班，均由戴笠为主任，以副主任负实际责任，由美国特务负责技术训练。
例如：陕坝为第四训练班，高荣为副主任；河南临汝、西安牛东训练班，副主任为文强、杨蔚；河南临泉训练班，副主任周麟祥；湖南南岳训练班，副主任陶一珊，后在广西南宁，湖南益阳，宁乡西阳和芷江等地训练。广东梅县训练班副主任汤毅生，福建建瓯、华安设训练班，李崇诗任副主任，安微雄村训练班副主任郭履洲，贵州息烽训练班副主任邓匡元，广东梅县为十三训练班。关于各期训练班的具体情况，后面章节将会具体展开，这里先一笔带过。
特务警察训练班则设在重庆缫丝厂，戴笠为主任，乐干为副主任，李汉元为教务组长，训练期间为1年。课程有指纹、验枪、照相、化学化验、骑术、汽车驾驶、无线电联络、军犬、军鸽、射击、擒拿术等，由美国特务负责培训，以美国庄士敦少校为首，共训练两期。这个班由美国空运来大批训练器材进行装备，所用装备为美国一个州训练特警的整套器材；同时，由缉私署在西北设处收买马匹运抵重庆，作训练骑警使用。
这些训练班，在训练结束后，逐渐成为了戴笠的王牌武装力量。戴笠还曾经报请蒋介石到中美合作所检阅中美合作所的培训成果。
中美合作所在重庆缫丝厂还设有军事情报班和气象情报班，由潘其武、陈浚等兼任军事情报班和气象情报班的副主任。各特务武装训练班兼设情报和气象训练班，训练后派往沦陷区，建立情报网和气象站收集情报。
这些武装特务训练完毕，按人发美国武器，戴笠前往训练班训话点名，以加深特务们对他的信任。
为了加强武装特务力量，中美合作所除训练前面提到过的别动军和忠义救国军外，还收编了湘西土匪陈时虎的部队，并改编为别动军纵队，受训后改换了美式装备。
中美合作所还新成立了中美行动总队，并计划在洞庭湘成立3支水上被坏纵队，在鄱阳湘成立2支水上爆破纵队，在长江成立3支水上爆破纵队和伞兵纵队，当然，这都是中美合作所的计划而已。