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在签订《中美特种技术合作协定草案》之前，戴笠和梅乐斯就已经选好了中美合作所的筹建地点。因为建立中美合作所，必然要建设大量的房屋，而且因为其工作性质较为特殊，所以中美合作所的位置一定要防空，要保密，但是也一定要交通方便，这样才能够很好地与军统局联系，形成互动。而且，在选择地点时，戴笠还考虑到一个问题，那就是所选择的地点，一定不能靠近城市，否则，很难保证来华的美国特务人员不会滋扰中国百姓，不会发生美军士兵或者美国特务人员侮辱强奸中国妇女的事件。最后，在戴笠和梅乐斯的共同努力下，选定重庆缫丝厂所在地为中美合作所的建设地点。
之所以选定重庆缫丝厂所在地为中美合作所的建设地点，就是因为缫丝厂距离重庆市区很远，大概有几十公里的路程，这里层峦叠嶂、山峦起伏，西面是歌乐山，东面是嘉陵江，只有缫丝厂所在地有大片的平地。缫丝厂所在地平地面积广阔，不仅可以建筑房屋、礼堂和办公室，还可以建筑宿舍、教室和操场。
确定了中美合作所的选址后，戴笠便命令军统局总务处开始在缫丝厂附近收购土地，强迫缫丝厂附近的居民全部搬离。然后命令军统局总务处开始在缫丝厂建筑房屋。
在军统局总务处紧锣密鼓地大兴土木的同时，戴笠和梅乐斯也就中美合作所的人事构架进行了初步的确定。
当然，中美合作所的主任非戴笠莫属，副主任非梅乐斯莫属，接下来就是参谋长，参谋长戴笠选用了军统局金牌特务郑介民，后来郑介民因故不能到任，戴笠又选定了李崇诗做参谋长。副参谋长为杜逵、陶一珊，秘书主任为潘其武。中美合作所各组组长分别为：人事组组长周廷珞，情报组组长陆遂初，作战与训练组组长徐志道，副组长易炜，电信组组长杨振裔、副组长陈凌，行动破坏组组长姜瞻珞，心理作战组组长谢力公、周知声、王安之，政训组组长吴利君，交通组组长黄荣华，总务组组长郭斌，工程建设组组长沈觐康、副组长候桢香，经理组组长刘君实，医务组组长戴夏民，汽车队队长张秉午。
中美合作所华盛顿联络员当然非肖勃莫属，中美合作所昆明办事处主任为李家杰，贵阳办事处主任为黄家持，编译室主任为刘镇芳、副主任为潘景翔。
因为军统局在中美合作所成立之前，未曾开展过气象侦测工作，所以气象组的正组长为美国特务海格，副组长为军统局特务陈浚。