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疾病是按照自身的客观规律运动的客观存在，而临床诊断是我们对患者患何种疾病的主观判断。主观判断必须符合患者的客观实际才能给出正确的临床诊断，才能采取正确的防治取得好的疗效。为了得出正确的临床诊断，最坚实的基础是正确的推理，逻辑学正是用于区分正确推理和不正确推理的原理和方法的学问。所以，只有基于正确推理的临床诊断方法，才能帮助我们给出符合患者实际的临床诊断，而正确推理的基础是逻辑的基本原理。为此，我们需要复习一下逻辑学的基本理论。
原因和结果是指一个事态存在时恒常地伴随另一个事件的发生，前一个事态就是后一个事件的原因，后一个事件就是前一个事态的结果，且不因时间和地点的不同而不同。这样的原因总是伴随这样的结果，类似的原因总是伴随类似的结果，具有普遍性。一旦这样的事态没有出现相应的事件，因果关系就不存在。原因与结果一致，没有例外，就是因果律和自然的齐一性 [3] 。
原因与结果是经验的，没有一种机械的办法能够先验地证明原因一定导致结果。
因果律也是事物的充足理由律，
即任何事物都有其存在的充分理由。
事物的存在是经验的。事物自己不能证明自己为什么存在。
我们知道任何事物肯定都有存在的充足理由。那么，疾病作为客观存在的事物，它的发生、发展和转归的理由是怎样的？为什么痊愈、为什么稳定、为什么恶化或死亡也必然遵循原因和结果的规律。我们只要找出其中的因果关系，就能给出正确的临床诊断，更好的治愈疾病，挽救更多的生命。同样，误诊漏诊也是客观存在，它不能由误诊漏诊自己来证明，它的存在同样是有充足理由的。我们只要找出了误诊漏诊的原因，就能控制和避免误诊漏诊。
临床医师进行临床诊断的根据是什么？采集了病史、症状、体征和辅助检查后，临床诊断并不会自己主动地跳出来呈现在我们面前。让我们有充足的理由认为我们推断出的结论是正确的依据是什么？显然，仅仅因为它与某个疾病的临床表现是相像的是不够的。假如把诊断过程看作是一个论证，如果前提是临床表现，结论就是临床诊断。那么，临床表现能够作为前提吗？根据前提得以推导出结论的逻辑是什么？根据临床表现就能必然地推断出临床诊断吗？为什么？临床表现与病理改变和病因之间的关系是什么？
在与疾病漫长的斗争过程中，人类逐步形成了病因与疾病之间因果关系的认识。十三世纪到十七世纪，在欧洲发生数次瘟疫大流行后，意大利解剖学家、医生马尔比基（Marcello Malpighi，1628-1694）和荷兰显微镜及微生物学家列文虎克（Antonie van Leeuwenhoek,1632-1723）发现了显微镜下的微观世界；进入十八到十九世纪初，法国微生物学家巴斯德（Louis Pasteur,1822-1895）和德国医生科赫（Robert Koch，1843-1910）通过一系列微生物学的研究，明确了“微生物导致传染病”。在 1928 年英国的Alexander-Fleming发明青霉素后的近一百年里，伴随着各种致病病原体被发现，科学家发明了数十种抗生素和抗原虫药广泛应用于临床治疗各种感染性疾病。经验表明消灭了导致感染的致病病原体，疾病就能痊愈。1867 年英国医师Semmelweis提出妇科检查前洗手，1867 年英国外科医师BavonJoseph Listier发明抗菌法，1877 年德国Berg-man发明高压蒸汽灭菌法等奠定了现代外科的抗菌和无菌技术，成为现代外科的标志之一。这些技术和发明在应用前后的经验对比都说明，防止了致病病原体（病因）的污染或侵入，感染（结果）就不会发生，消除了致病病原体疾病就会痊愈。随着朊粒、病毒、衣原体和支原体、细菌、立克次体、螺旋体、霉菌和原虫等致病病原体被逐步发现，针对致病病原体的隔离、消洗、检疫、预防接种、无菌操作和特效药物治疗取得显著疗效，这些措施应用前后感染率大幅下降和治愈率显著上升，说明消除了导致感染的病因，疾病就能被预防或治愈。这些历史事实都说明了病因与疾病之间的因果关系。
防疫和临床医师每天都在重复验证这样的事实：根据临床表现给出临床诊断，根据临床诊断对病因、病理和病理生理改变的判断进行治疗。除没有救治机会的重型多发性损伤、严重感染性休克或过量百草枯中毒等造成了不可逆的损害使患者在短时间内死亡以外，对就诊时机体尚能耐受病因对机体造成的损害并维持生命活动的需要——那些有治疗机会的患者，疾病的发生、发展有下列几种情况：
[1].不发病：病因被预先接种了疫苗产生的特异性抗体预先消除、或疫情时病因被防疫措施截断了传播途径没有侵入人体的人群不发病。如针对天花、麻疹、甲肝、乙肝、流脑、百白破、SARS、禽流感等进行了疫苗预防接种后能预防发生相应的病毒和细菌性传染病；疫情时通过隔离、消洗、检疫或杀灭致病病原体的中间宿主等截断了传播途径能有效地预防发生传染病；通过纠正缺碘、缺氟等能预防“大脖子病”“氟斑牙”等地方性流行病的发生；无菌术能预防伤口的化脓性感染等。
[2].发病后通过消除病因和（或）手术终止了病理进程就能治愈疾病或明显缓解病情：特效抗生素能治愈相应的细菌感染的疾病；消灭原虫能治愈原虫感染的疾病，如青蒿素、氯喹能治愈疟疾等；特效解毒药能治愈有机磷农药中毒、氟马西尼能对抗苯二氮卓类中毒或药物过量等；外科手术切除了感染病灶、胃大部和溃疡病灶、肠梗阻的原因、良性肿瘤或原位癌病灶后疾病被治愈；对损伤进行手术清创、止血、恢复组织结构，补充血容量、纠正病理生理紊乱和终止病理进展能使创伤痊愈；手术去除血栓、血肿、结石和粘连带等导致的管道梗阻、脓肿引流后能明显缓解病情等。
[3].当病因不明或病因虽然明确但没有特效药治疗、也不能手术切除病灶，只能针对所引起的急性并发症的原因（如感染、过敏、梗阻、出血、穿孔等）进行治疗时，只可能使病情恢复稳定，但不可能根本治愈。例如，Ⅱ型糖尿病、SLE、动脉粥样硬化、肿瘤的病因不明时，无法针对病因治疗。早期切除原位癌病灶可能治愈，但中晚期肿瘤体和转移病灶不能被全部切除，肿瘤会继续不受控制地增生损害多系统和器官的功能，使病情逐步恶化，最后发生并发症死亡；胃肠吻合口瘘发生后，只能将腹腔脓肿充分引流、抗生素控制腹膜炎、营养支持，如果不能消除引起瘘的原因使瘘口愈合，病情可能加重。再如，对导致慢性阻塞性肺疾病急性喘息性发作的过敏和感染病因进行治疗，可使病情缓解恢复稳定，但对可能为遗传易感性的病因还没有消除的方法，当患者再次接触过敏和感染原时又会导致急性发作。其他慢性疾病如糖尿病、自身免疫性疾病、冠状动脉粥样硬化等常常有家族史，也都可能存在遗传易感性，这些病因还处于没有完全明确也没有针对性治疗的阶段。针对病理和病理生理改变和并发症的治疗如控制血糖、抑制变态反应、改善血供及防治并发症等，只能减慢病理进展速度，生活方式管理等只能使病情恢复稳定，并不能从根本上终止病理进展。这些疾病将伴随终生，最后因并发症死亡。
根据上述临床实际，作者提出病因→病理改变和病理生理改变→临床表现三者之间存在因果链条关系的假说（下称“假说”或“链条”），见图一。假说是否是真的，决定于假说是否具有广泛的解释性、说明性和预测性，需要寻找证据来确证。
除精神疾病外，临床能够观察到病理改变的任何一个痊愈、好转或恶化的疾病（下称“这些疾病”），都似乎与该链条被全部打断、部分打断、或不能被打断存在着明显的对应关系，这种对应关系能够对这些疾病的发生、发展和转归进行合理的解释和预测。
假说能对这些疾病的痊愈给出合理解释。这些疾病的痊愈，都是链条中的病因和（或）病理改变的环节被彻底打断的结果。
病因环节：病因被完全消除意味着链条在病因环节被打断，病理和病理生理改变的进程被终止，病因在发病前被消除患者就不发病，在发病后被消除疾病会很快痊愈。如发病前接种疫苗可预防相应的病毒或细菌引起的传染性疾病：天花在牛痘接种前可发生病死或后遗症，而在大规模有计划的牛痘接种后天花病毒被消除而逐渐灭绝；流脑、百白破、卡介苗等细菌疫苗在接种后能够明显减少相应的传染病的发生；血吸虫病在中间宿主钉螺被持续大规模地消灭后被灭绝等；无菌术因避免了伤口被致病病原体的污染能显著降低手术伤口的化脓性感染率；抗生素因消灭侵入的细菌可显著提高相应感染性疾病的治愈率；解毒药可治愈相应毒物或药物中毒等。假说解释了疫苗预防和治愈疾病的原因在于打断了链条的病因环节，终止了病理改变和病理生理改变的进程。
在传染病病因明确之前，历史上记载了数十次不同规模的传染病大流行，前后对比可以发现病因与疾病之间的因果关系。十三到十八世纪，因为缺乏科学认识，没有现在的隔离、消杀、疫苗注射或特效抗生素治疗，公开资料显示每次大流行死亡人数达百万到数千万：欧洲 1347~1352 年黑死病（鼠疫杆菌感染）死亡 7500 万、1518—1568 年墨西哥天花、麻疹和伤寒死亡 1700 万；1556—1560 欧洲流感流行死亡 2500 万；俄国1852—1860 年霍乱死亡 100 万。进入十八世纪中后叶，法国微生物学家巴斯德（LouisPasteur，1822—1895）和德国医生科赫（Robert Koch，1843—1910）研究明确了“微生物导致传染病”。1928 年英国的Alexander-Fleming发明青霉素后，人类才逐渐认识到致病病原体与感染性疾病之间的因果关系，在近一百年里科学家们发明了数十种抗生素和抗原虫药，广泛应用于治疗各种感染性疾病并取得了良好效果；同时，随着对病因引起传染病认识的提高，在发生传染病疫情时越来越严格地采取隔离、消杀、检疫和积极研制疫苗或特效抗生素进行预防和治疗。这使得天花、麻疹、鼠疫、流感、黄热病、甲肝、乙肝、流脑、百白破等有的被灭绝，有的流行规模和病死数量明显减少：1957—1958 年全球甲型H2N2 流感病毒死亡 100 万；1968-1969 年全球甲型H3N2 流感病毒感染死亡 75 万；2002—2003 年中国SARS死亡 774 人；2009—2010 年全球猪甲型H1N1流感病毒感染死亡 14142 人。随着隔离、消杀、检疫措施执行到位和疫苗越来越迅速地研制和使用，特效抗生素越来越广泛地被用于临床消除病因、预防和控制并发症等，传染病的病死数量显著下降。这种结果都伴随着人类对病因与疾病之间因果关系的认识越来越清晰，从而对病因采取越来越有针对性的消除措施直接相关。十九世纪约翰·斯图亚特·密尔在《逻辑学体系》中提出的因果分析的共变法说明了这种因果关系。
隔离、消杀、检疫、预防性接种和针对病因的特效药治疗，决定了致病病原体的传播途径能否被截断、发病前病因能否被特异性抗体消除、发病后病因能否被特效药针对性消除，决定了是否发病、发病后病情的轻重、发病后能否治愈，病死率是否显著下降等。假说可解释传染病病死数量显著下降的原因在于有效打断了传染病的链条：或隔离、消杀等打断了病因的传播途径，没有被病因感染从而不发病；或疫苗预防注射产生了免疫能力在病因侵入时被抗体消除而不发病；或虽然被病因感染引起发病，但病因被特效药消除，打断了传染病的链条从而被治愈。
假说可解释隐性感染和自愈现象：隐性感染和自愈现象，指某些患者被某些病毒感染后没有症状或症状轻微可以自行痊愈的现象。感染的证据是在其血浆中检测出相应的病毒抗体。原因可能与这些个体的免疫系统能够大量吞噬消灭病毒并产生足够的特异性抗体来针对性地消除病毒从而终止了病因引起病理和病理生理改变的过程有关。
病理改变环节：当疾病的病灶被手术切除时，意味着病因引起病理改变的进程被手术终止，假如没有发生手术并发症，病理生理改变和临床表现会很快消失而痊愈。如手术切除急性阑尾炎和慢性胆囊炎病灶、良性肿瘤或原位癌病灶、胃大部切除术切除了消化性溃疡病灶等；或手术修补了疝气、解除了膈疝嵌顿、修补了房室间隔缺损、切除了小肠憩室等；或创伤患者经过手术止血、修复组织结构，切除不能修复的组织器官（如脾脏）以止血，消除了病因或引起并发症的原因后，疾病和创伤会很快痊愈。手术能明显改善病情或减缓病情进展的原因在于解除了导致病情急性加重的管道梗阻或感染的病因：如解除粘连性肠梗阻、去除泌尿道和胆道结石消除了梗阻、介入手术及时祛除了心肌梗塞、脑梗塞、肺梗塞血栓、脓肿引流术等。假说解释了几乎所有外科手术之所以能治愈疾病的原因在于打断了病因引起病理改变的链条，终止了病理和病理生理改变的进程；手术能够明显改善或缓解病情的原因，在于消除了导致病情加重的梗阻、出血、穿孔或感染等原因，使病情恢复稳定或痊愈。
假说解释了慢性疾病形成的原因在于导致慢性疾病的某些必要条件意义上的病因不清楚或病因虽然清楚（例如乙型肝炎、艾滋病）但无特效药治疗。由于这部分必要条件意义上的病因始终存在，导致这些疾病的病理和病理生理改变始终存在且持续缓慢地进展从而形成慢性疾病。
病因不明：按照逻辑学的原理，事物都有其存在的充足理由，必要条件是指如果缺了它结果就不可能发生，结果已经发生时，它必然已经出现。同样的道理，任何疾病如果缺了导致它发生的必要条件，疾病就不可能发生，而疾病（结果）已经发生时导致它发生的必要条件（原因）必然已经出现。因此，无论病因明确与否，疾病都可以被看成是由必要条件意义上的病因导致的结果。慢性疾病的病理改变之所以持续性存在不能被根本治愈，必然有导致它持续存在的必要条件意义上的病因，和导致这个病因之所以持续存在的原因。如常见的糖尿病、慢性阻塞性肺疾病、动脉粥样硬化病、肿瘤、自身免疫性疾病、神经疾病、精神疾病、代谢性疾病等，肯定有分别导致它们发生的必要条件的病因。由于还不明确这种必要条件意义上的病因是什么，因而只能针对导致病情加重的原因如感染、过敏、生活方式、引起肥胖的饮食习惯等进行治疗和管理来使病情恢复稳定，尚不能针对未明确的必要条件的病因治疗。但由结果可以推断，是这种未明的必要条件意义上的病因使得机体先天性地对某些病因诸如过敏原、感染原、生活方式等存在易感性，导致了病理改变持续和缓慢地进展，因为在类似的生活环境条件下其他人并不发病。当病理改变造成相关器官的功能储备下降到一定程度引起不适症状才来就诊时，观察发现相关系统和器官的功能已经有明显下降，如慢性阻塞性肺疾病的肺功能在初次住院检查时常常有 30%以上的下降。这些疾病在临床上常能询问出家族性病史来。这些慢性疾病与基因变异的相关性尚需进一步研究证实。
病因虽然明确，但无特效药治疗：如乙型肝炎的病因是乙肝病毒，但缺乏消灭乙肝病毒的特效药，于是病理改变就会慢性进展导致肝炎后肝硬化、低蛋白水肿、最后引起肝性脑病、门脉高压致食道-胃底大出血等并发症甚至死亡。寄希望于大规模有计划的乙肝疫苗接种，来预防乙型肝炎，临床观察发现乙肝疫苗注射后乙肝病毒的表面抗体会明显升高。再如获得性自身免疫性疾病（AIDS）由艾滋病毒（HIV）感染所致，病因明确但缺乏特效药治疗，可因获得性免疫缺陷反复发生感染，最后死于严重感染。
回溯肝内外胆管结石患者在儿童时期常常有阵发性上腹部钻顶样剧痛诊断为胆道蛔虫病的病史，推断与蛔虫尸骸遗留在胆管内造成胆汁涡流和电荷改变从而形成肝内外胆管结石有关。但手术只能去除胆总管、肝总管内结石和肝左叶局限性病灶和结石，而肝右叶内的弥漫性结石病灶无法去除，可作为病因导致结石性胆管炎并形成慢性胆汁瘀滞性肝硬化的病理改变。病因虽然明确但没有办法能够去除全部肝内病灶和结石，病因持续存在会导致慢性梗阻性胆管炎并造成胆汁瘀滞性肝硬化和门脉高压等并发症。
假说解释了为什么对慢性疾病急性发作只能使病情恢复稳定，不能根治的原因在于只能够消除了导致急性发作的病因，无法消除全部病因，病理改变将继续缓慢地持续进展。
例如，当前只能对导致慢性阻塞性肺疾病等慢性疾病病情加重的过敏、感染等原因进行治疗使病情恢复稳定状态，而对可能为遗传的易感性的病因并没有办法进行针对性治疗。这种可能与遗传有关的病因极可能作为导致病情反复急性发作、病理改变持续进展的必要条件意义上的原因之一，在遇到其他必要条件的病因如过敏原或感染原时会共同导致急性发作。由于没有针对这种病因的特效药、病理改变又属于系统性或全身性而无法通过手术切除以终止病理进程，疾病的链条关系不能被打断，意味着病理改变将伴随终生，进展到一定程度最后因并发症死亡。再例如对高脂血症伴动脉粥样硬化在发生大脑的脑梗塞或心肌梗塞时，经过溶栓再通手术治疗可以使病情恢复稳定，但因基础的动脉粥样硬化和狭窄的病理改变及导致它们的根本病因并没有被消除，疾病的链条完整，病理改变仍将进展，还会发生类似的并发症。
糖尿病、冠状动脉粥样硬化、自身免疫性疾病、中晚期恶性肿瘤等慢性疾病都存在有类似的情况。导致这些慢性疾病的必要条件的病因之一是否就是遗传易感性需要进一步的研究来确定。
外科手术如果只是消除导致慢性疾病急性加重的梗阻、出血、穿孔等并发症的原因，不能去除根本原因或全部原因时，慢性疾病的病理改变将迁延不愈伴随终生。
例如，消化性溃疡穿孔如果只选择对穿孔进行修补时，慢性溃疡的病因和病理改变依然存在，那么，在术后需后续治疗；肝内外胆管结石只是去除总管结石和切除肝左叶病灶、胆肠吻合术，仍然存在的肝右叶胆管结石会继续导致胆汁瘀滞性肝硬化和胆管炎；对肝硬化引起门脉高压致食道-胃底出血，无论转流术还是分流术，只是降低门脉压力的止血处理来控制病情，因肝硬化仍然存在将导致门脉高压的病理改变继续进展并产生失血性休克、肝性脑病等并发症。
假说能解释机体的自我保护和抗病能力。
轻度或微量的毒物、农药、药物、创伤、致病病原体、精神或社会环境因素等病因侵入，即便没有药物治疗，但依靠机体自身的反馈、防御、应激、代偿、再生、修复、肝脏解毒和肾脏排毒机制等，通过内分泌和体液调节能力、免疫能力、内环境酸碱平衡缓冲和各脏器间协同调节能力，在一定限度内能够纠正、消除和对抗外来病因造成的损伤以维持机体内环境的稳定和代谢。这种机体的自我保护和自愈能力可在一定限度内达到保护和纠正部分病因造成的紊乱和损害的目的。超过这个限度则会导致机体病理和病理生理改变，出现临床表现而发病。这种保护调节能力的个体差异大，是疾病的多样性和复杂性的体现之一。
假说可解释原来的慢性疾病之所以转变为能被完全治愈的疾病，是因为疾病的链条在病因环节被新发明的特效药或新技术打断，使病理进程被终止。
例如，肺结核病在异烟肼等特效药发明以前被称为“痨病”，慢性咯血、潮热、盗汗、消瘦、迁延不愈伴随终生。但异烟肼等特效药发明以后，能够消除结核杆菌使该病成为能够被完全治愈的疾病。卡介苗是减毒的结核分枝杆菌活疫苗，接种后能增强细胞免疫能力，降低播散性结核病发病率。病毒感染性疾病如慢性乙型肝炎或急性甲型肝炎在疫苗大规模接种后发病被控制而明显降低等。
假说对消除病因的治疗具有解释性和预测性。
特效抗生素（细菌）、抗疟疾药物青蒿素（疟原虫）、特效解毒剂如氟马西尼（对抗安定）、解磷定（有机磷农药）等，能够针对性阻断病因的致病作用来治愈它们引起的疾病。
胃酸过多是消化性溃疡病的病因，发生消化性溃疡穿孔后行穿孔修补及腹腔引流术后，由于上述病因并没被消除，在病情稳定后还需行择期胃大部切除术、高选择性迷走神经切断术等消除病因的治疗才能根本治愈，避免溃疡复发、再穿孔或出血并发症。
发生消化道吻合口瘘与未预先消除引起瘘的原因有关。术前存在低钾血症、肠麻痹、低蛋白水肿、糖尿病代谢障碍、静脉瘀血等致吻合口缺血缺氧影响吻合口愈合等；术中存在吻合段游离不充分致吻合口张力过大、吻合口远端存在扭曲或有宿便阻塞致肠道不通畅、近端胃肠减压不到位致术后吻合处张力过大、或吻合口游离过多引起缺血坏死等。这些原因在吻合口瘘发生后会更难消除，不容易治愈。但如果在瘘的上游肠道造瘘阻断了肠内容物通过瘘口，可以为瘘的愈合创造良好的条件。所以，消除引起瘘的原因对预防和治疗吻合口瘘都十分重要。
穿孔性阑尾炎等腹腔感染性手术，引流条的引出方式可削弱切口的抗病能力从而与切口感染密切相关。从原切口引出因引流过程中的再污染和异物削弱了伤口的抗感染能力容易导致切口感染，另外戳创口引出引流条，避免了原切口的再污染和异物的影响可显著降低原切口的感染率。 [4]
总之，病因能否被消除和（或）病理进程能否被终止决定了疾病是治愈、慢性迁延或恶化。病因在发病前被消除就不发病、病因的致病能力超过了机体自我保护和自愈的能力时会发病；发病后如果病因能被特效药消除或病理进程能够被手术终止时疾病就会痊愈；消除了导致慢性疾病急性加重的病因能够使病情恢复稳定；病因未明或缺乏特效药，没有手术能终止病理改变的进程时，病情将恶化或演变为慢性疾病。疾病的链条能否被打断决定了转归的方向，说明假说对疾病的转归具有解释性、说明性和预测性。
假说与相关学科的相容性。
在解释疾病的发生、发展和转归的过程中，假说很好地融入了病因学、解剖学、生物化学、病理学、病理生理学、微生物和免疫学、药理学、诊断学等众多基础学科的内容。这些学科似乎都在自己的领域揭示了病因→病理和病理生理改变→临床表现三者之间的因果序列关系，这些学科事实上是在以假说为预设前提来研究和说明疾病的发生、发展和转归的。它们与假说具有良好的相融性，能在假说的架构中找到自己的位置。
1761 年，意大利医师Morgani（1682-1771）解剖了 700 多例尸体后，发现不同的疾病都是由相应器官的病变引起的，创立了器官病理学。
十九世纪中叶，德国的病理学家Virchow（1821-1902）通过显微镜研究病变细胞的改变创立了细胞病理学。到现在已经能够利用电子显微镜研究超微结构病理学和利用免疫组织化学、流式细胞术和分子生物学为基础的分子病理学，发现人染色体上基因的改变对遗传性疾病的诊断是最可靠的 [5] 。可以看出，科技越进步所发现的病理改变越微观，无论器官还是分子水平都存在病因引起病理改变的因果链条关系。
假说对疾病的回溯还原功能。
凭借天赋，对任何一个新来的患者，临床医师明确诊断的努力无一不是围绕着病因是什么或病理改变是什么进行的，其逻辑思维都是根据现在的临床表现，回溯并证实患者之前发生了什么病理和病理生理改变，进而推断并证实导致它们的病因是什么的过程。这个过程暗含的预设前提是：疾病是由病因导致了病理和病理生理改变，进而导致了临床表现的。当患者的病因和病理改变被明确时临床诊断就会随之明确。所以，每一个根据假说回溯还原了疾病从发生、发展到现在的过程，能够给出正确的临床诊断的病例，都是对假说正确性的确证，这样的实例不胜枚举，说明假说很可能为真，只是需要回答为什么会出现误诊漏诊。假说的这种回溯还原功能，恰恰是临床诊断需要的。
比较图一和图二可以发现，图一疾病的因果链条关系的假说，与图二临床诊断的逻辑比较，在顺序上恰好相反，说明临床诊断实际上是以假说成立为前提根据临床表现推断出了病因和（或）病理改变的过程。除少数误诊漏诊现象外，所推出的临床诊断都能得到术中病理改变的证实、补充或修正，能取得与治疗措施消除病因或终止病理改变的情况相一致的疗效，证实这样的临床诊断是正确的，说明假说中的因果关系是成立的，否则不可能根据临床表现能够推出正确的临床诊断来。只有当假说正确反映了疾病的发生、发展和转归的因果关系时才能具有回溯还原和解释疾病过程的功能，这确证了假说的正确性。如果能够证实误诊漏诊是由于诊断方法出了问题，不是假说出了问题时，假说就会因为符合既能由原因推断结果，也能由结果推断原因的因果律，成为临床诊断的前提，我们就能够利用假说根据临床表现推出正确的临床诊断来。
假说是正确的并不能保证运用假说时的方法是正确的，方法不对同样可以导致误诊漏诊。所以，怎样正确地运用假说来进行临床诊断和避免误诊漏诊正是本书要讲的临床诊断方法学。假说是正确的、诊断是正确的也不能保证都能够取得治愈的疗效，因为治愈不仅与临床诊断是否正确有关，还与病因是否明确、有无特效药消除病因和（或）是否能够通过手术终止了病理进程有关，而这些又与科学能够提供的治疗方法有关，不是假说本身能够解决的。假说能指导治疗和预测疗效但本身不是治疗，它揭示了疾病的来龙去脉但不能代替治疗，好的疗效还受制于是否有好的治疗方法。
临床医师通过采集病史、症状、体征和辅助检查，与自己通过学习掌握的某些疾病进行比对，根据吻合情况来判断患者所患的疾病是否属于某个疾病，通过辅助检查证实初步判断后给出初步诊断。在治疗过程中进一步与术中病理改变、病理报告、标本培养结果和辅助检查结果进行比对、验证、修正诊断，弥补可能的偏差。临床医师每天都在进行这样的工作，患者都在经历这样的事实。随着介入和病理活检技术在内科领域得到更多的运用，内科医师也会更多地获得直接验证的资料，初步诊断的正确性需要及时得到病理改变和病因学的证实，不然有可能出现误诊漏诊。
显然，这是在预设这样的临床表现必然有与之符合的病理和病理生理改变及病因的前提下来进行的。由于只有在假说成立的情况下才既能从原因推出结果，也能从结果推出原因，回溯还原由病因导致病理和病理生理改变，进而导致临床表现的过程，只有这样才能用它来进行临床诊断。换句话说，当我们首次接触患者时，并不知道患者的病理改变和病因是什么，以假说为依据，我们根据患者现在的临床表现推出了导致临床表现的病理改变和病因的范围来，经过病理和病因的检查来证实、补充或修正，最后明确诊断，接着根据所作临床诊断进行治疗，很多情况下能够取得与打断疾病的链条的情况对应的疗效，说明临床诊断能够被假说解释、说明和预测，也证实了假说中因果关系的正确性。因为只有在假说成立时才能做到这些，术前诊断才能得到术中病理、活检的病理报告、病因学和疗效的证实。临床实践证实假说具有这样的功能，反过来验证了假说的正确性，确证假说是成立的。
假说对疗效的预测。
以假说成立为前提，意味着根据打断链条的情况可以预测疾病的转归。预测是正确的则确证了假说的正确性，预测是错误的意味着假说不成立。虽然这种验证都是基于过去的治疗经验，不包括未来的部分所以不是证明性的，但这种经验具有广泛性——只要消除了病因或终止了病理进程病情就会好转或痊愈，这种经验本身能增强我们对假说成立的信心。然而，假定假说是具有“规律性”的就不能有例外的，有例外意味着假说不能成立。问题是以往出现的误诊现象是“例外”吗？
根据术中病理改变和手术消除病理改变的情况对转归的预测。在外科，术前诊断常能得到术中病理改变、术后病理检查和病因学的验证、修正或补充，能依据手术终止病理进程和消除病因的情况来预测转归是痊愈、好转但可复发、进展或恶化等，这是非手术科室不具备的。术中如果发现肿瘤是原位癌，预测切除术后预后好；肿瘤已经广泛转移无法切除，预测预后差；消化性溃疡病穿孔伴弥漫性腹膜炎，如果只行穿孔修补和腹腔引流术，并没有消除胃酸过多的病因，术后需选择抗生素消除幽门螺杆菌、胃大部切除术或高选择性迷走神经切除术等消除胃酸过多的病因；急性阑尾炎和结石性胆囊炎切除病灶后终止了病理进程能取得治愈的疗效；对肝内外胆管结石行胆总管取石及肝左叶切除、胆肠吻合术，但由于右肝内胆管结石仍然存在，可因肝内胆管结石掉入胆总管引起梗阻性胆管炎和（或）胆汁瘀滞性肝硬化而反复急性发作；急性重症胰腺炎行胰被膜减压、清除坏死组织和腹腔引流，并没有消除导致胰腺出血坏死和引起全身性并发症的原因，局部和全身的病理和病理生理改变仍将持续进展，腹水引流只是减轻所含活性消化酶及分解产物吸收后导致的全身性毒性作用，病情仍将继续发展，所以病死率高。而行局部麻醉下单纯腹腔置管灌洗术可进行主动的持续性腹腔灌洗、腹水引流、灌洗液持续腹膜透析，能更有效地打断毒性腹水吸收，透析能够不断地排出已经吸收入血液中的毒性物质，从而有效地阻断毒性腹水吸收导致的局部和全身的病理和病理生理改变，结合抑制胃酸和胰腺消化酶分泌的药物和支持治疗等，可阻止病理和病理生理改变的进展，取得好的疗效，具有创伤小易耐受，更好地减少含活性消化酶的腹水的吸收，持续性析出已吸收入血液中的含活性消化酶的毒物和代谢产物，打断其吸收后的全身毒性作用，保护和改善各个重要器官的功能，预后更好。 [6] 根据手术前后消除病因和终止病理改变进程的情况可以准确地预测预后证实了假说的正确性。确证特效药、手术等消除病因、终止病理进程的情况决定了预后的好坏。外科医师每天都在重复上述工作和积累着这样的经验。但如果发生手术并发症可以影响预测结果，因此在预测时必须考虑并发症的影响。手术可以治疗疾病，手术创伤也可导致新的病理和病理生理改变引起手术并发症。
根据打断链条的情况预测预后。见下表。
根据链条被打断的情况预测预后
在治疗过程中，当出现病因被治疗措施完全消除、部分消除、不能消除的情形时，就可分别给出痊愈、恢复稳定但反复发作、恶化或转变为慢性进展的预测。当特效药能消除病因和（或）手术能全部终止病理进程时预测痊愈；如细菌性肺炎经过特效抗生素治疗后症状减轻，肺部啰音减少，WBC计数下降时；或用氟马西尼治疗地西泮中毒呈好转趋势时预测病情向痊愈发展；当消除和控制了慢性阻塞性肺疾病急性加重的过敏和（或）感染性病因，喘息性气紧、心悸和头晕等症状缓解、肺哮鸣音、感染和缺氧指标呈好转趋势时，预测病情会恢复稳定，但因无法消除机体对易感病因的易感性，预测恢复稳定后病情会反复发作；当没有特效药和手术能够消除病因，终止病理进程，机体的抗病能力不足以阻止病理和病理生理的进展，如无法终止如重症胰腺炎的出血坏死病理进程，心、肺、脑、肾等重要器官功能障碍的病理进程持续发展，预测将引起更多的内环境紊乱、全身性并发症如休克、昏迷、呼吸窘迫等多器官功能障碍，病情将恶化或趋向死亡；再如恶性肿瘤晚期并发消化道大出血、心肌梗塞伴心源性休克无好转征象、重型颅脑创伤伴脑疝无好转征象、胃肠吻合口瘘伴感染中毒性休克和器官功能衰竭、慢性阻塞性肺疾病伴肺部感染并发呼吸和心功能衰竭、感染中毒性休克及伴发的糖尿病无好转征象时预测病情恶化。上述各情形恰好分别对应了假说中的病因和（或）病理改变环节分别被彻底打断、部分打断、不能打断的情形，除误诊、手术并发症等情形外，这样的预测与实际转归是符合的。
疾病的预后不仅与消除病因或终止病理进程的治疗有关，而且与机体的抗病能力有关，抗病能力对病因侵入是否引起发病、病情好转或恶化都有影响。当没有特效药消除病因但机体的抗病能力强，或疫苗注射后产生了特异性抗体时就可以预防发病或病情很轻；当病因的致病能力与抗病能力处于相持状态时，病情可转变为慢性进展状态，如乙肝病毒感染，HIV感染等；当病因的致病能力占据优势时，病情将进行性发展越来越重。
假说被广泛用于解释疾病现象、疾病的诊断和鉴别诊断。
由于假说中三者之间总是伴随出现，被临床广泛地用来解释疾病现象、诊断和鉴别诊断：认为是这个疾病，是因为符合这个疾病的病因导致的病理和病理生理改变，符合由这种病理和病理生理改变导致的临床表现；否认是那个疾病，是因为不符合那个疾病的病因导致的病理和病理生理改变，不符合那个病理和病理生理改变导致的临床表现；两个疾病的临床表现之所以具有差异性是因为它们的病因以及病因导致的病理和病理生理改变不同；两个疾病的临床表现之所以具有相似性是因为两个疾病的病因和病因导致的病理和病理生理改变存在某些相似的地方。鉴别诊断就是从所有与患者具有相似临床表现的疾病中，根据临床表现的差异性将它们区分出来并加以证实的过程。假如遇到未能掌握差异性的疾病时就可能将它们与其他疾病混淆从而导致误诊漏诊。进行这种逻辑推理暗含的逻辑前提是——假说的因果链条关系是成立的。由于在这种预设前提下能够推出正确的结果来，意味着假说的链条关系很可能为真。
综上所述，可以得出疾病发生、发展的因果链条关系如图一： 病因→病理改变和病 理生理改变→临床表现 ；临床诊断的逻辑关系如图二： 临床表现→病理改变和病理生理 改变→病因 。图一之所以成立是因为假说对疾病的发生、发展和转归过程具有广泛的解释性、对疾病的疗效和预后具有正确的预测性；图二之所以成立是因为假说具有通过现在的临床表现回溯还原疾病发生发展过程的功能，对疾病具有说明性和预测性。因此，以假说为前提，可以根据临床表现反推出病理改变和病因可能的范围来，对临床诊断具有指导性和实用性。既可从图一由假说的原因推出结果，也可从图二由假说的结果推出原因，说明假说的因果链条关系具有与其他科学理论一样的特征，符合因果律很可能为真。
论证假说之所以成立，拷问其正确性的重要意义在于，能够让我们更有信心地利用它来做更多有益的事情：找出疾病的规律性，解释疾病的发生、发展和转归；理解疾病的多样性、复杂性、相似性和差异性；根据充分类似的临床表现推出病因和病理改变来为临床诊断和鉴别诊断服务；根据治疗措施打断链条的情况来预测疗效和转归；找出误诊的原因和避免误诊的方法，从而确定正确的临床诊断和选择正确的治疗服务等。
只有当一个假说被临床经验广泛地确证，对疾病具有广泛的解释性、说明性和预测性的时候，才能使我们相信它很可能是真的或具有普遍规律性的，从而使我们很有信心地利用它来指导临床工作。接下来的工作如果获得成功，无疑将加强这种信心和信任，可利用它来做更多有益的事情，并在这个过程中不断地确证其正确性。