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港口总体规划实施会占用一定的岸线、土地及海域资源。建设期施工可能改变原来的自然岸线及水域状态，影响所在水域的水动力条件，同时产生施工疏浚物、施工扬尘、施工噪声等污染；运营期运输装卸产生的各类粉尘，清洗、除尘和生活产生的污水，车辆、船舶及油品装卸产生的有害气体等，可能对周边水环境、大气环境、生态环境等产生不良影响。港口总体规划实施各阶段主要污染源和污染物如下：
港口建设期的主要污染源来自疏浚工程、围堰工程、基础工程、主体工程、土石方工程等。这些工程在施工中产生的污染物有污水、粉尘、噪声、多种有害气体和固体废物（生活垃圾、建筑垃圾和工程渣土）、疏浚物等。
（1）粉尘。粉尘主要来源于煤炭、矿石、水泥、化肥等装卸、运输过程中产生的粉尘和煤炭、矿石堆场在自然风力作用下的二次扬尘，以及港内生活、生产辅助设施等使用燃料产生的烟尘。
（2）污水。
①含油污水来自油船的压舱水、洗舱水、机舱水及岸上的加油站、机修间和流动机械的冲洗水等。
②含煤、矿污水来自煤炭、矿石码头堆场的雨水，码头面、传动带机房、坑道、廊道的冲洗水及渗漏含煤、矿污水。
③集装箱洗箱水包括冲洗装过有毒、有害货物的集装箱和修箱前的集装箱产生的污水，成分较复杂，需做特殊处理。
④生活污水主要来源于港区食堂、浴室及船舶生活污水等。
（3）有害气体。港区有害气体来自燃煤锅炉、进出港的汽车和船舶及油品装卸等排放的二氧化硫、一氧化碳、氮氧化物和烃类等。
（4）固体废弃物。
①生产垃圾和生活垃圾。生产垃圾主要为货物杂质、作业衬垫料、锅炉废渣，以及机修和维护产生的废物、油渣泥、废工具等；生活垃圾包括食物残渣、卫生清扫物和一切生活废弃物等。
②船舶垃圾。船舶垃圾包括甲板、货舱的衬垫料、扫舱物料，以及船员生活活动产生的卫生清扫物、食物残渣和厨房垃圾等。
（5）噪声。港区噪声分流动源和固定源两种，主要是船舶（包括汽笛）和装卸机械、运输机械产生的噪声。
（6）溢油。溢油是对水环境影响较大的污染源和污染物。溢油原因多种多样，有技术原因、管理原因和自然原因等。例如：船舶和码头作业不当，输油臂、管线、阀门失灵，油管线破裂，伸缩节垫圈老化等导致跑、冒、滴、漏；船与码头、船与船相撞或油罐冒顶；船舶在恶劣的气候条件下触礁、搁浅或者碰撞等。
为尽可能降低港口总体规划实施的环境影响，除了在港口码头施工、建设运营阶段深入落实各项生态环保措施以外，港口总体规划阶段即要充分考虑规划区域的资源条件禀赋，充分贯彻绿色发展理念，提前考虑并降低上述影响。
具体而言，港口总体规划编制应遵循生态优先、统筹协调、用足存量、集约节约等原则。
港口总体规划编制中充分融入“生态优先、绿色发展”理念，将该理念贯穿于港口总体规划规划原则、岸线利用规划、平面布置规划、集疏运规划、绿色发展各方面和全过程。
统筹规划港口岸线资源，合理确定各港区功能分工，并充分考虑与国土空间规划、环境保护规划等有关规划的衔接协调。
重视既有设施的整合改造，挖掘能力，在用足存量的基础上，科学规划未来资源。
引导港口岸线、土地、海域资源有序开发、规范化利用，提高利用效率，坚持深水深用，优先发展公用码头，提升港口服务水平。
规划目标为在港口总体规划中充分融入绿色发展理念，统筹协调港口发展与生态环境保护的关系，减少生态矛盾冲突，筑牢生态安全屏障，减少港城矛盾，促进港城协调发展，构建与自然、城市和谐相处的港口空间布局。
为达到在港口总体规划编制中全过程落实绿色发展理念的目标，本书在调研国内外绿色港口空间规划理念及实践的基础上，以现行的《港口总体规划编制内容及文本格式》中港口总体规划编制内容为基础，采用先评估、再规划的思路，提出了评估、岸线利用规划、平面布置规划等重点规划内容落实绿色发展理念的规划思路和关键技术方法，并应用于北部湾港、宁波舟山港、镇江港等港口总体规划编制中。在研究基础上，提炼并形成了《港口总体规划落实绿色发展理念编写指南（建议稿）》（见附录3）。