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整体观念源于古代唯物论与辩证法思想，认为人体是一个有机的整体，各组成部分是相互对立统一、不可分割的，功能上相互协调、相互为用，病理上相互影响。同时认知人体与外界环境的统一关系（人体自身、自然环境、社会环境）。余莉芳认为中医学的整体观念是关于人体自身以及人与环境之间的统一性、完整性和联系性的学术思想，也就是内外环境的统一性与机体自身整体性的思想。
1.人体内部的和谐统一 ， 五脏一体论 人体以五脏（心、肝、脾、肺、肾）为中心，配合六腑（大小肠、胆、胃、膀胱、三焦）、五体（狭义五体包括脉、筋、肉、皮、骨，泛指身形和体质）、五官（舌、鼻、口、目、耳）、九窍（头部七窍加前、后阴，头有七阳窍，下有二阴窍）、四肢百骸等通过经络系统的联系以及精、气、血、津液的作用构成了心、肝、脾、肺、肾五个生理系统。
2.人与自然环境的统一性 自然界是人类赖以生存的必要条件，因此其变化必然对人体有直接或间接的影响，在机体上有所反应。昼夜、季节、气候都会对人体的生理活动产生影响。出色的中医师会对同一个人、同一种疾病在不同的时间开具不一样的处方，可以理解为根据天时地利人和，也就是天人一体思想遣方用药。《素问·宝命全形论》有云：人生于地，悬命于天，天地合气，命之曰人；又曰：天食人以五气，地食人以五味。讲的就是人与自然环境的统一性。
3.人与社会环境的统一性 人不仅有生物属性、自然属性，还有社会属性。每个人与政治、经济、文化、宗教、法律、人际关系、婚姻等社会因素密切联系，从而影响人体的各种生理、心理活动和病理变化。这部分与七情的联系很大，即情志因素（心理因素），常见的精神类疾病如抑郁焦虑症、精神分裂症等。《黄帝内经》说“精神内守，病安从来”，就是这个意思。
余莉芳认为中医脾胃疾病分为两大类，一类即为西医学所说的常见消化系统疾病，如各类肠炎、胃炎、溃疡等，主要表现为嗳气、呃逆、呕吐、消谷善饥、呕血等，是由于各种因素导致的脾胃气机紊乱而引起的一系列症状；另一类则根据中医整体观念，由脾胃疾病导致的其他脏腑或体表的疾病，如脾不统血导致的便血、月经过多、崩漏，脾不化湿出现的水肿、痰饮，湿热蕴脾出现的黄疸、口疮等，均可通过治疗脾胃而见效。
中医藏象学说中，脾的功能为主运化（水谷和水液）、主升清（水谷精微）、主统血、主四肢、主肌肉，其华在唇；胃的功能：胃为仓廪之官，主受纳、腐熟水谷，主通降，被称为“水谷气血之海”。这些都说明脾胃在人体解剖结构中的重要位置。此外，余莉芳沿袭了李东垣《脾胃论》中“内伤脾胃，百病由生”的学术观点，认为因为脾胃内伤而虚弱，不能化生气血，气血不足以维持身心活动及防御外邪的侵害，往往相继引起其他脏腑的疾病。
《脾胃论》说“百病皆由脾胃衰而生”“治脾胃即可以安五脏”。早在《黄帝内经》中，就有对脾胃生理功能重要性的论述，如《素问·经脉别论》中：“饮入于胃，游溢精气，上输于脾，脾气散精，上归于肺，通调水道，下输膀胱。水精四布，五经并行。”是对脾胃功能的高度概括。
余莉芳认为脾胃居中焦，是升降运动的枢纽，脾胃健运，脾升胃降，清升浊降，才能气机调和，维持正常的升降运动。若脾胃气虚，升降失司，则内而五脏六腑，外而四肢九窍，都会发生种种病证。
1.调脾和胃 ， 治疗心肺 心与脾的关系主要表现在血的生成和运行，以及心血养神与脾主运化方面的关系。血液的生成方面：心主血脉而又生血，脾主运化，为气血生化之源。心血赖脾气转输的水谷精微以化生，而脾的运化功能又有赖于心血的不断滋养和心阳的推动，并在心神的统率下维持正常的生理活动。血液运行方面：血液在脉内循行，既赖心气的推动，又靠脾气的统摄，方能循经运行而不溢于脉外。神志活动：心藏神，在志为喜；脾藏意，在志为思。心生血而主血脉，脾胃为气血生化之源，生血而又统血。血为水谷之精气，总统于心而生化于脾。血之与气，一阴一阳，两相维系，气能生血，血能化气，气非血不和，血非气不运。
脾和肺的关系主要表现于气的生成和津液的输布两个方面。气的生成方面：肺司呼吸而摄纳清气，脾主运化而化生水谷精气输于肺，两者结合化为宗气。脾所化生的水谷之气，必赖肺气的宣降才能敷布全身。肺在生理活动中所需要的津气，又要靠脾运化的水谷精微来充养，故脾能助肺益气。水液代谢方面：人体的津液由脾上输于肺，通过肺的宣发和肃降而布散至周身及下输膀胱。脾之运化水湿赖肺气宣降的协助。脾、肺两脏互相配合，共同参与水液代谢过程。
脾胃阳气输布于心、肺，能使五色分明，声音洪亮，是清阳之气上走空窍的缘故；脾胃化生阴精，随着阳气上升上奉于上焦心、肺，各自发挥其正常的生理功能。
2.调脾和胃 ， 治疗肝肾 肝与脾之间的关系主要表现在疏泄与运化及血液的生成运行方面。在消化方面：脾主运化，摄入到人体内的饮食物，必须经过脾胃共同作用，才能使水谷化为精微并输送到全身各脏腑、组织、器官。肝主疏泄功能正常，胆汁才得以正常的分泌和排泄，脾胃升降有序，饮食物中的水谷精微得以正常的消化吸收。在血液方面：肝主藏血，贮藏和调节全身血量，脾主统血，为气血生化之源。脾气健运，气血生化有源，血量充足，则肝血充盈。肝血充足，可以涵敛肝阳，使肝气条达舒畅，才能保证脾之健运，发挥其统血功能。
脾与肾在生理上的关系主要反映在先后天相互资生和水液代谢方面。先后天相互资生：脾主运化水谷精微，化生气血，为后天之本；肾藏精，主命门真火，为先天之本。脾的运化，须得肾阳的温煦蒸化，始能健运，肾精又赖脾运化水谷精微的不断补充，才能充盛。水液代谢方面：脾主运化水湿，须有肾阳的温煦蒸化；肾主水，司开合，使水液的吸收和排泄正常。但这种开合作用，又赖脾气的制约，即所谓“土能制水”。脾、肾两脏相互协作，共同完成水液的新陈代谢。
余莉芳认为脾胃虚弱则寒湿下注于肾，乃脾胃土克伐肾水，又脾胃阳气衰弱不能向上升发，导致湿气下流于下焦肝、肾，肝、肾相火转化为阴火，阴火流窜于脾胃、心脏、肌肤等部位；脾土不足，则所不胜之肝木就会妄行，乘脾虚侵侮脾土，脾土更加虚弱，其所胜之肾水乘肝木之妄行、脾胃之极虚，反过来侵侮脾土。
3.调脾和胃 ， 治疗九窍 李东垣在《脾胃论·卷下·脾胃虚则九窍不通论》中阐释了《黄帝内经》等古代医论提到的“九窍不通”为“五脏不和”“脾不及”“肠胃之所生”的不同发病机制，但余莉芳认为根本观点还是落在脾胃虚上。“胃气既病则下溜，《经》云：湿从下受之，脾为至阴，本乎地也，有形之土，下填九窍之源，使不能上通于天，故曰五脏不和，则九窍不通”“胃者，行清气而上，即地之阳气也，积阳成天，曰清阳出上窍，曰清阳实四肢，曰清阳发腠理者也。脾胃既为阴火所乘，谷气闭塞而下流，即清阳不升，九窍为之不利”。胃腑，升举清阳之气至上焦部位，就如大地的阳气上蒸积聚形成自然界一样，清阳之气达于心、肺上焦，汇聚成营卫之气，敷布至皮毛、肌肉、筋骨、窍道，而有“清阳出上窍”，使耳聪目明；“清阳实四肢”，使四肢肌肉筋骨强健；“清阳发腠理”，使皮肤肌腠温润适宜等说法。若脾胃被饮食劳倦、忧思喜怒所伤，水谷不能化为精气上升，反会停滞下注，造成“清气不升，九窍不利”的病理状态。
总之，脾胃连通上下，有升有降，升则上输于心、肺，降则下归于肝、肾，肝之生发，肺之肃降，心火之下交，肾水之上济，皆有赖于脾胃的健运。只有脾胃健运，升降有序，出入有节，才能维持“清阳出上窍，浊阴出下窍；清阳发腠理，浊阴走五脏；清阳实四肢，浊阴归六腑”的正常功能。
所以余莉芳认为调和五脏的最基本环节乃是在于中焦脾胃。