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《黄帝内经》作为中医理论的奠基之作，对余莉芳学术思想的形成影响重大。余莉芳认为《黄帝内经》对脾胃的论述虽在各篇均有出现，相对分散，但其对脾胃病的生理功能、病理特点、诊治原则，以及饮食调理等方面的描述已十分全面。
1.对脾胃生理功能的认识 《素问·灵兰秘典论》提到：“脾胃者，仓廪之官，五味出焉。”《素问·玉机真脏论》：“五脏者，皆禀气于胃。胃者，五脏之本。”《素问·痿论》：“脾为胃行其津液。”这都是对脾胃功能的整体概括。而《素问·经脉别论》中说：“食气入胃，散精于肝，淫气于筋，食气入胃，浊气归心，淫精于脉……饮入于胃，游溢精气，上输于脾，脾气散精，上归于肺，通调水道，下输膀胱，水精四布，五经并行。”则是对脾胃生理功能较为全面的认识。《素问·六节脏象论》曰：“脾、胃、大肠、小肠……营之居也，名曰器，能化糟粕，转味而入出者也。”脾胃一脏一腑，形质有别，均居于中以灌四旁，《素问·玉机真脏论》曰：“脾为孤脏，中央土以灌四旁。”可见脾胃为气血化生之源，滋养诸脏，乃阴阳升降之枢纽。
2.对脾胃发病机制的认识
（1）气机升降失常：《黄帝内经》中“脾气散精，上归于肺”“胃……故泻而不藏，此受五脏浊气，名曰传化之腑，此不能久留，输泻者也”“升降出入，无器不有”“清气在下，则生飧泄，浊气在上，则生！胀”等有关脾胃升降的论述，为后世进一步阐释脾胃升降奠定了理论基础。若脾气运化失职，清气不升，可影响胃的受纳与通降，出现纳呆、呕恶、嗳气、脘腹！胀等病症。反之，若饮食失节，食滞胃脘，浊气不降，也同样影响脾气升清和运化，出现大便溏稀、泄泻，甚至下利清谷等病症。
（2）虚实寒热失常：在脾胃病理机制方面，《黄帝内经》提出了“阳道实，阴道虚”的理论。《素问·太阴阳明论》：“黄帝问曰：太阴阳明为表里，脾胃脉也，生病而异者何也……故阳道实，阴道虚。故犯贼风虚邪者，阳受之；食饮不节，起居不时者，阴受之。阳受之则入六腑，阴受之则入五脏。入六腑，则身热，不时卧，上为喘呼；入五脏，则！满闭塞，下为飧泄，久为肠澼。”其中“阳”指阳明胃腑，“阴”指太阴脾脏。胃主降浊，推送糟粕下行外出，病则腑气不通，浊气不降，糟粕不行，且阳明之病，易于化热燥结，故病则多从燥化、热化，易与邪结，临床以实证、热证多见。脾主运化、升清，病则水谷精微不能化生，清阳不升，脾气易虚，湿浊内生，湿胜则脾阳受伤，故病多虚证、寒证。“阳道实，阴道虚”对胃病多实，脾病多虚的病机趋向做了高度概括，后世据此总括为“实则阳明，虚则太阴”。在治疗上，胃病侧重泻实，脾病侧重补虚。
3.对治疗脾胃病的认识 《黄帝内经》中多次提及在其他疾病的治疗过程中，要重视调脾胃以安五脏，提出了他脏之病从脾胃论治的理论依据。认为脾胃居于中焦，为机体代谢的枢纽，若脾胃不和，各种病理产物随之产生，从而影响其他脏腑功能，均可从脾胃论治。
如《素问·痿论》言：“治痿独取阳明。”盖阳明属胃，与脾相为表里，脾主四肢，在体合肉，脾胃为水谷之海，为后天之本，气血生化之源，肌肉、四肢需赖脾胃水谷之精气濡养，才能充实健用，而且阳明经多气多血，为十二经之长，主润宗筋。阳明虚，则宗筋纵，宗筋纵则不能束骨以活动关节。痿证采用“独取阳明”之法，正可以润宗筋、束骨、利关节，达到治疗的目的。故治痿证的关键在于健脾胃。
《素问·痹论》又提出：“营卫之气亦令人痹。”营卫之气的生成及运行与中焦脾胃密切相关，不论痹证虚实，皆与脾胃关系密切，故治痹证亦当从脾胃论治。
《素问·咳论》曰：“其寒饮食入胃，从肺脉上至于肺，则肺寒，肺寒则外内合邪，因而客之，则为肺咳。”强调咳嗽与脾胃功能是否正常密切相关，临床治疗各类咳嗽多从脾胃着手，有“脾为生痰之源，肺为储痰之器”之论，如慢性咳嗽痰饮停肺者，需健脾化痰；肺气亏虚者，可培土生金；肺阴不足者，益胃生津，等等。他脏之病，从脾胃论治的理论对后来历代医家的观点形成都有十分深远的影响。
《黄帝内经》中多次提及顾护胃气的重要性，无论急性病，还是慢性病的治疗，有无胃气，都影响着疾病的发生、发展和转归，《素问·玉机真脏论》论述五虚死时提到：“粥浆入胃，泄注止，则虚者活。”精气夺则虚，对于五脏虚病，当顾护脾土为要，由此可见，审察胃气之存亡，可以预料疾病的预后。《素问·热论》：“病热少愈，食肉则复，多食则遗，此其禁也。”因热病未愈，饮食过于肥甘厚腻，则损伤胃气，故而余热不散，因此在疾病治疗中，应时刻重视顾护胃气。
心神与脾胃生理上密切关联，在《黄帝内经》的理论系统中也有体现。《灵枢·本神》云：“脾藏营，营舍意。”且“心有所忆谓之意”，即心里有所忆念但所向未定的称之意，有意念、注意之意。《素问·阴阳应象大论》云：“脾在志为思。”“思”即思考、思虑，故“意”“思”与脾之功能密切相关。心神与脾胃病理上亦互相影响。脾胃为机体气机上下斡旋的枢纽，心神状态与脾胃气机运行也有重要影响。《灵枢·口问》中“岐伯曰：心者，五脏六腑之主也……悲哀愁忧则心动，心动则五脏六腑皆摇，摇则宗脉撼。”说明心神异常可影响其他脏腑功能失调，引起经脉气血运行失常而致病，而脾胃居于中焦，又为脏器之本，心神不安，不仅可直接影响脾胃功能失调，也可因其他脏腑功能失调，最终影响脾胃功能。
受《黄帝内经》脾胃学术思想的影响，余莉芳在治疗脾胃病时，十分重视脾胃病与他脏病变的相互影响，在治疗脾胃病时，尤其重视“安心神以调脾胃”的理论思想，从而提出脾胃病“从心论治”的观点。诊治过程中，往往会加用一些养心安神药，如茯神、柏子仁、酸枣仁、合欢花等。或加入清心镇静药，如百合、竹叶心、灯心草、磁石、珍珠母、龙骨等。在治疗脂肪肝、高脂血症时，认为这些病的病机包括肝失疏泄、肝血瘀滞、脾虚失运、湿痰内生，以痰、瘀、湿及脾虚为病理关键，治疗上以清热疏肝解郁、活血化瘀通络、健脾化湿祛痰为基本大法，创制了经验方“消脂保肝饮”，紧抓气滞、血瘀、痰湿及脾虚四个环节，十分重视健脾在治疗中的作用。对于慢性功能性便秘，有因脾气虚弱而至肠道推动无力；也有阴津不足而至肠燥津枯，故以健脾胃之气为主，配合养阴润肠，以恢复肠道功能。总之，余莉芳在诊治各种疑难杂症遣方用药时，不忘调和脾胃的升降，酌加和胃之品、健脾之药；为防止苦寒、滋腻之品伤胃，时佐以和胃消导之品，如藿香、半夏、陈皮、枳壳、焦楂曲、豆蔻之类，使得脾胃升降调和，药物输布畅达而达病所，充分发挥药效。
《脾胃论》是金元时代医家李东垣的代表著作。李东垣师从张元素，受其师倡导的脏腑辨证学说的启发，通过长期的临床实践积累了丰富的经验，从脾胃的生理、病理，到脾胃内伤病的病因、诊断和治疗，对余莉芳的临床思辨有很大的启示。
1.李东垣阴火论
（1）脾胃虚弱致“阴火”的产生：李东垣所称之阴火，余莉芳认为可理解为是在某些异常因素作用下寄藏于下焦肝、肾的相火转化成的病理之火、亢盛之相火。《脾胃论》中记载“既脾胃气衰，元气不足，而心火独盛。心火者，阴火也，起于下焦，其系于心，心不主令，相火代之；相火，下焦胞络之火，元气之贼也。火与元气不两立，一胜则一负。脾胃气虚，则下流于肾，阴火得以乘其土位。”在脾胃论中，李东垣没有把“阴火”单纯定义为某一脏腑之火。纵观《脾胃论》全书，根据李东垣“内伤脾胃，百病由生”的学术思想，认为阴火的产生主要发生在脾胃，是由于饮食情志所伤导致。盖因七情郁结化火，心火亢盛则乘脾土。同时，心火又损耗元气，加重脾胃的损伤。心火亢盛乘脾，耗伤元气，是脾胃虚弱的常见原因。脾胃虚弱产生以后，脾胃丧失运化水谷之功能，上则导致清阳不升，不能滋养上焦心、肺，导致心不能运行血液，肺不能宣发肃降；下则导致水湿下注下焦，阻碍肝、肾气机的正常流通敷布，肝、肾中的正常相火必然郁遏而转化为病理之相火。阴火上冲下达，内走外窜，可以充斥于全身不同部位，而表现出不同的症状。李东垣分别称为心火、肝火、脾火、胃火、肺火、五志之火、下焦包络之火、实火、相火、七情之火等，虽然其部位和症状不同，但其本质则一，皆为阴火。
（2）重视情志因素：受阴火理论的影响，余莉芳在临床中十分重视情志因素，认为情志因素容易通过多种方式导致脾胃虚弱。李东垣说：“饮食失节，及劳役形质，阴火乘于坤土之中……皆先由喜、怒、悲、忧、恐为五贼所伤，而后胃气不行，劳役饮食不节继之，则元气乃伤。”
首先是木郁乘土。余莉芳认为木郁不仅要看到有肝气郁结，更要考虑兼有脾胃虚弱。肝气都结，常常克伐脾胃，导致脾胃虚弱。李东垣在《脾胃论》中说：“木郁达之者，盖谓木初失其性郁于地中，今既开发行于天上，是发而不郁也，是木复其性也，有余也，有余则兼其所胜，脾土受邪，见之于木郁达之条下，不止此一验也。又厥阴司天，亦风木旺也，厥阴之胜，亦风木旺也。俱是脾胃受邪，见于上条，其说一同。”对于肝郁脾虚证，不能再用滋补肝脏法，补肝法则会加重肝气郁滞，进而更会导致脾胃虚弱，最终会形成恶性循环。如果不解“木郁达之”四字之义，反作“木郁治之”，脾胃又受肝木制约，正所谓补有余而损不足也。故余莉芳对于肝郁脾虚证，多选用疏肝健脾的方法。一方面疏肝，另一方面健脾，两者相辅相成，临床多选用柴胡疏肝散和解肝煎两方化裁。
其次是心火亢盛。余莉芳总结，心火侵害脾胃，导致脾胃虚弱，临床表现食入则困倦、精神昏冒而欲睡。如果脾胃虚弱不能运化水湿，水湿下注于下焦肝、肾，肝、肾相火不得流通而郁结，演变为阴火，阴火流窜侵害脏腑造成种种病变，这就称为内伤热中证。临床表现为全身疼痛、身体沉重、关节酸痛、头晕目眩、手足颤动、四肢麻木不仁、脉洪大而弦等。余莉芳临证多选用二阴煎化裁以清心火。
余莉芳认为肝木旺盛，子病及母，可导致肾脏亏虚，引起水湿泛滥。而肝木旺盛也可导致脾土虚弱，脾虚不能运化水湿，导致水湿停滞。水湿向下流注于肾，又助肾水泛滥。水湿泛滥上乘于其他脏腑，则表现为种种疾病。如涉及脾，表现以痰涎为主；肾水泛滥，表现以唾液为主；涉及肝，表现以泪液为主；涉及肺，表现以鼻涕为主。正如李东垣所说：“入脾为痰涎，入肾为唾，入肝为泪，入肺为涕。”此等症状，余莉芳均以健脾利湿为基本治则。
2.脾胃为元气之本 元气又叫“原气”“真气”，它是维持人体生命活动的动力之源，也是维持生命活动所必需的基本物质。《黄帝内经》中有“真气者，所受于天，与谷气并而充身者也”的论述，表明了元气虽源于先天，但又靠后天水谷之气不断充养，元气才能保持充盈，使生命不竭。李东垣说：“真气又名元气，乃先身生之精气也，非胃气不能滋之。”同时他还认为人身诸气，莫不由胃气所化。他说：“夫元气、谷气、营气、清气、卫气、上升之气，此数者，皆饮食入胃，谷气上行，胃气之异名，其实一也。”李东垣引用了《灵枢》中《五癃津液别》《海论》《玉版》等篇有关论述，说明在正常情况下，人受水谷，由脾胃输布精微，化生元气。
余莉芳归纳脾胃的盛衰直接决定元气的盛衰。如果脾胃有病，则必至气血俱弱，因此，李东垣所称由胃气所化的元气，不仅指先天之精气，实也概括了阴阳气血。所以，他明确指出“脾胃为血气阴阳的根蒂也”。
3.脾胃为升降之枢 李东垣熟谙《黄帝内经》之理，在《脾胃论》中说：“万物之中，人一也。呼吸升降，效象天地准绳阴阳。”他阐发《黄帝内经》“人与天地相参”的观点，认为人体呼出吸入，升清降浊，进行新陈代谢，人的生长壮老的过程，符合“天地阴阳生杀之理”，并认为呼出吸入虽与升清降浊有所不同，其实出入是升降的另一种表现形式。
李东垣还认为，天地有春夏之升浮，而继之能转化秋冬之降沉，乃因中土斡旋其间。如《内外伤辨惑论》曰：“四时者，是春升、夏浮、秋降、冬沉，乃天地之升浮化沉降。化者，脾土中造化也。”天人合一，其脏腑气性应四时。《素问释义》说：“肝气温和，心气暑热，肺气清凉，肾气寒凝。”脏腑气性功能赖脾胃升降作用保持正常。
余莉芳受此启发，结合自身临床经验，认为在脾胃升降这对矛盾中，脾气升清占主导方面。只有脾胃健运升降有常，才能维持“清阳出上窍，浊阴出下窍；清阳发腠理，浊阴走五脏；清阳实四肢，浊阴归六腑”，在遣方用药时，非常注重升降的平衡，如泄泻者，既注重用葛根、柴胡之属升脾阳、升清气，又注重用木香、枳壳之类降胃气、降浊气；脾胃不和，胃气上逆者，治疗时多在降胃气的同时，再用参草类补中健脾。
4.李东垣禁忌论 李东垣禁忌论包括：医生治病时不可违背时令的变化而确定治法和处方用药，称为时禁；医生治病时不可违背六经传变而确定治法和处方用药，称为经禁；医生治病时不可违背病情而处方用药，称为病禁；医生治病时不可无视药物对病情的影响而处方用药，称为药禁。
受其影响，余莉芳临床上用温性药物避开温暖的天时，用热性药避开炎热的天时，用凉性药避开清凉的天时，用寒性药避开寒冷的天时。春季温暖时不适合用桂枝汤，因温药可助阳，夏季炎热时不适合用大、小青龙汤，因热药也可助阳，秋季寒凉时不适合用麻黄汤，因可发散阳气，冬季寒冷时不适合用白虎汤，否则是违反自然规律而伤害人体元气的。对于阳气亏虚的患者，余莉芳嘱咐患者所吃食物和药物要防止损害阳气。少盐的淡菜及淡味如茯苓、猪苓、滑石、通草等渗利之药，都阻碍阳气升发；各种苦味药物如黄连、黄柏、龙胆草、芦荟等，因为寒凉沉降阻碍阳气的升发；又比如附子、干姜、肉桂、酒类等，因为辛热助火而耗伤阳气。余莉芳非常注意用药的“因时制宜”。