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余莉芳调入上海市中医医院后，1991年起先后被聘任为内一科、大内科主任，长期主持中医病房工作，定时开设普通门诊、专科门诊，连续3年获病房医师门诊贡献奖。1995年起应邀在上海市名老中医专家诊疗所及上海市中医、中西医专家诊疗所开设专家门诊至今，积累了丰富的治疗经验。
作为大内科主任，在历届上海市中医医院领导的带领下，余莉芳积极配合发展内科建设，协助建立大内科门诊室，陆续拓展7个二级分科（心内科、呼吸科、消化科、内分泌科、神经内科、肾病科、血液科），同时兼任消化科主任（后改为脾胃病科），并分别协助建立各科病房、扩大病房。努力协助医院通过了三级甲等医院、上海中医药大学非直属附属医院、药物临床试验质量管理规范（GCP）基地的评审，为医院的发展做出了卓越的贡献，于2000年获得了“享受国务院特殊津贴专家”的奖励。
余莉芳临床擅长中西医结合治疗慢性胃肠道疾病，注重古为今用、洋为中用，提出西药应用应纳入中医辨证论治的观点。临床上恪守整体观念，调脾胃的同时重视与他脏的关系，倡导胃肠病应“从心论治”“从肝调治”，善于治疗慢性消化道疾病伴有抑郁焦虑症等复杂性疾病，对中老年人多脏器疾病的综合调治有丰富的临床经验。秉持医者仁心，用药推崇药简效验，重视心理疏导和饮食指导，临床治疗讲求实效。
余莉芳临诊之余亦积极参与教研工作，曾在上海中医药大学授课。承担多项院级科研课题，其主持的局级课题“纳达口服液治疗胆汁反流性胃炎的临床观察”获上海市科技成果奖。积极指导和参与青年医师的科研工作，带教硕士生2名，学生祁培宏硕士毕业后回到青海，现已成为青海省名中医；学生王健成为上海市中医院脾胃病科骨干力量。2004年成立上海市中医院“余莉芳老中医工作室”，带领工作室成员学习中医经典著作、开展业务讲座。发表论文30篇，2002年参编《中华临床药膳食疗学》（主编沈丕安），2005年编著《消化性溃疡》、副主编《中医内科临床手册》（主编蔡淦），2007年主编《上海名老中医治疗消化病经验精粹》，2017年主编《消化道常见疾病有问必答》，2018年主编《吃出健康来——胃肠病的饮食调理》。2018年起作为上海市中医医院名师传承项目导师，带教中医后备力量，脾胃病科王健、潘相学为第一批跟师学员，叶悟为第二批跟师学员，林柳兵为第三批跟师学员。还曾带教上海市浦东新区潍坊社区卫生服务中心袁孟春等多名基层医院青年中医师。除了安排学生定期跟师抄方、撰写跟师医案外，还对他们进行《黄帝内经》《中药学》等的讲解导读，以提高学生的经典理论和临床用药水平。老中医工作室成员近5年来坚持每2周一次中医经典著作学习，先后学习了李东垣《脾胃论》《内外伤辨惑论》及朱丹溪《格致余论》等。组织各位医师进行学术讲座，对临床工作中遇到的问题进行针对性的讨论，完成学习体会资料汇编3册，带领工作室学术继承人撰写并出版学术专著2部。
“余莉芳老中医工作室”自2004年成立以来共培养学术继承人11人，其中主任医师4人，副主任医师1人，主治医师4人，住院医师2人，目前1位已成为博士生导师，4位成为硕士生导师。继承人对余莉芳经典方进行临床及基础研究，近年来先后获得国家自然科学基金课题7项，上海市自然科学基金课题2项，上海市教育委员会、上海市卫生健康委员会等局级以上课题20余项，上海中医药大学校级课题3项；发表中文核心期刊论文119篇，其中SCI论文16篇；作为主要完成人获得上海市科技进步奖二等奖、中国中西医结合学会科技进步奖一等奖各1项，为老中医学术思想的创新及推广应用奠定了坚实的基础。
2022年余莉芳被评为第五届上海市名中医，现为上海市中医医院余莉芳上海市名老中医学术经验研究工作室主任暨脾胃病科学术带头人，带领工作室成员进行“脾胃病常用中药古今应用”、“经络穴位应用”、清代名医黄元御《四圣心源》等的学习。2023年11月起定期门诊带教，并指导上海市静安区石门二路社区卫生服务中心、上海市青浦区徐泾镇社区卫生服务中心建设工作站，不断为传承发扬中医药事业努力！