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现在，已经有充分的理由向世界宣告这一科学的发现了。世界科技领域是一个激烈竞争的领域，每一学术门类中，都可能有为数不多的科研人员在追逐着同一科研目标，往往会有几个人同时获得同一研究结果的情况发生，但科学世界只承认第一个宣布的科研成果为创见、发明或创造，晚宣布一天，就会成为步人后尘的明日黄花。
当时整个国家的格局是相对封闭，通过进京查阅国家科研部门进口的部分国际科技期刊，使袁隆平大略地知道了他的国际对手。1958年，日本东北大学的胜尾清教授曾报道，他发现中国的红芒野生稻与日本的藤坂5号水稻杂交，能导致其产生雄性不育。此后便一直未再见消息，可见最起码，日本的水稻杂交研究正处于微妙时期。现在，自己的发现已比胜尾清更为全面深刻，从争学术第一的角度考虑，及时报道，事不宜迟。
然而，袁隆平所追逐的目标，从一开始就不仅仅是获得一个科学发现，而是要依据这个发现来创建一个能为人类驱除饥荒的应用型系统工程。他决意在这个科学发现的基础上，紧接着勾画出这个系统工程的蓝图，而后再将这个发现和这幅蓝图融合在一起公之于世。于是，自1965年入冬开始，他便绞尽脑汁展开了他的玄思妙想，着手进行这项系统工程的具体设计。
“首先需要解决的一个问题是，必须由少量的天然雄性不育株，繁育出一个可以扩展到任意大的不育系。这一点，从初步试验和遗传学理论来看，似乎都已证明并不是不可能的。问题就在于，真正具有实用价值的不育系，必须得保证是百分之百的雄性不育，亦即必须是纯粹的‘怨妇’或‘母稻’。而实验表明，并不是任何一个常规品种的水稻与已经找到的天然‘母稻’杂交，都能繁殖出百分之百的雄性不育后代。因此，要想获得世代相传的、百分之百的纯粹‘母稻’——雄性不育系，还必须找到若干个能与特定的‘母稻’杂交出百分之百雄性不育后代的常规水稻品种。如果将这些还有待于发现的、将能使雄性不育水稻世世代代百分之百地保持雄性不育特性的常规水稻命名为保持系。那么，也就是说，要使不育系能以百分之百的纯度世代相传，就必须找到保持系……”
整个十月下旬，他就沉浸在这些关于杂交水稻育种工程技术问题的演绎和推理之中。他的书桌上凌乱地摆满了信笔涂鸦的各种灵感记录和图形符号的稿纸，以及统计表格和参考书籍。他给学生讲课时，也会不知不觉扯进一大堆杂交水稻的话题。连吃饭也常常走神，夹起萝卜白菜老往鼻孔里送。吓得邓哲时常摸着他的额头，看他是否发了高烧，以致昏热糊涂，可却总是一摸他就会醒过神来，“哈哈”一笑说，妈的，真叫人入迷，然后，又接着没日没夜地继续推演琢磨他的工程技术设计。
“第二个问题是，既然不育系和保持系杂交，所繁殖出来的后代全都是纯粹的‘母稻’，那就不能直接使用这种种子进行大田生产，因为用它育出的稻子将不能自交结实，农民不可能在大田里给每一棵稻子进行人工授粉。所以，要想获得大量能投入大田生产的F1代种子，还必须找到若干特别的常规品种水稻，使之与不育系杂交后，能结出百分之百恢复雄性可育和自交结实功能的F1代种子。可拟将这些同样有待于发现的、具有使不育系恢复可育功能的水稻命名为恢复系。这样，就可以每年拿一部分不育系与保持系杂交，用以延续不育系后代；拿另一部分不育系与恢复系杂交，用以制备大田生产所需的恢复了雄性活力，因而可以自交结实的F1代种子，使农民在不必采取任何复杂的技术措施的情况下，就能应用这些种子进行大田生产。”
“因此，必须实现了不育系、保持系、恢复系，这样三个系列的配套，才能最终实现水稻F1代杂种优势的利用。”
“哈哈，对了。三系配套！”终于，在一个清冷宁静的冷月飞霜之夜，经过半宿苦思之后，刚刚宽衣熄灯钻进被窝，他却突觉眼前豁然一亮，脑子里“噔”的一下就蹦出了一幅完整的蓝图。他“呼”的一声又钻出被窝，顺手拉亮电灯，一个猴滚“哧溜”下床，抑制不住兴奋地摇醒正在熟睡的妻子，一迭声地打着哈哈又蹦又跳地说：“啊，我成功啦！邓哲宝贝，快来看，我的蓝图出来了！”
“哎呀！不穿衣服要感冒的呀，你这只傻猴！”邓哲被丈夫摇醒，莫名其妙地拥着被子坐起，揉了揉惺忪睡眼，这才发现丈夫竟然只穿着短裤背心，光着胳膊腿在床前手舞足蹈。于是，她一面着急地惊叫起来，一面把丈夫刚脱在床上的毛衣毛裤顺手拿起就往他身上扔。
袁隆平就势套上毛衣裤子，又喜不自胜地坐回到书桌前的椅子上，抽出一张白纸，拿起铅笔，“唰唰”几笔，就画出了一份系统工程设计草图：
然后，他把草图举到拥被而坐的妻子面前，绘声绘色地讲解说：“你看，左边这一方块是繁殖田，我们把特定的不育系和保持系一起栽在这里，不育系就会和保持系的花粉杂交，从而繁殖出大量新一代不育系种子，而保持系除了提供花粉和与不育系杂交之外，它还能自交结实，繁殖下一代种子。到了下一代，我们再拿出一小部分不育系种子和保持系种子栽种在一块，继续繁殖不育系和保持系种子；而拿出大部分不育系种子放到右边这块田里来，和恢复系栽种在一起，我们把右边这块田叫作制种田，那么，不育系就会和恢复系杂交，从而配制出恢复雄性可育和自交结实功能的F1代种子，这些种子就可以提供给农民用于大田生产；而恢复系除了提供花粉和与不育系杂交之外，它还可以自交繁殖下一代种子。如此年年循环往复，就可以源源不断地配制出任意多的具有很大增产优势的F1代种子给农民播种。这是一幅多么美妙的图景啊！哈哈——”
还没等妻子做出反应，他又转身伏案，一边抽纸扶笔，“唰唰”地勾画出另一幅草图，一边说：“设不育系为A，保持系为B，恢复系为R，F1为杂交一代，那么，它们的生产应用关系和程序还可以用这样一幅简图来表示。”
说罢，他把这第二幅草图也递到了妻子手里，还兴致勃勃地想再做一番说明。
“不必再讲了，我能看懂。看来，你这想法是不错，但毕竟还是纸上谈兵。所以我看你现在还是不要高兴得太早，只怕今后要把它变成现实，困难还多着呢！”邓哲制止了他的谈兴，略略吹了点凉风，接着打了个哈欠说，“来歇了吧，好留点精神走以后的路。”
“不！今日夜里我是再也睡不着了。我要立即写出研究报告，最起码，要在国内抢个第一。虽说是纸上谈兵，但从理论探索的角度来看，这已经是一份很重要的研究成果了。它还是今后的试验依据、研究纲领和行动指南呢。你可别小看它！”袁隆平执着地说，“噢，不过，现在你可以接着安眠了。祝你做个好梦！”
说完，他按着妻子的肩膀，让她重新睡去，又俯身吻了她一下，接着，便在桌前的椅子上坐了下来，摊开稿纸，拿起了笔。
水稻具有杂种优势现象，尤以籼粳杂种更为突出，但因人工杂交制种困难，到现在为止尚未能利用。显然，要想利用水稻的杂种优势，首先必须解决大量生产杂种的制种技术。从晚近作物杂种优势育种的研究趋势和实际成果来看，解决这个问题的有效途径，首推利用雄性不孕性。
虽说已是深夜，夜寒如刺，房间里既无暖气又没生火炉，他却觉得周身热血沸腾，精神亢奋，浑不觉冷，毫无倦意。他胸有成竹，文思泉涌，摇动笔杆，顷刻之间，就开门见山地写下了这一段底气十足、见识非凡的开篇语。
接着，他介绍了天然雄性不育稻株的寻找过程和初步研究结果，其中包括一张正常水稻与天然雄性不育水稻的颖花对比照片和三组数据统计表格。最后他在结论中明确指出自己的发现和试验研究，在国内尚未见报道。而根据这个发现和初步研究结果，他满怀信心地认为，实现不育系、保持系和恢复系三系配套完全有可能获得成功。
看看天已破晓，他画上全篇文稿的最后一个句号，站起来活动了一下冻僵的身子和手脚，又捧起稿子从头到尾通读了一遍，自我感觉论点新颖，论据充分，论证有力；行文简洁流畅，文笔朴实干练，语言明确精当，不失为一篇历经心血和汗水凝成之作，完全可以拿到中国最高水平的学术刊物上去露露锋芒。只是他当时还不知道，这篇论文不仅将在国内首开一片崭新的科研天地，而且是世界上第一篇设计运用三系配套办法解决水稻杂交制种难题的科学论文呢！
这篇论文的价值很快就被世人发现了。1966年2月28日，中国科学院院刊《科学通报》第17卷第4期发表了这篇论文。随即，国家科委九局局长赵石英在本局干部熊衍衡的推荐下，郑重地阅读了这篇报告，认为袁隆平的这项研究，已经走在了世界领先地位，将对粮食生产产生重大影响。并热情洋溢地以国家科委九局的名义，给湖南省科委和安江农校各写了一纸公函，责成他们大力支持袁隆平的研究工作。
20世纪五六十年代，中国科学院有两份全国最权威的综合性自然科学期刊。一份是吴有训主管的《中国科学》；一份是竺可桢主管的《科学通报》。《中国科学》为月刊，用中、英、法、德、俄五种语种出版，主要作为中国科学界对外交流的一个窗口，向世界展示中国的最高科研新成果。但该刊物一般不接受作者的论文原稿，而是从全国各学术期刊上选载已经发表的优秀论文或报告。《科学通报》则为半月刊，主要在国内发行，最快速地展示国内的高水平科研新成果，也少量报道一点国际的最新科技信息。实际上它就是中科院唯一发表科研论文或报告原稿的最高综合性学术期刊。
就连中国科学院的专门研究人员，也不一定人人都可轻而易举地得到在这个阵地上一显身手的机会。然而，深居于千古蛮荒之地的湘西山沟的中专教师袁隆平，拿起笔来写的生平第一篇论文，就瞄准了这块中国科学界最显赫的阵地，而且一举成功。其胆识和功底可想而知。
1966年3月，他收到了中国科学院寄来的这份期刊和50元稿费。与自己所付出的劳动相比，50元稿费实在可怜之至，然而这本登载着中华水稻王国的一个崭新希望的杂志却重若九鼎。手捧着这份沉甸甸的学术成果，他的心里不能不暗暗地生出几分犹如齐天大圣勇闯了一趟天宫归来一样的喜悦。然而，他没有声张，没有宣扬，一件完全可以在这偏僻的小小校园引起一场轰动的重大历史性事件，就在这当事者的一丝窃喜中了无痕迹地悄然滑过。而载着北京高层机关的关注之情的国家科委九局的信函，则暂时还没有从北京发出，天意和人意一致以低调处理了一片新的科研天地的开基。