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辅臣为了应付依然要面对的一个军事问题
——由郑成功领导的忠于明朝的军队，实施残酷的措施，清空五省的沿海人口，并禁止沿海贸易。这些政策，名为“坚壁清野”以及“海禁”，本质上是防御性的。人们必定记得，满人精于骑射，但水战没有经验，很不擅长。他们所取得的水战的胜利，都是汉人军队奋战的结果，这些人中许多以前都是郑成功的部下。满人并不是坚壁清野和海禁这种防御措施的仅有提出者，此类的政策，晚明就实施过，在整个1650年代和1660年代常由汉人官员倡导。当时几乎没有人提出进攻性政策，其中最关键的是要招募和训练一支水师。1661—1662年迁海令的起源和发展表明了对防御性战略的广泛接受。
在坚壁清野或是海禁政策提出之前，清廷甚至尝试过使用由来已久的加官晋爵方法，以吸引投诚之人。对郑成功及其家人的示好最早是在1652年。清廷最早开出的条件，包括宽免反叛者过去的不法作为，授予他们官职，雇用他们讨伐其他的造反者或是海盗，甚至给他们掌控一些税关收入。
但这些并没有使郑成功满意，他要求完全控制福建的漳州、泉州以及广东的潮州、惠州四府。
1653—1654年的一系列上谕甚至满足了这一请求，但顺治拒绝在剃发问题上让步，皇帝坚持郑成功必须剃发、留辫子作为臣服的标志。
郑成功的父亲郑芝龙，当时在北京做人质，甚至被利用来给他儿子写信敦促投降。
皇帝的让步和父亲的请求都无济于事，没有任何成果，郑成功坚定地拒绝了任何诱降。最重要的是，他继续接受明朝朱由榔加封的官职爵位。
1654年，郑成功假装投降，只是为了乘机为他在福建的军队筹集粮饷。清廷最终对和平争取他彻底绝望，1654年末，派出了由济度等满族贵族指挥的军队，以荡平叛军。
同时，清廷也采取措施禁止沿海贸易。海禁是给事中季开生为平叛在1654年六点建言中的一部分。针对季开生奏疏是否采取了行动，现在并不清楚，但闽浙总督屯泰在1655年的相同请求，得到了皇帝的允准。
第二年，朝廷接受海禁作为国家政策。1656年8月6日的上谕命令沿海五省山东、江南、浙江、福建、广东的总督、巡抚及提督禁止一切海沿贸易，违者将被处死。此外，下令地方官员想方设法——通过建造土堤，竖立木栅栏等——阻止叛军。
海禁及防御性准备的背后逻辑是，郑成功能够生存并抵抗满人，只是因为沿海地区的商人和民众为他提供了不可或缺的食物以及军需物资。如果政府能够切断他的这些供应来源，那么郑成功必自败。这一主张的内含之意，有时也曾清楚地表达过，就是政府不会针对叛军挑起对方占优的水战。
一些少有人附和的说法是，要大力建造船只，训练水师
，但这在二十年后才付诸实施。
清廷严厉告诫地方官员，对违抗海禁玩忽职守者，一经查实，将予严惩并罢职，但1656年8月6日的这道上谕形同具文。沿海人口与叛军间的非法贸易和交往，一如既往。东南地区普遍心向郑成功，指望他恢复明朝。而且，利益驱使许多商人出售松木桅杆、铁器、生丝、食物等必需品给叛军。
在实施今天可以称之为向叛军“张开双臂”政策，继而海禁都失败之后，清廷转向坚壁清野的办法。
在战时迁移沿海居民，不是清初独有的做法，但满人是第一次将它应用到整个海岸线，作为一项全国性政策，并且沿用了很长时间（二十多年）。
第一个建议将坚壁清野作为国家政策的人是黄梧，他以前是郑成功属下。像郑成功的许多支持者一样，黄梧叛逃是因为他的这位领导人军纪严明。
黄梧以前深得郑成功信任，任命他防卫海澄，海澄的东面就是战略要地、沿海城市厦门。1656年8月，黄梧本人、手下士兵以及海澄这个地方都投降了满人。这对郑成功是极沉重的打击，因为海澄是他的主要供应站，据说他在那里有盔甲、盾牌、枪炮、火药以及三十年的粮食储备。满人封赏黄梧为公爵（海澄公），这封号最初在1652年和1653年是给予郑成功的。
黄梧在1657年5月上奏了全面的“平台策”，以对付郑成功叛军。他的建议可以概括为五点。
第一，请求处死郑芝龙，掘毁郑氏祖坟。第二，对叛军中的投诚者大加恩赏，他也敦促起用投诚之人，这些人善于水战，在与叛军的作战中有用武之地。更严厉地禁止贸易、增强沿海防御是第三和第四点。最后一点，也是最重要的建议，是迁移沿海民众。
朝廷讨论了黄梧的所有建议，最后付诸实施。郑芝龙在1657年遭贬黜，1661年被处死。
黄梧亲自将郑氏祖坟铲平。
在招揽叛军投诚上，黄梧也极为成功，投诚者或是被派作垦殖人员，或是加入清军。
随后几年，清廷强化了贸易海禁和沿海防御。
1657年当地只一例迁海事件，但到了1660年，在一些官员如王启祚（给事中）、施琅（当时的福建提督）、苏纳海（兵部尚书）等人进一步建言之后，坚壁清野政策才得以大规模地实施。
迁海令也不会实施得更早，因为叛军控制着很大一部分沿海地区。但郑成功于1659年在南京惨败之后，他的军队只能在两个离岸小岛厦门和金门活动。后来，1661年初，郑成功指挥他的军队将荷兰人逐出台湾，在那里建立了他的大本营。现在沿海地区不太容易受叛军的攻击，满人利用这一时机“坚壁清野”。
在福建，迁海的实施始于1660年10月，在总督李率泰的要求之下，同安和海澄县的八十八个村子的人内迁。
坚壁清野政策，从福建扩展开来，到了1661年秋天，清廷下令江南、浙江、福建、广东的沿海居民内迁
，派满族官员前往这四省以监督内迁的实施，并划定无人区。
1663年，有报告说第五个省山东的人口也开始内迁。
除了迁移沿海人口外，清廷还发布了一项新的更为强有力的贸易禁令。在1662年2月的一道上谕中，辅臣提到对先前海禁的违抗一直存在。违抗既往不咎，但从康熙元年开始，不再宽容。此外，辅臣断言：“今滨海居民已经内迁，防御稽察亦属甚易，不得仍前玩忽。”
1661—1662年的坚壁清野和海禁政策，被满族统治者所采纳，用以实施防御性战略，以针对剩余的忠于明朝之人。接下来的二十年，贸易封禁持续实施
，五个省的沿海人口被从他们的土地上赶走，背井离乡，为的是使郑成功及其子孙得不到供应、支持和人力。
在坚壁清野政策下，沿海人口所承受的并不都一样。最北的两个省，山东和江南，相对少有苦难。
在浙江，温州、台州、宁波的沿海人口在1661年内迁，立起木桩作为界限。在巡抚朱昌祚的指挥下，人民在内地得到安置，90 000多亩土地得到开垦，他们不得不舍弃的土地之上的赋税也被豁免。沿海岸线建起了岗哨，钦差一年五六次视察人口迁出地带。
三藩之一的平南王尚可喜，指挥广东人口的迁移，在沿海建立了防御工事。后来，通过周有德（总督，1668—1670）、王来任（巡抚，1665—1667）、刘秉权（巡抚，1668—1674）等的努力，迁海政策有所宽松，允许人们返回沿海的故园，也制定了救济措施。
遭受坚壁清野政策最深苦难的是福建，那里清空沿海人口早已实施。1663年，据报告那里有8 500多迁出人口死亡。
福建的人口迁移与沿海叛军的战争密切相关。郑成功之子及继任者郑经，1663年被逐出厦门，这座城市被毁，人口内迁。第二年，铜山的30 000多人被迁出。
三藩之乱期间，郑经再次在大陆有了立足之地，福建民众返回了他们的沿海家园。当清军再次控制并将郑经驱逐出大陆，厦门地区的人口再次内迁。
西方人印证了汉文材料中关于福建到处残毁和苦难的记述。西班牙人迪亚斯说：“成千上万的村镇”被焚，“大火持续多日——浓烟远达厦门，有二十多里格，广大区域不见天日”
。1662年10月，康斯坦丁·诺贝尔，这位博特远征军中的荷兰谈判官，被中国官员告知：“我们沿海岸线，只做一件事，就是将城市乡村烧毁，一些可怜的渔民，带着他们的船只和网具离开，经巡抚许可，到山里生活；应皇帝之命，那里所有大的市镇和乡村被夷为平地，以阻止粮食和商品送给厦门和金门岛。”汉人这一对沿海残毁活动的描述，后来得到了荷兰人的证实。当荷兰人沿福建海岸游弋之时，发现许多地区被毁，其中一些被郑经的人马占领。
基督教传教团体此时也遭受毁灭性打击。耶稣会士聂仲迁指出：福建沿海的所有教堂被毁，人数很少的基督教教众也由于迁移沿海人口的上谕而四处离散。
从五个沿海省份的迁移记述来看，一些事实是很清楚的。通常是离海三十里（约十英里）以内地带上的人口都要迁移。
这一人口迁出地带以某种方式做了标记，派重兵把守——既防备叛军沿海岸进攻，也防止逃亡者返回家园。这些界限标志或是深沟，或是固定间隔所设立的木桩、土墩，或是以上的组合。
对越界返回者的处罚十分严厉，甚至被处死。闵明我神父说：“当规定的迁移时间结束之后，他们野蛮地杀戮所有不遵守规定的人。”
在一些地区，这种界标也用以防御。这里的界标建得更靠近海岸线，哨兵沿界标驻扎。更常见的防御设施是工事，每三英里设一个，派重兵驻守，有瞭望塔和土墩，便于观察，有烽火以及声响信号作为安全辅助手段，采用木桩封锁港口等特别措施，以应对地方突发事件。
常派钦差视察沿海地区，这些人与地方官一道采取措施，增加或减少沿岸的防御，并迁移或是令沿海人口返回，这要视满人与叛军作战的成败而定。
迁移政策所影响到的城市类型，有着太多的不确定性。大多数西方的记述说，满人不加区别地下令所有人口中心都要疏散：迪亚斯说的是“数千乡镇和城市”，鲍迪埃、杜赫德开列了所有的城市、镇、集、村、关隘。一位佚名的西班牙人在1663年记述迁移城市多达一二十万座。
然而闵明我说，皇帝下发命令给沿海各省主政者，“要摧毁近海、不设防的所有市镇和房屋”。御史李之芳——后来成为浙江总督，在奏疏中反对迁移政策，“今兵不守海，尽迁其民移居内地，则贼长驱入内地，直抵城邑”。有的记述说，将百姓从“田舍”中迁出，或是将那些住在“官府驻军势力范围以外”的人迁走。
后面的这些记述揭示出，移民并没有涉及大城市或是有城墙的城市，只是一些耕作或打渔的小村落以及乡下散居的家庭。当然，我们知道，厦门、金门、舟山等地整个岛的人口都迁走了。不过，总的说来，似乎只有那些在叛军侵扰中难以自保的沿岸地区才被清空。
出台沿海政策——迁海令和贸易禁令——的首要原因是要去除郑成功及其追随者潜在的补给来源，因此被清空的地方也就被摧毁了。房屋乃至整个市镇都被推平，基督教会的教堂和房屋也在摧毁之列。土地撂荒——很像“刀耕火种”的效果。
被迁移的人口在内陆会分得土地以便在新的环境中存活。一些官员征用未开垦的土地以供逃难者使用，并通过各种方法帮助安置他们。有的人显然没有任何作为或是将这种责任转给他们的下属，这促使朝廷提醒各省官员，他们必须立即为民众提供耕地和居住场所，以确保他们的生计。
逃难者的困境也通过其他办法得到了缓解：豁免赋税，官方同意沿海捕鱼和收集柴火等。