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19世纪末，借《马关条约》和《中日通商行船条约》签订之机，日本邮船株式会社和大阪商船株式会社都开设了长江航线，将航运势力深入到中国内河航运中，直达中国内陆地区。
为开设扬子江航路，向递信省申请航海补助金。明治三十年（1897年）10月命令书下达，明治三十一年（1898年）1月开始上海—汉口线。此为日本人在扬子江干流经营的首条航线。第二年一月，又开设汉口宜昌线，确立了上海宜昌间1000海里的航权。
1895—1907年间，长江航线上主要的日系企业包括大东汽船株式会社、大阪商船株式会社、日本邮船株式会社及其创立的子公司湖南汽船会社。其中大东汽船会社是首家合法在中国内河流域经营定期航运的日本航运企业。
日俄战争后，日本海运界继续迎来发展“契机”，日本政府整合经营长江航线的日籍航运企业，成立了专营中国航运的“国策会社”——日清汽船株式会社。
日俄战争结束时，在长江航路上共有5国、11家公司，船舶吨位合计超过10万吨。其中，中、英、德三国各有2家、法国1家，日本则有4家。
经营长江流域航运的日本会社中，日本邮船株式会社和大阪商船株式会社的航运力量最强。四家航运企业和英国的怡和、太古洋行以及中国的招商局等航运公司进行了激烈竞争。除了不同国家之间的航运竞争，这四个公司互相之间为了航运收益也存在争权夺利的现象。这严重影响了日本政府在长江航运的航运布局，继而影响日本政府对中国内地的扩张规划。由此，日本政府决定将四家公司合并，一方面为应对与外国的竞争，另一方面为尽快抢占长江航运的势力范围。于是，日本政府指定时任递信省（主管交通、通信）管船局（主管航运）局长内田嘉吉对大阪商船株式会社、日本邮船株式会社、大东汽船株式会社、湖南汽船会社提出调解协商方案，劝导他们推进四社合并。1907年2月，这四家会社终于就合作问题达成一致意见：四家公司协商合并成立新的会社，新会社接受日本政府对新航路的补助，继续扩大经营。就这样，在日本政府的直接扶持和推动下，日清汽船株式会社就此诞生。日清汽船株式会社成立之后，日本政府于1907年4月1日颁布命令书，有如下航路获得补助，补助金合计每年80万元。
上海—汉口线
汉口—宜昌线
汉口—湘潭线
上海—苏州线
上海—杭州线
苏州—杭州线
汉口—常德线（新设）
鄱阳湖线（新设）
镇江—清江浦线（新设）
日清汽船株式会社是航运企业中正式的“国策会社”，受到国家的扶持，执行国家的命令，平时以民用运输为主，战时船只受国家征收用作军事运输。