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1.船舶引航
2.码头装卸
3.装运工人（包括海上装卸、仓库装卸、收集和送达货物装卸）
4.筑港和栈桥
1.递信省（管船局、海事部、灯台局、海员审判所）
2.大藏省（海关）
3.内务省（土木局）
4.文部省（商船学校、海事气象台）
5.商工省（保险局、矿山局）
6.海军省（水路部）
7.地方厅（各道、府、县）
8.殖民地（朝鲜、中国台湾、“关东州”）
1.海运（船主协会、船主会、船主同盟、海运集会场所、海运业组合、运费同盟）
2.造船（造船协会、船级协会）
3.保险（海上保险协会）
4.海员（海员协会、海员救济会、海员养成所、海员组合、司厨联盟、海员之家）
5.燃料（按燃料协会、燃料研究所、煤炭联合会）
6.行政（港湾协会、海法会）
7.文献（书籍、报纸、杂志）
8.其他（水难救济会、海事协同会、大连海务协会、检定协会、近藤纪念海事财团、海事研究会、包装协会、审判辅佐、律师、通关人）
由以上近代日本海事网络的系统可以看出，海运业是一个非常综合的产业，海运的发展是个系统工程，并非只有海上航运。首先，海运和航运会社的组建密切相关。海运会社的设立和扩充是海运发展的保障。19世纪末、20世纪初，是日本航运会社建立比较集中的时期。其次，海运和造船密切相关，造船包括造船厂的选址、修建，以及船渠的修建和扩建。海运大发展时期也是日本造船厂在各地修建、扩建较多的时期。造船还和制铁业息息相关，如长崎制铁所也在造船中承担重要任务。再次，海运和其他产业有机结合，如保险业和教育业，即海上保险会社的成立和运营，以及海员、商业学校的教育等。最后，海运的发展也离不开各种协会的建立，如海事协会、保险协会、船员协会等。由此可见，海运是综合性产业部门，海运的发展和国家政策、命令息息相关，还可以带动其他产业的共同发展，是日本产业近代化的支柱产业之一。
近代日本海运系统的“海事行政”中还有和殖民地相关的部门，这说明近代日本的海运和日本政府的殖民地占领关系密切，也是维系日本和殖民地经济、政治的重要辅助部门。