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由于1877年日本西南战争的爆发，日本国内海运界迎来一个发展契机。尤其以大阪为中心的航运活动非常频繁，这是因为当时的大阪经济发达，是西南战争的军需基地，这就急需更多的轮船投入战争运输中，大大刺激了新船的建造和买卖。在大阪附近创立了很多私人的轮船公司，如冈山的偕行会社、广岛的广凌会社、丸龟的玉藻社、和歌山的明光会社、共立会社、德岛的船场会社、太阳会社、淡路的淡路汽船会社等，还有很多其他以个人名义从事海运业的人和公司，总船舶数达到110只，船主有70人以上。
西南战争结束后，军需运输的急务瞬间缓解，这些新增加的轮船和轮船会社仍然需要维护和使用，这就需要解决合理经营和避免恶性竞争的问题。因此，众多船主经过多次商议，决定联合成立“大阪汽船取扱会社”。大阪汽船取扱会社于1881年4月宣布成立，各船主加入，遵守新会社的章程，比如维护一定的运费稳定、按照统一安排进出港口、商议合理的手续费等。但毕竟都是小公司的联盟，所以时有船主为了私利不遵守章程。为了继续强化这些同盟约定，又增资改名为“同盟汽船取扱会社”。但仍然没走出组建同盟——破坏规程，恶性竞争——再组建同盟，完善规程——再破坏规程的怪圈，恶性竞争不断循环。
1882年，大阪财界人士和17名大船主作为发起人，决定成立新的会社，并进行了创立的准备，成立7人组成的创立委员会，商议创立证书，向大阪府知事提出向社会募集股份的申请
。以下是大阪商船会社创立证书。
第一条：会社名称为责任有限大阪商船会社。
第二条：会社地点位于大阪府，支店、出张所等设置于大阪以西通航各地。
第三条：会社经营洄漕业，目的是运送客货。
第四条：会社的资本金一百五十万元，分三万股，每股金五十元。
第五条：会社营业年限自创立之日起满三十年。
第六条：会社是有限责任制，股东的责任受其股份所限。
第七条：会社股东拥有和其股份相应的权利责任。
第八条：会社的股东只限于本国人。
由以上大阪商船会社创立时所商议的申请书可以看出该会社的基本性质和主要业务范围。大阪商船会社主要经营大阪以西的日本沿海航运，不涉及日本东部及海外航线业务，这一点明显和日本邮船株式会社不同。从大阪商船会社成立的过程和资本来源来看，它起源于多家经营大阪附近航海业务的私人航运公司，创立的资本金150万元直接分成股份，一方面由创立者们入股，一方面向社会进行股份摹集，并严格按照占有股份的数量享受权利和承担责任。因此，“有限责任大阪商船会社是由创立委员、大量官民的共同努力协力而成立，其资本集结了零细的民间资本，在会社成立的过程中采取了最为民主的方法，这些和1885年10月开业的日本邮船会社相比，其历史背景、资本形成的过程和其他特点上是有着巨大差异的”
。由此可以看出，大阪商船会社自商议成立之时开始，其背景、资本、业务范围与日本邮船株式会社完全不同，可以说，大阪商船会社的性质是真正的民营轮船会社。
1884年，有限责任大阪商船会社在大阪府北区设立本社，主要经营旅客货物运输、货物交换等业务，5月1日正式开业。全部股份分为汽船出资股东和资本出资股东两种，其中汽船出资股东占86%。
开业当初的支店和出张所如下。
支店：马关、博多、德岛、长崎、熊本、广岛
出张所：百贯、宇品
主要代理店：神户、兵库、和歌山、冈山、尾道、高松、多度津、今治、新居浜、宇和岛、三津浜、高知、境、别府、大分、细岛、鹿儿岛
由以上支店的分布可以看出，大阪商船会社经营的是大阪以西的各港口业务。和邮船会社相比，支店和出张所的数量少，范围也小，没有涉及朝鲜和中国。
在1884年5月1日当日，以下诸船悬挂着大字社旗，从大阪出港了：
大阪—伊万里线 丰浦丸（187总吨） 大阪细岛线 佐伯丸（195总吨）
大阪—广岛线太势丸（132总吨） 大阪尾道线 盛行丸（184总吨）
大阪—坂越线兵库丸（41总吨）
以上就是1884年5月1日，大阪商船会社成立当天，从大阪港发出的五艘商船。由此，也能看出大阪商船会社经营的主要干线航线是以大阪为中心的国内航线。
由以上大阪商船会社成立时向政府提出的申请书、最初的组织结构、资金来源、业务范围等可以看出，该会社起源于多家经营大阪附近航海业务的私人航运股份公司，是名副其实的民营轮船公司。
甲午战争后，日本借《马关条约》占据中国的台湾及其附属岛屿。海运业立刻跟上扩张步伐。1896年5月，作为“台湾总督府”的命令航路，大阪商船株式会社的大阪—台湾线正式开航。这条航线利用须磨丸等三艘汽船每月在大阪和台湾之间航行三次。“这是日本和台湾相连接的定期航路的开始”
。1897年4月，该航线根据命令将航线变更为神户—基隆线。1898年，大阪商船会社利用从英国订制的新船台中丸、台南丸开始神户—基隆线的航行。到1911年，该航线首次使用6000吨级的两艘大型船只。
1899年，“台湾总督府”以每年12.5万元的补助，命令大阪商船会社开航淡水—香港航线，宣告日本航运业在政府保护下，由台湾进入华南水域。
大阪商船借着政府补助金开设新航线、造船奖励金制度新造大型轮船，得以削价竞争，与美国道格拉斯公司对抗。虽然每年亏损高达8万日元，但靠着“总督府”的补助，大阪商船得以承受如此巨额赤字。
1903年，基隆港第一期扩建完成，台湾茶叶不再由厦门转口，而且日本商社逐步控制台湾蔗糖的收购渠道
，并与大阪商船签订运输契约等有利因素的影响，也让大阪商船在这场竞争中逐渐取得上风。1904年，美国道格拉斯轮船公司退出台湾两岸航线。
1902年4月，根据“台湾总督府”的命令，大阪商船会社开通横滨—高雄线。最初使用船2只，每月航海2次，是新开的台湾定期航线之一。到1910年，增加使用船达到8只，每月航海8次。到1919年，大阪商船会社和山下汽船之间在这条航路上的竞争日益激烈，于是，两社于1925年互相妥协，达成协议。该航线由此成为大阪商船会社、山下汽船、近海邮船会社三社共同受命的命令航线。
1905年，大阪商船会社将福建到香港航线延长到上海
，同时将安平—香港线改为打狗（高雄）—香港线。1907年，日本实现了国有铁道和船运货物的连带运输。到1909年，“台湾总督府”的铁道也加入到连带运输中，三者实现联营，日本和中国台湾之间的运输实现铁路和海运的联合。1911年，打狗（高雄）—香港线延伸至上海，次年延长到天津。由此，台湾与华北有了直接的轮船航路。至此，台湾与华南、华中间的定期航线皆为大阪商船会社独占。到1911年，“台湾总督府”已设有4条华南“命令航路”。
由以上航线开辟可以看出，虽然大阪商船会社成立之初是民营轮船公司，但随着日本海运的发展和日本侵略扩张步伐的加快，政府逐渐以航路补助金、造船奖励金等方式对大阪商船会社实施助成、控制和干涉，最终大阪商船会社的船舶也开始用于军事目的，逐渐蜕变为“国策会社”的附庸，配合政府对殖民地的扩张和统治。