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三菱会社借国家资本急速扩充的势头并没有维持太久，政府内部最支持三菱会社的内务卿大久保利通去世（1878年）、大藏大臣大隈重信下野。“第三命令书”不仅没有像前两次一样给予大力支持，反而增加了很多诸如在船舶改造和售卖方面的限制。三菱会社的发展因此降温。同时，全国上下对其垄断航运市场又有诸多非议。政府基于以下原因，创立了新的轮船公司，即共同运输会社。
（1）虽然增加了很多轮船会社，但是规模都不大，为了对抗海外贸易被外国轮船掌握的现状，政府必须尽快整备优秀船舶以应对。
（2）当时朝鲜和中国情况不稳定，对日不友好，出于对西南之役中取得的经验，痛感军事输送的重要性，必须设立大型轮船会社。
（3）三菱会社掌握着沿岸航权，引起运费高昂、货物积压，引起世人不满，因此必须成立其他大型轮船公司予以牵制，刺激产业的发展。
该会社还确立了一个基本方针，即作为“海军辅助机构，受到保护，由海军军人担任新会社首脑”
。由此可见，和岩崎弥太郎私人成立的三菱会社不同，共同运输会社自成立之初便是政府行为，是国家“痛感军事输送的重要性”而成立的轮船会社，受海军保护，由军人担任社长，具有强大的军方背景。可以说，日本共同运输会社是日本海军的附属。
共同运输会社于1882年7月成立，规定使用新造船舶或者船龄两年以内的船舶，作为日本海军的附属，平时用于邮政、客货运送，在战时可以由政府自由征用，还用于海军军校和官方商船学校毕业生的实地练习。同年10月，由政府委任海军少将伊藤隽吉任社长，海军大佐远武秀行任副社长。会社成立之初的300万日元中，政府占有130万元，其他向社会各界募集。
可见，共同运输会社成立之初，由政府出资的股份占了近一半。而且，从战时可以由政府自由征用，并可用于海军军校的实习等可以清楚地看到，共同运输会社的政府和军方背景十分强大，具有名副其实的“国策会社”内核，是和日本海军并立的、专门从事海上运输的企业，势必在战争中积极投入军事运输中。
共同运输会社成立后，与三菱会社在日本国内航运上产生了激烈的竞争。
表1-1 三菱会社、共同运输会社船只、运费收入比较表
资料来源：日本郵船株式会社“七十年史”、日本郵船株式会社、1956年、20頁。
1882年共同运输会社成立后，随着船只整备的逐步完善，1883—1884年间，船舶数量和运费收入大大增加：仅仅一年时间，船舶总数由25只增加到39只，增幅为56%！营业额由37万日元迅速增加到100万日元。1884年的总收入是上一年的2.66倍！相比之下，之前的“海运霸王”三菱会社船舶仅增加1艘，营业额反而从302万日元下降到229万日元。经过几年，两社的竞争出现白热化，而且如前文所述，共同运输会社有强大的政府和军方背景，资本雄厚，经营有保障，逐渐在竞争中独占鳌头。
两社激烈的竞争，以及三菱会社收入的降低，引起三菱会社的不满，而且激烈角逐也引起政府的注意。政府一度担心三菱会社和共同运输会社会因为恶性竞争而通通倒闭。而此时，来自欧美国家的航运竞争形势依然十分严峻，明治以来向大陆扩张的呼声也日渐高昂。如何实现保护日本航运业不受外国垄断，甚至和欧美同立东亚航运舞台，如何继续趁着海运发展的势头，推进侵略朝鲜和中国东北的计划，成为日本政府的急务之一。因此，日本政府决定将两社合并，成立更大型的新会社加以应对。
由政府出面对两社的股东进行劝说并对两个会社的资产进行了重新评估后，政府提出：
将新会社命名为“日本邮船株式会社”，由森冈昌纯为新会社成立委员会会长。三菱会社的庄田平五郎、本健三郎，共同运输会社的崛基、小室信夫为成立委员会委员……议定创立规约。
日本政府于1885年9月29日特许日本邮船株式会社成立，认可其拟定的创立规约，并下达了政府的命令书。任命森冈昌纯为首任社长，庄田平五郎、本健三郎、崛基、小室信夫为会社理事，并发出“今般政府特许，日本邮船会社创立，十月一日正式开业”
的广告。至此，日本邮船会社正式成立了。
1885年10月1日，日本邮船株式会社成立并营业。刚刚成立的日本邮船株式会社拥有的船只如下表：
表1-2 日本邮船株式会社成立初期的船只种类和数量统计表
资料来源：“七十年史”、日本郵船株式会社、1956年7月、24頁
如表1-2所示，1885年，日本邮船株式会社正式成立时，三菱会社和日本共同运输会社合并后的船只数量为69只，总运力近8万吨。由此也能看出，日本政府通过成立新运输会社的方式，成功地将民营的三菱会社纳入国家完全管控的航运企业中，使日本邮船会社成为具有“国策会社”内核的航运企业。日本邮船株式会社分别在以下地区设立支店和出张所：
支店：横滨、大阪、神户、四日市、下关、长崎、鹿儿岛、告知、石卷、函馆、小樽、根室、酒田、新潟、伏木、上海、釜山、元山
出张所：土崎、敦贺、直江津、名古屋、石浜、仙台、八户、荻浜、盐釜、寿都、青森、须崎、仁川
以上各支店和出张所大多沿袭于三菱会社和共同运输会社。由这些支店和出张所设立的位置，可以看出日本邮船会社刚刚成立时的经营范围。除了日本著名的大港横滨、大阪、神户之外，还包括日本各地的主要港口，如下关、长崎、青森等。在海外支店和出张所中，上海、仁川、釜山等中国和朝鲜的港口成为航运重要据点。如前文所述，横滨和上海间航线于1875年开通，是首条日本和中国间的航线。虽然只有这一条中国航线，但日本邮船会社仍然在上海设立支店而不是出张所，说明对中国业务的重视程度。这条航线被认为“日本和中国之间贸易上、国际交往上，非常重要的航路……为了维持本航路，（我社）曾密切联系政府当局，用尽一切手段”
。此外，还经营长崎—海参崴线、长崎—仁川线，以及11条日本沿岸航线，总业务为14条航线。
可见，政府对于中国业务的重视以及在维持中国航线上所发挥的作用。对于日本政府来说，中国航路在贸易上和国际交往上具有举足轻重的地位，这条航线是日本海运业实现海外扩张的第一步。所谓“用尽一切手段”，即政府出资对航线进行补助，实行“特别补助金”等对客货运费进行补贴，对企业亏损进行补偿。这是国家资本介入航运企业经营的重要方式，也是其具有“国策会社”性质的重要体现。此外，开通日本本土连接海参崴以及连接仁川的航线，也充分证明了日本经略东北亚的显著意图。
综上所述，19世纪末期成立的日本邮船株式会社其经营范围遍布日本各地，并已将势力延伸到朝鲜和中国地区。因其“出身血统”中包含有作为海军附属而存在的共同运输会社，所以日本邮船株式会社自成立之初就包含日本政府的意志和军方背景的“血液”，表面是股份制经营的民营轮船公司，实则是具有“国策会社”内核的半民半官的企业。随着日本“大陆政策”的步步推进，日本邮船株式会社也逐渐扩大在朝鲜和中国的业务，并开始布局日本和中国各大港口的航运网络。