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清廷自义和团运动失败之后，以慈禧为首的一派人物，被迫转向新政，由原来的重农轻商开始转向重视工业和商业。而正在此时，华侨实业家张振勋（1841—1916）向清政府呈上《奏陈振兴商务条议》的奏折，条陈农、工、路、矿等开发措施十二条，请求朝廷开设商部，建议将农、工、路、矿诸政归并为商部，否则会事权不一。朝廷对此奏折十分重视，命令载振、伍廷芳妥议具奏。载振将此事交给了唐文治，唐文治为之代拟了《议覆张振勋条陈商务折》。在该折中，唐文治充分认可了张振勋的提议，认为：“所奏大意，亦主农、工、商三者并重，而握其枢于商部。其言原原本本，颇多可采。”
随后逐条回复了张振勋的十二条意见，最后建议：“拟请先设商部，简派大臣，将应办各事宜，及分司各名目次第，酌核奏明，请旨办理。”
这份奏折起到了积极的推动作用，光绪帝看过奏折后就决定设立商部。
光绪二十九年（1903），商部成立，由庆亲王奕劻之子载振担任尚书。唐文治以其出使东西洋的经历以及关于旅行见闻的良好记录，被认为是精通西学、参与新政的不二人选。这一年，唐文治、王清穆等人由外务部改调至商部任职。唐文治在商部工作与其在户部和外务部有很大的不同。其一，唐文治任职户部与外务部的时候，在官场上还没有成熟，无论是管理典籍还是社会实务，都处在不断学习的阶段。其二，唐文治在户部、外务部任职时，多为承办上级布置的任务以及处理常规任务，自己的主见无法体现在两个部门的政策制定中。其三，彼时清政府的政治立场也不确定，在改革与保守的立场上不断摇摆。但在唐文治任职商部时，上述三个条件有了变化。其一，唐文治本人在官场上已经成熟，他在户部熟悉了中国的国情，在外务部又了解了世界的格局，这两部的工作经历为唐文治在商部的工作打下了坚实的基础。他不但熟悉中国的官场运行方式，而且充分洞悉中国在世界格局中的地位，也知道中国未来应该发展的方向。其二，清政府转向改革，实施新政，而商部的成立本身就是新政的重要组成部分。无论这种变化是真心还是假意，起码对唐文治出台很多破旧立新的政策给予了政治上的保证。其三，负责主持商部工作的尚书载振是粗通文墨之辈，由于出使西洋的经历，他对唐文治比较信任，更是把具体工作都交给唐文治去操作，自己索性坐享其成。光绪三十二年（1906）之后，清政府改革官制，商部改为农工商部。由于载振在东三省出差，唐文治署理尚书职务，更是直接负责具体的部务工作。于是，唐文治在政策制定和实际操作上，就有更多地表达自我主见的空间。正是这些缘故，唐文治任职商部时期，可谓其官场经历的顶峰，这位具有儒家救世济民情怀的知识分子终于可以在这一平台上施展身手，开拓局面，真正为国家、为民族作出一些有益的贡献。
由于商部是清政府面对“三千年未有之大变局”而设置的，并不在传统的六部之列，没有多少故例可以因循，故商部的工作需要以创造性的处理方式面对前所未有的挑战。大致而言，唐文治在商部的工作主要包括设置章程、培养人才、兴办商务，而作为朝廷大员，唐文治也积极参谋国是，为国家建设出谋划策。
商部为新设部门，唐文治确立了“以保护商民，开通商智，厚结商力，体恤商艰，培植商家元气，减轻担负，不苛扰，不干涉为主要”
的商政宗旨。商部的运行需要照章办事，故首要的工作就是设置章程，划定工作内容，规范办事准则。在此期间，唐文治拟订了《商部章程》《声明商部办事权限折》《请设立商会折》《订立商勋折》，一概得到清政府的批准。此外，还积极推动了《商律》的制定。在《商部章程》中，设置了商部的部门分工：“分设四司：一曰保惠司，专司商务、局所、学堂、招商一切保护事宜，赏给专利文凭，译书译报，聘请洋工程师及臣部司员升调补缺、各项保奖。一曰平均司，专司开垦农务、蚕桑、山利、水利、树艺、畜牧一切生殖之事。一曰通艺司，专司工艺、机器制造、铁路、街道、行轮、设电、开采矿务、聘请矿师、招工诸事。一曰会计司，专司税务、银行、货币、各业赛会禁令、会审词讼、考取律师、校正权度量衡等事宜。此外，设司务厅一所，专司收发文件，缮译电报。”
四司所管辖的职权范围包含了农、工、商、矿、交通等方面，几乎囊括了中国经济建设在人力、物力、财力上的基础保障。除分设四司外，商部还设立律学馆和商报馆。律学馆负责外国商业律法的翻译引进，商报馆负责中国各地商业情况的通报。这样就可以促进中国与外国、中央与地方商业信息的良性流通。唐文治在拟订《商部章程》之后，又拟订《声明商部办事权限折》。如果说《商部章程》是确立了商部自身的事务范围，那么《声明商部办事权限折》就是划定商部与户部、工部等部门在相关事务上的办事权限。在这份奏折里，唐文治认为“户、工两部之职司，一则专主财政，一则专主营造，与臣部之界限本极分明”。
此外，唐文治还划分了一些容易混淆的界限，比如，全国度量衡由户部管理；税务由专派的税务大臣管理；银行则除国家银行由户部管理外，商业银行仍由商部管理。
在确定商部的工作内容和范围权限后，唐文治开始考虑创造友好的经商环境，以便商业能够在此环境中繁荣发展。首先，唐文治决定在各大城市建立商会。商人是促成经济繁荣的主力，建立商会可以提高商人的地位，保护商人的合法权益。“商会者，所以通商情，保商利，有联络而无倾轧，有信义而无诈虞，各国之能孜孜讲求者，其商务之兴，如操左券。”
商会是商人组建的群体组织。这在西方国家已经非常普遍，而在当时中国则是绝无仅有的新鲜事。唐文治认为商会具有团结商人、互通商情、促成商利等功能。对于当时的中国而言，则更有剔除内弊和考察外情的功效。剔除内弊是防止散商低价倾销，搞乱整个市场价格。考察外情则是引进西方技术，发展民族产业。唐文治提议，商会的设立可以逐步推广，先在北京、上海两处设立总商会，再就汉口等处，次第推广。同时，唐文治还设立了《商会简明章程》，一共二十六条，初步规范了商会的办事章程。而其中的详细节目，则放权给各地商会自行集议。其次，唐文治考虑到中国商业的发展，除了商会自身促进作用，还需要政府给予资助和奖励，于是又拟订了《订立商勋折》，经清政府批准，同意给予创办实业具有卓越贡献者奖励。在此背景下，由于张謇创办的大生纱厂卓有成效，张謇本人被授予商部头等顾问官，加三品卿衔。再次，在北京正阳门外设立劝工陈列所，专门负责各类商品展出，兼其销售。通过这样的方法，可以以实物的形式将产品信息推向社会，便于商人之间以及商人与客户之间信息的互通。又在北京西直门外的一个废园设立农事试验场，打算引进推广外国优良种子，如美国的棉花、印度的茶叶等。通过试验场的运行，来推动中国农业的改良。此外，商人的经济行为需要遵守客观的法律条款。专门适用于商业的法律条款，既是规范市场行为的准绳，也是惩处不法商人的依据。商部首先推出了《商律》中的《公司律》一百三十三条、《商人通例》九条，以此作为商人市场交易的法律保障。统观唐文治这一系列作为，商会的成立，是确立商人的社会地位；商勋的奖励，是鼓励商人的创造热情；陈列所、试验场的设立，是促成商人的信息交流和产品改良；《商律》的颁布，是规范商人的市场行为。这四个方面，多管齐下，为营造良好的经商环境作出了贡献。
在传统的理解中，中国社会可以分为士、农、工、商四个阶层。士需要从事经史的学习，养成君子人格，并且学而优则仕，进行社会治理。农负责原材料的生产，工负责器具的制造，商则负责地区间的互通有无。一般而言，学堂只负责士的培养，而农、工、商则没有专门的培养机构。在传统社会，唯有科举是正途，农、工、商的人才几乎是依靠行业师徒制的方式进行传承培养。然而，这种传统的农、工、商人才培养方式显然已经不能适用于现代经济发展的要求。商部设立后，唐文治将农、工、商视为有益于国计民生的实业。发展实业教育、培养实业人才，则成为眼前最为迫切的要求。
首先，京师工艺局划归商部管理。京师工艺局最初在光绪二十八年（1902）由顺天府尹陈玉苍开办。工艺局收养贫民从事工艺学习传承，有工匠徒弟五百多人，分为纺织、瓷器、玻璃、木工等十五科，能够制造地毯、洋式木器家具、肥皂、毛巾、玻璃器皿等物件。工艺局改为商部管理后，进一步增强了振兴实业的作用，对于培养工业科技人才具有积极意义。
其次，办理高等实业学堂。与培养士的传统学堂不同，高等实业学堂则专门培养农、工、商领域内的高级人才。当时商部直属的高等实业学堂有京师高等实业学堂和上海高等实业学堂两所。京师高等实业学堂开设机械、电气、矿冶、应用化学四科，首届招生即收录学生一百余名。上海高等实业学堂则由南洋公学改制而来，设立了商业、航海、轮机、电机四科。这两所学校，一南一北，可谓孕育中国近代实业人才的摇篮。
此外，唐文治还为外务部改定了《请调用人员设立储才馆折》《储才馆暂行章程》，提议加强对精通外国语言、具有留洋经历的人才的培养与录用。这些提议虽然是为外务部所拟定，但是中国商业的繁荣离不开中外贸易交往、西方先进技术的引入，故加强外务部精通西学人才的培养，也有利于中国商业的繁荣。
在商部主政期间，唐文治先后呈递了《请设农工路矿各项公司片》《请设立勘矿公司以保主权折》《请筹拨勘矿总公司官股片》《请办商业模范银行折》《请设各省农工商务监督以兴要政折》等奏折，阐明了促进农业、工业、铁路、矿务、银行等实业的见解。唐文治认为，中国可以借助外资来发展中国实业，中国对之可以让渡利润，但绝不能出卖主权。唐文治的奏疏部分得到了批准落实。同时，唐文治向社会广为宣传政府的商业政策，派遣专门人员南下招商引资，积极鼓励海外华侨回国投资，参与经济建设。1903年，侨商张煜南申请筹股筹办潮汕铁路，商部奏准。于是，张煜南等人筹股300万元，在1904年动工兴建，至1906年全线竣工。该铁路南起汕头，北迄潮州，共42公里，成为中国近代史上第一条由华侨投资兴建的纯商办铁路。这条铁路连接了郡城潮州与港口汕头的交通，对于客货运输和城乡繁荣起到了巨大的促进作用。1905年，张振勋入京，申请办理三水佛山铁路，以及在山东开设葡萄酿酒公司。张振勋的提议得到了唐文治的支持而奏准。张振勋临走时馈赠两千金给唐文治，被唐文治严词拒绝。此外，唐文治还批准了福州银行、商务印书馆、上海科学仪器馆等民办企业的设立。
唐文治一心锐意改革，不久就取得较好的改革成效，多次进宫得到慈禧的赞扬。有人评议说：“部务都由唐公主持，贝子等居其名而已。唐公以旧科举出身，而思想极新，提倡商务，力行新政，足见行新政者，不一定要新人也。”
但是，即使如此，很多明明对国计民生有利的政策，仍旧时不时碰到各种阻碍，有些是商业上的纠纷，比如丹凤火柴公司事件；有些是国际列强的干扰，比如商标局事件；有些则是同僚之间的掣肘，比如与袁世凯的三次摩擦。
丹凤火柴公司事件发源于火柴公司的股份问题。留学日本帝国大学的张新吾在商部任职时，发现中国人没有自己的火柴品牌，为了购买进口火柴，每年有一千万两白银流入日本，这触发了他开办中国自己的火柴厂的念头。张新吾用牙签和化学物品，制作出了火柴样品，商部和北京商会各自出资，官商合股开办了丹凤火柴公司，张新吾任技术顾问。这事被《北京日报》知道，攻击商部不该自营商业，不能既监管买卖，又自己做买卖。于是唐文治在《申报》上刊登了一份公开信，驳斥了商部不能自营商业的质疑。唐文治指出：“中国自我制造火柴，可以抵制洋货，挽回利权。丹凤火柴公司并非官办，而是官商合办。即使是官办，这在外国已有成例。商部在处理纠纷时，必当以《公司律》为准绳，绝不会由于参股而对所参股公司有所偏护。”唐文治的申明，相当于商部主事对公众进行表态。民股与官股具有同等的地位，这不仅仅具有法律的保障，还有唐文治个人信誉的保障。这份申明刊登后，争议才慢慢平息下来。
商标局事件源自日、德、英等国关于注册商标的矛盾。1903年，商标局成立，隶属商部，随即根据《商律》，编订《商标局章程》。《章程》规定：在商标权的获取上，采用注册在先原则。对外国商标以及已在中国使用但尚未注册商标的优先权做了限制，并规定在外国已注册的商标需要在本局开办后6个月内申请注册才享有优先权。《章程》通告后，德国、英国公使要求暂缓执行，日本公使则要求立即执行。英国公使甚至纠合德、法、意、奥四国公使，另外拟定一份商标法。该商标法由于严重侵犯中国主权，要求法外权益，被商部当即拒绝。对于德、日的矛盾，唐文治认为“尽可先办注册，一面使德公使知照德商，缓半年或一年来局注册，尽无不可。当时会晤面谈，均能谅解”。
然而当局畏于列强的横纠蛮缠，踌躇不决，商标权一事也就因循不办了。商标注册本来可以有效地保护民族品牌，促进民族企业自主创新。但是由于列强的阻挠，此事夭折，这对中国商业的发展带来了负面影响。
当时担任直隶总督的袁世凯野心很大，不断夺取轮船、电报、铁路的控制权。唐文治跟袁世凯在好几件事上产生过摩擦。
其一，抵制日本商品遭拒。1905年，唐文治接到瑞安黄绍箕的书信。信上说，日本商人现在筹集资金八十万，拟到中国出售图书、仪器等教辅用品，占领中国的相关市场。而中国负责生产相应用品的上海科学仪器馆资本有限，无法和日本商品相抗衡，一旦中国市场被日本商人占去，中国自己的仪器制造势必衰败，将来一切科学研究都要有求于人，所以希望商部出面请轮、电两局拨发官股予以支持。唐文治得知消息后，非常支持民族资本家的诉求，立即与负责轮、电两局的袁世凯咨商，没有想到袁世凯竟然为了保护自己的部门利益而未能照准。
其二，正直同僚被迫辞官。王清穆与唐文治素来相识，曾在户部、外务部为同僚，现又在商部共事。唐文治与王清穆经常一起切磋学问，探讨商务，王清穆可谓唐文治不可多得的好帮手。同时，王清穆为官清正廉明，真心诚意地发展中国的民族企业。1904年，王清穆以钦差大臣的身份考察东南七省的商务，宣传朝廷的商业政策，各省督抚前来迎送，纷纷献以厚礼，王清穆廉洁自重，一概谢绝。有一位海外侨商谒见王清穆后失声大哭。王清穆问他缘故，原来这位侨商之前谒见其他官员，多次不得见，即使见了面，官员也是一副倨傲的态度。这次王清穆对他谦恭和睦，所以不觉感激涕零。1906年，有人揭发官办京汉、京榆铁路主事者贪污受贿，慈禧命令王清穆密查此事。王清穆不畏强权，拒收贿赂。这时担任直隶总督兼任督办铁路大臣的袁世凯认为商部干涉其权力，为了削弱商部的实力，将王清穆调任直隶按察使。王清穆羞与袁世凯为伍，遂弃官回乡，这场贪污案也就不了了之。经过这场事变，唐文治如同失去了左右臂膀，做事相比以前愈加艰难了。
其三，路务议员设置不成。唐文治鉴于铁路建设贪污受贿严重，建议要设定监督和考察铁路建设的路务议员。为了此事，唐文治亲自跑到天津去面见袁世凯，袁世凯则极力反对，生怕商部越职夺了他督办铁路大臣的权力。唐文治一笑置之，回京后于次年拟了《路务议员办事章程》，并奏设路务议员。这下子捅了马蜂窝，袁世凯会同政务处掊击商部。当时朝廷官员都认为袁世凯锋不可犯，然而唐文治仍旧据理力争，不少迁就，对袁世凯的攻击进行了有理有节的回应。虽然唐文治没有屈服于袁世凯的淫威，但设立路务议员一事，由于袁世凯的搅和，也就没有了下文。
在唐文治所处的时代，铁路是交通建设的重中之重，无论是民间的商务往来还是国家的军粮供应，都要倚仗铁路进行。谁控制了铁路，谁就控制了中国的交通命脉。而铁路的建设，无非依靠国有资本、民间资本和外国资本。清政府在甲午战争之后，财力不足，无法独自承担修建铁路的重任，于是民间资本和外国资本就成为晚清时期中国铁路修建的主要资金渠道。民间资本的筹集相对较难，但保有中国的独立主权；外国资本的筹集相对较易，但容易失去中国的独立主权。唐文治在商部时，积极主张扶持和保护民族工商业，极力反对借外国资本来修筑铁路，推行商办铁路政策，维护国家主权。唐文治等人离开商部后，清政府开始转向铁路国有政策。但这种铁路国有政策则是将商人修筑的铁路收归国有，同时又将收回的铁路抵押给外国以偿还欠债。这样一来，相当于将铁路“国有”变成铁路“外有”，让外国人控制了中国的交通命脉，这对于投资铁路的地方乡绅以及具有爱国热忱的老百姓而言都是不能接受的。正是清政府铁路政策的转变，才导致后来四川保路运动的激变，成为压垮清政府的最后一根稻草。由此可见，唐文治主政商部时所执行的铁路政策确实高瞻远瞩、颇具眼光，可惜整个败溃的时局根本没有给予他施展才能的机会。
由于这一时期清政府开始施行新政，唐文治除主事商部的工作外，作为清政府权力中心的官员，也积极参与新政，提出了改革建议。可惜这些建议虽是良策，大多未被清政府所采用。其中，改定官制、预备立宪、兴商实边三事可为代表。
其一，改定官制的努力。唐文治看到官员事权不一，屡有推诿牵掣之弊，而其根本则在于官制本身的不合理，于是代载振拟订《改定官制折》，提出了官制改革的许多具体措施主张。比如，刑部改为法部，大理寺改为大审院并隶属法部；学务处改为学部，专管学校教育事宜，裁并太常寺、鸿胪寺和光禄寺。财政处与户部合并；练兵处与兵部合并。这样总计有外务部、商部、法部、学部、吏部、巡警部、户部、兵部、礼部和工部十个部。每部设置尚书、侍郎共三四人。事务繁重之部，设左右丞、左右参议各一人；事务较简之部，设丞一人，参议一人。并请裁撤冗员，杜绝兼差，世袭的宗室需要有各部的学习经历，各部官员一律不分满汉的区别。另外，内廷事务归内务府，政务处归内阁；保留翰林院、都察院、理藩院、銮仪卫；太仆寺并入兵部，国子监并入学部。此外，唐文治还建议取消满洲八旗、蒙古八旗、汉军八旗的区别，无论满洲、蒙古、汉军，都统一在八旗下进行管理。每旗的都统只可专办旗务，不能兼任别官。唐文治的建议依照实际情况重新确定了官员职务的范围，一旦执行必然快速提高政府的行政效率，可惜此奏折呈上后，留中而不予采纳。
其二，预备立宪的期望。宪政是以宪法为依据的施政体制，也是近代国家的主流政体。自鸦片战争以来，中国处处不如人，人们逐渐认识到仅仅依靠引进西方技术、学习西方的船坚炮利是无法富国图强的，改革改到最后，必然进至政治体制的变革。其实，康有为的维新运动已经走在同时代前列，而保守派在义和团运动失败后，才后知后觉被倒逼着进行体制改革。
光绪三十一年（1905），清政府派载泽、端方、戴鸿慈、徐世昌、绍英五大臣赴各国考察宪政。唐文治带领商部同仁送至正阳门外车站，突然一声巨响，车厢里血肉横飞。原来有革命党人吴樾用炸弹刺杀五大臣。吴樾炸死，五大臣中仅绍英受伤。唐文治离车厢较远，并未受伤。两个多月后，清政府重新调派载泽、端方、戴鸿慈、尚其亨、李盛铎五大臣出国考察宪政。同年，被五大臣考察宪政鼓舞的唐文治，代载振拟定《请立宪折》上承慈禧与光绪。在此奏折中，唐文治认为立宪是富强的根本，而中国的立宪最应该仿效日本君主立宪的做法。唐文治又指出立宪有五大好处、三不足虑。五大好处是：永固邦本、权集政府、固结民心、收回主权、因应外交；三不足虑是：立宪之政体适合尊君之国体，故不必过虑立宪会有损于国体；议院仅有议事之权，而裁可施行，仍旧操之君主，故不必过虑立宪会导致君主无权；民智是启沦而渐开，闭塞而愈下，而议员皆为人民之公选，故不必过虑民智未开、议院议事会不得其当。另外，唐文治还拟了《立宪大纲办法》四条。一是预定立宪政体，告示天下；二是参考各国宪法，为编订本国宪法做准备；三是仿行议院之法，设置上下议院，妥定选举议员章程；四是保荐品学兼优、通达治体的人才。唐文治自认为这一建议切实可行，可挽危局，但奏折呈递后仍旧是留中不发。
立宪运动是用和平方式进行政体变革，而不需要流血牺牲。这是很多知识分子以及开明官员愿意看到的局面，故而在社会上一时呼声很高。然而清政府因循敷衍、假意立宪，却让无数希望立宪救国而奔走呼喊的仁人志士心寒绝望。群众从立宪的骗局中觉醒，从而投入到轰轰烈烈的革命洪流之中。
其三，兴商实边的请求。俄国曾在八国联军侵华之时，趁机侵占中国东北。《辛丑条约》签订后，俄国拒绝撤兵，反而欲将东北、蒙古、新疆，甚至华北地区划为势力范围。俄国的野心与日本在中国东北的诉求形成冲突，同时由于日俄在朝鲜问题上的矛盾，爆发了1904—1905年间的日俄战争。日俄战争主要在中国领土上进行，受害者为中国人民，抢夺的是中国的土地，但清政府宣布中立。战争结果，日本获胜，日俄签订了《朴茨茅斯条约》，将俄国在中国的特权转让给日本，重新划分了势力范围。这样一来，东三省的威胁原来来自俄国，现在则来自日本。面对这样的形势，唐文治焦急万分，生怕他日东三省被日本侵吞。他派专员赴东三省考察各类实业，筹商兴商实边的办法。光绪三十一年（1905），唐文治为都察院左都御史陆宝忠代拟《请饬东三省速举要政折》，提出十项要政：一、经营营口；二、疏治辽河；三、采掘抚顺炭矿；四、监理东清铁道；五、赎还安奉铁道及新奉铁道；六、设置大连海关；七、预备十八处通商口岸；八、勘视间岛；九、平靖胡匪；十、收回辽东法权。在这十项要政中，唐文治特别重视对东北资源的经营开发，以及路权和治外法权的收回。“通商实边，当自东三省迤西至内外蒙古，以达青海、西藏，以汽车、矿业两公司为根本，以他种商业为后盾。如此，则北京一区，如背之有椅，可以高枕无忧。”
唐文治希望通过这些举措，开发建设东三省，收回路权、法权，以兴商实边的方法来巩固国防，保障北京的安全。唐文治的担忧可谓未雨绸缪，颇具远见，可惜当局不予重视，没有采纳兴商实边的策略。日本野心越来越大，遂至1931年挑起九一八事变，侵占东三省，开始了对东北人民长达14年的奴役统治。唐文治日后谈及此事，每每愤愤不平、叹息痛恨。
光绪三十二年（1907）冬，唐文治母亲胡太夫人在北京辞世。按照礼节，父母逝世，子女需要守丧三年。在此期间，不得婚嫁，不能庆典，做官更需要去官离职。这个礼节源自儒家传统，唐文治作为儒家知识分子，更是应该主动遵守这样的礼制。然而，唐文治已经是农工商部的核心人物，农工商部的持续运转少不了唐文治。农工商部的尚书载振是粗通文墨之辈，平时仅仅挂名而不管事，唐文治一旦辞官，载振就像断了左膀右臂，根本无法将农工商部持续运作起来。于是，载振亲临唐宅吊奠，慰藉再三，并挽留唐文治。载振请唐文治可以不必去农工商部上班，但务必留在北京的家中，以便于载振遇事可以咨询。其实，载振就是希望唐文治通过在家办公顶一个守孝的名义，从而继续帮助他管理农工商部。唐文治推辞不过，只能请求载振给他一百天时间料理母亲的后事，后事料理完毕后随即回京在家办公。此后，唐文治将母亲灵柩护送回太仓，将母亲落土安葬。
在唐文治还没有回京之时，载振却被人参劾而被迫辞职。原来载振在出差东三省的时候，路过天津，看上了天津歌妓杨翠喜。时任天津巡警道的段芝贵就花巨资将杨翠喜买下来，将她送到载振邸中。载振十分欢喜，让其父奕劻奏请慈禧，提拔段芝贵。此事被御史赵启霖知悉，参奏一本，弄得举世皆知、舆论大哗。朝廷再命醇亲王载沣、大学士孙家鼐查办此案，他们调查的结果是查无实据。最后，反而将御史赵启霖革职。为了遮人耳目，载振也不得不在赵启霖革职的次日辞去官职。
载振本身是纨绔子弟，粗通文墨之辈，完全依靠庆亲王奕劻长子的身份而得到清廷的重用。他一生中最为风光的两件事，一件是出使英王爱德华七世加冕典礼，一件是执掌商部参与新政。但在这两件事上，挂名载振的《英轺日记》实际上是唐文治代笔的，农工商部实际上是由唐文治主持的，载振仅仅顶个虚名而已。载振的一番事业，上面靠着父亲庆亲王奕劻的关系，下面就必须靠着唐文治等人的苦心维持。因此，载振十分信任唐文治，也迫切需要唐文治为其做事。同时唐文治也必须有这样的靠山，才能在复杂的晚清官场中免去掣肘，放手去做一些对国家人民有利的事情。载振与唐文治似乎达成了一番默契：载振给予唐文治充分的信任和支持，让他放心大胆地去推动改革；而唐文治推动改革获取的功绩，则又归功于载振，成为载振的政治资本。但是，当载振一旦被迫辞职，那么唐文治无疑失去了一座最大的靠山，让本来已经遭受层层阻碍的改革进程更加寸步难行。唐文治曾回忆商部的执政历程：“光绪之季，朝廷鉴拳匪祸，锐意振兴，创设商部。吾辈精英伊始，所怀志愿，阙有三端，一曰恤商艰，二曰开商智，三曰造国货、抵外商货。然谋之而不能为，为之而不能成，迂谬之徒，相与
龁之。燕巢覆下，而大厦终顷。”
到了这个时候，既然当官已经无法继续为百姓办事了，留在商部也没有了意义，唐文治就凭着为母守丧的名义彻底离开了北京的官场。