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上古时期，古琴是巫师祭祀时沟通人神的“法器”，是“德协天地人神”的反映，也是天人合一思想的原始雏形。黄帝“大合鬼神，作为清角。”（《韩非子·十过》）“舜为天子，弹五弦之琴，歌《南风》之诗，而天下治。”（《淮南子·泰族训》）“古之圣帝明王所以正心、修身、齐家、治国、平天下者咸赖琴之正音是资焉。”
《神人畅》和《南风畅》存见两首以“畅”为题材的古琴曲。“和乐而作者，命之曰畅，达则兼济天下之谓也。”
“谢希逸琴论曰：‘神人畅唐尧所作。尧弹琴，神降其室，故有此弄。’”
“南风之熏兮，可以解吾民之愠兮。南风之时兮，可以阜吾民之财兮。”
相传舜弹五弦之琴，歌南风之诗，作出了这首使天下治的《南风畅》。
周代，古琴已不再是王者与巫师专用，成为对贵族阶级施以政治教化时的“礼器”，琴逐渐普及到士阶层，成为儒家士君子修身养性，坚持道德情操的“道器”。“士无故不彻琴瑟。”（《礼记·曲礼篇》）“君子之近琴瑟，以仪节也，非以慆心也。”（《左传·昭公元年》）自“礼崩乐坏”后，宫廷“乐悬”制度功能的丧失，导致古琴从合奏乐器中独立出来，由于它的载“道”特性，逐渐成为文人生活的象征，琴与儒的关系得到进一步发展。而此时，它的艺术性却成了附属物，其核心则被独特的思想体系取代，此时，琴以载“道”的观念逐渐形成。当时的琴乐现已无法听到，但从古籍记载得知其演奏的方式，是“博拊琴瑟以咏”，（《尚书·益稷》）用击器打着节拍，以琴、瑟伴奏歌咏而“弦歌”。从“三百五篇孔子皆弦歌之，以求合韶武雅颂之音”
可见，《诗经》是和乐相结合的作品，是“弦歌”的一种。现存孔子所作琴曲《幽兰操》《龟山操》《将归操》《获麟操》等。
在经历了秦“焚诗书，坑术士”之后，儒家六艺之教，乐亦失，官学再无乐教。至汉代“大一统”的背景下封建社会得以空前发展，统治阶级在“罢黜百家，独尊儒术”后确立儒家思想的主导地位，使得礼乐教化思想也重新得到了重视，“琴”作为圣贤之器、雅正之德音的代表，汉儒们尊其为“乐之统”“八音之首”，琴系于“正心”之功能得到充分发挥。这一时期，学琴练琴被视为通往“道”的智慧之路，而琴“道”的根源主要来自儒家思想。从司马迁《史记·乐书》、桓谭《新论·琴道》、扬雄《琴清英》、班固《白虎通义·礼乐》、应劭《风俗通义·声音》、蔡邕《琴操》、刘向《琴说》等文献记载可知，汉儒们从琴论思想、乐教功能及琴的形制等方面为琴量身定制了一套思想体系。与此同时，琴曲艺术上的发展也颇丰，不仅琴曲数量增多，内容更丰富，而且琴曲题材和演奏形式也更多样化。汉代琴曲具有富于故事性以及和歌唱相结合的两大特点，存见琴曲有《大风歌》《聂政刺韩王曲》《别鹤操》《昭君怨》《饮马长城窟》等。
在儒家乐教思想中，魏晋至隋唐是儒家乐教思想的衰微期。魏晋时期，南北分裂，战乱频繁，生灵涂炭，士阶层对从人生苦难中解脱与对逍遥境界的寻求，成为魏晋以来人生哲学的重大课题。此时，士阶层逐渐抛弃传统哲学中一些过于拘泥的道德说教，由原来“士志于道”的精神转向一种“淡泊宁静”的精神，用自己的生命意义来支配自己的行为，陶渊明和“竹林七贤”中的嵇康、阮籍等便是其典型的代表。但此时却是琴乐发展的一个高峰期，琴以载“道”的思想由教化性转向了艺术性，体现在琴乐的艺术审美之中，反映了一种更深沉的生命关照和追求道家游心与逍遥的一个过程，融入了“反其天真也”“大音希声”等道家因素的古琴艺术便超出了儒家乐教的教化范围。魏晋士人在琴的基础上又增加了书（书法），提炼出“左琴右书”来作为文人身份的象征。存见琴曲有嵇康的《广陵散》、阮籍的《酒狂》、王徽之与桓伊的《梅花三弄》等。此外，还有反映道家思想的琴曲《庄周梦蝶》《列子御风》《颐真》等。
隋唐时期，强大而统一的国家政权促进了文化的交流，尤其是中外之间各艺术领域的交流与融合，著名的《霓裳羽衣曲》便是汉族和北方少数民族音乐结合的产物。唐代建立了由大乐署、鼓吹署、教坊、梨园组成的音乐机构，也发展出了燕乐、清商、西凉乐、高丽、扶南、龟兹、疏勒、康国、安国、高昌乐等十部乐，在大宴百官或国宾时举行的仪式上演奏。在与外族的交流中，胡乐也随之传入，代表性乐器便是羌笛与琵琶。此时在国内兴起的乐器则是筝（现称古筝），历史上有过八篇《筝赋》，说明筝的发展非常充分，且赢得文人士大夫以至众民的激赏。唐代宫廷不喜琴乐，《羯鼓录》曾记载玄宗听琴未毕，便叱琴师出，而召花奴为其羯鼓之事。唐代儒学衰蔽而佛学昌，儒家乐教思想并无新声产生，一部分士人坚守传统儒家乐教的精神，但更多可见的是琴乐在社会文化和外来音乐影响下受到的冲击和冷落，如白居易的《废琴》诗中所言：“玉徽光彩灭，废弃来已久。”刘长卿的《听弹琴》诗中也写道，“古调虽自爱，今人多不弹”。在这种冲突与共存之下，却出现了多位著名职业琴家，如赵耶利、董庭兰、崔遵度等。在斫琴工艺方面，则出现了历史上著名的吴地所斫之张越琴，四川雷氏家族所斫之雷琴，且影响深远，尤受宋儒们珍赏。存见琴曲是在民族音乐文化交流基础上发展而来的《大胡笳》《小胡笳》《渭城曲》（后更名为《阳关三叠》）。
宋代结束了唐末、五代混乱的局面，重新恢复了统一，经济、农业、手工业均有发展，我国古代四大发明中的三项（火药、指南针、印刷术）都在宋代完成。重文抑武的国策，商品经济的发达，儒家思想的复兴等，都为古琴艺术的繁荣奠定了客观基础，此时儒家乐教思想与琴乐传承俱盛，伦理出新，呈现出一种圣贤气象。在儒道佛三教相融的情形下，琴论思想在汲取了儒道佛因素后，形成了以“琴者，禁也”为代表的传统儒家琴论思想、以“大音希声”为代表的道家琴论思想、以“攻琴如参禅”为代表的佛家琴论思想。这一时期古琴艺术的繁荣不仅表现在琴论思想的丰富，还表现为嗜琴作曲群体的多样性，我国历史上第一个琴派——浙派诞生，第一部关于琴的史学专著《琴史》诞生，另有袁桷的《琴述》、崔遵度的《琴笺》、刘籍的《琴议》、陈敏子的《琴律发微》、则全和尚的《节奏、指法》、成玉礀的《论琴》、碧落子《斫琴法》等从美学、律学方面论述的著作诞生。宋代思想家也与琴有着紧密的联系，如范仲淹最爱弹《履霜操》、欧阳修著《三琴记》、苏轼著《杂书琴事》和多首琴诗、朱熹著《琴律说》等。宋代的琴曲较之前朝更加丰富，存见相关的资料也较多，其中《白石道人歌曲》是存见唯一完整且附有古工尺谱的宋代琴乐文献，具有极高的史料价值。琴曲创作主体也呈现出多样化的特征，皇室、儒学家、文学家、琴僧、琴派、江湖琴士等都有相关琴曲留存，如《大晟乐》《胡笳》《潇湘水云》《醉翁操》《浪淘沙》《普庵咒》《扬州慢》等。
明清时期，承宋代古琴艺术的繁荣继续发展，此一时期琴派林立，琴谱骤增，琴人众多。明代琴派以浙操徐门和虞山派为代表，清代则以广陵派为代表。由于明代印刷术的发展，明清时期琴谱刊印的数量骤增，出现了以《神奇秘谱》《大还阁琴谱》《太古遗音》《五知斋琴谱》《与古斋琴谱》等等为代表的重要琴谱，其中我国第一部古琴曲集《神奇秘谱》成刊于明初（1425年）。明清琴人众多，据许健《琴史新编》中言，清代琴人“仅见于记载的就超过千人”
。明清还出现了抗清琴人群体和工匠琴人群体。在琴论思想上，明代出现了探讨演奏美学问题的著作，如冷谦的《琴声十六法》和徐青山的《溪山琴况》等；李贽在阳明心学的影响下提出“琴者，心也，琴者，吟也，所以吟其心也”（《焚书》）的重要命题。清代则出现了探讨演奏、创作、琴律、歌词等方面的著作，如庄臻凤的《琴学心声·凡例》、戴源的《鼓琴八则》、蒋文勋的《琴学粹言》等，清人论琴有“儒派”之说，但随着明清时期儒家乐教思想的衰微，琴学传教也逐渐走出了人们的视野，琴艺则成为人们的娱乐项目，虽然琴曲作品较多，但新作和成功之作并不如宋代，特别是琴曲歌词发展的艺术成就不高且流传不广。这一时期的代表性琴曲有《平沙落雁》《渔樵问答》《鸥鹭忘机》《梧叶舞秋风》等。
随着封建帝制的瓦解，民国至新中国成立初期琴艺独存但也几近消亡。面对古琴生存状况的危机，通琴儒者一方面仍坚持传统琴学主张，另一方面也以复兴琴学为己任。这一时期琴家以周庆云、查阜西、管平湖为代表，1920年周庆云在上海举办了规模较大、影响范围较广的多地区的琴人会议，以推动琴学复兴，并散发了其主编的《琴史补》《琴史续》（是对宋代朱长文《琴史》遗漏部分的补充和延续）、《琴书存目》《琴操存目》等琴学著作。1936年查阜西等人创办了今虞琴社，编有《今虞琴刊》，定期组织全国各地琴人从事琴学研究。1956年查阜西主持了全国古琴采访调查，此次调查走访了21个省，访问了86位琴家，收集了270多首琴曲，并编印了《存见古琴曲谱辑览》《琴曲集成》《琴论辍新》等琴学史料著作。管平湖先生则在古琴演奏实践中从事传统名曲的发掘整理与演奏，1977年其被誉为“地球之音”的代表作《流水》随着“旅行者2号”探测飞船被发射到太空，这也意味着古琴发展进入了阳光明媚的春天。2003年，古琴被联合国列为人类口头和非物质文化遗产，终于从严冬的冷门进入了初夏的温暖，且时而有热风酣畅之快。