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通过对本书研究思路的梳理和研究内容的分析，可以发现本书是历史学、琴学、伦理学等相交叉的选题，因此主要的研究方法如下：
首先是文献分析法。此法的根本目的是确保论证的文献来源权威、文献依据精准，科学地、历史地、客观地掌握古琴文化产生、发展、演变，从古代经史子集、相关琴论、琴学的典籍文献研究着手，梳理出与琴相关的记载，从文献中的基本观点、伦理思想、重要人物等入手，并通过这些记载来分析其背景，分析琴曲和琴词中的伦理思想在不同历史阶段的演变，提炼出其在宋代所蕴含的主要伦理思想。同样，在使用后人对宋代琴曲研究的相关文献时，则要加入版本学的研究方法，因为传世宋代琴曲大多可见于明清时期的琴谱，而明清出版印刷业的繁荣导致有些琴谱或琴曲有数十种的版本，又存在一定的差异，所以将文献分析法与版本学研究法有效结合，以文献分析法为主，版本学研究法为辅。
其次是历史考察法。“史者何？记述人类社会赓续活动之体相，校其总成绩，求得其因果关系，以为现代一般人活动之资鉴者也。”
在梁启超先生的论述中，历史是人类过去活动的痕迹，史学家将这些痕迹活化，使今日能再现过去之时代。音乐史的研究是历史学研究之一，古琴音乐是众多音乐门类的一种，运用历史的眼光看待琴史中古琴文化的发展、变迁与转型也是非常重要的。“历史学所研究的，乃是从外在的史实考订深入他们的内心深处，即他们的精神活动以及人文动机。”
结合本书的研究内容，就是将目光投向古琴琴曲和琴词发展、变化的历史长河中，且锁定其在宋代社会、经济、文化等背景之下蕴含的伦理思想，寻找思想产生的哲学动因以及思潮变迁和发展的土壤。
最后是跨学科综合研究法。琴产生以后，历经3000多年的发展与变化，始终与中国哲学、诗歌辞赋、文人风尚等方面有着千丝万缕的联系，本书是历史学、琴学、伦理学等跨学科的选题，因此也需要一种综合的视角和方法，即将历史学、琴学、伦理学融于一体的综合研究法。此外，具体的研究中还将涉及思想史的研究方法、比较分析的方法、伦理学与文本阐释相结合、文本阐释又与社会历史分析相结合等多种方法的有机融合。不可否认，这些方法彼此独立又相互融通，需要重视学科之间的交叉和融合等问题。
目前，从所见文献可发现有关古琴的研究，众多学者是从艺术学、音乐学、美学、文学等角度出发，而对于古琴文化与中华优秀传统文化的研究，只是选择某一方面的内涵进行研究，例如研究古琴艺术和“天人合一”的自然观等，少有学者从伦理学的视角去研究。所以本书将立足于伦理学的视角，研究宋代古琴曲词的伦理思想。
现有文献中少见立足于伦理学视角，以古琴曲词为内容的专门性研究，但琴乐的伦理内涵主要是通过其琴词部分而展示的，故本书的研究内容正是“宋代古琴曲词”，“宋代”强调古琴曲词的时代特点，研究对象是“文人琴”，也即指把古琴当作儒家乐教的教化手段，以琴修养自身、依凭精神、寄托理想，而将琴的艺术性和乐本体视为琴的附属物。