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中央档案馆共保存抗战时期档案15万余件、资料4000余种，其来源广泛、内容丰富、载体多样。从来源看，有中共中央秘书处移交的档案、各中共中央局档案、敌后抗日根据地民主政权档案、苏共中央移交的中共驻共产国际代表团档案及从各种途径征集的档案等；从内容看，涵盖中国共产党及其领导的民主政权、军队及群团组织在抗战时期形成的各类档案，涉及党的建设、财政经济、统一战线、军事斗争、群众运动、宣传工作、文化教育、根据地和民主政权建设、国统区工作、敌占区工作、国共关系、与共产国际的联系等各个方面；从载体看，主要有纸质文书档案、音像档案、党报党刊、资料、照片及抗战时期的印章、胸章、臂章、锦旗、木版画等实物。这些档案在档案管理人员的精心保护下，经过不同时期接续进行的档案基础业务建设，逐步编制完成了案卷级簿式目录、文件级簿式目录、专题卡片、档案电子目录等检索工具，部分内容可以进行全文检索。现在这些档案完好地保存在中央档案馆，成为记录历史、传承文明的宝贵财富。
在馆藏档案中，中共中央、中华苏维埃共和国临时中央政府、中央军委（中央革命军事委员会及总参谋部、总政治部、总后勤部）及所属部队、中共中央创办院校等在抗战时期形成的档案，是馆藏抗战档案的主体部分。
这部分档案涵盖广泛，类型多样，极为珍贵。内容涉及政治、军事、经济、党务、组织、宣传、统战、工运、农运、青运等方面，主要有会议记录、讲话稿、文件、电报、信函、报刊资料、照片、实物等不同档案类型，其中有中共七大、中共中央全会、政治局、书记处的会议记录，发布的宣言、通电、决议、训令等。这些档案多使用钢笔、铅笔、毛笔等书写，有的存有铅印件、油印件等，有的档案存有初稿、修改稿、正式稿等不同版本。为适应当时战争环境，还有的用暗语或药水书写。馆藏中还有上百册电报抄存本，是为了适应当时战争环境下档案保管的需要，由工作人员将电报内容按照收发机构分类或按军事、政工等分类并按时间顺序誊抄在专门记录本上，以便于战时转移携带。
这些档案得以保存下来，与中国共产党组织形成的一套行之有效的档案管理机制密不可分。早在1931年，瞿秋白就为中共中央秘书处起草《文件处置办法》，规定了档案分类整理、编目、销毁的原则与方法，以及文件资料的收集、保管等制度，成为中国共产党第一个档案管理制度。1938年中共扩大的六届六中全会《关于各级党委暂行组织机构的决定》中，规定在区委以上各级党的委员会之下设立秘书处，专门管理文书、庶务、会计等事务。从中共中央、中央军委到八路军、新四军及各部门机关，档案工作均由文秘工作主管领导直接负责。反映在公文处理上，就是党委统一办理、统一签发、统一保存。有时，在军情紧急情况下，部队秘书部门和地方秘书部门经常互相代为保存档案。这样一套行之有效的档案管理机制，确保了在战争环境下党的珍贵档案仍能较好地保存下来。
抗日战争时期，中共中央先后设立了十几个中央局，作为中共中央派出机构，如北方局、长江局、中原局、南方局、东南局、陕甘宁边区中央局、西北局、华中局等。各中共中央局在工作中形成的大量档案，记录了这些机构行使职能、开展工作等情况。比如，关于机构成立、人员编制、干部配备等问题形成的文件、规定、指示；关于修改和颁布法规法令的通知、通令等；关于进行生产、救灾、减租减息等的决定、指示等；关于各机构间往来文书与函电等。
抗日民主根据地，是贯彻和实现中国共产党主张的主要阵地。在陕甘宁边区及晋察冀、晋西北、山东、晋冀豫、冀鲁豫等根据地，相继建立了边区（省）或相当于省一级的政权，县、村（乡）政权也得以进一步发展。中央档案馆馆藏有大量有关根据地政权建设及其发展壮大的档案，记录着党的路线方针政策的实施过程和政权运行状况。比如，陕甘宁边区政府档案全宗中包含抗战时期形成的档案2万余件，内容涉及政府机构设立、组织建设、财政经济、统战工作、宣传工作、文化教育及财政生产情况等各个方面。
抗战时期，中国共产党通过各种群众团体组织，把各阶层民众最广泛、最充分地发动并组织起来，促使抗日救亡运动在全国蓬勃发展，为取得抗日战争的胜利奠定了坚实的群众基础。这些群团组织涵盖社会各行各业、各个阶层，有面向产业工人的中华全国总工会，有面向青年群体的青年救国联合会，还有团结农民的农民救国会、团结妇女的妇女联合会等。这些群团组织，在执行党中央各项决策部署，指导本系统群团工作的过程中，也形成了大量档案，是中央档案馆馆藏的重要组成部分。