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抗战档案是在抗战过程中直接形成的，这一时期及前后文书和档案工作的优劣与规范程度直接决定了流传至今的抗战档案的数量和质量。由于时局颠沛，战乱频仍，或因形成机关和管理机构辗转迁移而损毁，或因撤退途中被迫销毁或遗弃，或因条件简陋和保管不善带来霉变损毁，或因自然灾害和社会档案意识薄弱，以上多种不利因素都可能对档案造成损害。抗战档案历经战火洗礼而流传至今实属不易，也更显其珍贵。
南京国民政府时期，全国实现形式上的统一，随着政权的逐步稳固，国家行政机构的设置与运行越来越规范。较之北洋政府时期，机关档案工作也取得长足的进步。国民政府各部、委员会专司档案工作职能的机关陆续从文书、庶务工作中分离出来，成为机关工作中不可或缺的重要环节，从事档案的人员在机关中也有了正式的公务编制，档案工作得到了前所未有的重视和发展。当时行政院各部均设有机关档案室，内政部在总务司下设立总档案室，外交部设立档案处，实业部、交通部、教育部、财政部、军政部等都设立了掌卷室、管卷室等，名称虽殊，规模不一，但已兼具专门档案馆的雏形。
1931年8月，内政部、教育部会呈行政院，建议于行政院设置国史馆筹备处，统一管理国民政府中央机关已失时效的档案。1934年1月，国民党四届四中全会通过建立国史馆决议，规定国史馆直隶国民政府，并责成内政、教育、财政三部联合起草《国史馆组织法草案》。尽管决议通过，但史学界认为国民政府成立未久，编修国史的时机尚未成熟，当务之急应先行建设国家档案库，保存散存在各机关的旧有档案文献，以待将来编修国史之用。同年5月，内政部、教育部、中央研究院等就建立国家档案库事宜召开联席会议，会议拟就《国立档案库筹备处组织章程草案》，决定先行成立国立档案库筹备处，代行国史馆部分职能，掌理计划国立档案库库房之建筑及档案保存储藏与便利研究事宜。行政院审查此项草案时认为，当务之急应先行治理各机关各自为政之弊，再进行国立档案库的筹备，审议决定在行政院内成立档案整理处。1935年2月，行政院档案整理处成立，该处组织原则为：制定档案管理规范，依据具体办法整理各机关档案，为将来成立国立档案库乃至建立国史馆做准备。行政院档案整理处一经成立，即着手对行政院所属各机关档案工作进行调研，并对改进机关档案室工作提出诸多建设性方案。遗憾的是，工作刚开展4个月，行政院档案整理处因经费缺乏而被裁撤，其职能并入行政效率研究会。
1937年七七事变后，抗日战争全面爆发。行政效率研究会的工作日渐式微，文书档案改革运动和行政效率运动也渐入低潮，建立国立档案库及至国史馆，规范全国档案工作也因此流于清谈。
1939年1月，建立国家档案总库、筹建国史馆议案在国民党五届五中全会上被民国元老张继、邹鲁等旧事重提，且议案得到代表广泛认同并获通过。1940年2月，国史馆筹备委员会在重庆成立，并着手制定档案管理章则，征集、整理档案史料，编纂史稿。
为促进各机关档案尽快入馆，1941年10月，国民政府颁发了《各机关保存档案暂行办法》，规定各机关6个月内完成全部档案造册送交国史馆，并规定每半年报送目录，已失时效的档案必须及时移交国史馆。仅1942年至1946年，国史馆就接收国民政府及行政院所属各机关移交的档案4000多捆、120多箱。
1947年1月，国史馆筹备委员会正式更名为国史馆，张继任馆长，但焘任副馆长，下设征集、档案、实录等科室，制定了《征集国史资料大纲》和《国史档案管理办法》。之后在对档案系统整理的基础上，国史馆编纂了《中华民国史料长编》《民国大事日历稿》《中华民国时政记》等史料汇编。
1949年，随着国民党政权在大陆分崩离析，保存在国史馆的档案，其中包括大量抗战档案部分从南京经上海移运台湾。
国民政府时期，尽管档案界有建立全国性档案事业的愿景，也为之付出过努力，但由于多方面的原因，全国性档案事业一直未能真正形成。国民政府没能设置全国最高档案协调指导机构，这一机构的雏形行政院档案整理处也如昙花一现，仅仅存在4个月就遭裁撤。整个国民政府时期没有被普遍认同的档案规范制度可以遵循，始终处于各自为政的混乱局面。这种局面不仅给当时的档案工作带来很大的负面影响，也使得负有国家档案馆使命的国史馆在抗战后期才得以建立。没有建立起国家档案馆和地方档案馆系统，即意味着档案没有确定最终的归宿。
20世纪30年代，针对当时国民政府、行政院及其所属各部会存在的文书档案工作脱节，行文混乱、公文处理迟缓、档案保管分散等不尽如人意状况，由时任内政部次长的甘乃光倡导，在全国范围掀起了一场核心内容为推行文书档案连锁法的行政效率运动。此次运动一扫文书工作与档案工作时弊，使档案管理更加集中、科学、合理，档案文献可以得到系统完整保存，为建立“国立档案库”（国史馆）做了准备，对改善政府机关文书档案的管理水平，提高行政效率起到了积极作用，为抗战档案得以流传提供了客观必要的保障。
1933年6月，内政部次长甘乃光主持召开了行政院改革公文档案的会议，内政、教育、交通等部提出的具体方案约有20项之多，会议讨论并通过了《各部会审查处理公文改良办法》，并于同年8月公布。核心内容为以公报代替须公布的发文；以会签簿代替会稿咨文；修改公文稿面和收发文簿式；改革公文用语，简化程式，采用标点符号并分段叙述。就此展开了一场文书档案改革运动。
文书档案改革运动的中心内容是在行政机关试行文书档案连锁法，此法就是以集中制原则来组织进行机关的文书档案工作，把文书和档案工作二者结合起来。甘乃光等倡导者认为：“文书与档案本不能分，档案原为归档之文书，文书即未归档之档案，二者实为一者也。”具体程序是：由机关总收发室按既定的分类方案，将本机关全部收发文进行分类编号，采用三联单式一次登记，然后把文件送至主办单位，经办完毕随即由机关档案室进行立卷归档。总而言之，就是统一分类，统一编号，统一登记。通过简便的手续，将文书与档案视为一体，从而改变文书运转迟缓、档案管理分散的状况。文书档案连锁法的施行，简化了文书收发、编号、登记的手续，加速了文件的流转，提高了机关行政运转效率。
与中央机关文书改革相呼应，一些地方也开展了文书档案改革运动。在1934年内政部推行文书档案连锁法之时，闽赣两省派员学习、培训，并在当地推广施行。1935年，甘乃光调任武昌行营后，将文书档案连锁法推行至湖北、四川等地，文书档案连锁法渐渐在国民政府中央机关及一些省份被广泛认同和应用。1934年12月，行政院成立以甘乃光为主任的行政效率研究会，继续领导文书档案改革研究工作。1935年2月行政院设立档案整理处，负责制定中央各部会整理档案的法规，监督各部会依章依规处理档案，同时为建立国家档案做准备。因前述理由，该处即被并入行政效率研究会。1937年七七事变后，时局转趋严峻。行政效率研究会的工作日渐萎缩，文书档案改革运动和行政效率运动也日渐淡化。
抗战初期，国民党政府一面正面抗击日军侵略，一面准备向中国西南纵深地带转移。为应对战时军事机关的档案工作需要，国民政府军事委员会颁发训令：其一，无保存必要的档案随时登记销毁；其二，虽有保存必要，但可以登记方式替代的，应妥善登记，并将原件销毁。其用意在于随时减轻装备，以便抗战之行动。此项规定的落实，导致保存在各机关的档案原件大量被销毁。之后，国民政府各部委一边在昆明郊外开掘山洞建设档案库房，一边积极筹划部署重要档案向西南撤运。不久，由于日军从越南方面侵入我国滇桂边境，这些档案又相继运往重庆。“惟查此次由衡迁渝途中，各厅处仍沿途临时清理公文，仓皇焚毁，显见驻留期间，尚未能依照规则切实办理。”
国民政府曾委派人员对军事委员会、交通部、经济部、财政部等机关档案工作进行巡查，巡查结果显示，“仓皇焚毁”档案的现象非常普遍。
此外，国民政府向西南逐次撤离的过程中，各机关疏散在乡间办公，档案也随之颠沛于乡间，因条件简陋，或因搬迁频繁散失，或因暂存防空洞受霉湿损害，不啻一场浩劫。
鉴于上述“仓皇焚毁”档案的现象，1941年10月，国民政府颁发了《各机关保存档案暂行办法》，严令“各机关应切实保存档案，不得任意焚毁”，之后这一现象才得到基本遏制。随着战局的扩大、战线的延长和长期战争的消耗，日军的兵力严重不足，已无力发动大规模的战略性进攻，这就给国民政府及其军队以喘息的机会，档案工作也从战局溃败的慌乱中稳住阵脚，并逐步恢复和加强。
由于战时机关工作需要一个运转高效的行政运行机制，机关文书档案工作与行政效率息息相关，因此，文书档案工作进一步制度化和规范化建设反而在战时建立的体制下被更加重视和强化。国民政府、行政院、各部会密集出台了一系列有关机关文书工作及档案工作的规章制度及法令，大多具有全国一体遵行的性质。对文书档案工作的重视和加强还表现在人员配置上，各部门加强了档案业务人员培训，并将训练有素的人员充实到档案部门。
从国民政府有关文书与档案工作的法令、制度、办法出台的频率和数量来看，抗战时期文书与档案工作的制度化、规范化建设已卓有成效，这一时期颁发的文书与档案工作的法规性文件最为集中。较有代表意义的是1943年9月教育部颁发的《档案管理办法》和1944年7月国民党中央军事委员会颁发的《军用文书改良办法》。
迨至1945年抗战胜利后不久，内战再起。1947年7月军政部颁发《非常时期重要文卷归档办法》，8月，国防部颁发《旧有档案清理办法》，制定这些办法的目的是便于轻装转移和加强保密，必要时对档案进行销毁。1948年7月，为进一步加强战备，统一军事档案工作，国防部颁发了《档案手册》，《档案手册》要求各级军事部门全部档案划分为“临时档案”“中心档案”“永久档案”三类，与此相适应，在军事系统的机构也分别设置为临时档案室、中心档案室和一般档案室，并由联勤总部设立档案库，统一保存全军永久档案，还规定一般档案室受中心档案室指导，中心档案室定期向全军档案库移交档案等一系列制度，从而达到严格控制军事档案的目的。《档案手册》对于保密、销毁等规定得尤为严密，反映了国民政府在崩溃前对军事档案的管理。
综上所述，抗战前期及抗战时期的文书档案改革运动，提升了国民政府机关文书运转速度和办事效率，从制度层面将文书工作与档案工作二者有机联系起来，使得档案管理更加集中、科学、合理，使得大量抗战档案，虽然经历战争摧残，仍能系统、完整保存，为其得以保存至今奠定了基础，对抗战档案流传有着正面积极的影响。
遗憾的是，文书档案改革运动对确立归档范围作为档案工作的首要环节这一问题的重要性没有足够的认识，导致有文必档现象在档案部门长期存在，其后果就是混淆重要、次要档案，次要档案充斥于室藏和馆藏，鱼目混珠，真正重要的档案反而得不到更好的保存。其次，整个国民政府大部分时期没有建立起国家档案馆网，各机关长期形成的档案累积于机关档案室。机关档案室的容量毕竟有限，面对日渐膨胀的压力，已失时效的档案不能定期向档案馆移交，自然逃脱不了每遇战乱“仓皇焚毁”的命运。这种情况直到1948年7月国防部颁发了《档案手册》后才在军事部门得到重视并得到纠正，但为时已晚。