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中国第二历史档案馆（以下简称“二史馆”）成立于1951年2月1日，原名为中国科学院历史研究所第三所（即近代史研究所）南京史料整理处，1964年4月正式改名为中国第二历史档案馆。
该馆坐落于江苏省南京市中山东路309号，原“中国国民党中央党史史料编纂委员会”旧址。1949年4月南京解放后，南京市军事管制委员会接管了原国民政府“国史馆”和原“中国国民党中央党史史料编纂委员会”所保存的档案史料及其他财产，并留用了原来的工作人员。1949年10月，中华人民共和国中央人民政府成立，同年11月政务院接收工作指导委员会华东工作团到南京，接收原国民政府各有关机构，中国科学院历史研究所第三所派员随工作团来南京，参加接收原国民政府各机构所遗留的档案。随后，政务院文化教育委员会决定在南京成立专门机构负责保管上述档案，并先后从重庆、广州、上海、昆明接收了大量原国民政府各机构的档案及日伪中央政权档案等。
二史馆自成立以来，一直致力于中华民国时期中央机关及其所属机构档案的收集保藏，同时投入大量的人力物力对接收来的各类档案进行整理和提供利用。经过70余年的广泛征集，形成了卷帙浩繁、内容丰富的馆藏特色。作为国内典藏民国档案的重要基地，目前二史馆所藏民国档案计1354个全宗，约258.69万卷，4500万件档案，排架总长度可达55千米，另藏有民国时期图书、报刊13万册件。是研究中国现代史、中华民国史及各种专门史的资料宝库。
二史馆馆藏民国档案主要按照政权性质及其先后时序进行区分，分别为中华民国临时政府（即南京临时政府）、北京民国政府（俗称北洋政府）、广东军政府、广州国民政府、武汉国民政府、南京国民政府，以及汪伪南京、北平、华北伪政权等档案，另外藏有蒋介石、冯玉祥、张静江、陈布雷、顾维钧等52人的个人全宗档案，它们主要从不同的角度记录了1912—1949年近现代中国的政治、军事、财政、金融、经济、交通、文化、教育、外交、社会、立法、司法等方面情况，为全方位研究中国近现代史提供了丰富而翔实的文献资料。
自1927年南京国民政府成立至1949年国民党政权败走台湾，南京国民政府中央机关及所属机构在其长达22年行使权力的过程中形成了为数浩繁的档案文件。除大陆解放前夕被国民党当局运到台湾的部分重要档案，以及受战乱等因素影响而损毁和流失的小部分档案外，这一时期有关档案基本为二史馆收藏，它们涵盖了从1927年4月南京国民政府建立到十年内战结束，从第二次国共合作开始到抗战胜利，从蒋介石发动全面内战到南京政权最后覆灭的整个历史阶段。
作为馆藏档案主体，二史馆现藏南京国民政府时期档案共710个全宗，计150万余卷，不仅数量庞大，且较完整，囊括了国民政府（总统府）与行政、立法、司法、考试、监察五院及其直属机构档案，以及国民党中央执行委员会秘书处、中央组织部、中央宣传部、中央民众训练部、中央党史史料编纂委员会等党务系统档案等，其中蒙藏委员会、司法行政部和海关总税务司署等档案全宗不仅较为集中，且为二史馆所独有。
抗战档案更是二史馆所藏档案的精华。中国人民抗日战争从1931年九一八事变为起点，到1945年8月日本接受《波茨坦公告》无条件投降止，经历了14年艰苦曲折的斗争。“14年抗日战争是一个整体，前六年局部抗战主要发生在东北、华北及上海等地区，是整个抗日战争先声和重要组成部分；后八年的全面抗战是前期局部抗战的延伸和发展，也是中国以举国之力全面抗击并最终战胜日本侵略者的决战”。
二史馆收藏的抗战档案就时间跨度而言，全面记录了14年抗战历史的全过程：包括反映九一八事变前的1927年6月27日至7月7日日本确定《对华政策纲领》的东方会议及会后首相田中义一向日本天皇上奏的《帝国对满蒙之积极根本政策》（即《田中奏折》）的情报；1928年5月日军在济南制造“五三惨案”档案；1931年7月日本当局挑起万宝山事件档案；1931年9月至1932年12月局部抗战兴起阶段、1933年1月至1937年7月局部抗战扩大和发展阶段、1937年7月至1938年10月全面抗战战略防御阶段、1938年10月至1943年7月全面抗战战略相持阶段、1943年7月至1945年9月全面抗战战略反攻阶段
档案；抗战胜利后各地受降与接收、台湾光复、汉奸及战犯审判、抗战损失调查等档案。抗战档案就其范围而言，则涉及政治、军事、外交、经济、教育、文化、财政、金融、立法、司法、社会、边疆、侨务等方方面面。
二史馆收藏的抗战档案70余万卷，除军事委员会、军委会委员长侍从室、军令部、政治部、国防部史政局和战史编纂委员会等军事系统档案及伪临时政府、伪维新政府、汪伪国民政府等日伪档案全宗在下节中专门列举外，涉及的全宗主要有：
国民政府、国民党中央执行委员会秘书处、国民参政会、国民政府主计处、立法院、司法院、司法行政部、最高法院、最高法院检察署、行政法院、考试院及考选委员会、铨叙部、监察院及各监察使署、审计部、行政院、行政院经济会议秘书处、国家总动员会议、全国经济委员会、战时生产局、战争罪犯处理委员会、敌产处理委员会、行政院收复区全国性事业接收委员会、行政院苏浙皖区敌伪产业处理局、中央图书杂志审查委员会、行政院非常时期服务团委员会、内政部、内政部人口局、内政部禁烟委员会、地政署、卫生部、蒙藏委员会档案全宗。主要涉及战时国家大政方针的制定与实施，国家体制全面转入战争体制的过程，战时各项法律法规的制定与施行，如非常时期维持治安紧急办法（1940年7月24日）、国家总动员法（1942年3月29日）等。
民族事务方面，“掌理有关蒙古、西藏行政及各种兴革事项”的蒙藏委员会及国民政府、行政院等机构档案中，保存有大量有关整个抗战时期民族事务组织机构与行政法规，以及反映重要蒙事、藏事、新疆政情的档案史料。如国民政府公布的蒙古盟部旗组织法（1931年10月）、达赖班禅代表来京展觐办法（1934年1月）、管理喇嘛寺庙条例（1935年12月）、蒙藏边区人员任用条例（1937年4月）、喇嘛转世办法（1938年9月24日），及国民政府批准设立蒙藏委员会驻藏办事处令（1940年4月6日）等。
国民党中央执行委员会秘书处保存有反映为解决国共两党争端而于1944年5—8月、1944年11月至1945年1月国共代表在西安、重庆举行谈判情况的有关档案，如1944年2—3月国民党中央党政军联合会报会为国共谈判所采对策的会议记录和方案，蒋介石对于外籍记者赴延安访问及国共谈判问题的指令，1944年5月张治中、王世杰关于与中共代表林伯渠谈判情况致蒋介石的电稿，林伯渠与张治中等的来往函件，1944年11月国共协定草案及国民党对于该项协定的修改稿，王世杰与周恩来谈话情况的记录（1944年11月21日），以及毛泽东、周恩来、赫尔利的来往函抄件，林伯渠在重庆活动情形和社会各界对于国共谈判的态度等情报。
战争罪犯处理委员会等全宗的档案则记录了中国军事法庭调查日军各种暴行、审判日本战犯情形档案。如南京崇善堂掩埋死难者工作一览表、世界红卍字会南京分会救济队关于掩埋尸体情况统计表等。赈济委员会档案内有南京国际救济委员会报告书以及南京大屠杀证人及幸存者陈述笔录，还有国防部审判战犯军事法庭对南京大屠杀元凶谷寿夫、向敏明等战犯的起诉书、判决书，东京远东国际军事法庭对于日军南京大屠杀罪行的判决等资料。
外交部、外交部驻沪办事处、外交部驻云南特派员公署、中国驻英使馆、中国驻苏使领馆、中国驻瑞士瑞典使馆、侨务委员会等外交侨务系统档案全宗包括系统反映国民政府与日本及欧美诸国关系的外交档案，以及争取苏美英等国援助和取消不平等条约、恢复中国大国地位、保护侨民等方面档案。
中日关系方面，有反映日本发动九一八事变，侵略东北和制造伪满洲国的档案，如顾维钧等致张学良密电、张学良致蒋介石等密电、外交部关于对日交涉情况的报告、国际联盟关于解决中日纠纷的系列文件、顾维钧关于日本策动东三省独立的说帖、辽宁特务员张新生关于日本侵略东北实况的呈文等；有反映“一·二八”事变的档案，如外交部关于上海停战会议经过情形的报告，国联调查团中国代表顾维钧关于中国对“一·二八”事变拟采取和平政策之说帖，以及汪精卫、何应钦、张学良、罗文干、孔祥熙、吴铁城等人关于沪案情形、停战谈判及英美调停等事宜的来往密电和中日停战协定等；还有反映日本操纵华北走私、贩卖毒品、在华北“自由飞行”、在中国各地挑衅及侵夺中国主权违法案件、川岛芳子在天津成立华北伪组织等档案，以及张群任外交部部长期间与日本驻华大使川越茂关于调整中日邦交问题的谈话记录，外交部关于解决成都事件、北海事件之对策草案，蒋介石驳斥日本近卫声明的讲话，外交部关于日汪签订密约的声明等。
关于参加国际会议及与苏美英等国关系，以及废除不平等条约，国民政府为应付时局所采取的一系列对外方针政策及外交活动的档案，包括国防最高会议确定关于中国参加《九国公约》会议及代表会外活动原则函，外交部拟定有关侵略与制裁、军缩、变更条约、战后借款及整理外债原则，国民政府公布中国与联合国善后救济总署签订之基本协定，中美英苏关于筹设战后世界和平机构建议案，中国与英美诸国签订废除不平等条约协议经过情形等。
财政部、国库署、关务署、海关总税务司署、税务署、直接税署、财政部各区统税局、缉私署、战时货运管理局、专卖事业管理局、烟类专卖局、火柴专卖局、盐务总局、四联总处、中央银行、中国银行、交通银行、中国农民银行、中央信托局、中央印刷厂总管理处、邮政储金汇业局、中国国货银行、各省市县银行、各保险公司、贸易委员会、富华贸易公司、复兴商业公司、中国茶叶公司等财政金融系统档案全宗全面反映了战时财政金融政策、法规，以及改订财政收支系统与战时预决算、田赋收归中央并改征实物、整顿旧税另辟新税、发行公债与举借外债等各项重大举措。如非常时期金融管制政策，针对日伪金融侵略的应对策略，关税自主与改订新约，对糖、烟、火柴、食盐等生活物资实行专卖，开征诸如货物统税、印花税、遗产税、消费税、营业税等税种，中央与各地方公债筹募、摊派、整理以及战后处理敌伪债券库券等情况；又如中苏、中美、中英等借款，中、中、交、农四大银行和四联总处、中央信托局、邮政储金汇业局等国家金融垄断机构战后接收清理伪中央储备银行、伪中国联合准备银行、伪蒙疆银行、伪满中央银行与收换伪钞，及台湾光复时期金融与币制概况等。
包括实业部、经济部、采金局、物资局、钢铁管理委员会、土铁管理委员会、工矿调整处、燃料（煤焦）管理处、液体燃料管理委员会、商标局、全国度量衡局、汉口商品检验局、重庆商品检验局、农本局、福生总庄、花纱布管制局、资源委员会、资委会驻美国及印度总代表办事处、资委会国外贸易事务所、资委会保险事务所、资委会电信事务所、资委会运务处、资委会矿产测勘处、资委会四川油矿探勘处、甘肃油矿局、中央电瓷制造厂、中央无线电器材厂、中央电工器材厂、动力油料厂、中国植物油料厂、中国粮食工业股份有限公司等经济系统档案全宗的经济类档案是二史馆收藏最多的档案，它广泛涉及抗战时期各经济领域，充分反映了战时工矿、商贸等方面生产建设与营运情况。经济政策方面有非常时期经济方案、非常时期工矿商业管理条例、工商业团体管制办法、战时经济持久政策具体实施办法和国民党中央执行委员会通过的有关巩固前方经济基础、确立战时经济体系、实行经济统制等决议案等。有关经济法规与经济活动方面包括矿业法、工厂法、公司法、商标法、专利法、战时经济行政组织、经济部年度工作报告、各战区经济委员会和战区经济游击队组织活动与对敌经济作战，以及经济部、国防设计委员会等关于工厂经营、工矿产品等方面的调查报告，纺织、面粉、火柴等轻工业发展情形的统计资料等。特别是经济部关于战时工矿企业内迁情形报告、工矿调整处协助西迁工厂一览表等有关工矿内迁的档案弥足珍贵。
农林部、农林部农产促进委员会、粮食增产委员会、农业推广委员会、西北羊毛改进处、农田水利工程处、棉产改进处、全国粮食管理局、粮食部、粮食部田赋署、水利部、长江水利工程总局、导淮委员会、中央水利实验处、水利示范工程处、水利发电勘测总队、龙溪河水力发电厂工程处等农林水利系统档案全宗。增加粮食、棉花、生丝等农产品产量，保障大后方军民供给成为战时经济工作的重中之重。二史馆收藏的抗战农林水利档案包括了战时农业行政、农业金融与农业合作、土地垦殖与农田水利、农林牧渔业生产、农作物品种改良与病虫害防治、增加地力研究与推广应用、兴办农田水利、调整租佃关系、农村经济政策、各项土地法规、农村土地状况调查、地政改革、农村经济建设等方面的调查统计，全国及各省市合作事业及合作社概况报告，以及农产改良与垦殖、林牧渔业与水利建设、旱涝兵灾荒救济与农民生活状况调查等诸方面。
交通部、铁道部、津浦区铁路管理局、陇海区铁路管理局、京沪沪杭甬铁路管理局、浙赣铁路联合公司理事会、浙赣铁路管理局、平汉区铁路管理局、粤汉区铁路管理局、滇缅铁路工程局、滇缅铁路督办公署、滇越铁路滇段管理处、川滇铁路公司总经理处、个碧石铁路公司、交通部公路总局、中国航空股份有限公司、中央航空运输公司、欧亚航空公司、招商局轮船股份有限公司、电信总局、邮政总局、中央气象局等交通系统档案全宗。战时交通包括公路铁路运输、轮船航运、驿运、航空运输等。战时运输十分紧张繁忙，大凡作战兵员、大中学校师生、难民运送，战争物资投送，工矿企业设备西迁，内外贸易物资运输等都需要争分夺秒地进行。二史馆保存的抗战时期交通运输方面的档案有诸如铁道、邮政、航运、航空法规，非常时期电信统制办法，抗战以来之交通概况，包括铁路、公路、驿运、水道航运、航空、邮政电信等交通设施与工程建设概况，另外还有交通部公路运输总局、中国运输股份有限公司、国营招商局、民生实业股份有限公司等运输机构以及中国、欧亚、中央、中苏等航空公司在战时恶劣环境中加紧输送人员、抢运物资状况等。
教育部、教育部战区学生指导处、战地失学失业青年招致训练委员会、国立编译馆、中华教育文化基金董事会、中华平民教育促进会、国立中央图书馆、国立政治大学、国立中央大学、私立金陵大学、国立江苏医学院、私立乡村建设学院、私立金陵女子文理学院、国立药学专科学校、国立边疆学院、国立东方语文专科学校、中央研究院、中央研究院地质研究所、国立北平研究院、静生生物调查所、中央国医馆、中国地政研究所、中央工业试验所、中央农业实验所、中央林业实验所、国史馆等教育科研系统档案全宗。二史馆收藏的抗战时期教育科研方面的档案主要反映了战时文化政策措施与抗战文化宣传、战时新闻图书出版与审查、战时教育方针政策及其实施概况、战时初中高等教育、特教、边疆与侨民教育及科研机构、高校内迁、战时学术研究机构与教育社团等方面状况。如各项教育法规、战时教育概况统计表、教育部关于落实国民党历届会议对于教育决议情形报告、战时国民政府中央与地方教育文化经费分析表、后方各省初等教育概况统计表、全国及各省实施国民教育工作报告、战时全国国民学校及小学概况表、教育部关于社会教育概况报告、抗战以来历年扫除文盲数一览表、战时全国中等教育各类概况表及各省市中等学校迁移概况表、战时全国专科以上学校院系设置与内迁及师生人数和经费概况表、出国留学人员各类统计表、国立中央研究院及其所属各研究所工作概况与工作成绩报告等，大致反映了抗战期间国民政府文化教育方针政策措施和文化教育事业的基本概况，以及国民政府钳制思想与言论、压制进步文化教育事业的状况。
社会部、社会部合作事业管理局、社会部全国合作社物品供应处、社会部重庆游民训练所、陪都空袭服务总队部、赈济委员会、行政院善后救济总署、中国红十字会总会、世界红卍字会中华总会、中国华洋义赈救灾总会、中国国际救济委员会等社会赈济系统档案全宗。二史馆收藏的战时社会赈济方面的档案主要反映了战争给中国人民带来的无尽灾难和痛苦：日军的轰炸、炮火与屠杀时时威胁着人民的生命，贫苦、饥饿和疾病伴随着千千万万流离失所的人们。此类档案包括各项社会赈济法规、各慈善团体工作概况与发放及领取救济物品人员名册、各地灾情调查报告、各地呈报遭日伪掠夺与迫害状况函件、各地遭日机轰炸统计表、国际救济委员会有关日军南京大屠杀报告、董必武关于各抗日根据地军民遭受日军侵害所受损失情况报告等。
蒋介石、冯玉祥、张静江、陈友仁、孔祥熙、王宠惠、杨杰、陈布雷、顾维钧、孙科、周佛海、吴忠信、蒋廷黻等个人全宗档案。如陈布雷个人档案中收藏有西安事变前后蒋介石同张学良、杨虎城、何应钦、顾祝同、于学忠等要员的往来电报、电话稿及《解决陕事之方案》，抗战期间陈布雷为蒋介石起草的讲演稿、声明以及致各地军事首长电报，蒋介石致罗斯福、斯大林等函电稿等；军界要人杨杰1938年5月至1940年4月任中国驻苏大使，其个人档案中既收藏有南京国民政府军事会议记录与决议、镇江区要塞实弹射击演习实施计划及防空组织训练方案、陆军大学各种教材和军用地图及个人撰写的有关国防军事建设的意见纲要、军事外交问题讲演稿与相关研究资料等，还有杨杰与苏联官方关于中苏关系问题的会谈记录与情况报告，其中涉及就苏联援华武器购装运输、物资贷款、易货贸易等问题与蒋介石、宋子文、孔祥熙等人的来往文电，杨杰就向法国借款购买军火以及购买汽油等事宜与孙科、贺耀组、财政部等的来往函电等。在杨杰个人档案中，存有1938年5月5日蒋介石致苏联最高统帅请求援购武器来华的密电。密电全文如下：
莫斯科。极机密。杨次长转史太林先生并伏罗希洛夫元帅：中国对日抗战，迭承尽量援助接济，俾战局克以支持迄今，敌人消耗甚巨，不独私衷感激靡量，即全体将士与民众，对贵国仗义相助、抑强扶弱之厚意，均表示无限之钦佩与感激。现在中国缺乏必需之武器甚多，尤其需要飞机特别迫切。曾以此意面告贵国大使，并电令杨次长同时洽商，请贵国借给大批之武器与飞机，并准备订立正式贷借契约，想邀鉴察。中国此种希望与请求，实基于与贵国精神相契之道义关系，若以寻常商业手续及普通国际关系而言，直为不可能之举，既不能提供现款，何从取得物资？此在中国已明知之。其上次承借与之武器，款未清还，又承垫付多量之运输费用，亦尚未偿讫，无日不耿耿在心。但中国既深信贵国主持和平正义之苦心，又鉴于两国在东亚局势上有共同之利害，认为中苏两国关系乃超过了通常友谊之上，实为共患难之友。余深知足下之卓虑远识，必与吾人同感，故不惮提出此项出于通常手续以外之请求也。
上次垫借之款，未能如期清还，实深歉愧，但请谅解。我国实无外汇现金可资拨付，苟稍有可能，不待贵方催询，早应全偿。贵国如此热肠相助，中国为良知与信义计，岂容有丝毫延迟之理？若在无战事之平时，尚不难于筹给，今则战争正在激烈进行，前线决胜之工具为武器与兵士，而后方所赖以支持抗战者，全在金融之安定。中国现金特别缺乏，如一时汇出如此巨款，则国际汇兑即难维持，整个经济即趋摇动，军队虽有牺牲决心，亦将无以克敌。故我方所希望于贵国者固为接济武器，更望深谅中国目前之极端艰难而维持其经济力量。惭愧迫切之情，实非言语所能达其万一也。
关于前所借垫三千二百万之货价、运费，余于未接电之前，即面告贵国达武官，中国虽事实上不能立即清还，但必须揭算详细数额，准备可能时清偿。今欲为贵方明告者，中国已决定提出国币三千二百万尽速购足同额之货物抵运。如此，庶不致影响外汇，而经济得以维持，战事亦可顺利进行。贵国当能谅解中国此种措置之苦衷而予以同意也。并恳将商请拨借之武器及飞机从速允诺，订成契约，分批起运，以发扬我战场之士气与军心。尤其飞机一项，实迫不及待，中国现只存轻轰炸机不足十架，需要之急无可与比，请先将所商允之轰炸机与发动机尽先借给，速运来华，其他整批契约亦请早日订立实行，使对日战事不致中途失败，使贵国援助我国之厚谊不致因接济延后而失其意义，全中国军民将永不忘贵国急难相扶之惠。掬诚奉达，深信本于道义立场，必能慨允我所请，并祈面告杨次长电复为幸。敬颂进步、康健。蒋中正。中华民国二十七年五月五日于武昌。
此份电报阐明了中国坚持抗战的艰难和对苏联援助的感激，同时反映了在中国抗战期间苏联曾以特殊的方式向中国提供了大量抗战物资和军事援助。
再如活跃于民国外交舞台的重要人物——顾维钧，以其特殊身份经历和见证了中国外交史上一系列重大事件，在馆藏顾维钧档案中有包括其担任外长、国联代表、巴黎和会中方全权代表以及驻各国公（大）使，陪同国联李顿调查团赴东北实地调查日军侵略行径，参加《九国公约》会议与参加远东委员会期间的来往函电在内的反映国际外交风云的大量外事文件。又如1936年8月调任蒙藏委员会委员长的吴忠信，曾于1940年2月代表中央会同西藏摄政热振呼图克图主持第十四世达赖喇嘛坐床大典。另外，如冯玉祥、蒋廷黻、孔祥熙等个人全宗对战时军事、文化教育、赈济、财政等方面情况均有不同程度的记载。
二史馆收藏的70余万卷抗战档案内容宏富，资料翔实，涉及中国抗战的方方面面，从某一重大举措或某项政策制定的背景、制定过程、讨论情形直到该项举措或政策的出台与实施成效都有详细记录，这些档案大多为第一手资料，其完整性、系统性及权威性在国内外档案馆、图书馆中可谓首屈一指，是研究中国人民抗日战争和世界反法西斯战争不可或缺的重要史料。