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东晋的军权被外戚庾氏掌握。庾亮执政初期，逼反了苏峻、祖约，消灭了后者的流民武装，又掌握了荆州军权，胸中的雄心壮志开始蠢蠢欲动。他宣称以北伐中原为己任，选择襄阳方向为主攻点，搜集军队准备收复河南。《晋书》评价庾亮这个人“智小谋大，才高识寡”。收复中原必将破坏现有的势力均衡，引起上自皇室下至世族势力的阻挠破坏。祖逖就是前车之鉴。庾亮本来就掌握了地方军权，内部又有庾太后的支持，已经遭人忌妒了，如今更是成了大家的眼中钉。
庾亮在襄阳意气风发，全力组织北伐军。其他世族不方便公开反对，就暗中捣乱。大军未动，粮草先行，庾亮向各地征调军需粮草，结果所得寥寥。其他人不给庾亮军队，也不给他粮秣，结果整件北伐大事就成了庾亮在荆州的“地方行为”。庾亮北伐的时机也不对。北方的后赵政权还相当强大，庾亮的北伐仅局限在现在的河南南部地区，还屡战屡败。朝野的冷嘲热讽纷至沓来。庾亮壮志难抒，心情抑郁，在340年正月病逝。兄弟庾翼继任荆州刺史，庾冰在朝中配合。庾氏依然掌握朝廷实权，继续推动北伐。
342年，二十二岁的晋成帝司马衍病死。庾冰、庾翼力排众议，拥立晋成帝的同母弟弟司马岳。司马岳继位，史称晋康帝。司马岳兄终弟继。因为他是庾氏的外甥，继位可以方便庾氏继续专权。不幸的是，司马岳在即位的第三年也死了，年仅二十三岁。
庾冰、庾翼出于私心，继续反对司马岳的儿子继位，主张拥立长君。他们推出司马睿的幼子、曾经和司马绍争夺皇位的会稽王司马昱为新君人选。司马昱为晋成帝、晋康帝的叔叔，按说没有机会登基，一旦登基自然会感激庾氏，再次方便庾氏掌权。宰相何充等大臣强烈反对。晋康帝临终前，曾立两岁的儿子司马聃为皇太子。晋康帝一死，何充等人就抢着发布遗诏，拥戴司马聃登基。司马聃史称晋穆帝。庾太后就成了太皇太后，不方便再干政了。庾氏兄弟在皇位更替上输了一仗，威望和势力都大减。
晋穆帝即位后，庾冰在朝中不像以往那样顺畅了，遭到了其他大族的排挤，不久去世。荆州的庾翼孤立，不得不将主要精力放到防备朝廷上去。他离开北伐前线襄阳，委托亲信和儿子留守，自己还镇夏口。在夏口，庾翼还不忘修缮军器、囤积粮草，为北伐做准备。永和元年（345年）夏，庾翼在夏口去世，这标志着庾氏发动的第二波北伐浪潮的过去。
庾翼临终上奏由儿子庾爰之代理荆州刺史。庾氏试图将荆州固定为自家势力范围，但朝中根本没有人支持庾爰之。荆州为国家重镇，朝臣一致声称荆州刺史不能为世袭职位。丞相何充就认为：“荆楚，国之西门，得人则中原可定，失人则社稷可忧，岂可以白面少年当之哉！”他推荐桓温担任荆州刺史。于是，桓温在永和元年（345年）出任荆州刺史，取代庾氏获得了长江中游的兵权。
桓温是桓彝之子，“少有壮志”，以本朝初期名臣刘琨、陶侃为榜样。桓彝在苏峻之乱中遇害，江播是杀父帮凶。父亲死时，桓温才十五岁，就枕戈泣血，扬言要复仇。桓温十八岁那年，江播病死了，江彪三兄弟为父亲发丧。为了防备桓温来寻仇，江彪三人都刀不离手。桓温就混在吊唁的宾客中进了江宅，当堂手刃江彪，并追杀他的两个弟弟。东晋朝廷对世族间的仇杀睁只眼闭只眼，没有处分桓温。桓温反而获得了巨大的声望，历任琅琊太守、徐州刺史。晋明帝还把大女儿南康长公主嫁给了桓温。
桓温有胆略，有能力，敢作敢为，一心建立功业，上任荆州刺史后，就打出了“统一天下”的旗号来。到任的第二年（346年），桓温就孤注一掷，率军逆江而上进攻成汉政权。朝野还没缓过神来，前方就传来了桓温平定蜀地，汉王李势投降的捷报。这下，东晋朝廷不得不思考一个现实问题：桓温俨然在荆州称雄了！朝廷原本是为了去除庾氏割据倾向而任命桓温，不料桓温成了新的庾氏。可是，桓温功勋卓著，又不得不赏。东晋朝廷只好采取两面手法：一方面提升桓温为征西大将军，封临贺郡公；一方面对桓温暗中限制，不给兵，不给粮。
永和五年（349年），后赵的石虎死了，北方大乱。大批北方百姓南迁投奔东晋，后赵的寿春守将也投降了东晋。民间北伐声音大增。桓温抓住时机大造舆论，主动进屯安陆。他甚至扬言，如果朝廷不北伐，将在外君命有所不受，他就要自行北伐了。
朝廷的压力实在太大了，又不愿意让桓温把北伐的首功抢走，就仓促出面组织了一次北伐。这是东晋朝廷出面组织的第一次北伐。北伐军的兵力只有三万人，统帅是晋穆帝的外祖父、褚太后的父亲褚裒。褚裒是一代名士，打仗却很外行。当时中原的形势很混乱，大批民众携家带眷南下。褚裒最明智的做法就是组织南下的百姓，让他们做向导，直捣后赵的巢穴邺城。可惜褚裒指挥北伐军以接应南下民众为主，纠缠南北边界各个城池的得失。后赵从容组织反扑。代陂一战，北上接应民众的东晋部队全军覆没。褚裒忙从彭城退到广陵。寿春的东晋将领听说统帅失败，吓得烧掉军需、毁掉城池而南逃。北伐就此失败。褚裒惭愧不已，很快在京口（今镇江）郁郁而终。
褚裒生前推荐了殷浩主持北伐，朝廷便征殷浩为建武将军、扬州刺史。殷浩上疏推辞，朝廷就继续征召他，一直持续了四个月，殷浩才答应上任。殷浩也是当时的名士，善于玄言，名望极高。一般人都把他与管仲、诸葛亮相提并论。他的名言是：“官本臭腐，故将得官而梦尸；钱本粪土，故将得钱而梦秽。”朝廷一再给他官做，庾亮、庾翼北伐时也征召他，殷浩全都拒绝。他称疾不起，屏居墓所将近十年之久。桓温灭蜀后，威势高涨。当时在朝堂上主政的是司马昱，他想借助殷浩的盛名对抗桓温，就树立殷浩为扬州强藩，与荆州的桓温抗衡。
殷浩任职前也高喊北伐口号，说得头头是道。他上任后恰值冉闵称帝、北方混乱加剧，正是北伐的好时机。朝廷就任命殷浩为中军将军、假节、都督扬豫徐兖青五州军事，主持北伐。殷浩意气风发，组织了阵容庞大的北伐团队。他的关键措施有两条：一条是招降前秦的大臣和将领；一条是利用投降东晋的胡族力量，主要是羌族姚襄的力量，让他们打前站。前秦苻健一度杀戮大臣，侄子苻眉自洛阳西奔，殷浩误以为前秦内部乱得一塌糊涂了，上奏请求进屯洛阳，修复西晋皇室园陵。他信心满满，志在必得，甚至请求卸任扬州刺史，专镇洛阳。后来证明前秦并没有内乱，相反却是投降东晋的将领张遇降而复叛，打败了谢尚的晋军。殷浩主要依靠姚襄的羌族军队，却不信任姚襄。他将姚襄部队迁徙驻地，又派人监视。姚襄也不是真心投降，一度杀害友军壮大自己，殷浩也不能制止。在进军途中，姚襄叛变，在山桑伏击了东晋大军。殷浩原本就没想实打实地北伐，听说姚襄造反了，吓得抛弃辎重南撤。北伐军的器械物资都被姚襄掠走。晋军损失惨重，殷浩北伐也以惨败告终。朝廷废殷浩为庶人，押往浙中安置。
褚裒、殷浩先后失败，东晋再也没有理由压制一直叫嚷着要北伐的桓温了，索性将北伐重任授予他。至此，桓温掌握了北伐主动权。
永和十年（354年），桓温第一次北伐，兵分两路，他亲率步骑四万余出湖北，命令梁州方面出秦岭。桓温在蓝田、白鹿原连续击破氐族苻健的军队，推进到长安郊区的霸上。苻健据守长安城。第一次北伐可谓旗开得胜，政治影响巨大。关中百姓“持牛酒迎温于路者十八九”，一些老年人感极而泣：“没想到今生还能再见到官军！”桓温的北伐依靠的仅仅是荆州的物资，经过两场恶战，推进到长安城郊后，北伐军的后勤供应出现了问题。桓温就在霸上停顿了下来，一边等待后方的军需运达，一边抢收关中地区的春麦作为军粮。另一种说法是桓温此时已经有了谋逆自立的野心。他想借北伐来揽权立威，并非要真心收复失地。秦军抢先收走了粮草，对北伐军坚壁清野，桓温粮秣不继，被迫撤返襄阳。第一次北伐失败。
永和十二年（356年），桓温第二次北伐。北伐的目标是叛晋的姚襄势力。叛晋后，姚襄一度游离在前秦和前燕之间，盘踞在河南洛阳、许昌等地。桓温北上击败姚襄，收复了河南地区。其中西晋首都洛阳光复，具有重大政治意义。桓温大做政治文章，建议“还都洛阳”，并建议南迁的世族大家返乡。洛阳在桓温控制之下，让朝廷和达官显贵都迁徙洛阳，不是重复“挟天子以令诸侯”的旧戏吗？建康的达官贵人激烈地反对桓温的建议。就在东晋朝臣的相互猜忌和扯皮之际，前燕慕容恪、慕容垂领兵进攻河南。许昌、汝南、陈郡等地失守。洛阳守将陈佑以救许昌为名南逃，留沈劲的五百人守城。沈劲是王敦死党沈充之子。沈充背负叛逆的恶名，沈劲引为终身憾事，如今以区区五百人坚守洛阳，非但不怨天尤人，反而觉得是以身殉国、挽回家族名声的良机。洛阳很快被前燕攻占，沈劲全军覆没，被俘遇害。至此，桓温第二次北伐的成果全部丧失了。
其间，东晋经历了一次皇位变革。361年，晋穆帝司马聃病逝。堂兄司马丕被推举为新皇帝。司马丕是晋成帝的长子，原本早就有希望称帝了，结果因为庾氏专权的需要被闲置了。他苦等晋康帝、晋穆帝两个皇帝都死了，才坐上本属于他的龙椅，史称晋哀帝。桓温因为功勋卓著，被晋哀帝加封侍中、大司马、都督中外诸军、录尚书事、假黄钺。桓温移镇姑孰（今安徽当涂），让兄弟桓豁领荆州刺史；桓冲任江州刺史，监江州及荆、豫八郡诸军事。至此，桓温成了东晋最大的实力派。除了长江最下游的部分郡县外，中下游军政大权都落入桓氏之手。
晋哀帝司马丕继位后，醉心黄老之术，服药求长生而中毒，死于365年，年仅二十五岁。大臣拥立其弟司马奕为新皇帝，史称晋废帝。
369年，手握大权的桓温为了树立更高的威望，率五万人北伐前燕。北伐开始很顺利，一路势如破竹。经过金城时，桓温见到自己担任琅琊太守时种的柳树已经长成老树，感叹道：“木犹如此，人何以堪！”人已老，桓温也年过半百了。他攀枝执条，泫然流涕。可当北伐军推进到枋头（今河南汲县境内）时，桓温又逡巡不前。当时前燕军队并不弱，并且前秦已经出兵增援前燕，两国联军对付桓温。而北伐军又遇到了老问题：后勤跟不上来。这个后勤的老问题，根子在于朝廷并没有收复失地的真心，加上其他世族大家不愿意桓温建立大功，一家独大，所以后方没有为桓温全力提供保障。桓温在前线很快就没有粮食吃了，又得知前秦援兵将至，只好烧船弃甲，撤退回国。北伐军撤退途中，缺粮少水，只能凿井而饮，又不断遭到前燕的伏击，最后只有万余人逃回南方。
惨败后，桓温把责任推卸给负责后勤的袁真。袁真不满而在寿春造反。桓温进攻寿春，直到371年才攻克。当时袁真已死，据守城池的袁瑾被杀。尽管找了替罪羊，桓温的威望仍然大减。桓温便想用废立皇帝的办法来立威。371年，桓温废司马奕为海西公，改立司马昱为帝。司马昱就是简文帝。他原本可以成为东晋的第二个皇帝，结果在晚年才成了东晋的第八个皇帝。他的雄心壮志早已消磨光了，在位就是个傀儡，一切朝政由大司马桓温独断。
长期手握大权，桓温也厌倦了“北伐—失利—再北伐”的老路，有了更大的“追求”。他抚枕而叹：“人生在世，既不能流芳百世，不足复遗臭万载耶？”桓温开始以王敦为榜样，他和王敦的处境惊人地相似。王敦曾经和皇位一步之遥，桓温的手也可以摸得着龙椅。