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司马懿有一庶出的少子司马伷，是司马懿的小妾伏夫人所生，被封为琅琊王。第三代琅琊王司马觐的王妃夏侯氏私通小吏牛氏，生司马睿。西晋末年，皇室内讧，多少皇亲贵胄身首异处，血流满地，司马炎一系的近支子弟更是损失殆尽。作为皇室远支疏宗的琅琊王司马睿幸存了下来。
司马睿十五岁世袭了琅琊王的爵位，但无权无兵，八王之乱前夕，司马睿“每恭俭退让，以免于祸”。永兴元年（304年），晋惠帝被挟持到邺城，司马睿随行。东安王司马繇劝掌权的成都王司马颖对晋惠帝客气优待，司马颖不仅不听，还把他杀了。司马睿是司马繇的亲侄子，怕遭牵连，赶紧化装逃走。成都王司马颖下令一切关口、渡口都不准贵人通过。司马睿到达黄河渡口，就被拦住了。情况紧急，幸亏有个叫宋典的随从急中生智，拿马鞭朝司马睿身上一拂，笑道：“舍长（看管房子的小吏），官府把你当作达官显贵拘留了，看来你很有贵相啊！”守渡口的官兵信以为真，就把司马睿等人放行了。
司马睿逃亡后，坚定地站到了东海王司马越的阵营一边。永兴二年（305年），司马越授意司马睿去守下邳，并派自己的参军王导给司马睿当助手。王导出身琅琊王氏，眼光独到，看到天下已乱，看中了司马睿的低调和没有历史包袱的清白背景。司马睿对琅琊王氏也很有好感，刻意笼络。史称王导“倾心推奉”，司马睿“亦雅相器重，契同友执”。司马睿出镇下邳，开始了两人的搭档生涯。王导和司马睿同龄，当年都三十岁。
中原大乱愈加激烈，王导和堂兄弟王敦、王旷商议，觉得中原局面混乱，不如去相对安定的东吴故地开辟新局面。王导建议司马睿去东南地区独当一面。司马睿很赞成，向司马越申请移镇南方。朝廷中的王氏兄弟王衍、司马越的妃子裴氏二人被司马睿和王导做通了工作，都鼓动司马越同意司马睿的请求。司马越答应了。永嘉元年（307年），司马睿出任安东将军、都督扬州诸军事，联合王导等人搬到了建邺。司马睿前往东南，名义上是移镇，其实类似逃亡，带动了北方官民的南逃浪潮，史称“永嘉南渡”。
西晋末期，朝廷对南方控制减弱，江南先后爆发了张昌、陈敏两次大规模的叛乱。建邺是东吴的故都，不是谁坐在这里都能得到东南地区的支持。西晋平吴后，江南童谣称：“局缩肉，数横目，中国当败吴当复。”“局缩肉”是对司马皇室的蔑称。“横目”就是一个“四”字，“数横目”就说西晋寿命只有四十年左右。四十年后“中国当败吴当复”。而从265年司马炎建立西晋王朝到307年司马睿南下，已经四十年了，恰好天下大乱，很多东南百姓就认为改朝换代的时候到了。又有民谣说：“宫门柱，且当朽，吴当复，在三十年后。”意思是东吴灭亡三十年后将会复国。当年陈敏反叛，在东南能迅速掀起大风大浪，和民心反晋思吴有很大关系。
司马睿到建邺时，距离陈敏覆灭才过去半年光景。南方局势也不是一潭静水，世族大家和一般百姓都心存观望。司马睿到建邺大半个月了，竟然没有一个江东士人前来拜访。西晋王朝已经分崩离析了，皇室成员在江东士人心中早已大大贬值。而司马睿这个琅琊王又是西晋皇室中的边缘人物。江东的世族大姓轻蔑地称司马睿、王导等人为“伧父”。
司马睿南下建邺的一个多月后，是三月三日“修禊节”。司马睿坐在奢华的肩舆之上，在皇家仪仗的簇拥下，缓缓出现在秦淮河边。王导、王敦等北方世族和名流都恭恭敬敬地骑马跟随其后。整个队伍威严肃穆又不失豪华热闹，将西晋王朝的泱泱皇室风范展现给江南世人。江东的纪瞻、顾荣等著名大族都在江边搭着席位过节。目睹这一幕，他们的内心受到了极大震撼。皇室骨肉相残之后竟然还能保持这么威严的阵势。原来司马睿在北方的地位这么高，得到了这么多大人物的支持！震撼之余，南方人士纷纷拜倒在路旁。司马睿落座后，江东各大族纷纷前来拜见。司马睿、王导等人专门挑一些南方人不知道的新闻、礼仪、赏赐来说事。江东的世族大家听得晕头转向的。回家后，世族大家纷纷感叹，司马睿这批人不可小瞧！
紧接着，南方各大人物和名流先后接到了司马睿的聘书。司马睿一下子征辟了一百六十个幕僚，许诺以高官厚爵。司马睿任用顾荣为军司，加散骑常侍，遇到军国大事都向他咨询；任用贺循为吴国内史，将东南核心的吴郡托付给本地人治理。纪瞻、周玘、张闿等江东世族也都被委以重任。东吴灭亡后，江东士人的仕途变得很不顺畅。如今司马睿大施恩惠，史载：“由是吴会风靡，百姓归心焉。”
在这其中，王导发挥了重要作用。谯国龙亢（今安徽怀远）世族桓彝南渡过江之初，看到司马睿势力微弱，担忧地对同样南渡的汝南世族周
说：“我们因为中原大乱才到此间来求生存，不料官府如此微弱，怎么能维持下去！”后来桓彝见到了王导，交谈之后对周
说：“我刚才见了管仲，再也不担忧了。”北方世族在北有强敌、南有土著的不利情况下，拥戴司马睿，同心协力在江南一隅打开局面。
西晋末期，义兴周氏、吴兴沈氏领衔江东世族，号为强宗。紧随其后的是吴郡四大家张朱陆顾。北方世族初来，都不敢直接和他们对抗，纷纷避开现在的苏南和太湖流域，深入浙江、江西一带圈地占田，发展势力。其后有会稽的孔魏虞谢四家。但是，江东世族在东吴灭亡后，没有统一的组织，形不成合力。始终没有一个强权人物成功领导江东世族与西晋朝廷对抗。也许是为了稳定多次骚乱后的江南，江东世族没有反抗北方世族的南下，坐视他们逐渐站稳脚跟。等到北方世族开始挤压土著势力的发展空间，江东世族开始后悔了。随着统治的逐渐巩固，北方世族在笼络策略之余，采取分化方法让江东世族自相削弱。王敦亲近吴兴沈家，以沈充为心腹和谋主，后来派沈充带兵消灭了义兴周家。沈充依靠王敦势力坐大，一度私铸钱币，还参与了王敦之乱。王敦造反被平定后，沈充被部下所杀。吴兴沈家转衰。周、沈两家内耗衰落，标志着江东世族力量下滑。在整个南朝时期，江东世族都处于北方世族之下。
司马睿在江东立足稳固了，但他占据的仅仅是扬州一隅。当时长江中下游从上到下依次为荆州、江州、扬州，大致对应现在的两湖、皖赣和江浙。荆州、江州都听命于洛阳朝廷，已有都督或刺史。没有广袤的土地和稳固的上游，司马睿想在扬州下游立国很困难。
江州刺史华轶差不多和司马睿同时来到南方，也是东海王司马越的党羽。他在江州恩威并施，交好江州豪杰士人，收揽逃亡来的官民。华轶借口“洛京尚存”，不听从司马睿的指挥，势同水火。永嘉五年（311年），司马睿以王敦为都督西征，统甘卓、周访等人逆江而上，企图武力吞并华轶势力。华轶表南方名将陶侃为扬武将军，率兵三千屯夏口防备下游。江州刺史参军陶臻是陶侃的侄子。陶臻装病辞官，劝说陶侃：“华轶有忧天下之志，可惜才不足，且与琅琊王不平，恐怕在劫难逃。”陶侃觉得背弃华轶有违忠义，气愤地将陶臻抓起来送给华轶。陶臻中途偷偷跑到建邺投奔司马睿去了。为了争取陶侃，司马睿“提升”陶侃为奋威将军，给予“假赤幢曲盖轺车、鼓吹”的待遇。陶侃权衡再三，倒向了司马睿阵营，结果导致华轶在王敦等人的进攻面前兵败身亡。事后，陶侃再升为龙骧将军，实授武昌太守。
司马睿争夺江州的同时，西边的荆湘二州（拆分荆州南部为湘州）陷入了杜弢之乱。
四川大乱后，大批巴蜀居民东迁避难，有好几万家进入荆湘二州。流民常和本地人发生摩擦，又受官府歧视，就推四川人李骧造反。荆州刺史王澄，是个能说会道却不知军务的公子。流民起义起初规模很小，遭到各地方官府的镇压，李骧不得不向王澄投降。王澄画蛇添足，假意答应流民投降，暗中趁其不防，偷袭起义军，并株连百姓，屠杀了八千多名流民。流民更加怨恨，于永嘉五年（311年）正月再次推举成都人杜弢在湘州起义。
杜弢祖父和父亲都是晋朝的县令，李骧起义时，杜弢是醴陵县令，率军镇压起义。如今，杜弢却被流民推举为起义的领导人，自称梁益二州牧、平难将军、湘州刺史，发兵进攻长沙、零陵、桂阳、武昌等郡。王澄和杜弢作战，屡次败北。后来，原新野王司马歆帐下牙门将聚众起兵，自称楚公。原荆州刺史参军王冲叛变，自称荆州刺史。王澄仓皇顺江东下，逃亡建邺。司马睿借机介入荆州。在江州的王敦势力加派陶侃、周访、甘卓等进入荆州镇压杜弢。
流民武装擅长远途奔袭和流动作战，杜弢充分发挥这一特点，想趁陶侃大军外出的机会奔袭陶侃的大本营武昌。陶侃立即撤军，抢在杜弢前面返回武昌，给予敌人迎头痛击。杜弢大败逃向长沙。王敦喜出望外：“若无陶侯，荆州将非国家所有！”他向司马睿推荐陶侃为荆州刺史。杜弢武装在几年征战中，损失惨重，后续乏力。杜弢本不愿造反，希望能投降朝廷，写的降书言辞恳切优美，司马睿同意了，派使者去受降。然而，前线众将贪功，仍不断地向流民进攻。杜弢气愤不过，杀掉受降使者，坚持造反到底。直到建兴三年（315年）八月，陶侃才击溃流民武装，平定湘州。杜弢逃亡，不知所终。陶侃镇压杜弢后，乘胜北上讨伐荆州乱军杜曾。杜曾勇而无谋，没有远略，并不难平定，谁料官军内部矛盾滋生，延误战局。陶侃之前的胜利，离不开王敦的幕后支持。随着陶侃军功鼎盛、声名鹊起，王敦左右钱凤等人忌妒起来，开始向王敦进谗。王敦产生了猜忌的心理。他召陶侃相见，要解除陶侃的职务。陶侃的部将都劝他不要去见王敦。陶侃坚持前往，果然被王敦扣留，调任广州刺史。广州远在南粤，在西晋人眼中是极偏远之地，陶侃的这项任命等于流放。王敦再任命堂兄弟王廙为新荆州刺史。荆州诸将怨恨王敦处事不公，起兵抵制。王敦认为这是陶侃指使，披甲执矛竟想杀陶侃，犹豫着，进进出出好几回。不想，陶侃过来正色对他说：“使君之雄断，当裁天下，何此不决乎！”说完，坦然自若地去上厕所。王敦佐吏提醒说，陶侃的亲家周访统兵在外，如果杀害陶侃，恐怕再激起周访兵变。王敦这才改变主意，设宴欢送。
陶侃连夜出发，赶赴广州。在广州，陶侃平定了南粤的骚乱，做了十年的刺史。每天早晨，他都搬一百块砖到室外，晚上再搬回室内。旁人奇怪，问他为什么这样做。陶侃说：“我方致力中原，生活太安逸恐怕以后不堪事，所以坚持锻炼。”这便是“陶侃运甓”的故事，当时陶侃已经是个花甲老人了。
陶侃被排挤走后，荆州将领郑攀、马隽等人为陶侃鸣不平，遭到王敦训斥，便率领军队叛变，加入杜曾乱军。而远在长安的晋愍帝任命第五猗为新荆州刺史。杜曾、郑攀等乱军就拥戴第五猗为刺史，与司马睿势力的荆州刺史王廙作战。建武元年（317年），杜曾连战得胜，大军向江陵挺进。司马睿命周访迎战。周访是陶侃的同乡兼亲家，之前和陶侃并肩作战多年，如今领兵八千，在沌阳（今汉阳西）和杜曾乱军激战。战斗从清晨起激战到傍晚，周访军队渐渐不支。周访挑选八百名精兵，亲自敬酒，鼓励大家死战。杜曾大军涌到周访中军阵前三十步时，周访亲自击鼓，敢死队奋勇出击，大破杜曾的冲锋，扭转了战况。周访连夜乘胜追击，把杜曾大军打得溃不成军。战后，周访因功升任梁州刺史，担起了镇压杜曾的主要责任。太兴二年（319年），周访最终攻杀杜曾，俘虏第五猗。如何处理第五猗，是个难题。第五猗是晋愍帝任命的官，在法律上是正牌刺史。王敦照杀不误。因为当时司马睿已经在江南称帝。
316年，匈奴人攻陷长安，晋愍帝投降。司马睿成为仅存的握有实权的藩镇宗室。残存的晋朝州县，比如北方并州的刘琨，南方扬州、荆州、江州的王导、王敦等人纷纷向司马睿劝进，敦促他延续晋室血脉。第二年，司马睿在建康称晋王，改元建武。东晋开始。建武二年（318年）三月，晋愍帝遇害的消息传到建康，晋王司马睿顺理成章地称帝，史称晋元帝。
司马睿刚到建邺的时候，君臣等人连吃一回猪肉都是奢侈的享受。最好的猪脖颈肉自然是司马睿独享，其他人只好眼巴巴地看着他吃。那块肉因此被称为“禁脔”。十年后，南渡的北方官民就完全改变了局面，开创了一个新的王朝。