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惠士奇学术虽已开始发扬汉儒经说，然其说经仍不免宋人遗风。惠栋青年时亦如此。惠栋的诸多《易》学著述，或订正宋易，或钩稽故训，或发挥汉易师法。通行的学术史将之概括为“崇汉抑宋”。钱穆对此尤为看重，以之区分吴皖，谓：“今考惠学渊源与戴学不同者，戴学从尊宋述朱起脚，而惠学则自反宋复古而来。”
钱氏之证据，尤在李集所载惠栋评《毛诗注疏》之语，曰“栋则以为宋儒之祸，甚于秦灰”。
但此语是否惠栋亲言姑且不论，即或有此语，亦偶尔感激之言，不可视为常语，更不可视为惠氏学问之起点。惠士奇以“六经尊服郑，百行法程朱”为楹贴
，惠氏汉学之确立，亦非一蹴而成。宋明易学，特别是朱子学一系的易学对惠栋有很大的影响。今详论之。
自朱子注《易》，其后学又张大发皇之，元代以来最为通行。惠栋少年学《易》，首先接触的便是《本义》《启蒙》等书，亦必习闻宋明诸家性理著作。苏州博物馆藏稿本《周易古义》（以下或简作《古义》）第一条谓：
《北史》梁武帝问李业兴云：“《易》有太极，极是有是无？”业兴对曰：“所传太极是有。”案《系辞》云：“易有太极，是生两仪。”刘
注云：“自无出有曰生。”然则太极不可言有，太极本无极也。是以《周书·命训》云：“通道通天以正人，正人莫如有极，道天莫如无极。”有极者，箕子所以衍畴；无极者，伏羲所以设卦。［《列子·汤问篇》曰：“含天地也，故无极。”又云：“无极之外，复无无极。”］
其中所谓“太极不可言有，太极本无极也”，即本之周敦颐《太极图说》。但此条后来删去。与此相对的，即另一条：“天地有盈虚，乾坤有毁息，自然之理，
此可与周子‘无极而太极，太极本无极’之说相发明
。”
末句被墨笔删去，张素卿对比之后指出：“惠栋早期并不排斥周敦颐‘无极而太极’的观念，还有意发明‘太极本无极’之说；然而遵循汉易，确立主见之后，乃转而强调儒家经典未尝以‘无’言道。”
我们还可以举一例证与此相发明。惠栋注《太上感应篇》“刚强不仁”，引李昌龄《传》：“孔子以刚为近仁，太上以刚为不仁。言岂相戾哉。圣人所取之刚，刚于理者也。太上所戒之刚，刚于气者也。”
惠栋评价道：“天锡此注，即周子刚有善恶之说。”
据惠栋序文，《太上感应篇注》作于雍正初（1723），因其母抱病，发愿而作。乾隆十四年（1749）此书刻板。
或许刻本有修订，但此书主体显示出早年的特色。比如“遏恶扬善”句，注曰“说本王弼”；
“与人不追悔”句，亦用王弼注。
再如“作为无益”句引《书》曰“不作无益，害有益”，乃伪古文《旅獒》语
，在辨伪古文之前。
《太上感应篇注》提及“周子刚有善恶之说”，即《通书》第七：
曰：“性者，刚柔善恶，中而已矣。”不达。曰：“刚善，为义，为直，为断，为严毅，为干固；恶，为猛，为隘，为强梁。柔善，为慈，为顺，为巽；恶，为懦弱，为无断，为邪佞。惟中也者，和也，中节也，天下之达道也。”
又一例，可证《太上感应篇注》作在《辩证》之前。惠栋不仅间取王弼，亦时从朱注。即“妄逐朋党”句谓：
《周易》泰之九二曰：“朋亡，得尚于中行。”涣之六四曰：“涣其群，元吉。”孔子作《小象》，皆以光大言之……有党必有仇，丧朋终获庆。
泰卦“朋亡”，坤卦“丧朋”，皆是解散朋党之义，惠氏后来亦无异议。只是涣六四“涣其群”，《周易本义辩证》谓：
《吕氏春秋》曰：“涣者，贤也。群者，众也。元者吉之始也。‘涣其群元吉’者，其佐多贤也。”《程传》曰：“天下涣散而能使之群聚，可谓大善之吉也。”其说与古训合。《本义》谓“散其朋党”，君子群而不党，群不可训为党也。散群之说，盖本老泉，未为得也。
《周易本义》本于苏洵之说（见《嘉祐集》卷十四《仲兄字文甫说》），以为“丧其朋党”，惠栋注《太上感应篇》犹用其义。至《辩证》则专门申《本义》之非，转从《程传》，实则据《吕览》为说。
惠栋后来所不同于周敦颐者，一为无极之说，一为“几善恶”之说。后文有分辨。
自北宋后期，出现了恢复“古易”之风。此风由晁说之、吕祖谦、朱熹、程迥等倡导，朱子后学又竭力赓续。朱子所欲恢复的“古”与惠栋“求古”之“古”在方法论上有很大差别，但惠栋最初的学术仍与之有关联。今略举数项如下。
朱熹《周易本义》特别注重王弼之前《周易》的文本结构及其文字，且以其博学多识做了最大限度的恢复。就文本结构而言，朱子将上下经与十翼分离；就文字而言，亦多据旧说加以订正。可惜的是，朱子所恢复的《古周易》在流传中又与《程传》混杂，顾炎武谓：
洪武初，颁五经天下儒学，而《易》兼用程朱二氏，亦各自为书。永乐中修《大全》，乃取朱子卷次割裂，附之程传之后，而朱子所定之古文仍复淆乱……后来士子厌《程传》之多，弃去不读，专用《本义》，而《大全》之本乃朝廷所颁，不敢辄改，遂即监版《传义》之本刊去《程传》，而以程之次序为朱之次序，相传且二百年矣。
惠栋有鉴于此，在《周易本义辩证·凡例》中指出：“今《本义》经文，乃程易，非朱易也。程子从王弼本，朱子一依古易。”
惠栋认为朱子尚未完全恢复古易面貌，但自《本义》以来经传相分的体例，惠栋后来一直坚持，其作《周易述》亦是如此。
吕祖谦为恢复古易，作《古易音训》，汇集了《周易释文》及晁说之《古周易》之说。此书固然多有疏漏，但自汉以来诸家的异文、音释尽列其中，成为惠栋《周易古义》《周易本义辩证》的直接来源。《周易本义辩证·凡例》谓：“《音训》一篇，汉魏以后诸儒传《易》之本，异同略备。……今刻《本义》，颇以《音训》附于上，其未备者则取《说文》《玉篇》《广韵》诸书以补之。”
特别是《音训》所载晁说之《古周易》的部分残文，征引汉魏旧说较之《释文》《集解》更加广博，惠栋时有采纳。比如其关键的“利贞者，情性也”，即据晁氏所引郑玄本。
惠栋后来为卢见曾校刻《周易集解》时，也受到晁说之区分今古文、正俗字的影响。考察《辩证》《古义》，所征引的“诸书”还包括《五经文字》《九经字样》《汗简》等。然不可否认，吕祖谦《古易音训》是其治学的主要参考。
宋易并非对于汉易完全否定，即以朱熹而言，其卦变说讨论基于北宋李之才，而李之才之学实源自汉儒。特别是对于要整合历代易学的宋元学者而言，汉易仍具有重要地位。许多宋元易学家皆曾致力于汉易研究，今姑举惠栋著述取材甚多的三部易著：朱震《汉上易传》、王应麟相关易学著作、胡一桂《周易本义启蒙翼传》。
《汉上易传》解释《周易》的体例时说：“变动之别，其传有五：曰动爻，曰卦变，曰互体，曰五行，曰纳甲。”
五种体例皆来自汉易。朱震号称二程后学，缘何与《周易程氏传》立异，欲专门囊括汉代象数之学呢？彼谓：
一行所集房之《易传》，论卦气、纳甲、五行之类，两人之言同出于《周易·系辞》《说卦》，而费直亦以夫子十翼解说上下经。故前代号《系辞》《说卦》为《周易大传》。尔后马、郑、荀、虞各自名家，说虽不同，要之去象数之源犹未远也。独魏王弼与钟会同学，尽去旧说，杂之以庄老之言。于是儒者专尚文辞，不复推原《大传》。天人之道自是分裂而不合者七百余年矣。
此处朱震展示出一种类似于二程的“道统”意识。不同的是，二程以孟子死后的一千多年为道的湮没世；朱震则以王弼之后的七百年为易学的天人分裂世。“天人之道自是分裂”受到李鼎祚的影响，李氏《周易集解序》说：“郑则多参天象，王乃全释人事。且《易》之为道，岂偏滞于天人者哉。”
在朱震看来，汉易为天人贯通、象数义理兼备，王弼则独释人事、偏重文辞。然则这种追述与朱震继承的宋代易学又有何关系呢？周敦颐、刘牧、邵雍恰恰是天道—象数的恢复者。朱震要做集大成者：“以《易传》为宗，和会雍、载之论，上采汉魏吴晋元魏，下逮有唐及今，包括异同，补苴罅漏。庶几道离而复合。”
《易传》（《周易程氏传》）以辞为中心，以辞明道；而朱震虽声称以《易传》为宗，实际上却又批评“辞”的传统，并有数条不点名地反驳程颐。因此其书实际上是和会汉宋象数之作。其《汉上易传·卦图》有以下数种：
《河图》《洛书》：主刘牧说。
《伏羲八卦图》（先天六十四卦图）、《文王八卦图》：主邵雍说。
《太极图》：主周敦颐说。
按以上三类，即《进周易表》所追溯的、自陈抟而开出的三个易学分支。再往下则是：
《变卦反对图》《六十四卦相生图》：主李挺之说，实亦发轫自汉易。
《卦气图》：主李溉说，实亦本于孟喜、京房。
《律吕起于冬至之气图》《十二律相生图》：本于京房、《律历志》。
《乾坤六位图》：即京房纳干支之说。
《十二消息卦图》：汉易通法。
《纳甲图》：本京房。
此上虽不免有杂凑而非真正的综合，但涉及了汉易的主要门类，实为元明时代人们了解汉易的一部重要著作。惠栋认真研读过《汉上易传》，推求不合，又加以驳正。
另一对惠栋影响较大的宋学学者是王应麟。王氏曾辑《周易郑康成注》，其序曰：
郑康成学费氏易，为注九卷，多论互体。以互体求《易》，《左氏》以来有之……王弼尚名理，讥互体。然注睽六二曰“始虽受困，终获刚助”，睽自初至五成困，此用互体也……隋兴，学者慕弼之学，遂为中原之师。此景迂晁氏所慨叹也。《易》有圣人之道四焉，理义之学以其辞耳，变、象、占其可阙乎？李鼎祚云“郑多参天象，王全释人事，易道岂偏滞于天人哉”。今郑注不传，其说间见于鼎祚《集解》及《释文》、《诗》《三礼》《春秋》义疏、《后汉书》《文选》注，因缀而录之。先儒象数之学，于此犹有考云。
王应麟追溯了汉唐间易学流变，指出王弼易的问题，故欲掇拾汉易之绪。此一做法对清儒有启发。“理义之学以其辞耳，变、象、占其可阙乎”，可见王应麟与朱震的立场是一致的。然王氏在辑佚之初，其搜罗犹不备，故惠栋更为增补。卢见曾为其刻入《雅雨堂丛书》中。其序言虽署名卢见曾，实惠栋代作，可视为惠栋的意见：
郑氏之学，立于学官，自汉魏六朝数百年来，无异议者。唐贞观中，孔颖达撰《五经正义》，《易》用王辅嗣，《书》用孔安国，而二经之郑义遂亡。今传者，惟三《礼》、毛《诗》而已。然北宋时，郑《易》犹存《文言》《说卦》《序卦》《杂卦》四篇，载于《崇文总目》。故朱汉上震、晁嵩山说之，俱引其说。至南宋而四篇亦佚。于是浚仪王厚斋应麟，始裒群籍，为《郑氏易》一卷。前明胡孝辕震亨刊其书，附《李氏易传》之后。……汉儒说《易》并有家法，其不苟作如此。第厚斋所集，尚有遗漏。吾友元和惠子定宇，世通古义，重加增辑，并益以汉上、嵩山之说，厘为三卷。今依孝辕之例，仍附于《李传》之后，用广其传于世。……此书之传，虽不及三《礼》、毛《诗》之完具，然汉学《易》义无多，存此以备一家。好古之士，或有考于斯。
惠栋补充王应麟的，乃“益以汉上、嵩山之说”，即取《汉上易传》和晁说之《古周易》，然《古周易》亦亡，主要保存在吕祖谦《古易音训》中。是其辑佚主要据宋人之书。
在《困学纪闻》和《玉海》中，王应麟还探讨过其他汉易问题，包括互体、纳甲、卦气等，其中引及《京氏易》“积算法”，以及“二至四为互体，三至五为约象”之说，皆为惠栋所采用。
不唯如此，惠栋还曾模仿王应麟辑《周易郑注》之法，辑《尚书郑注》。王鸣盛谓“古学已亡，后人从群书中所引，采集成编。此法始于宋王应麟《周易郑康成注》及《诗考》。昔吾友惠征士栋仿而行之，采郑氏《尚书》注，嫁名于王以为重。予为补缀，并补马融、王肃二家，入之《后案》，并取一切杂书益之”。
陈鸿森举丁杰跋文、王鸣盛《蛾术编》条、卢文弨《王伯厚辑古文春秋左传序》指出：“应麟《尚书郑注》、《左传贾服义》及《论语郑注》辑本，当时学者疑为惠氏依托，似非无据。”
近来又有学者论定，《雅雨堂丛书》中的《尚书大传》亦为惠栋所辑。
如果说王应麟是朱子门户的别传，那么作为朱子易学正统继承者的胡一桂，其《周易本义启蒙翼传》亦多载汉易之学，是书《外编》载《易纬》《焦氏易林》《京氏易传》《太玄经》《参同契》《洞林》诸家，实为汉易之大端，引据了不少后来亡佚的文献。其论京房世应、起月、飞伏皆甚有条理，惠氏父子亦采其说。只是胡一桂引据诸书的目的除了为象数张目，更主要的是为证成朱子：“若夫《易纬》、焦、京、《玄》、《虚》以至《经世皇极内篇》等作，自邵子专用先天卦外，余皆《易》之支流余裔，苟知其概，则其列诸《外篇》固宜，而朱子之《易》卓然不可及者，又可见矣。”
惠栋《周易本义辩证》多引胡一桂之说；《易汉学》京氏易部分，如世卦起月例等，全载胡一桂之说。
上面已可见惠栋早岁仍受朱子学影响。其实黄震、王应麟皆朱子学中重视博物读书的一脉，批评空谈心性。惠栋自可借王应麟等人之学而更进之。钱穆尝论谓：
朱子之学，大率可分两途。一曰性理之学，一曰经史之学。……朱子言性理，推尊其传自程子。而其经史之学，则跨越二程，直溯北宋诸儒以上接汉唐。固不得谓孔门无此文章一脉也。亦不得谓此文章一脉，乃绝无当于性道也。……东发（黄震）、深宁（王应麟）二人，乃于朱学流衍中，能兼得博文、约礼之二者。惟东发似稍偏于性道，深宁似稍偏于经史。……亭林（顾炎武）、桴亭（陆世仪）之学，于此性理、经史，约礼、博文之二者，各能知一以贯之之意，此则可以上承东发、深宁而无愧，亦不失为朱学之嫡传。……清儒之专治汉学，则始于元和惠氏。惠半农手书楹帖曰：“六经尊服郑，百行法程朱。”……以汉学、宋学显分为二，即不啻以性理、约礼之学与经史、博文显分为二矣。
余英时承钱说之绪，变换名词，称之为朱学内部“智识主义”的兴起和发展，并将之作为乾嘉汉学兴起的“内在理路”。
尽管“内在理路”说法引起了不少质疑，
但钱穆、余英时确实指出了朱子学本身“博学于文”的内在倾向。牟润孙检视顾炎武学术，亦指出：“考亭之学本兼尊德性、道问学两途。由黄而顾，愈演愈偏……朱学之变为宁人，宛如陆学之变为阳明。”
然此一脉络主要给后来的考据学带来较大影响，而惠栋的经学方法、立场与考据学十分不同。故我们只能说，惠栋在早年学习上与理学有关联，其价值倾向亦与程朱不异，但后来在方法裁断上有了根本差别，此点正是下一节所要分析清楚的。
乾隆十四年（1749）四月，惠栋五十三岁，其《与沈果堂》谓：
鄙制乾坤二卦经文，已尘清鉴。近又就二卦《彖》《象》。此书若成，可以明道，
其理与宋儒不异
，惟训诂章句绝不同耳。然都是六经中来，兼用汉法耳。
沈彤与惠栋最为相知，同以昌明汉学自任，此信所谓“其理与宋儒不异”绝非为了考虑对方的宋学立场所作的托辞，而是惠栋本人真实的想法。后面的章节会分析其乾元太极论以及性情论，在“理”上与宋儒也有差异，但他不是反对宋儒，而是试图以自己的系统判摄宋儒。更关键的是“师法”的区别，即所谓“训诂章句绝不同”。又其《周易晳义序略》谓：
然则程、朱不如荀、虞乎？曰非程、朱不如荀、虞也。经师亡之故也。夫自孔子殁后，至东汉末，共八百年，此八百年中，经师授受咸有家法，至魏晋而亡，于是王、韩之辈始以异说汩经。惜也程、朱不生于东汉之末也。设程、朱生于东汉之末，
用师法以说《易》，则析理更精
，而使圣人为《易》之意焕如星日，其功当在荀、虞之上。《易》道大明，王、韩、老氏之说岂足以夺之哉？
这里点明了师法为分判汉宋的关键。具体的分合后文还有分析，此处仅略举惠栋晚年著作中征引宋儒之例。
《明堂大道录》引《孟子》“毁明堂”章，低一格曰：
横渠张子曰：“《孟子》之明堂，必是齐缘周公有明堂以朝诸侯，以天子之礼自处，故作此堂于国中，非周尝置之于泰山之下。”案明堂之制，自有十二月之政。巡守至此，亦暂处尔，焉用设是？
张载之说不见于今《张载集》中，乃卫湜《礼记集说》所引，即张载所佚《礼记说》。
按赵岐注《孟子》以为：“泰山下明堂，本周天子东巡狩，朝诸侯之处也。齐侵地而得有之。”
如此说，则周朝在中央建明堂之外，又在泰山建明堂，与惠栋的明堂系统有冲突。赵岐是汉经师，惠栋不取其说，反谓“横渠之说，远胜赵岐”，可见他并非一味右汉而左宋。
又《易微言》中，惠栋引大程论性之说：“明道程子曰：‘民受天地之中以生，天命之谓性也。’”
如我们后面所分析的那样，惠栋虽赞同“天命之谓性”，但其对“天命”内容——“天地之中”的界定并非“所以然之理”，而是“生之质”。又“积”字条末引吕祖谦称：“吕东莱曰：乾之初九曰‘潜龙勿用’，坤之初六曰‘履霜坚冰至’。阳者善之类也，坤者恶之类也。善端初发，且要涵养。恶念初生，便须翦除。”
可见宋儒的修养方法他也并不完全反对。此外尚有多条，不具引。