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280年，继承魏的西晋统一全国，但这个统一局面仅仅维持了二十余年，西晋政权便土崩瓦解了。西晋灭亡后，琅琊王司马睿在江南重建晋朝廷，史称东晋。东晋时期的思想文化基本沿袭了西晋的格局，谈玄蔚然成风的背景促进了佛教般若学的进一步传播，而南迁人民的刻骨铭心的心理伤痛，更加深了人们对佛教的心理需求。尤其是永嘉之后，北方僧人大批南迁，促进了佛教在东晋统治区内的迅速传播。更为有利的是，东晋时期的帝王、士族信佛奉佛供僧更为普遍。如此等等，都是此前佛教传播所不具备的条件。下文先从东晋帝王、士大夫奉佛入手，论述佛教在南方传播的基本情况。
永嘉元年（307）九月，琅琊王司马睿奉司马越之命出任扬州刺史，镇守建邺。八王之乱后期，继承琅琊王爵位、任左将军的司马睿支持东海王司马越。作为回报，司马越在率兵夺晋惠帝还都洛阳时，任命司马睿为监徐州诸军事，留守下邳（今江苏邳州东南），保卫后方。随即，司马越又任命司马睿为安东将军、都督扬州诸军事。在战乱影响下，北方的大族与流民纷纷南下。317年，晋愍帝投降的消息传到建业，司马睿在众人拥戴下称晋王，第二年称帝（晋元帝），都建康（即建业，因避晋愍帝司马邺讳改），史称东晋。
在某种程度上说，东晋是西晋政治上的延续。西晋士族制度下形成的世家大族百余家，流亡江南。这些门阀士族与生活于江东的士族，是东晋统治的政治基础。西晋时确立的士族特权在东晋进一步制度化，士族子弟可以凭其“门荫”“世资”“门第”出任高官，享受高官厚禄。西晋时一些人还竭力反对的士族占据几乎所有官位的情况，在东晋则已成为理所当然的事，所谓“凡厥衣冠，莫非二品，自此以还，遂成卑庶” [110] ，成为东晋一朝的通例和事实。比之西晋时期，门阀士族的政治经济特权进一步扩大。
司马睿得以称帝，王导及其族兄王敦功劳最大，史称：“帝初镇江东，威名未著，敦与从弟导等同心翼戴以隆中兴。” [111] 故东晋诸帝，一直待王导以殊礼。在权力上，元帝任王导为元相，掌大权；以王敦任镇东大将军，都督江、杨、荆、湘、交、广六州（几乎包括当时东晋全境）诸军事、江州刺史。所以当时有“王与马，共天下”之说，反映出琅琊王氏在晋初的特殊地位，从此开创了东晋时期“祭则司马，政在士族的政权模式” [112] ，门阀士族政治在东晋发展到了最高峰。
在政治上，门阀士族几乎把持了全部朝政，故终东晋一代，一直是琅琊王氏（王导等）、颍川氏（庾亮、庾冰等）、谯国桓氏（桓温等）、陈郡谢氏（谢安等）等几个大族轮流执政，皇帝几乎没有什么权力，史称：“晋主虽有南面之尊，无总御之实，宰辅执政，政出多门，权去公家，遂成习俗。” [113] 此文言简意赅地说明了当时的实际情况。
东晋门阀士族的经济特权大大超过西晋，而且东晋进一步确立了“举贤不出世族，用法不及权贵” [114] 的政治、法律准则。如果有人敢触犯豪强门阀，只有自己倒霉。如山遐为余姚令，依法清查大族户口，八十天便清查大族隐占的民户万余口，还准备惩办首恶会稽大族虞喜。结果大族告到王导处，山遐竟被免官。
士族内部的等级、士族与寒门的界限也进一步森严，平时士族交友、婚宦都不能逾越这些界限。在当时，修“谱牒”之风盛行，私人修谱者比比皆是，其目的就是防“假冒”，以保证士族的特权。
门阀势力的迅速扩张，导致了皇权同士族的矛盾。个别大族的专权，也招致了其他大族的不满。因此东晋初年，曾发生过两次较大的内乱。
一次是元帝、明帝时期的“王敦之乱”。东晋之初，由于琅琊王氏的特殊贡献，形成了“王与马，共天下”的格局，但司马睿对此并非心甘情愿。东晋初要与北方胡族政权争正统，有重兴儒学加强皇权的要求。在建康立国不久，鉴于王氏势力太大，晋元帝重用南方大族戴渊、周恺与北方二流大族刘隗、刁协等，并令刘隗、戴渊征发扬州大户奴隶为兵，以制约拥兵坐镇武昌的王敦。对此，王导、王敦等甚为不平。晋元帝永昌元年（322），王敦利用大族对政府发奴为兵的不满，联合南方大族吴兴沈氏，以“清君侧”诛刘隗、刁协为名，在武昌起兵叛乱。王敦叛军迅速攻占建康，刁协战死、刘隗逃奔石勒，戴渊、周恺被杀。王敦随之退兵，遥控朝政。不久，元帝死，明帝即位，王敦不臣之心更著。324年，明帝下诏讨伐王敦，王敦再次叛乱，不久病死，叛军遂瓦解。王敦的失败，使王氏权势稍受抑制。
另一次是苏峻之乱。326年，明帝死，成帝立，以外戚庾亮为辅政大臣。庾亮为加强中央力量，派温峤为江州刺史以防范荆州势力，又征调驻在历阳（安徽和县）的“锐卒万人”，并召不太遵守中央命令的将领苏峻入京为大司农，以便加以控制。苏峻不甘受制于人，于327年联合驻扎寿春的豫州刺史祖约，以诛庾亮为名，起兵叛乱，攻下建康。苏峻纵兵大肆抢掠，又“改易官司，置其亲党，朝廷政事，一皆由之” [115] ，欲效法王敦专制朝廷。329年，逃亡外地的庾亮联合荆州刺史陶侃，打败苏峻，收复建康，才又重新稳定了东晋统治。
东晋初年的这两次士族与皇权对抗的内乱，说明士族门阀的势力是强大的，在这两场斗争中，中央虽然获胜，但并非全凭己力，而是依靠其他士族的力量，这种形势使东晋皇室一直难以摆脱门阀的控制，而皇权同门阀的斗争、门阀内部的斗争，也一直没有停止过。东晋一朝在士族的倾轧、妥协中苟存，在北伐、统一的问题上很难有所作为。
东晋以及其后的南朝政权，偏安江左，士人学子颇有沉浮江南之感。一方面，南渡的士人将主要流行于北方的玄学、玄谈带到了江南；另一方面，东晋具有的社会矛盾复杂尖锐、社会情绪悲苦无奈等特质，使得玄学的主题发生一定程度的转向，超生死、得解脱的问题成为玄学的中心内容。张湛注《列子》，综合崇有、贵无学说，提出“群有以至虚为宗，万品以终灭为验”的思想，把世界和人生视为瞬息万变、稍纵即逝、虚伪无常，主张采取“肆情任性”的人生观。这在政治上反映了门阀士族的没落，也与偏安的士人心绪颇为对应。
东晋时期，佛学蓬勃发展起来。玄佛合流，佛教高僧以玄学语言解释佛教经意，玄学家涉猎佛教经论，高僧参与玄谈，士人官员探讨佛教教义，蔚然成风。由此显现的历史事实是，以般若思想为核心的佛学逐渐取代了以“三玄”为诠释对象的玄学，成为江南思想界的核心议题。中国思想的发展进入了一个“玄佛互释”的新阶段。
与前代相比较，东晋民众的佛教信仰更为兴盛。据唐代法琳《辩正论》卷三所说，东晋共有佛寺一千七百六十八所，僧尼二万四千人。见于《出三藏记集》的东晋佛寺七所，建康有五所，浔阳有南山精舍，寿春有石涧寺。见于《晋书》的东晋佛寺有瓦官寺和白马寺。而见于梁慧皎《高僧传》和唐道宣《续高僧传》的东晋佛寺有五十二所。五十二所佛寺中，建康十三所，会稽十三所，江陵九所，庐山五所。 [116] 这一佛寺分布，与文献所记载的佛教兴盛区域恰好互相印证。大致言之，建康、三吴、庐山、荆州是东晋境内佛教最重要的传播中心。
东晋佛教最突出的特点是帝王贵族奉佛成为风尚，以至于现代佛教史家将其称为“贵族佛教”。西晋末年，北方战乱，许多僧人纷纷避乱江南，为江南佛教的发展注入了新的动力。东晋佛教首先得到了皇室的支持，东晋皇帝无不信奉佛法，结交僧尼。据法琳《辩正论》载，东晋元帝、明帝、成帝、孝文帝、哀帝、简文帝、孝武帝、安帝等都奉佛，都扶持佛教的发展，他们造寺、度僧、设斋，并鼓励译经、讲学、造像。这是此前未曾出现过的现象。
晋元帝司马睿（317—322年在位）、晋明帝司马绍（322—325年在位）都以宾友礼敬沙门。晋元帝又“造瓦官、龙宫二寺，度丹阳、建业千僧” [117] 。此中所说的龙宫寺未见于其他记载，不知所指。瓦官寺在东晋南北朝时期高僧辈出，在建业佛寺中具有特殊地位。然在唐初流传的若干资料表明，建康的瓦官寺的建造有晋元帝时期和晋哀帝时期两说。大多数文献以为瓦官寺是晋哀帝时期修造。不过，尽管有关晋元帝如何造佛寺以及如何礼拜僧人的记载不多，但他礼敬佛教的态度为东晋时期朝廷优遇佛教开了一个头，此后的东晋诸帝对佛教的兴趣日益浓厚。
东晋诸帝中真正推崇佛法者，当自明帝开始。东晋著名居士习凿齿写给道安的信中说：
且夫自大教东流四百余年矣。虽藩王居士时有奉者，而真丹宿训，先行上世，道运时迁，俗未佥悟，藻悦涛波下士而已。唯肃祖明皇帝，实天降德，始钦斯道，手画如来之容，口味三昧之旨，戒行峻于岩隐，玄祖畅乎无生，大块既唱，万窍怒呺，贤哲君子，靡不归宗，日月虽远，光景弥晖，道业之隆，莫盛于今。 [118]
从此文看，习凿齿以为从古以来的帝王中，唯有晋明帝司马绍真正信奉佛教，其亲手画如来像，并且对于佛教的戒、定、慧等内容有一定的了解。
关于晋明帝亲自画的佛像，依据文献记载是安奉于乐贤堂中。此堂位于宫城西南角外，是明帝做太子时所作。《晋书》卷七七《蔡谟传》记载：晋成帝时，
彭城王绂上言：“乐贤堂有先帝手画佛像，经历寇难，而此堂犹存，宜敕作颂。”帝下其议。谟曰：“佛者，夷狄之俗，非经典之制。先帝量同天地，多才多艺，聊因临时而画此像，至于雅好佛道，所未承闻也。盗贼奔突，王都隳败，而此堂孑然独存，斯诚神灵保祚之征，然未是大晋盛德之形容，歌颂之所先也。人臣睹物兴义，私作赋颂可也。今欲发王命，敕史官，上称先帝好佛之志，下为夷狄作一像之颂，于义有疑焉。”于是遂寝。 [119]
此中叙述的风波，一方面说明明帝画的佛像确实存在，另一方面则反映了奉佛者和反佛者在朝廷的争议。
唐初法琳《辩正论》还记载：“晋肃宗明皇帝，聪圣玄览，设斋兴福，造兴皇、道场二寺，集义学名称百僧。” [120] 此中说，明帝亲自设斋，大集一百僧宣讲佛教义学。不过，法琳所说帝下诏新修皇兴寺和道场寺之事，颇有疑问。关于兴皇寺，《高僧传》卷七《释道猛传》记载，宋明帝为湘东王时，崇信道猛，泰始之初，“帝创寺于建阳门外，敕猛为纲领。帝曰：‘夫人能弘道，道借人弘。今得法师，非直道益苍生，亦有光于世望，可目寺为兴皇。’由是成号” [121] 。泰始年为465—472年，而《续高僧传》卷五《释智藏传》记载，智藏“以泰初六年敕住兴皇寺，事师上定林寺僧远、僧祐，天安寺弘宗” [122] 。道宣此文的年号“泰初六年”不很准确，历史上并未有泰初年号，考虑到“太”“泰”通用的习惯，此年号似乎是太初。而刘宋确实曾经短暂使用过此年号，弑杀其父宋文帝刘义隆的刘劭曾经在即位后改元嘉三十年为太初元年（453），不过刘劭数月即败亡，此处不可能是“太初”。且在六朝范围内可考虑的只能是“泰始”年号，但这是宋明帝的年号。由此可见，《辩正论》将宋明帝刘彧修造兴皇寺之事误植于晋明帝司马绍身上。
道场寺确实是东晋时期修造的。道场寺也称斗场寺，因不合佛教教义被改为道场寺。关于道场寺的修造，《出三藏记集》卷八所载《六卷泥洹记》（或称《出经后记》）记载：“义熙十三年十月一日，于谢司空石所立道场寺，出此《方等大般泥洹经》。” [123] 谢石（327—388）是东晋名将，谢安之弟，为太元八年（383）八月淝水之战的主将。一般以为此寺的修造应该是在谢石从战场归来之后至逝世之前。如果相信《出三藏记集》的记载，则无论如何道场寺不会建于晋明帝时期，因为那时谢石方为婴儿。
关于晋元帝、晋明帝礼遇名僧的事例很多，最有影响的是竺法深。《世说新语·方正篇》记载：“后来年少多有道深公者。深公谓曰：‘黄吻年少，勿为评论宿士。昔尝与元、明二帝，王、庾二公周旋。’”而《高僧传》卷四记载，竺法深于“晋永嘉初，避乱过江。中宗元皇及萧祖明帝，丞相王茂弘、大尉庾元规，并钦其风德，友而敬焉。建武、太宁中，潜恒着屐至殿内，时人咸谓方外之士，以德重故也” [124] 。竺法深在东晋元帝、明帝在位的近十年中，出入宫廷，谈玄论道，影响到了东晋初期朝廷的佛教政策，推动了佛教在南方的快速发展。
东晋成帝，名司马衍（325—342年在位），明帝死后继位，时年四岁。成帝年幼，由其母庾文君以皇太后身份临朝听政，司徒王导录尚书事与中书令庾亮共同辅政。外戚庾亮试图排斥王导势力，振作东晋王室。庾亮疑忌大臣，任意杀逐重要官员，引起统治集团内部冲突。327年，历阳镇将苏峻、寿春镇将祖约以杀庾亮为名，起兵叛乱，攻入建康。陶侃、温峤起兵，平定苏峻叛乱，王导再次出山执政，东晋王朝又一次转危为安。
唐初法琳《辩正论》记载：“晋显宗成皇帝，至意冥通，圣德遐感，造中兴、鹿野二寺，集翻经义学千僧。” [125] 从现存的零星资料分析，年轻的成帝对佛教有所了解，也有好感，因此召集义学高僧宣谈论道，是可信的。但文中所列由成帝主动敕建中兴寺和鹿野寺的说法还是有疑点的。有关建康鹿野寺的资料有限，不知是否如此。但有关建康中兴寺的资料很多，且此寺在南朝各朝很受重视，代有高僧。根据《高僧传》的几则记载可知，此寺并非由晋成帝所修造，而是由东晋孝武帝创建，刘宋孝武帝时扩建并改名为中兴寺。《高僧传》卷四《竺法义传》记载，竺法义于晋太元五年（380）圆寂之后，孝武帝“以钱十万买新亭岗为墓，起塔三级，义弟子昙爽于墓所立寺，因名新亭精舍。后宋孝武南下伐凶，銮旆至止，式宫此寺，及登禅，复幸禅堂，因为开拓，改曰中兴。故元嘉末童谣云‘钱唐出天子’，乃禅堂之谓，故中兴禅房，犹有龙飞殿焉，今之‘天安’是也” [126] 。这一段文字，将中兴寺的沿革写得很清楚。此寺最初是东晋孝武帝为竺法义墓塔而设的，最初称之为新亭精舍。宋孝武帝在未登基之前曾经路经此寺而暂住，登基之后改名为中兴寺。慧皎写此传时的梁代称之为天安寺。
晋成帝四岁即位，在位近十八年，其对佛教信仰的程度不明。从现有资料看，成帝时期朝廷对佛教发展的扶持，很大程度上是由丞相王导推动的。成帝咸康五年（339）七月，丞相王导薨，庾冰、何充辅政。在庾冰的推动之下，批评佛教的势头有所上升。
晋成帝咸康六年（340）辅政的庾冰代成帝诏令“沙门应尽敬王者”，引起朝廷争论。对于其过程，《弘明集》记载说：“晋咸康六年，成帝幼冲，庾冰辅政，谓沙门应尽敬王者，尚书令何充等议不应敬。下礼官详议，博士议与充同，门下承冰旨为驳。尚书令何充及仆射禇翌、诸葛恢，尚书凭怀、谢广等，奏沙门不应尽敬。” [127] 最终，庾冰的建议被束之高阁。
晋成帝之后，晋康帝（342—344年在位）、晋穆帝（344—361年在位）对佛教兴致不大，东晋佛教一时颇为消沉。在成、康之际，竺法深、支道林相继隐迹东山。而《弘明集》所收的《正诬论》，根据汤用彤研究，此论中所谓诬佛者也在成帝世。 [128] 此外，唐法琳在《辩正论》逐一记载东晋皇帝奉佛情况，但空缺了晋康帝和晋穆帝两代。
晋哀帝（362—365年在位）不但信奉佛教、礼遇高僧，同时又“雅好黄老、断谷，饵长生药” [129] ，因为服食中毒，由褚太后摄政，实际大权则由会稽王司马昱（后为简文帝）掌握。褚太后、简文帝都信奉佛教，崇佛奉佛的风气又趋浓厚。唐初法琳《辩正论》还记载：“晋孝哀皇帝，延问侍臣，回心妙理，嘉宾切对，大启龙光。” [130] 哀帝则常请于法开讲经说法，对于法开也很尊重。《高僧传》卷四《竺道潜传》记载，竺法深隐迹山林三十余载，“至哀帝好重佛法，频遣两使殷勤征请，潜以诏旨之重，暂游宫阙，即于御筵开讲《大品》，上及朝士，并称善焉。于时简文作相，朝野以为至德” [131] 。
简文帝（371—372年在位）“尤善玄言”，“屡尚清虚，志道无倦” [132] ，也很尊崇佛教，曾经亲临瓦官寺听竺法汰讲《放光般若经》。唐初法琳《辩正论》记载：“晋太宗简文皇帝仁恕温含，作圣钦明，造像、建斋、度僧、立寺，于长干故塔起木浮图，壮丽殊伟。” [133] 经过查考，法琳所说的晋简文帝所做的这五方面的事情，都有据可查。
关于长干寺佛塔，《高僧传·释慧达传》记载：“简文皇帝于长干寺造三层塔，塔成之后，每夕放光。” [134] 而简文帝亲自参加讲经法会，也有明文记载。《高僧传》卷五《竺法汰传》记载，竺法汰至建康，住瓦官寺，“晋太宗简文皇帝深相敬重，请讲《放光经》。开题大会，帝亲临幸。王侯公卿，莫不毕集” [135] 。
有关简文帝敬重僧尼的记载很多。除竺法汰之外，道容尼也是重要例子。《比丘尼传》卷一《新林寺道容尼传》记载：“道容，本历阳人。住乌江寺，戒行精峻，善占吉凶，逆知祸福，世传为圣。晋明帝时，甚见敬事。以花布席下，验其凡圣，果不萎焉。” [136] 道尼善于占卜，很得晋明帝敬重。简文帝起先信任“清水道师”，而在登基之后，简文帝“遣使往乌江迎道容，以事访之。容曰：‘唯有清斋七日，受持八戒，自当消弭。’帝即从之。整肃一心，七日未满，群乌竞集，运巢而去。帝深信重，即为立寺，资给所须。因林为名，名曰新林。即以师礼事之，遂奉正法。后晋显尚佛道，容之力也” [137] 。道容尼也受到孝武帝的宠信。
孝武帝司马曜（372—396年在位），简文帝之子。简文帝死后继位，时年十岁。在位二十四年，因酒后戏言，被张贵人命宫女用被子闷死，终年三十五岁。《晋书·孝武帝纪》记载，孝武帝“初奉佛法”，于太元六年（381）春正月“立精舍于殿内，引诸沙门以居” [138] 。唐初法琳《辩正论》记载：“晋烈宗孝武皇帝，精心奉法，志念冥符。师子国王钦其怀道，故遣沙门昙摩撮，远送玉像以表丹情。召义解僧，造皇泰寺，仍舍旧第为本起寺。” [139] 此引文简要叙述了孝武帝时期朝廷扶持佛教的大事，而孝武帝将自己未曾登基之前的旧宅舍为佛寺，显示其奉佛很是虔诚。
孝武帝在位时期，朝政不完全出于己，朝廷对待佛教的态度也受到当时执权柄者琅琊王司马道子的影响。孝武帝和琅琊王司马道子共同礼遇比丘尼妙音，使得妙音权倾一朝，颇为世人侧目。《比丘尼传》卷一《简静寺支妙音尼传》记载：
妙音，未详何许人也。幼而志道，居处京华，博学内外，善为文章。晋孝武皇帝、太傅会稽王道子、孟
等，并相敬信。每与帝及太傅、中朝学士，谈论属文，雅有才致，借甚有声。太傅以太元十年为立简静寺，以音为寺主，徒众百余人。内外才义者，因之以自达，供
无穷，富倾都邑，贵贱宗事。门有车马，日百余两。荆州刺史王忱死，烈宗意欲以王恭代之。时桓玄在江陵，为忱所折挫，闻恭应往，素又惮恭，殷仲堪时为恭门生，玄知殷仲堪弱才，亦易制御，意欲得之，乃遣使凭妙音尼为堪图州。既而烈宗问妙音：“荆州缺外，问云谁应作者？”答曰：“贫道道士，岂容及俗中论议？如闻外内谈者，并云无过殷仲堪。以其意虑深远，荆楚所须。”帝然之，遂以代忱。权倾一朝，威行内外。
[140]
孝武帝、会稽王司马道子对妙音尼的礼遇显得过分，而妙音尼本人也有主动参与政治的嫌疑。这些在当时就引起了朝臣的议论。《晋书·司马道子传》记载：“于时孝武帝不亲万机，但与道子酣歌为务，姏姆尼僧，尤为亲昵，并窃弄其权。凡所幸接，皆出自小竖。郡守长吏，多为道子所树立。……又崇信浮屠之学，用度奢侈，下不堪命。太元以后，为长夜之宴，蓬首昏目，政事多阙。” [141] 史书中的这些记述，将朝政紊乱、帝王的个人享乐与其崇佛礼敬僧尼并列作为抨击的对象。此传中还记载了左卫领营将军会稽许荣上疏就此乱局的谏阻：
僧尼乳母，竞进亲党，又受货赂，辄临官领众。无卫霍之才，而比方古人，为患一也。臣闻佛者清远玄虚之神，以五诫为教，绝酒不淫。而今之奉者，秽慢阿尼，酒色是耽，其违二矣。夫致人于死，未必手刃害之。若政教不均，暴滥无罪，必夭天命，其违三矣。盗者未必躬窃人财，江乙母失布，罪由令尹。今禁令不明，劫盗公行，其违四矣。在上化下，必信为本。昔年下书，敕使尽规，而众议兼集，无所采用，其违五矣。尼僧成群，依傍法服。诫粗法，尚不能遵，况精妙乎！而流惑之徒，竞加敬事，又侵渔百姓，取财为惠，亦未合布施之道也。 [142]
许荣疏中所言朝政六大疏失，与佛教相关者竟有三方面。可见，在当时的朝臣看来，孝武帝和司马道子颇有佞佛之迹。
晋安帝司马德宗（396—418年在位），孝武帝长子。孝武帝死后继位，在位二十二年，最后被刘裕指派的王韶之勒死，终年三十七岁。《晋书·安帝纪》说：“帝不惠，自少及长，口不能言，虽寒暑之变，无以辩也。凡所动止，皆非己出。故桓玄之纂，因此获全。” [143] 司马德宗昏庸懦弱，继位后先后由司马道子、司马德文揽权，他始终是个傀儡。晋安帝在位期间，曾爆发孙恩、卢循起义。403年，被封为楚王的大将桓玄自称皇帝，废司马德宗为平固（今江西赣州东）王，将司马德宗移居于浔阳（今江西九江），东晋中绝。不久，另一大将刘裕起兵讨伐桓玄。桓玄被击败，逃到浔阳，裹挟司马德宗辗转于江陵（今湖北江陵）一带。直至404年，桓玄兵败被杀，安帝才得以复位。
东晋安帝在政治上无作为，但其自身对佛教很有好感。因此，在其在位期间，东晋佛教发展甚为迅速。
晋安帝元兴二年（403），太尉桓玄再度提出令沙门礼敬王者之事，并征询中书令桓谦、王谧，以及庐山慧远的意见。桓玄说：
佛所贵无为，殷勤在于绝欲，而比者凌迟，遂失斯道，京师竞其奢淫，荣观纷于朝市，天府以之倾匮，名器为之秽黩，避役钟于百里，逋逃盈于寺庙，乃至一县数千，猥成屯落，邑聚游食之群，境积不羁之众，其所以伤治害政，尘滓佛教，固已彼此俱弊，实污风轨矣。便可严下在所诸沙门有能申述诰，畅说义理者；或禁行修整，奉戒无亏，恒为阿练者；或山居养志，不营流俗者，皆足以宣寄大化，亦所以示物以道，弘训作范，幸兼内外。其有违于此者，皆悉罢遣，所在领其户籍，严为之制。 [144]
桓谦、王谧明确反对桓玄的做法。慧远更著《沙门不敬王者论》五篇，反对桓玄的主张。慧远之文由“序论”和五大部分组成。在“序论”中，慧远叙述了其撰述理由。正文中，第一“在家”、第二“出家”两篇，论述佛教出家的本质，出家者的生活必然超越世俗生活。第三“求宗不顺化”篇，指出求佛道者不应随顺世俗，而须否定世俗之生活。第四“体极不兼应”篇，指出体得佛法者不应再顺应世俗。第五“形尽神不灭”篇，论说肉体终将一死，而精神永不灭绝。庐山慧远不拜王者的立场甚为鲜明，遂使桓玄于篡位后，下诏准许道人不礼敬帝王。桓玄的想法最终也未能实现。
晋安帝礼遇过的高僧、名僧很多。他对当时影响最大的高僧庐山慧远也表现出明显的敬意。《高僧传》卷六《慧远传》记载：
及桓玄西奔，晋安帝自江陵旋于京师。辅国何无忌劝远候觐，远称疾不行。帝遣使劳问。远修书曰：“释慧远顿首：阳月和暖，愿御膳顺宜。贫道先婴重疾，年衰益甚，猥蒙慈诏，曲垂光慰，感惧之深，实百于怀。幸遇庆会，而形不自运。此情此慨，良无以喻。”诏答：“阳中感怀，知所患未佳，其情耿耿。去月发江陵，在道多诸恶，情迟兼常，本冀经过相见。法师既养素山林，又所患未痊，邈无复，因增其叹恨。” [145]
从安帝诏书的内容看，在经受被逼退位而又复位的剧变之后，安帝希望与慧远晤谈的愿望是显著的。由此可见，他似乎将佛教当作心灵的一种安慰剂。
义熙十四年（418），大将刘裕急于篡夺皇位，密令党羽杀害了安帝，立琅琊王司马德文为帝，是为东晋最后一位皇帝恭帝（418—420年在位）。恭帝为晋孝武帝之子，晋安帝之弟。《晋书·恭帝纪》说，恭帝为王时，就“深信浮屠道，铸货千万，造丈六金像，亲于瓦官寺迎之，步从十许里” [146] 。尤其是恭帝被刘裕废掉后，420年9月，刘裕派亲兵越墙进入司马德文室内，将毒酒放在他面前，逼他饮下。司马德文说：“佛教，自杀者不复得人身。” [147] 兵士便将他挟上床去，用被子蒙住他脸面，用力将其扼死。司马德文被杀后，谥号为恭帝。从这些事例看，恭帝信奉佛教很是虔诚。
综上所述，东晋帝王大多不同程度、不同形式地信奉佛教，有些甚至十分虔诚，这是汉、三国、曹魏、西晋从未出现过的。朝廷佛教政策的宽松，大多数皇帝和权臣对佛教的扶持以及对僧尼的尊崇，都显著地促进了佛教在东晋统治区域较为迅速地传播。
西晋，特别是东晋时期，玄学名士研习佛教教义，而义学高僧则参与玄谈，玄学与佛学呈现出互相交融状态。士大夫阶层对佛教的普遍信奉，使东晋时期佛教传播日益深入。
东晋时期，士人群体中弥漫着崇佛的风气。正如刘宋文帝朝，侍中何尚之所奏：
悠悠之徒，多不信法。以臣庸蔽，独秉愚勤，惧以阙薄，贻点大教。今乃更荷褒拂，非所敢当。至如前代群英，则不负明诏矣。中朝已远，难复尽知。渡江以来，则王导、周
、庾亮、王濛、谢尚、郗超、王坦、王恭、王谧、郭文、谢敷、戴逵、许询及亡高祖兄弟、王元琳昆季、范汪、孙绰、张玄、殷
，或宰辅之冠盖，或人伦之羽仪，或置情天人之际，或抗迹烟霞之表，并禀志归依，厝心崇信。其间比对，则兰、护、开、潜、渊、遁、崇、邃，皆亚迹黄中，或不测人也。近世道俗，敷谈便尔。
[148]
此文中罗列东晋时期高门大族、高官显贵信奉佛教的名单，朝臣如丞相王导、中书令庾亮、尚书左仆射周
、御使中丞周嵩、尚书左仆射谢琨、尚书令何亮、五州都督殷浩、宰相谢安等人都与佛教有关涉。书法家王羲之、书画家顾恺之、工书画文章的戴逵等人都好佛，其余如王濛、谢尚、郗超、王坦、王恭、王谧、郭文、谢敷、许询、范汪、孙绰、张玄等人，都禀志归依，悉心崇敬佛教。文中的“亡高祖兄弟”是指何充、何准，“兰、护、开、潜、渊、遁、崇、邃”是指受到朝野崇敬的高僧竺法兰、竺法护、于法开、竺道潜、僧渊、支遁、竺法崇、于道邃等。从上述名单可以见出，东晋上层人士的佛教信仰已经具有明显的家族继承性。这一态势，在宋、齐、梁、陈时期得到进一步发展。
东晋时期，士人奉佛逐渐普遍，其中一个突出的现象就是天师道世家纷纷转而信奉佛教，或佛教、道教兼修。东晋许多世家大族，道教信仰先于佛教存在。“吴会诸郡，实为天师道之传教区”，“三吴及海边之际，信之逾甚”。 [149] 据陈寅恪先生《天师道与滨海地域的关系》一文考证，东晋南朝的许多门阀士族，都是信奉天师道的世家。其中代表性的世家大族有：琅琊王氏、高平郗氏、吴郡杜氏、琅琊孙氏、会稽孔氏、义兴周氏、陈郡殷氏、丹阳葛氏、东海鲍氏、丹阳许氏、丹阳陶氏、吴兴沈氏等。而当时江左信奉道教的士族远不止这些，据任继愈先生补充，还有：颍川庾氏，阳夏谢氏，泰山羊氏，谯国桓氏，晋王室司马氏，长乐冯氏，晋陵华氏，吴郡顾氏、陆氏、张氏、孙氏（孙吴后裔）等。 [150] 根据当代学者研究，至东晋，道教在南方士族中较佛教更盛。然而此时已有不少天师道世家中人开始接触和信奉佛教，如琅琊王氏，义兴周氏，陈郡殷氏，高平郗氏，阳夏谢氏，丹阳许氏，吴郡孙氏、顾氏等。有资料表明，东晋时天师道世家对佛教并不排斥，据《晋书·郗愔传》载，郗愔、郗昙兄弟谄于道，而郗愔子郗超却以奉佛著称。王羲之家族世事天师道，但据《莲社高贤传·道敬法师传》，王羲之子王凝之为江州刺史时，其孙年十七，从慧远出家于庐山，称道敬法师。
从现存文献来看，东晋、宋齐之时信仰转变颇具代表性的世家大族，还有以下几家。
吴郡张氏：晋侍中尚书张敞，子张裕、张祎、张邵。张裕有五子张演、张镜、张永、张辩、张岱；张演子张绪，张永子张稷。张祎子张畅，张畅子张淹、张融。如南齐张融在《门律》中说：“吾门世恭佛。” [151] 此在南朝士族奉佛部分详细叙述，此从略。
陈郡谢氏：晋谢鲲及从予安、万、石三公并其孙玄，玄之孙灵运，灵运之孙超宗、曾孙茂卿。万之曾孙弘微，弘微子庄，庄子蕍，蕍子览，览弟举，均奉佛。谢灵运的信仰转变颇可说明当时天师道世家子弟信仰变化之轨迹。
庐江何氏奉佛，也堪称典型，何充、何准兄弟成为最崇信佛教的士族人物，他们对于东晋佛教的推动作用尤其显著。 [152]
何氏的兴起可以追溯至魏晋之际的何桢。《晋书·何充传》载其家世云：“何充，字次道，庐江潜人，魏光禄大夫祯之曾孙也。祖恽，豫州刺史。父睿，安丰太守。充风韵淹雅，文义见称。” [153] 关于何桢及其子孙传承的情况，《三国志》卷一一《魏书·管宁传》注引《文士传》中有一段较为完整的记载：
桢字符干，庐江人，有文学器干，容貌甚伟。历幽州刺史、廷尉，入晋为尚书光禄大夫。桢子龛，后将军；勖，车骑将军；恽，豫州刺史；其余多至大官。自后累世昌阜，司空文穆公充，恽之孙也，贵达至今。 [154]
何桢奠定了两晋南朝庐江何氏之基业。何桢曾孙何充一辈于两晋之际南渡，仕于东晋成帝、康帝和穆帝时期，且在康、穆之际一度掌控朝政，位至司空，将其家族的政治地位推向高峰，从而确立起其家族在东晋、南朝的优越门第。在家族文化方面，两晋之间，何氏也发生了深刻变化。魏晋之际，何桢以“文学器干”显名，表现出汉儒经学和律令兼修的遗风，而东晋前期的何充则以“风韵淹雅，文义见称” [155] ，表现出鲜明的玄学化特征。这种由儒入玄、儒玄兼修的思想文化风尚，正是魏晋以降诸多“新出门户”改变门风、提升地位的必由之路。
《世说新语·排调篇》载：“二郗奉道，二何奉佛，皆以财贿。谢中郎云：‘二郗谄于道，二何佞于佛。’” [156] 所谓“二郗”，是指郗愔、郗昙，他们崇奉天师道。这条材料中，高平郗氏为天师道世家，而举何充兄弟与之并列，突出其“佞于佛”。此条下刘孝标注引《晋阳秋》曰：“何充性好佛道，崇修佛寺，供给沙门以百数。久在扬州，征役吏民，功赏万计，是以为遐迩所讥。充弟准，亦精勤，唯读佛经，营治寺庙而已矣。”何充“崇修佛寺”，利用其职务之便，“征役吏民，功赏万计”。
关于何充奉佛，《晋书·何充传》也记载，何充“性好释典，崇修佛寺，供给沙门以百数，糜费巨亿而不吝也。亲友至于贫乏，无所施遗，以此获讥于世” [157] 。何充信佛很虔诚，将个人资财多用于筑寺养僧，“糜费巨亿而不吝”。
关于何准崇佛，《晋书·何准传》也有记载：“何准，字幼道，穆章皇后父也。高尚寡欲，……充居宰辅之重，权倾一时，而准散带衡门，不及人事，唯诵佛经，修营塔庙而已。” [158] 何准“高尚寡欲”，一生不仕，“唯诵佛经，修营塔庙”，是一个纯粹的居士。
关于何氏兄弟建造佛寺佛塔，《高僧传》卷一《康僧会传》记载，东晋成帝咸和中，“苏峻作乱，焚会所建寺塔，司空何充复修造” [159] 。《比丘尼传》卷一《建福寺康明感尼传》载，晋建元元年（343）春，明感比丘尼与慧湛等十人济江，“诣司空公何充。充一见甚敬重。于时京师未有尼寺，充以别宅为之立寺。问感曰：‘当何名之？’答曰：‘大晋四部，今日始备。檀越所建，皆造福业，可名曰建福寺。’公从之矣” [160] 。同书同卷《建福寺慧湛尼传》也记载：“建元二年渡江，司空何充大加崇敬，请居建福寺住云。” [161] 何准也曾舍宅为寺，宋范成大《吴郡志》卷九《古迹》载：“般若台，在吴县西二里，晋穆侯何准所置。”在何充、何准兄弟的影响下，何氏家族其他人物也有类似的举动，比如何准女儿是晋穆帝的皇后，她也笃信佛教。《比丘尼传》卷一《昙备尼传》载，永和十年（354），何后为昙备尼“立寺于定阴里，名永安。今之何后寺是” [162] 。此寺初名永安寺，后来称之为何后寺。
东晋时期奉佛虔诚且有佛学著作论文者，以孙绰和郗超最为著名。孙绰是东晋有名的文学家之一，精通玄学、儒学和佛学，与名僧支道林交往很深。他著有《喻道论》，主张儒释调和，“周孔即佛，佛即周孔，盖外内名耳。……周孔救极弊，佛教明其本” [163] 。此文对后世影响很大。郗超也为支道林所推重，郗超原信奉天师道，然与支遁、竺法汰等高僧交游，渐对佛教起信。他作《奉法要》，其主题是探讨奉持佛法的要义，其文先就三自归（即三皈戒）、五戒、十善等实践德目加以详述；次明三界、五道、五阴、五盖、六情、四非常、六度、四空等法相；最后说明因果报应之事。《奉法要》简明而又通俗地介绍了佛教的基本内容，其中包含了三皈依、五戒十善之法、修斋法、三界五道论、五阴论、四非常、六度、报应论等内容，也主张儒佛调和。这两篇著述代表了东晋时期名士对于佛教的典型理解，其所主张的儒佛一致的观念，对于佛教的发展意义深远。
东晋时期，北方洛阳的名僧、名士如康僧渊、康法畅、支愍度、帛尸梨蜜多罗、于法开、于道邃、竺法汰、竺法深等皆自中原南下至建康，同时将中原的佛教思想及玄风带到建康。建康佛教逐渐兴盛。梁宝唱《比丘尼传》卷一所记载东晋时期的比丘尼都在京师建康。见于梁慧皎《高僧传》和唐道宣《续高僧传》的建康佛寺十三所，而清代学者刘世珩在《南朝寺考》中依据《高僧传》《建康实录》以及宋元时期编写的方志，考证出东晋修造的佛寺三十七所。鉴于方志以及后代碑记的追记性质，容易将佛寺的初建时间提前，因此，本文叙述仅仅依据唐初之前的文献考辨建康佛寺的修造情况。
张弓先生根据《高僧传》所考出的建于东晋的建康佛寺是：高座寺、白马寺、道场寺、东安寺、瓦官寺、青园寺、灵曜寺、宋熙寺、建元寺、安乐寺、崇明寺、延贤寺、长干寺。 [164] 这十三所佛寺中，根据《高僧传》卷三《畺良耶舍传》，宋熙寺建于元嘉十年（433）；建元寺、灵曜寺不能确定是否建于东晋；长干寺则于东吴初建，这四所应该除外。在张弓先生所列之外，从《高僧传》卷三《智严传》中可知，至少在东晋末，建康城中还有始兴寺、枳园寺以及四所尼寺。因此，依据唐初之前的文献，东晋时期建康新建佛寺十五所。在整个东晋时期，在东晋佛教重要且因有高僧住寺而显赫的佛寺是长干寺、瓦官寺、道场寺、东安寺。
东吴最早的佛寺建初寺，在东晋时期自然是建康佛教的中心寺域，代有高僧。《高僧传》卷一《帛尸梨蜜多罗传》记载：“帛尸梨蜜多罗，此云吉友，西域人，时人呼为高座。……晋永嘉中，始到中国。值乱，仍过江，止建初寺，丞相王导一见而奇之，以为吾之徒也。由是名显。” [165]
东晋简文皇帝“于长干寺造三层塔。塔成之后，每夕放光”。僧人慧达于晋宁康中至京师，从长干寺塔下丈许掘得三石碑，“中央碑覆中有一铁函，函中又有银函，银函里金函，金函里有三舍利。又有一爪甲及一发，发申长数尺，卷则成螺，光色炫耀，乃周敬王时阿育王起八万四千塔”。魏晋以来，中土人士相信阿育王传播舍利至中土的传闻，遍寻佛舍利，修塔崇拜。至此，长干寺就被认定为阿育王寺。“既道俗叹异，乃于旧塔之西更竖一刹，施安舍利。晋太元十六年，孝武更加为三层。” [166] 从这些叙述看，长干寺似乎有两座塔。长干寺在东晋时期的建康很受重视，高僧云集。东晋孝武帝初，朝廷敕命善于转读的支昙钥住此寺，孝武帝从受五戒，敬以师礼。《高僧传》卷一三记载：“支昙钥，本月支人，寓居建业。少出家，清苦蔬食，憩吴虎丘山。晋孝武初，敕请出都，止建初寺。孝武从受五戒，敬以师礼。” [167] 从这一记载可知，昙钥属于月氏移民后裔，年少出家后本住于今苏州虎丘山。孝武帝登基未久，敕请其到建康驻锡于建初寺。后来，八十一岁时，昙钥圆寂于所住寺。根据《高僧传·法平传》记载，昙钥也曾经在白马寺驻锡过。此外，《高僧传·竺法旷传》记载：“晋孝武帝钦承风闻，要请出京，事以师礼，止于长干寺。元兴元年卒，春秋七十有六。” [168]
瓦官寺，是东晋时期建康重要的佛寺之一。《高僧传·竺法汰传》和《高僧传·慧力传》记载，此寺之地本是河内山玩公之墓，晋元帝时，丞相王导以其地“为陶处”（即制作陶器之处）。释慧力于晋永和年中“来游京师，常乞食蔬，苦头陀修福。至晋兴宁中，启乞陶处，以为瓦官寺” [169] 。据唐朝许嵩《建康实录》载：“晋哀帝兴宁二年诏移陶官于淮水北，遂以南岸窑处之地，施僧慧力，造瓦官寺。”因民间俗称陶官为瓦官，故称此名。依据上述记载，则瓦官寺并非晋元帝时所建，而是晋哀帝时始建。然而，唐道宣《集神州三宝感通录》卷二的记载，似乎说明《辩正论》的说法并非空穴来风。其文说：“宋元嘉十四年，孙彦曾家世奉佛，妾王惠称少而信向，年大弥笃，诵《法花经》，辄见浦中有杂色光，使人掘深二尺，得金像，连光趺高二尺一寸。趺铭云，建武元年岁在庚子，瓦官寺道人法新、僧行所造。” [170] 这一记载有一错误，庚子年不是晋元帝建武元年（316），而是晋成帝咸康六年（340）。然不管如何，至少说明至唐初流传的若干资料已表明，建康的瓦官寺的建造有晋元帝时期和晋哀帝时期两说。另外，当代学者考证说：“瓦官寺建于兴宁二年，似于史实不合。据《世说新语》，王濛、刘惔、何充、王修均到瓦官寺清谈，而这些人物在兴宁二年之前早已去世。然又据《高僧传》卷五《竺僧敷传》：‘西晋末乱，移居江左，止京师瓦官寺。’可见，瓦官寺很可能创建于西晋末或东晋初，远在兴宁之前。” [171]
有资料表明，瓦官寺的初次扩建是在竺法汰的主持下完成的。兴宁三年（365），竺法汰从南阳至建康，驻瓦官寺。瓦官寺在竺法汰主持下扩建了房舍以容纳更多的僧人，修“重门”而扩充了寺域。根据《高僧传》卷一三《释慧力传》记载，瓦官寺佛塔于晋孝武太元二十一年（396）七月夜自然火起，“寺僧数十，都无知者。明旦见塔，已成灰聚。帝曰：‘此国不祥之相也。’即敕杨法尚、李绪等速令修复，至九月帝崩” [172] 。瓦官寺佛塔应该于晋安帝在位时期重建了。
南朝的“瓦官寺”，乃是高僧萃集之所在。东晋初期，支道林曾经于其中宣讲《般若经》。刘义庆《世说新语》卷上：“有北来道人，好才理，与林公相遇，于瓦官寺讲《小品》。于时竺法深、孙兴公悉共听。此道人语屡设疑难，林公辩答清析，辞气俱爽，此道人每辄摧屈。孙问深公：‘上人当是逆风家，向来何以都不言？’深公笑而不答。林公曰：‘白旃檀非不馥，焉能逆风？深公得此义，夷然不屑。’” [173] 此事应该发生于晋哀帝在位时期的兴宁二年或三年间（364或365），因为文中提及的竺法深是哀帝时期至京师建康的。
瓦官寺有竺僧敷，在当时很有影响。《高僧传》卷五《竺僧敷传》记载：“竺僧敷，未详氏族。学通众经，尤善《放光》及《道行波若》。西晋末乱，移居江左，止京师瓦官寺，盛开讲席，建邺旧僧，莫不推服。” [174] 依据此中的叙述，竺僧敷于东晋初年至建康之后，似乎是立即就住于瓦官寺。在上文之后，《高僧传·竺僧敷传》又叙述说：
时同寺沙门道嵩，亦才解相次，与道安书云：“敷公研微秀发，非吾等所及也。”时异学之徒咸谓“心神有形，但妙于万物，随其能言，互相摧压”。敷乃著《神无形论》，以有形便有数，有数则有尽；神既无尽，故知无形矣。时仗辩之徒，纷纭交诤。既理有所归，惬然信服。后又著《放光》《道行》等义疏。后终于寺中，春秋七十余矣。
竺法汰与道安书云：‘每忆敷上人，周旋如昨，逝殁奄复多年。与其清谈之日，未尝不相忆，思得与君共覆疏其美，岂图一旦，永为异世？痛恨之深，何能忘情？其义理所得，披寻之功，信难可图矣。’汰与安书，数述敷义。” [175] 竺法汰圆寂于太元十二年（387），道安圆寂于385年。从竺法汰写给道安书信中所说推知，竺法汰写此信时，竺僧敷已经圆寂多年。
从现有资料可知，竺法汰至建康之前，竺僧敷已经名满京师，至少在竺法汰进瓦官寺之前，已经住于此寺了。竺法汰到瓦官寺后，与僧敷交流佛教义理，乐此不疲。竺法汰并说，与僧敷的交流使其不由得想起昔日与道安在一起的日子。从现有资料看，竺法汰在瓦官寺时期，瓦官寺在京师甚至整个东晋的统治区域内都有很大影响。《高僧传》中记载，道壹、昙一、道生等等，都是法汰的高足。
晋宋之际，瓦官寺又有释慧璩。根据《高僧传》卷一三记载：“释慧璩，丹阳人，出家止瓦官寺。读览经论，涉猎书史，众技多闲，而尤善唱导，出语成章，动辞制作。临时采博，罄无不妙。” [176] 入宋之后，慧璩颇得帝王宠信，大明末终于瓦官寺，年七十二。
史籍记载，瓦官寺有“三绝”，在佛教艺术史上具有很高的地位。
第一绝是有顾恺之所画维摩诘像。东晋时期僧人昙宗所撰《京师寺记》中记载，瓦官寺有顾恺之所画维摩诘像。唐代张彦远《历代名画记》卷五记载：
长康又曾于瓦棺寺北小殿，画维摩诘。画讫，光彩耀目数日。《京师寺记》云：“兴宁中，瓦棺寺初置。僧众设会，请朝贤鸣刹注疏。其时，士大夫莫有过十万者。既至，长康直打刹注百万。长康素贫，众以为大言。后寺众请勾疏，长康曰宜备一壁，遂闭户往来一月余日。所画维摩诘一躯工毕，将欲点眸子，乃谓寺僧曰：‘第一日观者请施十万，第二日可五万，第三日可任例责施。’及开户，光照一寺，施者填咽，俄而得百万钱。”
顾恺之所画维摩图，历唐至宋，幸然犹存，且有了由杜牧、苏颂请画工临摹的别本。裴孝源《贞观公私画史》：“晋瓦官寺，有顾恺之、张僧繇画壁，在江宁。”叶梦得《建康集》卷一记载：“地近中原怯早寒，一杯何处复追欢？同寻涧壑闲谁共？强逐风尘老自难。归梦孰知元有约？故情应得旧相看。闭关且示维摩病，图画他年付瓦官。世传顾恺之画维摩像，皆此间瓦官寺本也。”韩元吉《南涧稿》卷一五《崇胜戒坛记》记载说：“顾长康曾于寺室手画金粟如来之像，号为神妙，吾得旧本，刊置壁间。”苏颂《苏魏公集》卷七二《题维摩像》说：“顾生首创维摩诘像，有清羸示病之容，隐几忘言之状。陆探微、张僧繇效之，终不及。至唐，寺废，杜紫薇牧之为池州刺史，过金陵，叹其将圯，募工拓写十余本，以遗好事者。其一乃汝阴太守某人也，不敢携去，至今置于州廨。”
第二绝是师子国所献玉像。《高僧传·释慧力传》记载，瓦官寺“又有师子国四尺二寸玉像，并皆在焉。昔师子国王闻晋孝武精于奉法，故遣沙门昙摩抑远献此佛。在道十余年，至义熙中乃达晋” [177] 。
第三绝是一尊金佛像。《高僧传·释慧力传》记载：“司徒王谧尝入台，见东掖门口有寺，人掷樗戏，樗所著处，辄有光出。怪令掘之，得一金像，合光趺长七尺二寸。谧即启闻宋高祖，迎入台供养。宋景平末送出瓦官寺，今移龙光寺。” [178]
关于瓦官寺“三绝”，《梁书》卷五四《师子国传》记载：“晋义熙初，始遣献玉像，经十载乃至。像高四尺二寸，玉色洁润，形制殊特，殆非人工。此像历晋、宋世在瓦官寺，寺先有征士戴安道手制佛像五躯，及顾长康维摩画图，世人谓为三绝。至齐东昏，遂毁玉像，前截臂，次取身，为嬖妾潘贵妃作钗钏。” [179] 玉像、金像毁于齐东昏君在位时期（498—501），而顾恺之的维摩诘像流传久远，对中国佛教艺术产生过巨大影响。
东晋时期，建康又有东安寺，在当时也有很大影响，但建于何时不能详知。唐初法琳《辩正论》中保存了两种含混的说法。此著卷三说：“晋司徒公王谧。谧见东掖寺门辄有金光烛地，因往掘之，得一金像，合光七尺，别起精舍，终身供养。又感瑞呈真，造东安寺。” [180] 这一条前半段说，王谧发掘出一金像，供奉于瓦官寺内；后半段说，他又感得瑞相并“造东安寺”。
王谧（360—407）是王导之孙。生于晋穆帝升平四年（360），卒于安帝义熙三年（407），年四十八岁，属于东晋晚期人。若将此文所说“造”理解为初建佛寺，与《高僧传》等文献所说至少在东晋中期就有高僧在此寺活动等叙述不一致。而《辩正论》卷三又说，陈高祖武皇帝于永定二年（558）于扬州（今江苏南京）造东安寺，“复为家国，爰逮群生，于扬都治下造兴皇、天居等四寺，皆绣棋雕楹，文
粉壁，三阶肃而宛转，千柱赫以玲珑，长表列于康衢，高门临于驰道，美音精舍，未或可俦，善德仁祠，讵能为比”
[181]
。将东安寺说成是陈武帝始修，肯定并非事实。将两种说法参照，可以大致推定，法琳所说的“造”实际上是指修缮扩建。
根据《高僧传·支道林传》记载：“至晋哀帝即位，频遣两使，征请出都，止东安寺，讲《道行般若》，白墨钦崇，朝野悦服。” [182] 晋哀帝于升平五年（361）五月继位，兴宁三年（365）二月驾崩。而《世说新语·文学》记载：“支道林初从东出，住东安寺中。王长史宿构精理，并撰其才藻，往与支语，不大当对。王叙致作数百语，自谓是名理奇藻。支徐徐谓曰：‘身与君别多年，君义言了不长进。’王大惭而退。” [183] 在东晋时期，支道林是名声最著的高僧之一，他到建康住于东安寺，一方面说明此寺在当时的建康地位较高；另一方面，寺以僧显，支道林住于此寺，此寺自然一时会成为朝野信众关注的中心。
慧持曾住于东安寺。《高僧传》卷六《慧持传》记载：“持有姑为尼，名道仪，住在江夏。仪闻京师盛于佛法，欲下观化。持乃送姑至都，止于东安寺。晋卫军琅琊王珣深相器重。时有西域沙门僧伽罗叉，善诵四含。珣请出《中阿含经》，持乃校阅文言，搜括详定。后还山。” [184] 根据《出三藏记集》卷九记载，僧伽罗叉等以晋隆安元年（397）十一月十日，“于扬州丹阳郡建康县界，在其精舍，更出此《中阿含》。……至来二年戊戌之岁六月二十五日，草本始讫” [185] 。从这一记载可知，慧持在建康数年，住于东安寺。
晋宋之际，东安寺有道渊，影响很大。《高僧传》卷七记载：“释道渊，姓寇。不知何许人，出家止京师东安寺。少持律捡，长习义宗，众经数论，靡不通达，而潜光隐德，世莫之知。后于东安寺开讲，剖析玄微，洞尽幽赜。使终古积滞，涣然冰解。于是学徒改观，翕然附德。” [186] 道渊的弟子慧琳在南朝更是一名与政界交际甚广的名僧。
鸠摩罗什弟子慧严也住于东安寺。《高僧传》卷七《慧严传》记载：“释慧严，姓范，豫州人。年十二为诸生，博晓诗书，十六出家。又精炼佛理，迄甫立年，学洞群籍，风声四远，化洽殊邦。闻什公在关，复从受学，访正音义，多所异闻。后还京师，止东安寺。宋高祖素所知重。高祖后伐长安，要与同行。严曰：‘檀越此行，虽伐罪吊民，贫道事外之人，不敢闻命。’帝苦要之，遂行。及文帝在位，情好尤密。” [187] 慧严以宋元嘉二十年（443）卒于东安寺，春秋八十一。慧严在刘宋时期对宋武帝刘裕的佛教信仰影响甚大。
位于建康南郊的道场寺（又名斗场寺，大致在今南京雨花门外），是东晋乃至南朝建康佛经翻译中心，地位显赫。道场寺的历史名声，奠定于法显西行归来曾经驻锡于此。在法显回到建康的前一年（412），他在长安结识的中印度高僧佛陀跋陀罗及其大弟子慧观，已由东晋大将刘裕请到道场寺。接着，与法显在北天竺会过面的高僧宝云也来到道场寺。宝云曾经在国外钻研并掌握了印度的古文字梵文，这就为他的翻译佛经工作准备了良好的条件。法显在道场寺里大约住了五年，除了写成《佛国记》外，还翻译了佛经六部，共一百多万字。佛陀跋陀罗则和上百名中国僧人，从418年起在道场寺共同翻译出大部头的《华严经》。当时在道场寺，从佛陀跋陀罗和法显研习禅律、参与译事的，还有智严、慧观、宝云等人。
智严，凉州人。二十岁左右出家。为“博事名师，广求经诰”，西行至罽宾，入摩天陀罗精舍，从佛陀先比丘谘受禅法，后遇佛陀跋陀罗，相从求教，又请他来中国弘法，一同东归至后秦都长安，住大寺。后佛陀跋陀罗南下，智严亦离大寺另居别处，致力学修。东晋义熙十三年（417），刘裕率兵伐长安，智严应邀至建康，先后住始兴寺、枳园寺，亦参与过道场寺译事。刘宋元嘉四年（427），与宝云同译出《普曜经》《四天王经》《广博严净经》等。晚年又泛海至天竺，归国途中圆寂于罽宾，年七十八岁。
慧观（？—453）曾师事慧远，既而听说鸠摩罗什到了长安，又往问佛学。当时鸠摩罗什称赞他说：“通情则生（道生）、融（道融）上首，精难则观（慧观）、肇（僧肇）第一。” [188] 慧观跟随佛驼跋陀罗南下，辗转到建康，住道场寺。昙无谶的大本《涅槃经》传到建康，他参与慧严、谢灵运的修订工作，并著《辨宗论》《论顿悟惭悟义》等。他又立“二教五时”的教判，此是中国判教的嚆矢。
宝云（376—449）传为凉州（今甘肃武威）人，少年出家，精勤于学业。东晋隆安初年（397），其远游西域诸国，遍学梵书，对“天竺诸国，音字诂训，悉皆备解” [189] ；后还长安，依止佛驼跋陀罗治学；又随师南至建康道场寺，襄理译事，晚年住六合山寺。译有《新无量寿经》《佛所行赞》等。刘宋元嘉二十六年（449）圆寂，年七十四岁。
《高僧传·释智严传》记载：
晋义熙十三年，宋武帝西伐长安，克捷旋旆，涂出山东。时，始兴公王恢从驾游观山川，至严精舍，见其同止三僧，各坐绳床，禅思湛然。恢至，良久不觉，于是弹指，三人开眼，俄而还闭，问不与言。恢心敬其奇，访诸耆老，皆云：“此三僧隐居求志，高洁法师也。”恢即启宋武帝延请还都，莫肯行者。既屡请恳至，二人推严随行。恢怀道素笃，礼事甚殷。还都，即住始兴寺。严性爱虚靖，志避喧尘，恢乃为于东郊之际更起精舍，即枳园寺也。 [190]
此中的始兴公王恢是王导之孙王嘏之子。根据《晋书》记载，晋明帝封王导为始兴郡王，王导长子王悦无子，“以弟恬子琨为嗣，袭导爵丹阳尹，卒，赠太常。子嘏嗣，尚鄱阳公主，历中领军、尚书。卒，子恢嗣，义熙末，为游击将军” [191] 。从这一记载看，王恢于东晋末继承了王导的封号为始兴公。可惜，《晋书》《宋书》中都没有其传，而且《晋书》《宋书》中的相关记载并不一致。《晋书》又说王恢是王劭的儿子。王劭为王导的五子。《晋书·王劭传》又记载：王劭有三子——穆、默、恢。“穆，临海太守。默，吴国内史，加二千石。恢，右卫将军。”而《宋书》记载，王嘏，“字伟世，侍中、左户尚书、始兴公。嘏子偃”。王偃有兄为王恢，“偃，字子游，母晋孝武帝女鄱阳公主。宋受禅，封永成君。偃尚宋武帝第二女吴兴长公主，讳荣男。常倮偃缚诸庭树，时天夜雪，噤冻久之。偃兄恢排阁诟主，乃免”。王偃有兄为王恢，似乎在刘宋时期很有地位，能够帮助其弟纾解与公主的婚姻困境。推测言之，王恢即是王导的重孙。关于上述记载，《宋书》的记载可信度大一些，因为始兴公的封号是在王导嫡长子一系继承的，而《宋书》的记载符合这一要义。
智严于东晋义熙十三年（417）受始兴公王恢的邀请，到达建康，住于始兴寺。可见，此寺早已经存在，建立的时间是在东晋中后期。尤其是《出三藏记集》卷一五《道生传》记载说，道生“随法不惮崄远，遂与始兴慧叡、东安慧严、道场慧观，同往长安，从罗什受学。关中僧众，咸称其秀悟。义熙五年，还都因停京师。游学积年，备总经论” [192] 。慧叡住始兴寺未见于其他资料，而且《高僧传·竺道生传》在叙述这一事实时，省略了慧叡等僧的住寺。而这四位僧人的出发地点是庐山。《高僧传》卷七《慧叡传》记载，慧叡“后还憩庐山，俄又入关，从什公谘禀，后适京师，止乌衣寺，讲说众经，皆思彻言表，理契环中” [193] 。僧传中称其为“宋京师乌衣寺释慧叡”，而《高僧传》卷七《慧严传》记载，慧严“闻什公在关，复从受学。访正音义，多所异闻。后还京师，止东安寺” [194] 。从这一记载看，慧严因为长期住于东安寺而被《出三藏记集》称为“东安慧严”。因此，可以推测，慧叡初至建康是住于始兴寺的，而慧叡至建康是在东晋义熙末年。
从始兴寺的寺额等资料推测，此寺应该是王氏家族的“家庙”，而始兴公王恢为智严另外修建枳园寺，则有很大可能是在东晋末年。根据《宋书·武帝纪》记载，宋武帝登基之后，下诏：“可降始兴公封始兴县公，庐陵公封柴桑县公，各千户；始安公封荔浦县侯，长沙公封醴陵县侯，康乐公可即封县侯，各五百户：以奉晋故丞相王导、太傅谢安、大将军温峤、大司马陶侃、车骑将军谢玄之祀。” [195] 这是对于前朝遗臣表示尊重，因为不久，刘宋王朝就有了自己的始兴王。大致可断定，枳园寺是在晋宋之际初建的。
尤其须注意的是，《比丘尼传》记载，东晋时期，建康新建尼寺四所——北永安寺、延兴寺、新林寺、简静寺，以此四寺为基地，实际上形成了一个比丘尼僧团。
建康也有一座称之为白马寺的佛寺。根据《法苑珠林》卷三九记载：“白马寺，在建康中黄里。太兴二年，晋中宗元皇帝起造。” [196] 依据此说，建康白马寺于东晋大兴二年（319）由司马睿下令修建。如此，此寺则是东晋建立后较早建设的寺院。
建康白马寺，史著中常常引用的是有关支道林的文献。《高僧传·支道林传》记载：“遁常在白马寺，与刘系之等谈《庄子·逍遥篇》，云各适性以为逍遥。遁曰：‘不然。夫桀跖以残害为性。若适性为得者，彼亦逍遥矣。’于是退而注《逍遥篇》，群儒旧学莫不叹伏。”
[197]
而《世说新语·文学》有记载：“《庄子·逍遥篇》，旧是难处。诸名贤所可钻味，而不能拔理于郭、向之外。支道林在白马寺中，将冯太常共语，因及《逍遥》，支卓然标新理于二家之表，立异义于众贤之外，皆是诸名贤寻味之所不得。后遂用支理。”
[198]
学者通过对刘系之、荀纳、冯怀的生平事迹考证得出，支道林在白马寺与冯太常讨论《庄子·逍遥篇》的时间大致在成帝咸康四年（338）冬十月至第二年三月之间。可见，支道林住于建康白马寺的时间就在此前。《法苑珠林》卷一八引用《冥祥记》的记载，东晋时期，白马寺曾发生火灾。其文说：“晋谢敷，字庆绪，会稽山阴人也，镇军将军
之兄子也。少有高操，隐于东山，笃信大法，精勤不倦。手写《首楞严经》，当在都白马寺中，寺为灾所延，什物余经并成煨烬，而此经止烧纸头界外而已，文字悉存，无所毁失。”
[199]
谢敷与支道林、郗超等都有交往，此事发生于谢敷死后，因而白马寺火灾应该在隆安年之后。
《高僧传·释法平传》又记载，法平兄弟曾经在白马寺拜师。其文说：“释法平，姓康，康居人，寓居建业。与弟法等俱出家，止白马寺，为昙钥弟子，共传师业，响韵清雅，运转无方，后兄弟同移祇洹。弟貌小丑而声逾于兄。宋大将军于东府设斋，一往，以貌轻之，及闻披卷三契，便扼腕神服。”此中的宋大将军是指刘裕。释法平、法等都以元嘉末年卒，可见二者是晋末宋初的僧人。二僧之师昙钥，《高僧传》卷一三有传，孝武帝登基未久，昙钥被敕请到建康驻锡于建初寺，八十一岁时圆寂于所住建初寺。可见，他除驻锡于建初寺之外，也曾经驻锡过白马寺。
关于高座寺的修建，《高僧传》卷一《帛尸梨蜜多罗传》记载：“密常在石子冈东，行头陀。既卒，因葬于此。成帝怀其风，为树刹冢所。后有关右沙门来游京师，乃于冢处起寺。陈郡谢混赞成其业。追旌往事，仍曰高座寺也。” [200] 对此，《世说新语》刘孝标注引昙宗《塔寺记》的记载说：“尸梨密冢曰高坐，在石子冈。常行头陀，卒于梅冈，即葬焉。晋元帝于冢边立寺，因名高坐。”对照可知，刘注所说晋元帝显然错误，而现今著作中认定此寺为晋成帝所修建，恐怕也不一定确切。依照《高僧传》的记载，帛尸梨蜜多罗于咸康年间圆寂，被葬于其生前行头陀行之地——石子冈，晋成帝于其地竖立塔刹。此塔刹相当于灵塔一类。后来，从关右来的沙门于其冢处起寺，谢混襄赞其事，成为高座寺。
谢混（？—412），字叔源，小字益寿。陈郡阳夏（今河南太康）人。谢安之孙，谢灵运之族叔。历任中书令、中领军、尚书左仆射，因与刘毅关系密切，晋安帝义熙八年（412）为刘裕所杀。高座寺的所在——建康石子冈，三国孙吴时期以来是乱葬之所。据《三国志·吴志·妃嫔传》，孙峻杀朱主，埋于石子冈；《三国志·吴志·诸葛恪传》记载，孙峻杀诸葛恪，以苇席裹尸投于此冈。又据《搜神记》卷二“石子冈”条说，其地“冢墓相亚，不可识别”。谢鲲死后就葬于石子冈。谢混是谢安的孙子，而谢鲲是谢安的伯父，因此，谢混助修此寺大概与此有关。如果“关右沙门”起寺的时间与谢混襄助没有时间间隔的话，谢混属于东晋末期之人，此寺的修建时间就不会是成帝时期了。谢混属于东晋末期之人，经过在《高僧传》等早期文献中检索，没有发现早于晋末的高座寺僧人。查阅文献可知，高座寺在南朝时期很受重视，甚至在唐宋时期依然如此，但在东晋时期应该是京城一座普通的佛寺。
现今可知，建康城中东晋寺院还有安乐寺、崇明寺。此寺相传为曾任左卫将军的王坦之舍园所建。据《高僧传》记载，沙门释慧受于东晋兴宁中（363—365）游历京师，行经王坦之园时梦于园中立寺，坦之遂喜而舍园为安乐寺。关于崇明寺，《高僧传》卷一四《释僧慧传》中有明确记载：“释僧慧，未知何人，少来好修福业。晋义熙中，共长安人行长生，立寺于京师破坞村中。始迂域其处，起草屋数间，便集僧设斋。至中夜，堂内两灯忽自然行进，前数十步，油纂如故，无所倾覆。大众惊嗟，访诸耆老，咸言：‘灯所移处，是昔时外国道人起塔之基。’于是就共修立，以灯移表瑞，因号崇明寺焉。” [201] 崇明寺初修于义熙年间，僧慧在刘宋时期仍然驻锡此寺。
建康有青园寺，因竺道生曾经住过而著名。《高僧传》卷七《竺道生传》记载，竺道生从长安鸠摩罗什门下归来，“还都，止青园寺。寺是晋恭思皇后褚氏所立，本种青处，因以为名” [202] 。此寺在刘宋时期，改寺名为龙光。南朝时期，此寺在建康地位颇高。
建康钟山于东晋时期也新建有佛寺。从西晋时期，特别是东晋时期，建康佛教发展的形势观之，迟至东晋义熙年间钟山始有佛寺，不大可能是事实。但以现存资料只能追溯至此。关于延贤寺的建造，《高僧传》卷一三记载：
释法意，江左人。好营福业，起五十三寺。晋义熙中，钟山祭酒朱应子，先是孙恩建义之党，窜居此山，分其外地少许，与意为寺，号曰延贤寺。后杯度去来此寺，云：“此处寻有诸变。”后时当好，地对天堂，易为福业。俄为野火所烧。后齐谐及张寅等，借杯度之旨，语在《度传》，乃与意共行山地，更欲修立，而无水不可住。意惟杯度之言，乃竭诚礼忏，乞西方池水。经于三日，恳恻弥至，忽闻空中有声，扑然着地。意恐是金帛，试令人掘，入二尺许，泫然清流，遂成涧不绝。于是立寺。意后不知所终。 [203]
从上引文字可知，此寺初建于东晋义熙年间，不久被大火所烧。至于重建之日，依据《高僧传》卷一《杯度传》可知，在元嘉五年（428）之后。《高僧传·杯度传》说，杯度于元嘉三年（426）九月“辞谐入京，留一万钱物寄谐，倩为营斋。于是别去，行至赤山湖，患痢而死。谐即为营斋，并接尸还葬建业之覆舟山”。“又有杜僧哀者，住在南冈下。昔经伏事杯度，儿病甚笃，乃思念，恨不得度，练神咒。明日忽见度来，言语如常，即为咒，病者便愈。至五年三月八日，度复来齐谐家，吕道慧闻人怛之。杜天期、水丘熙等并共见，皆大惊，即起礼拜度。语众人言：‘年当大凶，可勤修福业。法意道人甚有德，可往就其修立故寺，以禳灾祸也。’须臾，闻上有一僧唤度，度便辞去，云：‘贫道当向交广之间，不复来也。’齐谐等拜送殷勤，于是绝迹。” [204] 这一记载，尽管仅仅是传闻，内容显得荒诞，但从中透露的延贤寺重修的时间及发愿参与者等信息是难得的。
作为东晋的政治、文化、经济中心，东晋时期，佛教兴盛的建康具有强烈的辐射性，与长江中游的荆湘、庐山佛教以及三吴佛教构成一个互相激扬、并行发展的大好局面。