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对于藏传佛教的兴起，史家一般将其分为前弘期和后弘期，前者于唐代一时兴盛，后者绵延不衰于元、明、清。从更广阔的视野看，元明清时期，无论在国家精神信仰还是在政教关系层面，藏传佛教皆扮演着举足轻重的角色。蒙元政权接触藏传佛教始于蒙古灭金之后，窝阔台之子阔端领兵西征，进军乌斯藏。南宋淳祐七年（1247），蒙藏双方代表阔端和萨班举行凉州会谈，西藏和平归附蒙元管辖，正式纳入元朝版图。
元至元七年（1270），元世祖忽必烈封萨迦派萨班的侄子八思巴为帝师，建立了帝师制度，藏传佛教遂成为元朝之国教。
元末统治者因宠溺藏传佛教僧侣贵族而日益腐败。据记载，元朝帝王腐败的典型莫过于元顺帝，其骄奢淫逸之表现在他宠幸哈麻，后者向他推荐西番的“运气术”，又名“演揲儿”“大喜乐”。哈麻妹婿秃鲁帖木儿荐西番僧人于顺帝，引导他习“双修法”，于是“帝日从事于其法，广取女妇，惟淫戏是乐”。又选采女裸身跳“十六天魔舞”，并号所处宫室曰“事事无碍宫”。“君臣宣淫，而群僧出入禁中无所禁止，丑声秽行著闻于外，虽市井之人亦恶闻之。”是时天下多事，社会动荡不宁，军旅烦兴，内则帑藏空竭，而顺帝仍“溺于娱乐，不恤政务”。
腐败之风，上行下效。元朝盛行卖官、索贿，此风至后期愈演愈烈。据明人叶子奇云：“台宪官都是用钱买得，一个官位往往开价数千缗。买得官职后，便趁巡视地方之机，公然勒索。”“于是有司承风，上下贿赂，公行如市，荡然无复纪纲矣。”又曰，元末官吏贪污，搜刮钱财名目繁多，“其向人讨钱，各有名目。所属始参曰拜见钱，无事白要曰撒花钱，逢节曰追节钱，生辰曰生日钱，管事而受曰常例钱，送迎曰人情钱，勾追曰赉发钱，论诉曰公事钱。觅得多曰得手，除得州美曰好地方，补得近职曰好窠窟”。叶子奇感叹道：“《春秋》传曰，国家之败，由官邪也；官之失德，宠赂彰也。岂不信夫！”
奢侈之风也不免刮进了寺院。元朝皇帝崇佛，佛事开支浩繁。据元人张养浩笔记，武宗至大三年（1310），朝廷用于佛教的费用，占了“国家经费”的三分之二。
仁宗延祐四年（1317），宣徽使统计，每年内廷做佛事，要用面四十三万九千五百斤、油七万九千斤、酥二万一千八百七十斤、蜜二万七千三百斤。
仁宗延祐五年（1318），各寺院做佛事日用羊万头，费用之大，“虽官俸、兵饷不及也”
。元末皇室及官吏的群体腐败、皇帝的滥赏、佛事的惊人开支等等，势必导致国库空虚，引发财政危机。
来自青藏高原的后弘期藏传佛教毕竟处于复兴期，高僧辈出，仍不乏生机活力，并未因元朝腐朽而衰颓。元帝护持藏传佛教，起初因其扩展疆域、统治西藏的政治需要，到后来亦出于对蒙藏社会的精神统治的需求。
不过，元末宫廷宠溺藏传佛教，穷奢极欲，被朱元璋及儒臣认为是元帝室败亡的一大要因。朱元璋总结元亡教训时说：“元末之君不能严宫阃之政，至宫嫔女谒私通外臣，而纳其贿赂，或施帛于僧道，或番僧入宫中摄持受戒；而大臣命妇亦往来禁掖，淫渎亵乱，礼法荡然，以至于亡。”
明代开国后，朱元璋汲取前鉴，断然废除了藏传佛教僧侣贵族在中原的特权，严禁宫廷后妃及达官命妇信奉西番喇嘛，但此举并未完全断绝藏传佛教与内地的联系。
元末社会危机重重，主要表现在三方面：一是统治者和劳动人民的阶级关系恶化，广大人民的生活困苦不堪，尤以农民为甚。元代宗室、皇戚、官僚、寺院等通过赏赐获得了数量巨大的土地，无数农民失去土地，成为佃户。二是元朝实行对汉人、南人的民族歧视和民族压迫政策，民族矛盾也十分尖锐，其间还交织着夷夏文化冲突。三是元代废弃礼教，儒学衰微，因循百年，导致整个社会缺乏强有力的精神控制体系，从根本上给其岌岌可危的腐朽统治以致命一击。元末明初之际，朱元璋倡导恢复汉族衣冠和华夏礼制，复兴儒学，其所推行的社会重建与文化变革的一系列措施，深刻塑造了元末明初的社会形态，影响了汉传佛教之走向。
据研究，元代统治者虽曰崇佛，但对汉地佛教采取“遵教抑禅”的态度，故而导致禅宗的式微。由于文化处境的压迫，禅宗在北方几乎一蹶不振；南方禅门的重要一支——临济宗高峰原妙、中峰明本一系，多与元代朝廷保持疏离态度，而与儒家士大夫阶层多有往来。元兵南下灭宋后，多数禅师出于民族心理和气节观念，不肯接受新朝廷，甚至采取了抵制的态度。元初最有影响的禅师，大多数不与新政府合作。
元末动荡加剧了士大夫的逃禅倾向，这些僧人遂成为士人逃禅的有力支持。于是，“至正间，四方多事，士大夫逃禅海滨者众矣”
。中峰禅师，讳明本，得法于高峰原妙，为临济宗第十八世、少林二十九世之正胤。“视声名而若浼，甘肥遁以如饴”，“提凤阁之儒臣，醒天潢之贵戚。而永明寿、明教嵩，庶可并驾云”。
南方临济宗兴盛，高峰原妙、中峰明本一系以外，元末禅僧以笑隐大与元叟行端最为著名，入明禅僧中出其门下者甚夥。笑隐大住持金陵龙翔集庆寺，其下有孚中怀信、觉原慧昙皆受到朱元璋称赞，改龙翔集庆寺为大天界寺，命其相继住持。元叟行端下有楚石梵琦，号称明代“国初第一等宗师”。
元末儒士逃禅出现两种典型倾向：一种如宋濂，因元王朝压制汉人、南人而深感失望，同时也感到这个王朝腐朽不堪、行将就木，不值得为之效劳，故对元朝廷任命推辞不就而隐于山林，时与方外交游。
元末宋濂从楚石梵琦禅师游，“楚石禅师，名梵琦，乃径山元叟端禅师之高弟也。至正间，帝师强赠师号佛日普照慧辨，琦亦不署也。……自称西斋老人。……从西斋游者，如宋公景濂辈，最称博物。入西斋之门，剧谈多北，或有问时势否臧，琦但唱休休歌，其声韵莫测”
。宋濂虽然隐于山林，但仍抱有儒士的积极入世之心。当朱元璋进军浙东时，他应召“儒学提举”，成为明代开国文臣。另一种如丁鹤年，自居元遗民，筑“逃禅室”，以逃禅姿态传达其遗民立场。又如宋濂好友戴良，不愿仕明，对新朝持观望态度。明初政治生态严酷，一定程度上与士人之持观望心态而不认同新政权有关。据明中叶太仓人陆容（1436—1494）回忆，他弱冠时曾见过一位八十多岁的隐居老僧，老僧在交谈中感叹说：“洪武间秀才做官，吃多少辛苦，受多少惊怕，与朝廷出多少心力，到头来小有过犯，轻则充军，重则刑戮，善终者十二三耳。其时士大夫无负国家，国家负天下士大夫多矣！”
这位老僧描述了元明鼎革政局动荡下，士人视仕途为“畏途”的遭际。朱元璋总结元亡教训，认为元政失于宽纵，为防重蹈覆辙，治国须行猛政：“胡元以宽而失，朕收平中国，非猛不可。”
明代开国百废待兴，为了赢得江南士人对新政权的认同，也为了明初国家建设需要大量人才，朱元璋不拘一格征召禅僧与儒士，优抚与强制并行，乃至发布《大诰》，在诏令中严厉告诫说：“率土之滨，莫非王臣。寰中士大夫不为君用，是自外其教者，诛其身而没其家，不为之过。”
元末明初的政治生态铸就了江南士大夫的性格特征，如文徵明的后代文震孟在明末撰写《姑苏名贤小纪》，声称“当世目吴人为轻柔浮靡，而不知清修苦节之士可为矜式者不少，故择长洲吴县人物卓越者各为之传”。明代金陵人士顾起元在笔记中也提到江南士大夫之“苦节”，可谓惺惺相惜：“士大夫生平要以固穷为第一义，故昔人有云：咬得菜根，定百事可作。又云：须是硬脊梁，于事始有担荷。”
明中期以后，随着江南商品经济的发展，“缙绅士夫多以货殖为急”，“弃儒就贾”蔚然成风，江南士商相互渗透，带来士风的急遽变化，传统的四民——士、农、工、商之社会结构也受冲击。而社会的商业化趋向，不单使江南士绅面临着生活的选择，也同样使佛教丛林遭受了世俗化的影响。恰逢此时，阳明心学勃兴，儒者讲学盛行，开启了明中后期社会思想解放运动，与明末佛教复兴思潮相互激荡。
在元代，政治上的都城是大都（今北京），而文化生活仍集中于长江流域下游江南地区。元代陈高《送吴起元之金陵序》中揭示了金陵为士大夫向往云集之地，他说：“金陵当大江之东，古称佳丽地，至今为士大夫渊薮，朝廷耳目之司在焉。其达官往往之礼遇贤才，拔引士类。是故，士之怀蓄知能自奋者，不之京师，则之金陵也。”
整个明清时期，虽然1368年建于南京的明王朝首都在1420年后迁往北京，代明而兴的清王朝也定都北京，但江南地区作为经济和文化中心与北京政治中心遥相对应，而在文化生活总体的丰富性上且有过之。牟复礼写道：“在研究十四世纪南京的变迁时，我们必须把中国文明的这些独特之处记在心里。”他问道：“十四世纪明太祖在南京建了一座大城作为明帝国的都城，他对此城是抱着什么态度的呢？关于此城在他的大明王朝生活中所起的作用，他又怀着怎样的期望呢？南京是要成为世界中心的，但它是否也要成为中国文化的缩影呢？”
以下笔者就沿着这条思路来探讨一下，南京在失去全国政治中心地位后，是怎样变成富有江南特色的经济文化中心的都会的。