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对于藏传佛教的兴起，史家一般将其分为前弘期和后弘期，前者于唐代一时兴盛，后者绵延不衰于元、明、清。从更广阔的视野看，元明清时期，无论在国家精神信仰还是在政教关系层面，藏传佛教皆扮演着举足轻重的角色。蒙元政权接触藏传佛教始于蒙古灭金之后，窝阔台之子阔端领兵西征，进军乌斯藏。南宋淳祐七年（1247），蒙藏双方代表阔端和萨班举行凉州会谈，西藏和平归附蒙元管辖，正式纳入元朝版图。
元至元七年（1270），元世祖忽必烈封萨迦派萨班的侄子八思巴为帝师，建立了帝师制度，藏传佛教遂成为元朝之国教。
元末统治者因宠溺藏传佛教僧侣贵族而日益腐败。据记载，元朝帝王腐败的典型莫过于元顺帝，其骄奢淫逸之表现在他宠幸哈麻，后者向他推荐西番的“运气术”，又名“演揲儿”“大喜乐”。哈麻妹婿秃鲁帖木儿荐西番僧人于顺帝，引导他习“双修法”，于是“帝日从事于其法，广取女妇，惟淫戏是乐”。又选采女裸身跳“十六天魔舞”，并号所处宫室曰“事事无碍宫”。“君臣宣淫，而群僧出入禁中无所禁止，丑声秽行著闻于外，虽市井之人亦恶闻之。”是时天下多事，社会动荡不宁，军旅烦兴，内则帑藏空竭，而顺帝仍“溺于娱乐，不恤政务”。
腐败之风，上行下效。元朝盛行卖官、索贿，此风至后期愈演愈烈。据明人叶子奇云：“台宪官都是用钱买得，一个官位往往开价数千缗。买得官职后，便趁巡视地方之机，公然勒索。”“于是有司承风，上下贿赂，公行如市，荡然无复纪纲矣。”又曰，元末官吏贪污，搜刮钱财名目繁多，“其向人讨钱，各有名目。所属始参曰拜见钱，无事白要曰撒花钱，逢节曰追节钱，生辰曰生日钱，管事而受曰常例钱，送迎曰人情钱，勾追曰赉发钱，论诉曰公事钱。觅得多曰得手，除得州美曰好地方，补得近职曰好窠窟”。叶子奇感叹道：“《春秋》传曰，国家之败，由官邪也；官之失德，宠赂彰也。岂不信夫！”
奢侈之风也不免刮进了寺院。元朝皇帝崇佛，佛事开支浩繁。据元人张养浩笔记，武宗至大三年（1310），朝廷用于佛教的费用，占了“国家经费”的三分之二。
仁宗延祐四年（1317），宣徽使统计，每年内廷做佛事，要用面四十三万九千五百斤、油七万九千斤、酥二万一千八百七十斤、蜜二万七千三百斤。
仁宗延祐五年（1318），各寺院做佛事日用羊万头，费用之大，“虽官俸、兵饷不及也”
。元末皇室及官吏的群体腐败、皇帝的滥赏、佛事的惊人开支等等，势必导致国库空虚，引发财政危机。
来自青藏高原的后弘期藏传佛教毕竟处于复兴期，高僧辈出，仍不乏生机活力，并未因元朝腐朽而衰颓。元帝护持藏传佛教，起初因其扩展疆域、统治西藏的政治需要，到后来亦出于对蒙藏社会的精神统治的需求。
不过，元末宫廷宠溺藏传佛教，穷奢极欲，被朱元璋及儒臣认为是元帝室败亡的一大要因。朱元璋总结元亡教训时说：“元末之君不能严宫阃之政，至宫嫔女谒私通外臣，而纳其贿赂，或施帛于僧道，或番僧入宫中摄持受戒；而大臣命妇亦往来禁掖，淫渎亵乱，礼法荡然，以至于亡。”
明代开国后，朱元璋汲取前鉴，断然废除了藏传佛教僧侣贵族在中原的特权，严禁宫廷后妃及达官命妇信奉西番喇嘛，但此举并未完全断绝藏传佛教与内地的联系。