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元代末年，天灾人祸，民不聊生，白莲教、弥勒教等宗教救世口号颇具吸引力，借之，风起云涌的农民战争席卷了中原大地，造就了一个新帝国和一个从底层崛起的新帝王。元末至正十一年（1351），治理黄河泛滥的工地上，爆发了震撼全国的红巾军起义。是年五月，韩山童、刘福通发动民众在颍州揭竿而起，头裹红巾，号称“红巾军”，因烧香聚众，亦称“香军”。红巾军共推韩山童为“明王”，宣称韩山童为“宋徽宗八世孙，当主中国”；并说刘福通是宋朝大将刘光世的后代，辅佐旧主恢复大业。几个月之间，各地纷纷响应，在白莲教徒韩山童“弥勒下生，明王出世”
的口号的鼓动下，以红巾为标识，蜂起反抗暴元统治，形成了滔天大势，一时豪强并起，逐鹿中原，相继建国纪元，割据一隅。是年夏，彭莹玉在江淮起义。八月，彭莹玉门徒邹普胜与徐寿辉在蕲州起义，邳州人李二（“芝麻李”）与彭大、赵均用等在徐州起义，皆烧香聚众，以红巾为号。至正十二年（1352）二月，郭子兴亦聚众烧香，成为当地白莲会的首领，与孙德崖等在定远起义，攻占濠州，归刘福通节制。三月，朱元璋栖身的於皇寺焚于兵燹。闰三月，朱元璋投奔濠州从军，时年25岁。郭子兴收他为亲兵，授九夫长，并许配义女马氏成亲。
明代的白莲教红巾军派系众多，大体分北系、南系。北系归韩山童、刘福通统领，韩山童被俘死后，刘福通辅佐其子韩林儿建立宋政权。至正十五年（1355）二月，刘福通等迎韩山童之子韩林儿为皇帝，号小明王；国号宋，建元龙凤，都亳州。朱元璋部在郭子兴死后附于小明王韩林儿。南系在徐寿辉率领下攻占长江中下游及浙、闽一带，在蕲水称帝，先建国号宋，不久改为天完。其后陈友谅杀徐寿辉，自立为帝，建国号大汉，改元大义。
朱元璋所建立的大明国号，与其早年所参加的红巾军尊奉的“弥勒下生，明王出世”信条有某种渊源。小明王韩林儿理论上是天下红巾军的共主，故韩林儿在世时朱元璋始终没有称帝，只有在小明王被朱元璋派将领接到南京来，瓜州渡江沉船身亡后，朱元璋才毫无顾忌地登上了皇帝的宝座。然而，朱元璋在无数为之奋斗的红巾军尸骨未寒之时，便发布明令禁止诸民间教派的活动，这自然是由于他从“明教”中来，深知诸民间教派对现行秩序为害之炽烈，因此须以峻法严治之。朱元璋当然不愿重蹈历史的覆辙，在他的高度重视下，洪武三年（1370）颁布《禁淫祠制》，中书省提出了禁止民间教派的奏章：“中书省臣奏：白莲社、明尊教、白云宗，巫觋扶鸾祷圣，书符咒水诸术，并加禁止。庶几左道不兴，民无惑志。诏从之。”
又在其后制定的《大明律》中禁止“师巫邪术”：凡师巫假降邪神，书符咒水，扶鸾祷圣，自号端公太保、师婆，及妄称弥勒佛、白莲社、明尊教、白云宗等会，一应左道乱正之术；或隐藏图像，烧香集众，夜聚晓散，佯修善事，煽惑人民，为首者绞，为从者各杖一百，流三千里。
明律制定者对曾经推翻元朝政权的白莲教的作用洞若观火，所谓“邪术一倡，祸炽天下，古有明鉴”，“祸将延蔓，为害不细”，故对以上“左道乱正之术”及其下列举的隐藏（佛老）图像、烧香集众、夜聚晓散等五事一律禁止，严惩不贷。现代中外研究者认为，自明朝初年以迄明末，引起社会动荡最多的民间宗教势力是白莲教，与之相近的则为弥勒教、明教等。这些宗教性组织，在明代不具有合法地位，没有制度化，属于通常所说的“民间宗教”（或称“民众宗教”）。“民间宗教性质的组织在帝制时代的中国是一种弹性巨大的、随时可能发生规模和目标突变的力量。它植根于基层社会，在社会平静的时代表现为有微弱和极度分散组织性的民俗纽带关系；而在国家体制混乱、腐败、衰弱以及社会冲突加剧的情况下，就可能借助其社会影响力谋求独立的权力空间，甚至觊觎国家政权。”