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佛教政策设计的关键在于如何管理僧众和寺院，历代在这方面都积累了不少成功经验。如何在汲取历代僧政经验教训基础上制定出切合明代国情、教情的佛教政策制度，便是明代开国皇帝及其儒臣需要严肃思考和对待的问题。问题的焦点主要围绕如下两个方面展开：其一，僧道寺观作为一种社会存在会占据消耗一定社会资源，尤其僧道人口与国家财政赋役相关，僧道人口增加有多重社会含义。
其二，佛道教作为一种社会组织，凝聚力量对社会各阶层产生影响。鉴于以上两个方面的权衡考虑，明代开国后朱元璋一方面在思想文化上坚持儒家理学的主流地位，而从佛道翊赞王度的角度大力提倡和推崇佛教，另一方面则在社会组织的层面上对佛教僧团组织进行整肃和统治。
在此，我们主要通过洪武朝出台的各种有关佛教管理和整顿的谕令、条文、榜册等，对明代佛教政策进行研究与系统分析。
表2.1 洪武年间僧政管理令制一览表
由上表可知，洪武朝30年僧政，如果以明代国家政府颁布的有关僧道寺观管理的政策法令为基本内容，那么从时间上可以划出以下几个界标：一是洪武五年至六年间（1372—1373），敕造《周知册》颁行天下寺观，取消免丁钱，度牒免费发给，此可视为洪武初期建立度牒僧籍制度的开始。二是洪武十四年至十五年间（1381—1382），在京、在外开设僧司衙门，三分天下寺僧为禅、讲、教三宗，既便于纳入政府管理系统，也为下步清理整顿张本。三是洪武二十四年（1391）起，谕令清理僧道寺观，出台《申明佛教榜册》；洪武二十七年（1394），颁布施行榜册补充规定，即《避趋条例》。这三个阶段几乎十年一期，使洪武朝有关佛教政策呈现前、中、后期，每期各有重点和特点，连贯起来则步步深入，渐进强化系统。前期以洪武五年至六年间僧政令为标志，重点是初步建立官府控制的度牒僧籍制度；中期以洪武十四年至十五年间开设僧司衙门为标志，僧政管理衙门化，分寺清宗功能化；后期从洪武二十四年（1391）起政策重点以清理整肃为主，强力推行合并寺观，强调僧俗两界的区划。由于僧司衙门的开设上文已述，以下我们选择洪武六年（1373）、洪武二十四年（1391）及洪武二十七年（1394）这三个时段进行重点阐述。
明初探索建立度牒、僧籍的佛教管理制度，准确地说，应起始于洪武五年（1372）。而洪武六年（1373）颁布了一道重要的合并僧道寺观谕令，则以洪武五年（1372）乃至更早的朱元璋吴王时期施行政策为基础。例如至正二十五年（1365），奉吴国公朱元璋之命令，江东诸州县各留寺观一区，其他尽皆罢斥。
洪武五年（1372）有一则归并京刹的敕令：
七月十六日，中书省钦奉圣旨：天禧寺、能仁寺两处僧人多哩，恁省家出个文书，与蒋山寺住持长老行容收执，将这天禧、能仁两寺应有的僧人，用心于四方搜集，听从长老行容分豁，堪坐禅者坐禅；不作歹、良善可以管庄的，教他管庄。若是作歹、不良善的，分豁出来，开剃为民。钦此。
这种合并寺观的做法尽管施行范围很小，但反映了朱元璋归并寺僧政令之渊源。朱元璋最先直接下令给中书省来操办此事。
洪武五年（1372）三月，定六部职掌，以礼部之祠部掌祭祀、医药、丧葬、僧道度牒。
洪武五年（1372）十二月，普给僧道度牒。当时天下僧、尼、道士、女冠，共有五万七千二百余人给牒。礼部奏称，“前代度牒之给，皆计名鬻钱，以资国用，号免丁钱”，诏蠲“免丁钱”。
洪武帝下诏废除唐宋以来计僧售牒以增加财政收入的做法，对现有男女僧道全部免费发给度牒，以防伪滥，著为令。并敕造《周知册》，颁行天下寺观。“凡遇僧道到处，即与对册。其父母籍，告度月日。如册不同，即为伪僧。”
洪武五年诏令宣布免费给予现有僧道以新朝度牒，这是明代开国后首次对僧道群体予以规范管理，主要考虑是控制僧道人口，禁止私度而“以防伪滥”。可这样放开给牒后，到洪武六年（1373）八月，礼部复奏，又“度天下僧尼道士，凡九万六千二百二十八人”
。僧道人数的激增，引起了洪武帝的不安，所以十二月，他颁布一道归并僧道寺观的谕令：
并僧道寺观，禁女子不得为尼。时上以释老二教近代崇尚太过，徒众日盛，安坐而食，蠹财耗民，莫甚于此。乃令府州县止存大寺观一所，并其徒而处之。择有戒行者领其事。若请给度牒，必考试精通经典者方许。又以民家多女子为尼姑、女冠，自今年四十以上者听，未及者不许。著为令。
以此可见，明代的考试通经给牒、禁止妇女出家、合并僧道寺观等多条佛教政策雏形，要旨皆在于扭转元末以来佞佛弊风，对僧道势力膨胀加以适当控制。此令有三点可以注意：（1）合并僧道寺观，控制寺观数量，择有戒行者领其事，此条载入《大明律》；（2）非精通经典者不给度牒，既控制僧道之数量，亦纯化道风；（3）给妇女出家加以年龄限制，妇女生育期未结束前不许出家。类似政令后来多次重申。
洪武六年闰十一月，修《大明律》成，颁行之。十二月实施，限州县寺观及僧道，禁女子年四十以下者为尼。《大明律》明令禁止私度私创，买卖度牒。《大明律·户律·户役·私创庵院及私度僧道》条规定：“凡寺观庵院，除现在处所外，不许私自创建增置。违者，杖一百，还俗。僧道，发边远充军；尼僧女冠，入官为奴。若僧道不给度牒，私自簪剃者，杖八十。若由家长，家长当罪。寺观住持，及受业师私度者，与同罪，并还俗。”据考证，“私创庵院及私度僧道”这一条款，唐律曰“私入道”，而无私创庵院一层，明律据之增改。可以说，这条律令是明代统治者为了控制僧道的群体规模而新创制的。私度私创容易流失户口。按照《大明律辑注》的解释：“僧道得免丁差。僧道多则户口少，自然之势。此辈不耕不业，衣食于民，岂可听其私自簪剃，以虚户口耶？故特禁之。”
洪武六年（1373）初，皇帝诏令天下僧道从南京领取明朝颁发的正式度牒。唐宋以降，国家一直采用这种做法控制僧道人口，或增加财政收入。朱元璋恢复了度牒制度，目的是要消除元末战乱年代中僧道的混乱无序状态，同时也对僧道逃避赋役加以扼制。洪武六年（1376）诏令的创新之处就是配合度牒制度实施，颁行了一套《周知册》制度，即详细开列所有持有度牒僧人的名字、籍贯，再将复印的册子发放到每个寺院，用以鉴别“伪滥僧人”的真实身份。当时许多人都扮作僧人隐身寺院，以维持生计或逃避军役。因僧人可以免除普通人必须担负的劳役，故度牒之法被用来防止普通人逃避赋役。明初禁止四十岁以下生育期妇女出家的谕令，固然是为了减少流向僧道的人口，但也出于恢复儒家传统礼教，革除元代弊习陋俗的考虑。《大明律》终稿规定，“年未五十者不许为尼及女冠”，将妇女出家年龄提高到五十岁。
洪武六年（1376）归并寺院的谕令虽然出奇地严格，但仅在南京附近的六个府推行，而且即便在那里似乎也没有严格执行。
在洪武十四年（1381）户口登记制度及僧录司建立起来以后，归并令则被诠释为：各府州县都要指定一处著名寺观来替国家政府掌管宗教事务。一些寺院正是趁着僧司的设立而得以恢复。僧纲司、僧正司及僧会司通常位于府、州、县城内最有名的寺院之中。这表明朱元璋清除胡惟庸案后，因治理国家制度变革的需要，而随之对佛教的态度也发生了明显变化。僧道势力的膨胀，意味着王权统治的削弱。佛教不再是统治的资源，而变成管控的对象。在朱元璋眼里，僧道也不再是“智人”，而变成追逐名闻利养的人或寄生寺院的逋逃者。
洪武帝朱元璋对于僧人违犯戒律而混同世俗的现象极为憎恶，认为这是不务祖风，“污教败行”。因此，洪武二十四年（1391）颁《申明佛教榜册》（又称《僧寺归并条例》）和二十七年（1394）颁《僧人避趋条例》，都以强调僧俗两界的区划为重要内容。
洪武二十四年（1391）辛未六月，命礼部清理释道二教，敕曰：“今之学佛者，曰禅，曰讲，曰瑜珈；学道者曰正一，曰全真，皆不循本俗，污教败行，为害甚大。自今天下僧道，凡各府州县寺观虽多，但存其宽大可容众者一所，并而居之，毋杂处于外，与民相混。违者治以重罪，亲故相隐者，流；愿还俗者，听。”
六月初一日钦奉圣旨：佛教之始自东汉明帝，夜有金人入梦，是后，法自西来。明帝敕臣民愿崇敬者许，于是臣民从者众，所在建立佛刹。当时好事者，在法入之初，有去须发而舍俗出家者，有父母以儿童子出家者。其所修也，本苦空寂寞，去诸相欲，必欲精一己之英灵。当是时佛教大彰，群修者虽不能尽为圆觉，实在修行次第之间。岂有与俗混淆、与常人无异者？……今佛法自汉入中国，历历数者一千三百三十年，非一姓为君而有者也。所以不磨灭者为何？以其务生不杀也。其本面家风，端在苦空寂寞。今天下之僧多与俗混淆，尤不如俗者甚多。是等其教而败其行，理当清其事而成其宗。令一出，禅者禅，讲者讲，瑜伽者瑜伽，各承宗派，集众为寺。有妻室愿还俗者听，愿弃离者听。僧录司一如朕命，行下诸山，振扬佛法以善世。仍条于后。
具体条文有如下十条规定：
一、自经兵之后，僧无统纪。若府若州，合令僧纲司、僧正司验倚郭县分，僧会司验本县僧人，杂处民间者见其实数。于见（现）有佛刹处，会众以成丛林，清规以安禅。其禅者务遵本宗公案，观心目形，以证善果；讲者务遵释迦四十九秋妙音之演，以导愚昧；若瑜伽者，亦于见佛刹处，率众熟演显密之教，应供是方，足孝子顺孙报祖父母劬劳之恩。以世俗之说，斯教可以训世。以天下之说，其佛之教阴翊王度也。
二、令下之后，敢有不入丛林，仍前私有眷属，潜住民间。被人告发到官，或官府拿住，必枭首以示众。容隐窝藏者，流三千里。
三、显密之教轨范科仪，务遵洪武十六年（1383）颁降格式内。其所演唱者，除内外部真言难以字译，仍依西域之语，其中最密者，惟是所以曰密。其余番译经及道场内，接续词情恳切交章，天人鬼神咸可闻知者，此其所以曰显。于兹科仪之礼，明则可以达人，幽则可以达鬼。不比未编之先，俗僧愚士，妄为百端，讹舛规矩，贻笑智人，鬼神不达。此令一出，务谨遵毋增减，为词讹舛紊乱。敢有违者，罪及首僧及习者。
四、令出之后，有能忍辱不居市廛，不混时俗，深入崇山，刀耕火种，侣影俦灯，甘苦空寂寞于林泉之下，意在以英灵出三界者听。
五、瑜伽僧，既入佛刹已集成众，赴应世俗，所酬之资，验日验僧。每一日每一僧钱五百文，主磬、写疏、召请三执事，每僧各一千文。
六、道场诸品经咒布施则例：《华严经》一部，钱一万文；《般若经》一部，钱一万文；内外部真言，每部钱二千文；《涅槃经》一部，钱二千文；《梁武忏》一部，钱一千文；《莲经》一部，钱一千文；《孔雀经》一部，钱一千文；《大宝积经》，每部钱一万文；《水忏》一部，钱五百文；《楞严咒》一会，钱五百文。已上诸经布施钱，诵者三分得一，二分与众均分，云游暂遇者同例。若有好事者额外布施，或施主亲戚邻里朋友乘斋下衬者，不在此限。
七、陈设诸佛像、香灯，供给阇黎等项劳役钱一千文。
八、凡僧与俗斋，其合用文书，务依修斋行移体式。除一表、三申、三牒、三帖、三疏、三榜，不许文繁别立名色，妄费纸札以耗民财。
九、今后所在僧纲、僧正、僧会去处，其诸散寺应供民间者，听从僧民两便。愿请者愿往，任从之。僧纲、僧正、僧会，毋得恃以上司，出帖非为拘钤，假此为名，巧取散寺民施。……此令一出，从有缘僧，有道高行深者，或经旨精通者，檀越有所慕，从其斋礼，毋以法拘。敢有仍前倚势拘钤者，其僧纲、僧正、僧会杖一百，工役三年。
十、瑜伽之教，显密之法，非清净持守，字无讹谬，呼召之际，幽冥鬼趣，咸使闻知，即时而至。非垢秽之躯，世俗所持者。曩者，民间世俗多有仿僧瑜伽者，呼为善友，为佛法不清，显密不灵，为污浊之所污，有若是。今后止许僧为之。敢有似前如此者，罪以游食。
上述《榜册》第一条反映了元明鼎革兵乱，僧散入民间，多与俗杂处，“僧无统纪”的现状。洪武帝朱元璋在颁布《申明佛教榜册》的诏令中指出，今天下之僧，多与俗人混淆，有的表现甚至不如俗人，这是败坏其教的行为，故要对其进行整顿而护持佛教。《榜册》第二条严厉警告“令下之后，敢有不入丛林，仍前私有眷属，潜住民间”的严重后果。《榜册》第三条重申洪武十六年（1383）诏令僧录司对瑜伽显、密法事仪式及诸真言密咒尽行考校，订为成规，以便颁行天下寺院遵行；又令各寺院住持督率僧众按成规仪式学习演练，定期考核，若僧尼对真言密咒不能省解记诵或对法事仪规演练不熟者，要废为庶民。其他条文对瑜伽僧法事仪规乃至布施金额都做了明确规定。
《榜册》第四条鼓励僧人遁入山林清修，不混世俗。第十条明令禁止民间世俗人等仿僧行瑜伽。最后强调：“令出之后，所有禁约事件，限一百日内悉令改正。敢有仍前污染不遵者，许诸人捉拿赴官，治以前罪。”
揆诸史实，洪武二十四年（1391）清理整顿令，是对洪武六年（1373）归并寺院、洪武十五年（1382）分寺清宗的重申强化，限期百日内改正，史称为“百日谕令”。
洪武二十四年（1391）七月初一日，礼部官于奉天门钦奉圣旨：恁礼部出批，着落僧录司，差僧人将榜文去，清理天下僧寺，凡僧人不许与民间杂处。其原非寺额，创立庵堂寺院名色并行革去。钦此。礼部当差僧人善思等五名，赉榜前去各布政司，清理僧人，归并成寺，仰各处僧寺遵守。
是岁，州县《黄册》成，计户一千零六十八万四千四百三十五，丁五千六百七十七万四千五百六十一。命将寺观编入《黄册》内。
不难发现，洪武二十四年（1391）清理整顿令，辅以严刑重典，集中实施几个内容：一是归并寺观，取缔私创无额寺院；二是严肃戒律，禁僧俗杂处；三是严格剃度年龄及试经给牒制度。如僧道奔走于外强求化缘及僧道有妻等，都被治以“僧道不务祖风”重罪。
经过元末的动荡与不安，佛教教团的混杂与失序可想而知，因此朱元璋即位以后，有鉴于大多数僧人的“不务佛之本行，污市俗，居市廛”的情状，遂提出一连串清理整顿政策。但朱元璋基于亲身经验，心中明白，这些混居世俗为数众多的僧侣，尤其像经忏僧，确实有其社会需求，因此于洪武十五年（1382）将佛寺按其性质分为禅、讲、教三等三宗：“教者，演佛利济之法，消一切见造之业，涤死者宿作之愆，以训世人。”特将应付经忏的出家僧众归类为“瑜伽教僧”，亦即将其转变成服务社会大众的专业人员，其专职即是行经忏法事。据此，视“赶经忏法事”为佛教僧人的必要劳务之一亦不为过。因此，《榜册》给予经忏法事较大比重和特别规定。
研究认为，洪武二十四年（1391）此项合并佛寺的“百日谕令”，超过了此前任何一次对佛教的“清理”，并且更为彻底地改变了中国佛教。直到20世纪以前，没有任何一次对佛教的整治能与之相提并论。同样，当时的文献记载所显示出来的，却似乎不是对佛教的打压，而不过是对资源的更有效配置而已。然而，这种遮掩看起来却相当合理，因为许多寺院在元明更替之际被毁或者废弃，寺院中的僧人数量较元代也少了许多。另一方面，这场运动使佛寺数量较洪武二十四年（1391）前锐减了四分之三。然而，朱元璋死后，要求取消“百日谕令”的压力就开始出现。永乐帝朱棣在1402年登上皇位前夕，就曾颁令允许洪武十五年（1382）之前合法设立的寺院可以恢复各自独立的地位。即位伊始，明成祖也施行洪武朝归并令，命礼部清理释、道二教。但他规定，凡历代以来元及本朝洪武十五年（1382）以前寺观有名额者，不必归并，“其新创者悉归并如旧”。这充分显示，洪武二十四年（1391）的“百日谕令”还包括另外一种国家控制机制，就是当时大寺院丛林如果之前并没有朝廷赐额的话，可以得到皇帝授予的官方赐额。寺院匾额，也就是一块木板上面刻有寺院的名字，并且一般由皇帝或官方指定的权威人士书写。它实际上成了一种法律文证，象征着国家对寺院的许可承认。“百日谕令”颁行后，寺院合法性的证明是必须拥有一块匾额，而后来新建或者重建的寺院则没有资格得到赐额。这等于在洪武二十四年（1391）后对私创寺观设了一道禁令，并在洪武三十年（1397）明确载入《大明律》之中。在1402年的圣谕中，永乐皇帝虽然部分地推翻了“百日谕令”，却仍然强调了寺院赐额作为法律文证的地位。
明初清理整顿令的推行，造成江南许多地区大量无旧额的、私创寺庵被归并，但因不切实际，政策执行中又时有松弛，或流于具文。文徵明《重修大云庵碑》载：“吾苏故多佛刹，经洪武厘革，多所废斥。郡城所存丛林十有七，其余寺院庵堂无虑千数，悉从归并。”
程敏政《重修仁王院记》也载：“我高庙混一，初尝命官考正祀典，而释老二氏之宫获存者视前代不啻十之一二。若徽之休宁计其额几以百数，而获存者四焉。其严如此！”
葛寅亮《金陵梵刹志》也记载朱元璋当时归并南京寺观的情况：“天下兵争之日，朕居金陵，军士在征者多，金陵在城巨细僧寺庵观数多，当是天界一寺，重门楼观，金碧荧煌，可谓寺之大者矣，其斋僧布施者鲜入其内。其房一间为庵，三五间为寺。道观如之。朝天宫亦然，金碧荧煌，重门楼观，人皆不入。其香灯烛昼夜不息于小庵小舍，何也？实非求福，乃构淫佚，败常乱俗。当是时，朕将诸寺院庵观一概屏除之，僧不分禅、讲、瑜伽，尽入天界寺；道不分正一、全真，俱入朝天官。”
洪武十五年（1382）分寺清宗，“禅者禅，讲者讲，瑜伽者瑜伽，天界不复斯例矣”。洪武二十四年（1391）颁布《申明佛教榜册》，再次强调“禅者禅，讲者讲，瑜伽者瑜伽，各承宗派集众为寺”。其中归并佛寺的含义则被表述为“凡僧人不许与民间杂处，务要三十人以上聚成一寺，二十人以下者听令归并成寺”。洪武二十七年（1394）所颁《避趋条例》也重申：“凡僧之处于市者，其数照《归并条例》务要三十人以上聚成一寺，二十人以下者悉令归并，其寺宇听僧拆改并入大寺，如所在官司有将寺没官及改充别用者，即以赃论。”
这样，“府州县只存大寺观一所”的规定实际上也就自动废止了。
与《榜册》宣示归并僧道寺观、严禁僧俗混淆政令配套实施的措施是继洪武六年（1373）编造《周知册》，再颁行《周知板册》。此次，以打击京师百福寺隐逃军、逃囚为突破口，强行遏制私创私度，清理寺院中隐匿的伪冒僧人力度更大。洪武二十五年（1392）十二月，命僧录司造僧籍册，刊布寺院，互相周知，名为《周知板册》。当时京师百福寺，隐囚徒逋卒，往往易名姓为僧，游食四方，无以验其真伪。于是命造《周知文册》，其主要内容与编制办法为：自在京及在外府州县寺院僧名，以次编之。其年甲、姓名、字行及始为僧年月，与所授度牒字号，俱载于僧名之下。既成，颁示天下僧寺。凡游方行脚至者，以册验之，其不同者，许获送有司，械至京，治重罪。容隐者罪如之。
闰十二月十八日，礼部据僧录司申：该司官等本年十月十四日，于奉天殿钦奉圣旨：“各处僧寺多隐逃军逃囚，好生不停当。只如南关外百福寺，止有僧人四名，为隐藏刺字逃囚，寺都废了。前日说与僧录司，行文书各处僧司，着落寺院编号造册。如今定下格式，不用多费纸札，火速催并他成造将来。钦此。”当日，蒙力士萧贵送到册式样一纸，钦依写一、二名来看。本月十九日早，钦依将僧司官并善世、天禧、能仁三寺僧一百二十八名，开写二纸进呈。本月二十七日，本司官于右顺门钦奉圣旨：“前日册式刊板了，着人印与僧录司，照依天下僧司寺院数目，颁降与他，着他依式刊板印造，务要天下僧籍互相周知。钦此。”当日，又题奏：“各处清理册内，未请度牒僧人，合无如何？”奉圣旨：“也着他入册。钦此。”
当年十一月初五日，本司官于奉天门钦奉圣旨：“如今定册式好生停当，僧录司差僧去说与各处僧司并寺院，这回造册，好生要清切。有容隐奸诈等人朦胧入册的，事发时，连那首僧都不饶他性命。各处僧人，都要于原出家处明白供报俗家户口入籍，不许再在挂搭处入籍。待造册成了，方许游方挂搭。钦此。”除行各处僧司所在寺院钦遵造册外，具申到部，立案遵守。
据研究，明初，除以严刑峻法打击私度外，又制订出一些重要的宗教政令及僧尼籍账簿册，防止私度，清查伪冒私度僧尼，其主要体现在僧道《寺观文册》及《周知板册》的编订上。《周知板册》又称“周知册”“周知文册”，是登录持有度牒僧尼的名籍册，明代最早颁行于洪武六年（1373）。洪武十四年（1381）开设僧司衙门时，又曾设计僧道录司的职责之一便是定期供报僧道寺观文册，其具体要求事项和做法是：“各府州县寺观僧道并从僧录司道录司取勘置文册，须要开写某僧某道姓名、年甲，某布政司某府某州某县籍，某年于某寺观出家、受业某师、先为行童几载，至某年某施主披剃簪戴，某年给受度牒，逐一开报。供报各处有额寺观，须要明白开写本寺本观始于何朝，何僧何道启建，或何善人施舍。”这里要求编订各处供报两个内容，一是僧道名籍册，二是有额寺观册。这种文册逐渐改进、完善，至洪武二十五年（1392）便再度明确要求颁行《周知板册》。
据上文礼部颁令，其创行的背景是当时“各处僧寺多隐逃军逃囚，好生不停当”。京师百福寺隐囚徒逋卒，为此寺院都被废了。其实从内容看，《周知板册》所登记事项大体与唐宋僧尼供帐要求事项并无二致，故可以认为《周知册》的出现是唐宋以来僧尼籍账制度发展的必然结果。同时《周知板册》所登记各项又与明之《黄册》填报要求有对应关系，故亦可以认为《周知板册》是行诸僧团中的“黄册”，它是明代僧籍制度严格的历史产物。《周知册》的编制原则是居寺者俱要挂籍，凡天下僧尼均要于原出家地和出家寺登记入册，不许在挂搭处（临时居寺）入籍，造册期间各寺院不得放僧云游或容留游方僧。其用意十分清楚，就是设法堵塞私度僧徒或隐囚罪犯隐匿遁逃的一切通道。
洪武二十五年（1392），在编制僧籍的同时，又编制寺院清册。诏令行文天下僧司，要各地对寺观庵院编号造册，汇呈礼部，名之《寺观清册》，但其文式已不可考。不过值得注意的是，《寺观清册》与《周知板册》，二者是有区别的。首先，从编订目的看，《寺观清册》编制是“供报”，即通过文册编订，给中央政府提供一个了解各地僧道、寺观情况的档案依据，所以这种文册与唐宋以来的僧道名籍供帐并无二致；而《周知板册》的重心在于“周知”，即通过板册编订，给各地方寺观提供一个查验、捉拿伪冒私度僧尼的文字依据。其次，从编订程序上说，《寺观清册》由僧录司督责地方各级僧司编订，层层汇综呈上，供报中央即可，它仅仅有一个自下而上的编订程序；而《周知板册》不仅有一个自下而上的编订程序，而且有一个编成后“刊布寺院，互相周知”的自上而下的颁示程序。《周知板册》的编订与度牒的管理办法是相配套的，板册登录的僧尼均属持有真实度牒的僧尼，册中所登记事项大体与度牒一致，当初度牒颁出严格，这为《周知板册》的编订提供了条件；相反，通过编制《周知板册》，也可查验度牒真伪，清理僧团队伍。洪武朝世风肃清，政令严峻，《周知板册》编订循制及时，它为加强僧籍管理、打击私度起到了积极的社会效果。
洪武二十七年（1394）春正月，皇上又下诏申明整顿佛教的十三条榜文，列出僧人应避应趋者，作为对前此《榜册》的重申或补充，简称为《避趋条例》：
正月初八日，钦奉圣旨：释迦佛发大悲愿心，历无量劫，至于成道，说法度人。一切来历，备载《大藏》。愚者安能知义？聪者未能尽目。有佛以来，效佛之修者无量。自汉入中国，至今一千三百余年，其教不治而不乱，不化而自化，凡所说法，人天会听，愚者虽无知，补于时君者多矣。自佛去世之后，诸祖踵佛之道，所在静处，不出户牖，明佛之旨。官民趋向者，历代如此。效佛宣扬者，智人也。所以佛道永昌，法轮常转。迩年以来，踵佛道者，未见智人，但见奸邪无籍之徒，避患难以偷生，更名易姓，潜入法门，以其修行之道，不足以动人，一概窘于衣食，岁月实难易度，由是奔走市村，无异乞觅者，致使轻薄小人毁辱骂詈誉，有玷佛门。特敕礼部，条例所避所趋者，榜示之。
一、僧合避者。不许奔走市村，以化缘为由，致令无藉凌辱，有伤佛教。若有此等，擒获到官，治以败坏祖风之罪。
二、寺院庵舍，已有砧基道人。一切烦难，答应官府，并在此人。其僧不许具僧服入公厅跪拜，设若己身有犯，即预先去僧服以受擒拿。
三、钦赐田地税粮全免，常住田地虽有税粮，仍免杂派人差役。
四、凡住持并一切散僧，敢有交结官府、悦俗为朋者，治以重罪。
五、凡僧之处于市者，其数照《归并条例》，务要三十人以上聚成一寺，二十人以下者悉令归并，其寺宇听僧拆改，并入大寺。如所在官司有将寺没官，及改充别用者，即以赃论。
六、可趋向者。或一二人幽隐于崇山深谷，必欲修行者听，三四人则不许。山虽有主，阻挡者一罪罪之。若近市井，十五里内不许。山主阻之，勿罪。十五里以外，许之。其幽隐者，游居于山，或一年半年，或两三月，或栖岩，或屋树，或庐野，止许容身，不许创聚。刀耕火种于丛林中，止许勾食而已。若有好善之家入山送供者听。
七、若欲游方问道，所在云水者，亲赉路费，循道而行、往无定止者听。民有善德之家，一见如此，礼而斋之者受，施财者纳之。
八、除游方问道外，禅、讲二宗止守常住，笃遵本教，不许有二，亦不许散居，及入市村。其瑜伽，各有故旧檀越所请做善事，其僧如科仪教，为孝子顺孙，以报劬劳之思，在上而追下者，得舒慈爱之意。此民之所自愿，非僧窘于衣食而干求者也。一切官民，敢有侮慢是僧者，治之以罪。
九、僧有妻者，许诸人捶辱之，更索取钞五十锭。如无钞者，打死勿论。
十、有妻室僧人，愿还俗者听。愿弃离者，修行者亦听。若不还俗，又不弃离，许里甲邻人擒拿赴官。拘私容隐不拿者，发边远充军。
十一、今后一切僧人，敢有将手卷并白册称为题疏，所在强求人为之者，拿获到官，谋首处斩，为从者黥刺充军。
十二、僧寺庵院，一切高明之人，本欲与僧扳话，显扬佛教。奈何僧多不才，其人方与和狎，其僧便起求施之心，为此人远不近。
十三、今后秀才并诸色人等无故入寺院，坐食僧人粥饭者，以罪罪之。
朱元璋列举上述《避趋条例》十三条，最后强调说：“呜呼，僧若依朕条例，或居山泽，或守常住，或游诸方，不干于民，不妄入市村，官民欲求僧以听经，岂不难哉？如此则善者慕之，诣所在焚香礼请，岂不高明者也？行之岁久，佛道大昌。榜示之后，官民僧俗，敢有妄论乖为者，处以极刑。钦此。”
洪武二十七年（1394）《僧人避趋令》的核心要旨是严肃僧尼戒律，禁止僧俗杂处。明初，佛教僧团受元代风气影响，僧尼戒律不肃、僧俗不分现象严重。针对僧徒居家娶妻蓄子的情况，洪武帝加以革新，诏令僧徒“有妻室愿还俗者听，愿弃离（妻、子）者听”。诏令以后，僧尼“敢有不入丛林，仍前私有眷属，潜在民间，被人告发到官或官府拿住，必枭首以示众，容隐窝藏者流三千里”。进而榜示天下：“僧有妻室者，许诸人捶辱之，更索取钞五十锭，如无钞者，打死勿论”。遇见有妻室僧人，“许里甲邻人擒拿赴官，徇私容隐不拿者，发边远充军”。该条令显示对僧徒中的破淫戒行为采取了极为严厉的打击办法。另外，对僧人中的其他犯戒事者，则视情节轻重分别采取“发化外充军”、驱逐出寺、居寺带铁牌充役等做法予以处置。
经过一个时期的整顿，寺规僧戒为之肃清。曾做过游方僧的朱元璋，自然比他人更了解僧俗杂处而引出的种种犯戒行为。故他于洪武二十四年（1391）通令全国，禁止僧俗混淆，规定僧人诵经仪式和施主布施金额，张榜公布于佛寺，令寺院上下知晓，称之为《申明佛教榜册》。接之，又对僧人云游做出多种限制，规定游方僧必须自备道里盘费，云游途中或住寺院，或栖于山林洞穴，不许止宿俗家民宅。其临终时，还令僧录司筹划，在江东驿、江淮驿两处择地筑成寺院，以方便南北往来游方僧徒居住。鉴于历史上官僧勾结、作奸犯科的教训，又规定僧徒要居寺静心诵经禅修，不得交结官府，“凡住持并一切散僧，敢有交结官府，悦俗为朋者，治以重罪”。
这一申明榜文后，洪武二十七年（1394）又颁布《清教录》，内有禁约条例两条：
一、诸山僧寺庵院，务要天下诸僧名籍造册在寺，互相周知。遇僧人游方到来，即问本僧系某处某寺某僧、年若干，然后揭册验实，方许挂搭。如是册内无名及年貌不同者，即是诈伪，许擒拿解官。
二、今后僧寺不许收养民间儿童为僧。儿童无知，止由父母之命，入寺披剃。及至年长，血气方刚，欲心一动，能甘寂寞、诚心修行者少。所以僧中多有泛滥不才者，败坏祖风，取人轻慢。令出之后，敢有收留儿童为僧者，首僧凌迟处死，儿童父母迁发化外。若有出家者，务要本人年二十、三十者，令本人父母将户内丁口、事产，及有何缘故情愿为僧，供报入官奏闻，朝廷允奏，方许披剃。过三年后，赴京验其所能，禅者问以禅理，讲者问以讲诸经要义，瑜伽者试以瑜伽法事，果能精通，方给度牒。如是不通，断还为民，应当重难差役。
这两条禁约基本上是洪武二十四年（1391）清理整顿令的移植和重申。据研究，《清教录》应是朱元璋在胡、蓝党狱发生后肃清僧徒中“逆党”的政治记录，这与清理整顿佛教弊风的方针迥异，两者不能混为一谈。
综上所述，洪武朝佛教政令奠定了明代佛教政策制度的基础，其中最为严厉而一以贯之的是归并僧寺，而最有特色的是分寺清宗，禅、讲、教三分，其中瑜伽教僧与砧基道人的设立尤为引人瞩目。洪武二十四年（1391）发布的《清理整顿令》及二十七年（1394）的《避趋令》，对元末明初社会僧团弊风做了彻底清理整顿，取得了一定的成效。
从洪武六年（1373）颁布限僧道令起，到洪武十四年（1381）僧官制度的建立，使洪武帝有了系统地干预寺院的官僚工具。在洪武十五年（1382）他采取的第一个行动，就是派僧官对各县寺院进行登记、分类。作为该计划的一部分，洪武帝对佛教宗派重新定义，分成了“禅、讲、教”三派。《申明佛教榜册》十条中有七条涉及瑜伽教僧。看来，这种对佛教派别的官僚政治式的简单分类，不能从学术方面加以解释。这种分类，仅仅是官僚政治式的统一化要求而已。然而，通过这种三分禅、讲、教的设定，明代国家就取得了一种特权，它可以在佛教内部强制地推行组织化，并确保佛教为国家所用。
对寺院财产的控制，比分寺清宗更能深入寺院佛教的内部。如果没有大量的土地，大型寺院就无法获得维持自然建筑及其供养僧众的收入。洪武皇帝并不想直接控制寺院拥有的财产，但是他希望保证这些财产不为某些具体的僧众所控制，以免他们中饱私囊，甚至使寺院成为动乱之源。洪武十五年（1382）他下令，所有僧道都无权抵押或出售他们居住的土地，而抵押或购买者将受惩罚，财产充公。大约在洪武十九年（1386），为了防止寺田的侵占，洪武帝命令礼部要求在各县每一座寺院任命一名“砧基道人”。砧基道人的任务就是监管寺院财务，并负责为寺院的赋役与地方长官打交道。人们曾状告砧基道人对寺院钱财管理不当，但是皇帝在次年的谕令中仍然重申说必须设这样一个职务。洪武帝保护寺院财产的目的，就是要确保僧众能够有条件隐居于寺院清修或讲经说法，不要抛头露面去外面化缘。一旦僧众抛头露面，他们就可能会卷入社会事务，在人群间建立起一定的社会网络。简单地说，《避趋条例》也强化了我们这样的一种印象，即皇帝重视对寺院财产的管制，是要确保世俗世界与宗教世界的隔离。然而，在土地成了商品并且可以在市场上买卖的经济形态下，国家不可能完全控制寺院财产，而这种管制实际上也价值甚微、作用有限。
洪武帝在洪武二十四年（1391）发动了他统治以来对佛教最严厉的一次打压。他发布了众所周知的“百日谕令”（谕令中的条款必须在一百天之内完成），强行推动佛寺的合并。“百日谕令”要求全国大部分的小寺庙必须关闭，其僧众及财产转交至数量有限的大寺院，那些寺院被称作“丛林”（丛林是南方对大寺院的称呼）。《避趋条例》也对僧人与世俗交往的行为做出了明确的规范。《避趋条例》更像一篇政治檄文，语言中充斥着对佛教激烈的抨击。但是，没有发现任何证据表明条例中的任何一条限制性规定切实得到了执行。
尽管如此，《避趋条例》却营造出了一种气氛，并在此后的数十年中在官员们对佛教寺院态度的恶化方面推波助澜。出于对佛教及僧人生活的深入理解，洪武帝在南京建国后一直对佛教多有保护和提倡，不仅给予佛教以很高的社会地位，也积极发挥佛教独特的社会作用。洪武帝最初对佛教采取保护态度，也许表达了这样一种观念，即佛教是国家机构的补充，可以为国家提供意识形态及教化方面的服务。“百日谕令”与《避趋条例》则表明他已经放弃了这种观念。通过洪武朝晚期的重新组织，佛教被排除在公共权威、意识形态以及其他权威结构之外。从此，佛教仅仅是一种被统治的对象；其所代表的活动领域，是在政治领域之外，而且必须遵循国家法令。
洪武帝在位的31年里，颁敕过许多相关佛教政策的法令，主要有三个方面的内容：一是建立健全僧官体系。洪武帝在僧官建制方面较历代都更周密，形成一套从中央到地方序列完整的僧官体系。二是界划僧伽组织结构，为适应新的僧司管理体系，归并寺院，并明令将寺、僧划分禅、讲、教三类。三是检束僧人行为规范。洪武二十四年（1391）为清理整顿僧道所颁布的《申明佛教榜册》及二十七年（1394）的《避趋条例》等，在检束僧行上做了甚为详细严格的规定，大致归纳有两方面：一是反复申明不许僧俗混淆，并严厉清理僧有眷属问题；相应的是提倡山林苦行、丛林清修。二是严令教僧必须遵守相关规范要求；与之相关则是严禁民间仿效瑜伽教僧做佛事等。
经过洪武朝清理整顿，元代以来，僧团内部出现的不持戒、不读经的颓靡之风大为改观，僧人研习佛经、修持戒行的风气日炽，名匠辈出，继明初的宗泐、来复、道衍、溥洽之后，明中晚期又有云谷、慧经、雪浪、古心等人皆负盛名。特别是万历时期，形成佛教的复兴气象，出现了云栖祩宏、紫柏真可、憨山德清、蕅益智旭等高僧，号称“明末四大高僧”。这种局面，究实而言，与朱元璋对佛教的大力整顿亦不无关系。
晚年的朱元璋对佛教可谓爱恨交织，他在人生旅程的最后几年里，依然不断完善对佛教僧、寺的制度安排。洪武二十八年（1395）十月，重申试经给僧度牒。己未礼部奏：今天下僧道数多，皆不务本教，宜令赴京考试，不通经典者黜之。诏从其言，年六十以上者免试。
命僧录司，设上、中、下三科，考试天下沙门。洪武三十年（1397），命僧录司行十三布政司：凡有寺院处所俱建禅堂，安禅集众。洪武三十一年（1398）二月二十九日，僧录司左善世大佑等，于右顺门钦奉圣旨：着江东驿、江淮驿两处，盖两座接待寺；着南北游方僧道，往来便当。