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明初南京佛教的繁荣有序，主要表现在三个方面：一是明初诸帝与佛教因缘甚深，洪武帝朱元璋汲取前朝经验制定了刚柔并用的佛教政策，确立了相应的佛教管理体制，奠定了明代管控佛教的制度基础，为建文、永乐二朝沿用，并产生深远影响；二是江南高僧群崛起，他们认同和支持明代国家新政权，禅、讲、教三宗被国家认可并纳入管理体系；三是君臣道合，以“开国文臣之首”宋濂为代表，开启了明代宰官居士护法的新风，树立了士绅社会与丛林寺僧方外交游的典范。
朱元璋与佛教缘分很深，他早年出家为僧的经历，使他对于佛教有某种自然的亲近感。他笃信佛家的善世因果学说，开国后征召天下高僧入京，启建法会和讲经说法，他经常带领大臣临幸听法；万机余暇也与大学士宋濂等一起讨论佛法，深入探究佛教义理。
他在帝位31年，为了弘扬佛教，先后御制了诸多论文和诗偈，《明太祖御制文集》中所收录的论佛的文章就有46篇之多，诗偈有数十首。此外，在《明史·艺文志三》中，还收录有明太祖《集注金刚经》一卷。明人沈德符曾说“我太祖崇奉释教”，对佛教的礼遇“可谓至隆极重”。
明太祖还对佛门寺院大加赏赐。有资料表明，洪武年间，明太祖对南京天界、天禧、能仁、灵谷、鸡鸣、栖霞等国家大寺共赐赡僧田达500顷左右。
从明太祖对寺院田产的赏赐上，也可看出其对佛教重视的力度。
朱元璋创建明王朝后，不以“马上治天下”而采取文治的治国方略，确立了国家管控宗教的体制机制，可以概括为四句话，即：“以儒家思想为主导，坚决依靠之；以佛教与道教为辅翼，积极利用之；以儒、释、道三教融合为合法信仰资源，全面调和之；以民间秘密宗教为惑乱渊薮、邪教祸根，坚决打击之。”
朱元璋之后的明代政府，基本上继承了这个管控机制。这个与明代国家治国方针相一致的宗教管控机制的有效实行，“就使佛教信仰的组织功能完全被嵌入政府的组织体系之中，最终它被彻底置于道德教化的社会功能之下，也就是说，佛道教必须服务于国家政治认可的道德教化使命”
。