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对于明代开国以来佛法之兴盛，僧传史家如是表述：“明兴，太祖高皇帝开国以来，国家之治超于三代，佛法之兴盛于唐宋。独僧史、传灯诸书尚寥寥无闻，良可叹也。”
整体上说，明初佛教的发展繁荣有序，明中期是佛教急剧扩张但被认为是低落的时期，及至明末，佛教出现动荡复兴的局面。之所以如此，原因复杂，仅从制度政策层面考察，“是因为明初王权确立了严整的宗教管理体制和政策，保持了佛教的繁荣，将其组织功能置于道德教化的社会功能之下。明中期佛教的低落，有研究者归因于以儒学为合法性文化资源的机制造成了佛教人才素质的低弱。明末佛教的勃兴，则得益于儒佛融和的心学带来的思想解放和原有的宗教管控体系失效，因此佛教的组织控制能力被极大释放，成为社会控制的重要因素”
。
若联系南京佛教历史做具体分析，大致可分“明初南京佛教”“明中叶留都与南直隶佛教”及“明末江南佛教”三期来进行阐述。明初南京为首都，具有全国政治、经济、文化中心的地位，其时所制定的佛教政策由南京发布而面向全国，所开展的佛教活动大都具有全国影响力，征召入京的高僧也都从“天下戒德僧”中遴选或荐举。永乐迁都后，南京成为留都，在两京体制下仍保留五府六部等中央军政机构，并负有管辖南直隶的职能，故此，明中叶南直隶实际属于行政区域的概念。不同于此，明末江南则更多地具备经济、文化意义。南直隶与江南这两个概念虽然内涵、意义不尽相同，但无疑都与都会南京有密切关系，或者说南京在其中起着支配性作用。在留都南京天界寺内，也保留着僧录司管理南直隶僧教事务，品级与北京僧录司同，仍设左右善世、阐教、讲经和觉义各二人。