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朱棣靖难成功夺得帝位后，决意要迁都至自己的发迹之地燕京北平，于是永乐元年（1403），他于南京登基后就将北平升为北京，后又在北京设立六部，称“行在六部”。朱棣随后着力经营北京，兴修宫殿，疏浚运河，并经常前往北京行在办公。永乐十八年（1420），朱棣正式迁都北京，确定明年元旦北京成为京师新都，不再称“行在”；金陵应天府则变为陪都，或称留都。朱棣驾崩后，朱高炽登基即位称明仁宗，朱高炽希望明朝的首都是自己做太子监国时的故地金陵，于是又将北京改为“行在”。直到明英宗正统六年（1441），北京才恢复名义上的京师地位，不再称为“行在”。
永乐帝迁都北京后，留都南京人口锐减，大部分记载都说减“半”。这说法虽不精确，却是颇有深意的。因为这意味着从此时到15世纪末的一段时间内，南京这座城市的重要作用大半已经丧失了。然而引人瞩目的是，进入明中后期，16世纪南京城市生活发生了巨变。明代晚期南京及江南其他城市的作家，都十分清楚地意识到城市生活方式及社会态度上的变化。有研究者观察到这种微妙而深刻的变化：“留都所发挥的新作用大大地加强了这些变化。有一类宦途上一帆风顺的官吏，想谋个闲职，既有名位俸禄，又不必像北京与朝中那样为地位钩心斗角，他们就觉得南京的簪缨之荣胜过北京的实际权力。南京的官场环境比过去更富有魅力了，现在它与政界另一种低调的入仕方式联系在一起，也和家居方面更奢华淫逸的生活联系在一起了。”
事实上，南京在那个时代变成中国的文化经济心脏地带，如不大大依靠江南地区丰富的人力物力资源，是不可能治理好大明帝国的。永乐帝在1401年至1421年准备迁都北京的那段时间，深谙此道。因此，当明代政治中心迁往北京时，南京并不像以前历史上那样降至完全陪衬性质的“留都”地位。汉唐时期的“留都”作为象征，无非保留着些特别的驻军和地方行政机关，带上些别处没有的稍为堂皇的头衔而已。但南京即使在1421年后还有个对留都来说规模空前的重要政治行政职能，那就是南直隶管辖。顾起元曾驳斥一位官员批评南京重复设置六部，以为其职能有限，因而性质上也是多余的话，他提出如下精辟的论点：
呜呼，是岂知国家之深计长虑哉？夫宫阙陵寝所在，六军城守之事，府库图籍之所储待，东南财赋之所辐辏，虽设六卿以分理之，犹惧不给也。可以为冗员而轻议之，善乎？丘文庄公有言：“天下财赋出于东南，而金陵为其会；戎马盛于西北，而金台为其枢。”并建两京，所以宅中图治，足食足兵，据形势之要，而为四方之极者也。呜呼，得之矣！陪京之省寺不改，所以维万世之安，意固远也。岂前代旧邦可得而并论哉？
顾起元看得很清楚，明代施行两京制与以前朝代不同，国家政府因两京政经职能分离，总的水平变得更高了，“陪京”（留都）所维持的辅助体制以经济文化为特色，现在也重要起来了，并不只是具有形式上和礼仪上的意义。顾起元的记载表明，两京并建，是出于“宅中图治，足食足兵”考虑；“天下财赋出于东南，而金陵为其会”。朱元璋择都南京的核心理由，在他死后百年间两京制达到的新形式中更进一步显示出来了。16世纪明代经济的变化有时被说成“资本主义萌芽”，深刻地影响着南京城市生活，影响着江南地区乃至全国。以我们目前的认识，要在这个问题上做出深度评价还有某些困难，但尝试得出一些结论，有助于理解明代两京制及南京的经济文化地位，是以对南方广大地区的政治、军事控制为基础的，其实也诚如顾起元所言，是“据形势之要，而为四方之极者也”。作为留都的南京，东西沿着长江，南北沿着运河伸展，成为具有区域辐射力的交通大“动脉”。