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朱元璋占领集庆、定都金陵后，大力营造太平盛世氛围，城市建设有了辉煌发展。南京“五方所聚”，“辐辏四海”，外来人口剧增，水陆交通发达，城市景象愈加繁华。除了营造明皇宫并建有世界上最长的明城墙外，朱元璋不惟建置庞大的官司衙门，还积极营造风月繁华，下令建造南市、北市、来宾、重译、集贤、乐民、鹤鸣等著名的“十六楼”，以招待九州八方的宾客。朱棣迁都北京后，金陵开始成为留都，但仍旧保留与北京相对应的中央机构，南北二京制度并存。江南富饶丰沃的水土滋养着都城南京，使得南京长期以来就是中国南方的政治、文化和经济重镇，而且还是明代伟大的航海家郑和首次下西洋的起点，是“海上丝绸之路”的重要集散地。
江南的繁荣与财富，使得南京并不因京师北迁而萧条，反而在社会经济和文化方面蒸蒸日上，得到了长足发展。中外研究者把江南地区的财富与华北的政治军事中心相联系来观察，分析了南京历来具有战略资源重要性的各种因素。元末天下大乱，豪杰蜂起，当朱元璋在谋士的建议下寻求独树一帜的军政根据地时，那些熟谙历史的谋士认为“天下王气应在金陵”，就利用南京有长江天险、虎踞龙蟠这样具有“王者都”“天子气”的祥瑞论点来竭力支持他攻占南京。这些论点在社会心理方面具有明显价值，但谋士们敦促他夺取并利用南京形胜的真正理由，大概是他们意识到南京具备难得的地缘政治战略优势。然而史籍记载却大谈特谈南京具备“王者气象”及与此相关的祥瑞之征，而把这个决策中涉及的战略因素压低了。对于地缘政治因素，朱元璋是十分精明而讲求实际的，他自然深刻洞察到南京的战略优势，因此在和州渡江打了胜仗，军士们想退回江北时，他却不惜代价破釜沉舟，断其归路。
正是由于这样英明果断的行动，才有了此后朱元璋南京根据地的建立和明都南京的奠定。
到了14世纪，历史掌故的丰富积累也是不可忽略的南京的“真实”组成部分。历来古都所留下的一切，为南京增添了无形的资源和力量。尤其值得关注的是，历史上当异族入侵中原时，建都南京的王朝十分自觉地以维护华夏文化命脉而自任。由于中原的战乱和江南的开发，大量的人口南迁，江南人口数量增多。西晋灭亡后，皇室和贵族纷纷南渡，在建康建立了东晋政权，随后宋、齐、梁、陈亦相继建都建康，统治江南。南唐时，金陵再次成为都城；到北宋南渡后，又再次作为行都。这些王朝虽然“偏安江左”，却在以金陵为代表的江南文化中浸入了一种忠义、悲愤、爱国的沉郁基调，这在士人精神中表现为极强的爱国主义和“以天下为己任”的社会责任感。以南京为中心的江南所维护的中华文化命脉也潜移默化影响着南方的蛮夷边区，而且文化的力量最终还反过来同化或深刻影响着北方的少数民族。此外还值得重视的因素，就是六朝佛教在南京的历史积淀和深刻影响。因此之故，朱元璋1356年攻占南京后，图王业与兴佛教两者并举。