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康熙自5岁起，便随众臣上朝值班，并进上书房读书，一直学到老而从不辍止。他学习兴趣广泛，更兼有文治武功，精通多门学问，是以往帝王中少见的。就连在西方的自然科学，康熙也有极为浓厚的兴趣，对于西洋历法与制铳炮等西方技术，以及其他的如数学、音律、地理等西学，康熙都以开放的心态和好学的精神来学习，代表了当时比较先进的思想。最重要的是：康熙很懂得利用汉文化来争取汉族的知识精英，利用儒学来牢笼儒士、网罗人才，并利用儒家所提倡的伦理道德来加强对广大汉民的统治，强调儒家的“三纲五常”和“忠孝节义”，把它们当作治国安邦的思想武器，以争取汉族上层集团的支持与合作。因此，康熙的尊道崇儒，犹如清太祖、太宗以尊崇藏传佛教来笼络蒙古部族，亦如清世祖推崇内地禅宗而亲身参禅问道，都是清统治者的政治怀柔手段之运用，实乃异曲同工。
清初，顺治、康熙、雍正皇帝先后颁布以儒家伦理思想为核心内容的《圣谕六条》《圣谕十六条》和《圣谕广训》，希望普天之下人人都“兴仁讲让，革薄从忠”，以达“共成亲逊之风，永享升平之治”之目的。讲“圣谕”活动绵延200多年，直至清王朝结束。从顺治九年（1652）至雍正二年（1724）的72年间，三朝皇帝先后四颁圣谕，并要求在全国城乡范围大力宣讲。如此长时期、大规模，而且是一以贯之的社会教化活动，在历史上是少有的。清朝政府之所以如此重视讲“圣谕”活动，与其“崇尚德教、教民化俗”的政治理念和统治策略有直接关系。清初统治者作为异族入主中原，非常注意吸取中国历代王朝兴亡的教训，特别重视利用儒家思想作为柔化汉族、巩固政权的工具。
康熙帝的《圣谕十六条》在顺治帝的《圣谕六条》基础上扩充而成，仍以忠孝伦理为核心，但内容变得更为精致细密，正如雍正《圣谕广训》所述：“自纲常名教之际，以至于耕桑作息之间，本末精粗，公私巨细，凡民情之所习，皆睿虑之所周。”康熙九年（1670）严申正风俗重教化，谕礼部曰：“法令禁于一时，而教化维于可久。”十一月二十六日颁布《圣谕十六条》，通行晓谕八旗及各省府州县乡村人等，致力于巩固社会秩序，要求人们：敦孝悌，笃宗族，和乡党，重农桑，尚节俭，隆学校，黜异端，讲法律，明礼让，务本业，训子弟，息诬告，戒匿逃，完钱粮，联保甲，解仇忿。为确保教化政策得到切实贯彻，康熙将是否能着力兴行教化作为考核、举荐官员的重要条件。康熙十二年（1673）题准：“官员必能兴行教化，无未完钱粮盗案者，方准疏举卓异”；“官员虽无钱粮盗案，而未能力行教化者，督抚司道府等官，滥举，亦照例罚俸”。
其《圣谕十六条》中提到“黜异端以崇正学”，便关涉康熙朝宗教观。
在康熙心中，何为“异端”？康熙十二年（1673）十月初二日，帝谓熊赐履曰：“朕生来不好仙佛，所以向来尔讲辟异端、崇正学，朕一闻便信，更无摇惑。”熊曰：“不特仙佛邪说在所必黜，即一切百家众技，支曲偏杂之论，皆当摈斥勿录。”帝曰：“凡事必加以学问，方能经久，不然只是虚见，非实得也。”初九日又曰：“朕十岁时，一喇嘛来朝，提起西方佛法，朕即面辟其谬，彼竟语塞。盖朕生来便厌闻此种也。”
十二月初一日，康熙帝见八旗满洲人中贫而负债者多，赌博之风禁不止，习于嬉戏，嫁娶丧祭过于糜费；而八旗蒙古人则惑于喇嘛，倾家以奉。以为诸如此等，皆不良风习，“良由化导之未善”。
康熙二十八年闰三月初八日（1689年4月27日）经筵讲毕，帝问讲官徐元文其所撰讲章内，“所谓异端者何所指也？”徐答：“诗书礼皆圣人之实教，若佛老虚无，乃异端也。”帝曰：“江南人崇信佛老者多矣！”
由此数例，可见康熙所认同的异端，原来就是理学家所辟的“佛老虚无”之说。而康熙帝作为一代明君，虽不否认理学家所辟，但也不见得完全赞同，他在熊赐履去世后曾说了这样一段耐人寻味的话：“理学之书，为立身根本……宋明季世，人好讲理学，有流入于刑名者，有流入于佛老者。昔熊赐履自谓得道统之传，其没未久，即有人从而议其后矣。今又有自谓得道统之传者，彼此纷争，与市井之人何异？凡人读书，宜身体力行，空言无益也。”
康熙十一年二月二十八日（1672年3月26日），帝于赤城见路旁跪一道士。道士奏云：“臣庙在金阁山，离此三十里，名灵真观。虽向有此名，然遭逢圣主，若得旌表，另赐名号，则光宠益甚。”帝对近臣曰：“此道士妄干侥幸，求赐名号，意欲蛊惑愚民。”“此等求赐观庙名号者，概不准行。况自古人主好释老之教者，无益有损。”“妄求侥幸，本应处治，姑从宽宥。以后若敢妄行，决不饶恕！”明珠奏曰：“自古惟孔孟之道大有益于世，其失于释老之教者，盖亦多矣。皇上此旨，诚万世之明鉴也。”
这一则资料反映了康熙帝对“异端”的明确态度。
康熙的帝王之术宽严相济，经权互用，以图国家久远之计，非一般理学家所能窥见涯岸。他不只对汉地佛道教流弊洞若观火，就连满洲蒙古喇嘛之不良风习也了然于胸。如二十二年（1683），正一真人张耀宗疏请恩诏诰命及父母祭葬，吏部议给予诰命，但祭葬从无此例。帝谕：“一切僧道，原不可过于优荣。若一时优荣，日后渐加纵肆，或别致妄为。”
二十六年（1687），从刑部给事中刘楷奏请禁“淫词小说”。谕称：“淫词小说人所乐观，实能败坏风俗、蛊惑人心。朕见乐观小说者多不成材，是不唯无益且有害。至于僧道邪教，素悖礼法，其惑世诬民尤甚。愚民遇方术之士，闻其虚诞之言，辄以为有道，敬之如神，殊堪嗤笑。俱宜严行禁止。”
二十八年（1689），江南民人王来熊献《炼丹养生秘书》一册。帝曰：“朕于经史之余，所阅载籍多矣，凡炼丹修养长生及师巫自谓前知者，皆妄诞不足信，但可欺愚民而已，通经明理者断不为其所惑也。宋司马光所论甚当，朕有取矣。此等事朕素不信，其掷还之。”同年十一月二十七日（1690年1月7日），康熙帝谕：“但闻喇嘛、胡土克图、胡必汗，不详其真伪，便极诚叩头，送牲畜等物，以为可获福长生，至破家荡产不以为意。而奸宄营利之徒，诈谓能知前生事，惑众欺人，骗取财帛牲畜，败坏佛教。诸蒙古笃信喇嘛，久已溺惑，家家供养，听其言而行者甚众。应将此等诈称胡土克图者严行禁止。”
三十九年（1700）三月初一日，左通政张格等差往蒙古，帝谕以“不可以内地之法治之，顺其性以渐导，方能有益”。又曰：“蒙古惟信喇嘛，一切不顾，此风亟宜变易，倘喇嘛等有犯法者，尔等即按律究治，令知惩戒。”
康熙帝治理僧道喇嘛等的不良风习，虽着眼于伦理道德的黜邪崇正以化民成俗，但大都出于社会现实和政治方面的考虑，不仅严行查办僧道喇嘛蛊惑人心、败坏风俗，而且对建造寺庙侵占民田，或增民负担、关系民生者也申令禁止。如康熙四十二年（1703），札萨克达喇嘛疏请，将其所居洮州卫卓奈克依特之庙扩大修造。理藩院议准，得旨：“取边氓之地以广修庙宇，关系民生，嗣后凡有广庙宇，与民间田庐有关者，永行禁止。”康熙五十年（1711），左都御史赵申乔疏言：现有寺庙僧道，各查明来历，按季呈报甘结，不许容留外来可疑之人。谕称：“建造寺庙，则占据百姓田庐，既成之后，愚民又为僧道日用凑集银钱，购买贫人田地给与，以致民田渐少。且游民充为僧道，窝藏逃亡罪犯，行事不法者甚多，实扰乱地方，大无益于民生者也。”
康熙朝严禁私建、新建寺庙，不仅出于对民生关怀的考虑，还出于对寺庙容易成为游民和窝藏逃犯之所的担忧。对于后一种情况，在关外时期的清太宗皇太极早就注意到了，而至康熙时代仍无多大改变。康熙十一年（1672），帝巡幸南苑，行经海会寺之时，发现庙内的僧人中有白莲教徒，于是发了一通议论说：“此等之人，往往为害不浅，朕已知之。”
康熙十分清醒地认识到，增加民生经济负担还只是一方面，由于僧道行事不法者甚多，扰乱了地方秩序，这才是“大无益于民生者”。