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顺治帝亲政后，清厘僧道喇嘛，册封西藏达赖五世，都是沿袭清太祖、太宗所开创的定制而丰富之、光大之。然从顺治十四年（1657）起，他对佛教禅宗产生了浓厚兴趣，这深刻地影响了其之后的生活道路，并对清代佛教发展也产生了不可估量的影响。关于顺治帝之参禅，近人蒋维乔有评：“顺治帝自统一中原以后，一改满洲专崇喇嘛之旧习，而归依禅宗，颇致力于参究；观其与玉琳秀（琇）和尚及其弟子䒢溪森和尚之关系，可以知之。……然顺治帝之参禅乃自憨璞和尚始。”
清初顺治帝敬重禅僧，来自江南禅门的憨璞性聪、玉琳通琇、木陈道忞等人，先后应召入宫说法，各赐紫衣及尊号，憨璞称为明觉禅师，木陈称为弘觉禅师（清《尤西堂集序》及《八指头陀诗集》卷八均称为弘觉国师）。顺治十六年（1659）春，玉琳初称大觉禅师，继遣使加封大觉普济禅师，后又加封为大觉普济能仁国师，通称为玉琳国师，实是清代汉传佛教中享有国师尊号的唯一僧人。而憨璞性聪则被称“三觉之首”。
1.召憨璞聪结制参禅
纪荫《宗统编年》载，顺治十四年深秋，顺治帝狩南苑，驾幸海会寺，延见憨璞性聪，与语甚觉投契，遂于十月四日于万善殿召见憨璞聪，问佛法大意。复诏，结制万善殿，赐明觉禅师号。
该书接着又记顺治对木陈忞语：“朕初虽尊崇象教，而未知有宗门耆旧。知有宗门耆旧，则自憨璞始。”
清史书《东华录》也记载了顺治帝对木陈忞所说的这段话，可以相互印证。可见对于顺治帝之崇佛参禅，憨璞性聪起了关键的作用。关于顺治帝如何与憨璞性聪相遇，之后又发生了什么，曾经担任过顺治经筵讲官和内翰林秘书院侍读学士的冯溥，在为憨璞聪和尚撰的《塔铭》序文中提供了他目击的更细致完整的记录。该文记述：
师丙申渡江，住都城南海会禅寺，盖而师之道法闻于帝庭矣。先是，丁酉秋，师感异梦。迟明，世祖皇帝驾幸南海子，道出寺前，止辇，命近侍延师出。师云：山僧疏野愚昧，曷以仰见天表？近侍云：皇上为国为民，深重佛法，向和尚久矣。师便衲出山门旁立。上出辇顾视，久之，颇有怡色。命归方丈。暨回舆，即命近侍问师：俗名址籍，几岁出家，年若干岁，何缘挂锡海会。师具书委悉回旨。连遣官致问者三。次日驾幸海会寺方丈，师立门左。上喜。逾时而去。
十月初四日，僧录司传旨，延师入万善殿。命内院大人看方丈安单，别山禅师谐僧官陪侯。次晨驾至，安慰至再。至三夜漏五下，近侍传云：驾到不用和尚接送，不行礼拜。上至方丈，赐坐，问佛法公案。师应机酬对。上喜，赐紫衣。问答经旬（文长载语录中）。师知上意欲留久住禁庭，奏云：臣僧愧领众匡徒，海会衲子望臣久矣。上鉴师愿力真切，遂送回寺。
戊戌春，结制期毕，金佟、固山等请主延寿禅寺。……秋九月，上幸海会问及，监院洞玄跪奏其故。上回，遣大人近侍，之延寿问慰。十八日，上亲幸延寿方丈，甚喜。承面召请师入内万善殿，结制开堂。上乘马屡顾，师谢恩，二十九日回海会。十月初一日，僧录司延入，赐紫，宣海会禅客百人，俱入结制。旨问道法，凡上堂，小参不辍。既而风扇大都，王公大人，三院内外，向师之切矣。
为憨璞聪作塔铭的冯溥乃在场者，其描述性聪与顺治帝初见的细节，不惟生动，还透露了一些颇值得玩味的信息。如皇帝“道出海会”，意味着必有得力之人特荐海会寺及性聪其僧。陈垣先生论，性聪有结交内侍之嫌。其实，性聪还与士人朝臣往来密切，不仅见诸往来文书，即由其语录之序文亦见，六位作序者皆为高官，包括太子太保胡世安、礼部尚书王崇简、吏部尚书金之俊以及身为国子监祭酒的冯溥等人。而序文之隆重，乃其他几位应召的大和尚不能相比。
根据冯溥的看法，憨璞性聪不仅道眼精明，钳锤老辣，而且诚朴纯谨，有儒者之风，深得顺治帝欢心。顺治帝问他：“从古治天下，皆以祖祖相传，日对万机，不得闲暇。如今好学佛法，从谁而传？”憨璞聪回答说：“皇上即是金轮王转世，夙植大善根、大智慧，天然种性，故信佛法。不化而自善，不学而自明，所以天下至尊也。”顺治十六年（1659）春，赐银印，敕书封憨璞性聪“明觉”师号。敕书中称他“戒律精严，规模淳朴。迹超俗外，恒持不染之心；理寄忘言，了悟无生之旨。引入禁林，召开觉路，迈次第之禅者”。又说他“始创宗纲于禁林，独为三觉之首也”。此中“三觉”，即顺治封大觉、弘觉、明觉三师。
自顺治十六年起，万善殿可谓热闹异常，入春之时，性聪那厢尚未解制，玉琳即已进入。玉琳欲走，皇帝又要其门徒行森随即入京。而至入秋十月，木陈又奉旨于此结制开堂。一时间，皇城宫禁之中高僧穿梭，西苑万善殿上，不是上堂，就是小参，禅僧受到清帝的无比尊崇，真可谓空前绝后。《宗统编年》一书是这样评价顺治帝惊觉世间无常，而皈心佛祖、向道心切的：“帝驭金轮，诞膺天命，智圆方机，道融一贯，虚怀好问，念切生死。座右大书‘莫到老来方学道，孤坟尽是少年人’之句以自警惕。与宗门耆旧、法苑禅学相见，不令称臣致拜，从容咨访，握手温颜，情逾师友。因马蹶而知解顿忘，闻雨声而得大自在。真乘愿再来，不忘灵山付嘱也。”
2.封玉琳琇为国师，取法名为“行痴”
顺治十五年（1658）九月，顺治帝遣使赴江南湖州报恩寺宣诏玉琳琇入京说法，玉琳琇先是辞谢不应，以示遗民僧风骨。顺治帝一再遣使征召，至十六年正月玉琳琇才姗姗启程，二月十五日至京。一旦见帝，玉琳琇施展其奇特之才和高深禅理，机敏巧妙奏对。顺治帝颇为其心折，遂推崇备至。顺治十六年谕曰：“尔禅师通琇，临济嫡传，笑岩近裔，心源明洁，行解孤高。故于戊戌之秋，特遣皇华之使聘来京阙，卓锡上林。朕于听览之余，亲询释梵之奥，实获我心，深契予志。徇法门之龙象，禅院之珠林者也。”
关于与顺治帝的最初机缘对话，玉琳撰有《客问》一册，亦可见其禅学造诣之深浅。其问答云：
帝问：心在七处？不在七处？
琳曰：觅心了不可得。
帝问：悟道的，还有喜怒哀乐否？
琳曰：唤甚么喜怒哀乐？
帝问：山河大地，从妄念而生，妄念若息，山河大地，还有也无？
琳曰：如人睡醒，梦中之事，是有是无？
帝问：如何用功？
琳曰：端拱无为。
帝问：如何是大师？
琳曰：光被四表，格于上下。
帝问：本来面目如何参？
琳曰：不思善，不思恶，正恁么时，如何是本来面目？
帝问：如何是孔颜乐处？
琳曰：忧心悄悄。
顺治帝万机余暇，向道心切，一时遇合，恨相见之晚，当即封玉琳为“大觉禅师”。顺治帝“恭绎伦音，尊崇备至”，以禅门师长礼待玉琳琇，自称弟子，请其起法名。玉琳琇不敢起而再三推辞，顺治帝不许，并“要用丑些字眼”。玉琳琇书十余字进览，顺治帝自选“痴”字，上用龙池派中的“行”字，即法名行痴。
于是顺治又自号“痴道人”，以后钤章还有“尘隐道人”“懒翁”“太和主人”“体元斋主人”等。从此，凡请玉琳琇说戒或致信札，顺治均称弟子某某。玉琳之后，又相继征召木陈道忞、玄水杲等进京，“皆承诏对，不令称臣致拜。都门宗风自此大振”。
玉琳琇住万善殿两个月，多蒙对问。其上堂说法，“帝必躬行礼请，亲临听法；下座后，复亲至西苑万善殿禅师住处谢法”。除了大型法会，顺治帝和皇太后还时常就参禅问题请师开示。帝问：“日对万机，还参得禅吗？”师曰：“若会得，日对万机即是禅、即是道。”“从何处入门？”“即向开口动念处会，穿衣吃饭处会。”又问：“悟道之人，随所去来，不被物转——是否？”答：“百花丛里过，一叶不沾衣。”一日皇太后坐禅参话头，境界现前，师开示：“皆是幻相，不可认为真也！切莫随它所转，所谓佛魔到来，一齐剿绝。”又问：“思善思恶时如何？”答：“不思善不思恶，要一切处参，第一要动里参，动中得力，静中愈胜。”“于忙时，不可厌忙；于有事时，不可怕事；事忙须耐烦理事。”“若动中不善用心，静中必然悠悠忽忽，动静两失矣。”
玉琳撰《客问》中还有一段问答颇引人注目。客问：“学道如何不蹉路？”答曰：“第一须发心谛当，第二须工夫谛当，第三须悟处谛当，第四须师承谛当，第五须末后谛当，第六须修道谛当，第七须为人谛当。”此不知是否为顺治所问，后被雍正编入《御选语录》卷十一，足见其重要，故在此点出。
顺治帝参禅有省，后“因马蹶而知解顿忘，闻雨声而得大自在”。
顺治帝崇敬三宝之心时常流露于言语之间。有一次，他评论崇祯皇帝极聪明，但却不信佛法，将宫中历年所尊崇的佛菩萨像，命人用麻绳、铁索拽而出，其亵渎神明如此，“若我朝于三宝决不敢有轻忽也”。而玉琳是一位谙通世故的和尚，“语不及古今政治得失、人物臧否，惟以第一义谛启沃圣心”，绝不干世事，尽为谈禅谈玄。史学家认为这一点与汤若望及木陈忞迥然不同而略胜一筹，正是这些禅悦润心，才使这位日理万机，已被弄得疲惫不堪的年轻皇帝感到慰藉，于是顺治对佛教的信仰愈加虔诚，盼识更多名僧之心亦愈加迫切。十六年（1659）四月，玉琳琇请求南还，顺治帝赐黄衣、银印，遣官送归，并令使者召玉琳琇弟子䒢溪行森至京。这年七月，䒢溪行森应召到京。
顺治是从玉琳琇语录中发现䒢溪行森的偈语最好，特指名召来。
其在万善殿接见䒢溪森，问答佛法过程中，顺治不断地“点首称善”，而大慰平生。䒢溪行森（1614—1677），惠州博罗人，俗姓黎。年二十七，“闻钟有省”，遂弃家从宗宝道独削染纳戒。道独为博山无异元来之嗣，此一系乃曹洞宗法脉。之后，行森先是前往雪峤圆信处参；次又往参玉琳通琇，往来问答，得玉琳赏识，被命为首座，归宗为临济宗僧。据称行森“眉宇俊秀，骨相清奇，性情天放，如鹤立鸡群”。且因其机锋犀利，接机如鹏劈海，“丛林咸以䒢铁棒称之”。其实，行森与玉琳年龄相仿，但出家晚，然其“博览群书，寓目会心”，乃玉琳门中佼佼者。陈垣《语录与顺治宫廷》对行森事迹有详考：䒢溪名行森，字慈翁，粤惠州博罗黎氏，䒢溪其号也，《广东通志》误作茆溪。年二十七出家，参雪峤信，信许入室，呼为岭南长子。信寂，参玉琳琇，即日命居首座。顺治十六年（1659），玉琳被召南还，上曰：和尚录中付门人䒢溪之偈最好，送和尚还山之舟，可载入京一面。六月十五，玉琳回至湖州，䒢溪即随舟入京，召对甚契。十七年（1660）七月，世祖马上有省，再请玉琳证道。十月十五，玉琳至京，闻䒢溪为上净发，即命众集薪烧之。上闻，遽许蓄发乃止。是月二十八，䒢溪辞归。十八年（1661）正月初二，复差官迎䒢溪为新逝保母秉炬。初七，帝崩，亦遗诏请䒢溪秉炬。
直至玉琳第二次入京，行森当一直伴随顺治，有说“世祖于师始终恩遇，……亘古以来仅见者”
。行森为顺治净发之事，尚未见有正史资料记录，诸多旁证描述出这样的线索：董鄂妃之死，使早已身心俱疲的顺治万念俱灰，激发其先已有之出家念，索性落发；而性情天放之行森似乎也乐意为皇帝净发，甚至以此得意。据陈垣先生所见康熙版《䒢溪语录》之罗人琮所撰塔铭，录有行森临终偈，其偈云：“慈翁老，六十四年，倔强遭瘟，七颠八倒，开口便骂人，无事寻烦恼，今朝收拾了去，妙妙。人人道你大清国里度天子，金銮殿上说禅道，呵呵，总是一场好笑。”
行森作为玉琳琇的大弟子，足足有一年半的时间在京说法，伴帝最久。既与顺治帝相处时间最长，奏对默契，甚得帝宠，顺治帝曾多次欲封他为禅师，他因师父玉琳琇已获禅师名号，师徒不便同受封号，竭力奏辞。顺治帝亲笔大书“敕赐圆照禅寺”的匾额，命杭州织造恭悬于昔日他住持之浙江仁和县龙溪庵，以示荣宠。龙溪即易额为圆照。后来行森被雍正追封“明道正觉禅师”。
顺治时萌出世思想，照他自己讲：“朕想前身确是僧，因每到寺院，见僧家明窗净几，则低回不能去。”又言：“财宝妻孥，人生最贪恋放不下，朕于财宝固不在意中，即妻孥，亦觉风云聚散，没甚关情。若非皇太后一人挂念，便可随老和尚出家去。”十七年（1660）十月十五日，顺治皇帝召玉琳二次到京，当与其出家有关。此时的顺治宫廷，因皇帝之宠妃董鄂之死，情形大变。顺治似乎身心俱疲，不惟更加依赖佛教，甚至已经有了出家的念头。《玉琳年谱》“顺治十七年”条，是关于顺治皇帝是否出家问题的重要旁证资料。此条谓玉琳十月十五日到皇城西苑万善殿，“世祖就见丈室，相视而笑。日穷玄奥。世祖谓师曰：‘上古惟释迦如来舍王宫而成正觉，达摩亦舍国位而成禅祖。朕欲效之何如？’师曰：‘若以世法论，皇上宜永居正位，上以安圣母之心，下以安万民之业；若以出世法论，皇上宜永做国王帝主，外以护诸佛正法之轮，内住一切大权菩萨智所住处。’上欣然听决”。
顺治经玉琳劝阻而打消了出家念头。虽出家未遂，但顺治向佛之心已坚。十二月十五日，旨刊万善殿，“延请传佛心印临济正宗三十一世浙江省湖州府武康县金车山报恩寺敕封大觉普济禅能仁国师为菩萨戒得戒大和尚”
。玉琳恩蒙皇帝崇信，加封为大觉普济能仁国师，并命选僧1500人在慈寿寺举行皇坛大戒，从玉琳琇受菩萨戒。玉琳对清初禅宗兴盛的贡献可谓巨大。
3.与木陈忞论诗艺禅
由于憨璞聪的推荐，顺治在玉琳琇离京前一月即闰三月，遣使往浙江宁波天童寺召龙池派另一位名僧木陈道忞进京。
十六年（1659）九月，木陈道忞携其弟子旅庵本月、山晓本皙等人到京。木陈忞当时号称“临济正传，宗门法器”
，他的到来使顺治帝对佛教的信仰达到了一个新的高度。木陈奉旨结制于大内万善殿，其时已年届64岁。这时龙池派中的许多名僧大都云集京师，除上述诸僧外，还有木陈忞弟子天岸本升，玉琳琇弟子慧枢行地、骨岩行峰，木陈忞侄孙玄水超杲等人。顺治不时召见问对，在众多僧人的包围下，陶醉在佛家意境禅悦之中。
木陈忞自幼习儒，知识渊博，才华横溢，能言善辩，词锋犀利，并且深谙诸子、戏曲、诗词、书法等世学，深得顺治激赏、敬重，到京不久，便被封为弘觉禅师，受到特殊优礼。顺治直称他为“老和尚”，他不时被召入内廷，顺治对他说：“愿老和尚勿以天子视朕，当如门弟子旅庵相待。”
木陈道忞在京期间的语录及相关活动和杂著，由门弟子整理为《北游集》六卷；道忞与顺治相关参修的往复问答，结为《奏对机缘》；与皇帝在辞章书画乃至家常话题的清谈闲聊，则另作《奏对别记》上、下卷。这些文字不但详细生动地记录了顺治皇帝与木陈和尚间的交谈话题和内容，而且也展示了一位归心禅宗的皇帝借着与其敬重的僧人交谈所可能沉浸的别样世界，一种与权力争斗和血雨腥风全然不同的充满文人雅兴和出世情怀的悠然清净的世界，一种沉醉于中国传统文化的世界。木陈忞不仅以高深的佛学造诣，更以其特有的深厚文化功底，使顺治倾倒。这是20岁刚刚出头的天子与年过花甲的老和尚的忘年之交，以至有一次他对木陈袒露心曲说：“朕极不幸，五岁时先太宗即已晏驾，皇太后生朕一身，又极娇养，无人教训，坐此失学。年至十四，九王（多尔衮）薨，方始亲政。阅诸臣奏章，茫然不解，由是发愤读书。每晨牌至午，理军国大事外，即读至晚，然顽心尚在，多不能记。逮五更起读，天宇空明，始能背诵。计前后诸书，读了九年，曾经呕血。”木陈忞把诗艺与谈禅融为一体，妙趣横生，顺治与之相谈甚欢。他与木陈忞接触时无所不谈，无拘无束，两人除了参禅问佛以外，还道古论今，臧否人物，评议时政，话题广泛，语意投机。
顺治帝曾与木陈忞谈论古今词赋，他说：“词如楚骚，赋如司马相如，皆所谓开天辟地之文。至若宋臣苏轼前后《赤壁赋》，则又独出机杼，别成一调，尤为精妙。老和尚看这两篇前后孰优？”木陈回答说：“非前篇之游神道妙，无由知后篇之寓意深长。前赋即后赋，难置优劣也。”顺治说：“老和尚论得极当。”于是当即背诵一遍《前赤壁赋》，接着，顺治又说：“晋朝无文字，惟陶潜《归去来辞》独佳。”说罢又背诵一遍。接着他背诵《离骚》。顺治还爱看戏曲、小说，尤好读《西厢记》。不仅熟知《西厢记》，还对木陈忞说：“《西厢》亦有南北调之不同。”顺治很了解也很关心当时文坛情形，他曾说江南的慎交社“可谓极盛，前状元孙承恩亦慎交社中人也”。
他特别赏识当时的文学家尤侗
，并多次向木陈忞询问尤侗情况。他称赞尤侗“极善作文字”，要人拿来尤侗的近作，“亲加批点”，“称才子者再”。他更要求取来“全帙，置案头披阅”。他还将极富文采的《讨蚤檄》一文展示给翰林院学士们说：“此奇文也。”他对尤侗所著的骚体赋“益读而善之。令梨园子弟播之管弦为宫中雅乐，以为清平调比之也”。顺治很同情尤侗的遭遇，“叹其才高不第，屈居下僚，复为上官论斥”，并当木陈忞面表示准备“擢升”他。顺治还欣赏当时的文学批评家金圣叹。他问木陈忞说：“苏州有个金若采，老和尚可知其人么？”回答说：“闻有个金圣叹，未知是否？”顺治说：“正是其人。他曾批评《西厢》《水浒传》，议论尽有遐思，未免太生穿凿，想是才高而见僻者。”木陈忞又说：“与明朝李贽同一派头耳。”
顺治帝对木陈忞的书法十分欣赏，赞他是“僧中右军”。他说，“朕极喜老和尚书法，字画圆劲，笔笔中锋，不落书家时套”。有一天，两人相对言书，共品名帖。顺治问木陈：“老和尚楷书曾学什么帖来？”木陈说：“道忞初学黄庭不就，继学《遗教经》，后来又临夫子庙堂碑，一向由不能专心致志，故无成字在胸，往往落笔即点画走窜也。”顺治说：“朕也临此二帖，怎么到得老和尚田地？”木陈忞的弟子们均多才多艺，机锋敏捷。一日，顺治与木陈忞共同欣赏尤侗以《西厢记》情节所作的一篇制义文《怎当他临去秋波那一转》。顺治帝看到兴致高昂之时，忽然合起书卷来说：“请老和尚下。”木陈忞说：“不是山僧境界。”这时天岸升首座在席，顺治便说：“天岸何如？”天岸升说：“不风流处也风流。”说得顺治大笑。顺治在禅宗和尚处找到了更多的共同语言，和尚们也以自己的思想影响着他。上行下效，此时宫中众多的太监、宫女乃至嫔妃也纷纷奉佛。其中包括顺治帝最宠爱的董妃和太监吴良辅。
木陈忞在京八个月，于十七年（1660）五月告辞南还，顺治非常留恋，请其留下弟子以早晚说话，木陈忞遂留旅庵月与山晓皙住持善果、隆安两寺。顺治特书“敬佛”两个大字及绘山水、蒲桃画各一幅赐赠。木陈忞也称颂顺治是“佛心天子”
，说他必将“光显吾宗”。十五日，木陈道忞离京南下。木陈忞离去后，顺治念念不忘，当年又两次遣官专程探问。是冬他又亲自书赠唐诗人岑参诗一首，诗云：“洞房昨夜春风起，遥忆美人湘江水。枕上片时春梦中，行尽江南数千里。”依恋之情跃然纸上。木陈忞去后，七月顺治再召玉琳琇进京。顺治几乎已完全离不开和尚，和尚们一直影响着他的生活，直到生命结束。
如果要比较这几位和尚在顺治皇帝那里的知遇程度，玉琳与木陈同辈，地位相当，似可比。不过其中之别，大概即如澹归今释评论天童与磬山，乃“风规各别”。但由于木陈对人对事辄有针砭，谈锋尖锐，在玉琳门弟子整理之《玉琳年谱》中，就可见针对性表述，反衬的该是木陈的风格。如其谓，玉琳第一次在京月余，其间一直是不曾卸帽不脱伽黎，这即意味着，玉琳乃时刻十分紧张地、钦敬地恭候着皇上。而且，“上如不问，则不敢强对，语不及古今政治得失、人物臧否”。木陈不然，于万善殿亦铺排其大道场派头，与皇帝问答间，非但不省言辞，且纵谈古今，禅学内外，点评是非，甚至听说顺治“龙性难婴，不时鞭扑左右”，也要借机训导皇帝曰：“参禅学道底人，于顺逆两境，亦须全身坐断，不可任情喜怒。……一念嗔心起，百万障门开。”
居然评判到大清皇帝头上，这恐怕就是让日后的雍正皇帝反感其“干预世事”而禁毁其书的缘由之一吧。
从顺治十四年到十六年（1657—1659），两三年间顺治帝不断召见憨璞聪，结制参禅，并详细询问佛教界的耆宿。据载，憨璞聪应顺治帝之命提供了一份“南方尊宿”的名单，这份名单开列了一些南方佛教高僧如玉琳琇、木陈忞、玄水杲等，后来这些高僧都先后应召入京。
顺治帝从憨璞性聪那里得悉的“南方尊宿”，都属于当时临济宗龙池派的著名和尚。龙池幻有是临济二十九世，下开天童和磬山二系，玉琳为磬山系，木陈为天童系。憨璞聪系费隐通容法孙，费隐与木陈均嗣天童，故冯溥说憨璞聪乃天童法派之嫡系。然而，顺治为何没有召见费隐？是因为憨璞聪没有推举费隐吗？事实是，憨璞不仅推举了费隐，而且进呈费隐撰《五灯严统》，请敕入藏。憨璞聪禅师语录有《进五灯严统表》云：
臣师祖现住浙江嘉兴府石门县福严禅寺，臣僧通容者达摩四十一世之嫡裔、临济三十一代之正传也，生长八闽，受腊六十有七，历居十刹，阐法二十余年，德业过人，道风秀世。所虑法门凋敝，释典混淆，于辛卯年编辑《五灯严统》一书，类遵宋普济禅师《五灯会元》旧本，列宋元明大清近代禅宗一二传。疑悉依大藏《佛祖通载》，兼传世诸书旁搜确证，言言根据，订定无误，凡二十五卷。盖此书之名严统者，缘佛祖传流既远，时代浸遥，五代绪分，千灯续焰，未免宗支混滥，法谱淆讹，立说唱教者，乃似是而或非，后学参求者遂传虚而失实。臣师祖所以痛心扼腕，不惮艰劬，勒成此书，详核考正，字字无谬，十年心血，两眼冰霜，天地鬼神，实式临之。释典之有《严统》，亦犹儒教之有正史，关系世道人心者非浅以鲜，正宜为世模范，典型百代，会事机不偶，湮没名山。原本已恭呈睿览外，仍将前二十五卷并解惑篇一册敬进御前，伏祈呈上钦定部集，敕谕入藏颁行，庶俾正宗借以久传，道统因而广播，法门幸甚，世道幸甚！
然而对于憨璞聪的鼎力推荐，顺治帝并未照单全纳，而分别于十五年（1658）九月召玉琳、十六年（1659）九月召木陈到京。费隐之不遇，可能因为十一年（1654）的江南禅门风波，曹洞宗人申论力攻《五灯严统》，复讼之有司，非毁板不可。顺治帝对此有所耳闻并洞察隐微。最终《五灯严统》未敕入藏，费隐荐而不召。
近有新发掘的资料显示，顺治帝在召见憨璞性聪之前，已经和别山禅师有所接触，从上述憨璞聪塔铭中，我们也看到憨璞聪进万寿殿安单时，“别山禅师谐僧官陪候”。这位别山禅师是曹洞宗的僧人，原来在景忠山“知止洞”内静修，顺治八年（1651），帝来该山狩猎，在碧霞元君殿会见了住持海寿法师，得知有一位别山禅师在知止洞内禅修了9年，就非常敬佩。顺治回宫后即在西苑的椒园（又名蕉园）辟出万善殿，召别山禅师入宫。但别山禅师在礼节性地入宫后，就拒绝了顺治的好意，回到景忠山继续住在石洞内修行。这件事使顺治帝知道了佛教，知道了佛教中有一些高世独立的人，他们的信仰与追求是自己所不了解的。于是，顺治帝陆续延请了一些佛门中人入住万善殿，开始了同佛教禅门的接触。而那位回了山洞的别山禅师，由于给顺治帝的印象非常深刻，在顺治十年（1653）又被诏入西苑椒园，赐号“慧善普应禅师”。
可见顺治帝在接触憨璞性聪之前实际对禅宗已有所了解，而从他后来几乎为临济宗僧人所包围，似乎又可说明他更倾向于临济宗的禅风。
从政治层面来说，江南佛教兴盛，顺治帝不断召南方高僧进宫，也不排除有以佛教怀柔南方的策略。妥善的说法是他对禅宗的兴趣和政治的需要达到了统一。顺治帝召见江南禅僧的政治意图还有待更充分的史料加以说明，而他个人对禅宗的强烈兴趣和精神需求，清史学家用顺治帝为江南著名禅僧所“包围”这样的词来形容，符合历史事实。尽管史料说顺治帝为国为民，万机余暇学佛参禅，但在其短暂生命的最后4年间，他的生活再也没有离开过和尚。
其实南方佛教的问题在清初几帝都一直没有释怀，顺治帝对南方禅僧究竟知道多少？这方面的史料虽然散乱，但仍然有蛛丝马迹可寻。这里有三则资料：
其一，䒢溪行森曾对顺治帝说：“近三十年来，则世家公子、举监生员，亦多有出家者。浙直素称佛地，觉似不如广东矣。”
其二，牧云五论之《叛师论》云：“伏闻世祖皇帝日应万几，留神内典，览三峰抗天童老人之书，雷霆赫然，斥为跋扈之夫。以此知佛祖之徒，虽处世外，而师尊弟卑，罔唯名教，孰谓三峰蔑伦害理，遂宽斧钺之诛乎？”
其三，《北游集》卷三载：“（皇）上见《禅灯世谱》曰：此书老和尚集得极好，但幻有传和尚下，因甚不载雪（峤）大师？师曰：本有名字在磬山前，因雪师自谓上嗣云门，始刊去其名。”
又木陈《奏对机缘》记：“上问：有个熊开元曾见老和尚否？师云：曾见。上云：渠出家参禅有悟处么？师云：觉得胸次未能洒然，但人品极是高卓。数为灵岩分卫供众。上问：灵岩何人？师云：法侄宏储，汉月藏和尚之嗣。”
这几则资料表明顺治帝接触䒢溪和木陈后对南方佛教情况有了进一步的了解，也透露了他更深入地知悉南方明遗民和佛教联系的真相。康熙帝六下江南，凡至名山大寺，往往书赐匾额。他步顺治后尘，也将明末隐逸山林的高僧逐一引入京师，以便控制和吸引亡明人士。而雍正帝撰有《御制拣魔辨异录》，把死去近百年的法藏重新提出作思想鞭挞，也是因为法藏与圆悟同是明末江南的著名禅僧，与明遗民有诸多瓜葛。