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“僧之中多遗民”，“逃禅又杂儒”，
在明清易代之际既引人注目，又颇招争议。黄宗羲屡次提到：“兵火奔播，丛林之黠者，网罗失职之士，以张其教。”
士人当此之际逃禅为保存节操，而有关批评的严厉处，亦正在指此“逃”为失节。故而王夫之拒绝逃禅，其《南窗漫记》有“方密之阁学逃禅洁己，受觉浪记莂，主青原，屡招余将有所授，……余终不能从”
云云。其实，遗民逃禅往往系于天人性命、患难余生的体悟。如施闰章说方以智：“去而学佛，始自粤西遭乱弃官，白刃交颈，有托而逃者也。后归事天界浪公，闭关高座数年，挎心濯骨，涣然冰释于性命之旨，叹曰：‘吾不罹九死，几负一生！’古之闻道者，或由恶疾，或以患难，类如此矣。”
徐枋出儒入释，对遗民之“出、处”境遇做了比较，深刻体味儒佛应对世变之见，有非其时“粹儒”所能想见者：“夫儒者以全道为重，故重其在我，每以‘处’优于‘出’；而佛法以行道为亟，故利存徇物，每以‘出’优于‘处’。（中略）而瞿昙设教，誓入五浊（恶世）；神道应化，不耻乱朝。苟可续慧命，济群品，则举身以徇之，岂同儒者规规然，以洁己为高者？”
其时也确有由儒入释，一往而不返，以衣钵晦迹既久，即嗣法上堂，俨然佛门老宿者。如全祖望所说：“当其始也，容身无所，有所激而逃之。及其久而忘之，登堂说法，渐且失其故吾。”
更有为僧而不屑于稍掩其遗民形迹和心迹者，如祝发为僧仍“谋兴复”的皮熊
，如“但喜议论古今，不谈佛法，每及先朝则掩面哭”的咒林明大师
。遗民虽出家仍不忘复故国，此全祖望所谓：“易姓之交，遗民多隐于浮屠，其不肯以浮屠自待宜也。”由此不难想见其时法门百态。
深入考察遗民逃禅的心迹和思想依据，盖可溯自晚明以来儒佛两家共同“会通儒释”乃至融贯“三教”的学思趋向。吴伟业说“唐宋之讲学儒释分，而我明之讲学儒释合”，且以为“得乎儒释之合而探其原”，是值得追求的学术目标。由此，明清易代之际法门名宿也循袭儒释融会之风气。如黄宗羲记汉月法藏与士人，“说《论语》《周易》，凿空别出新意”
；徐枋称道弘储继起：“何其深有合于圣人之道也！”
方以智更是致力于会通三教，他家学渊源，深通《周易》之学，而披缁后的学术取向则以《易》理通乎佛氏，又通乎老庄，每语人曰：“教无所谓三也，一而三，三而一者也。譬之大宅然，虽有堂奥楼阁之区分，其实一宅也。门径相殊，而通相为用者也。”
钱穆在给余英时《方以智晚节考》所作的序文中，论及方以智三教合一之说，指出“此乃晚明学风一大趋向，然亦可加分疏”，“至如密之（方以智），则逃儒归释乃其迹，非其心也”。
由此而知，会通固然是在优容与严辨儒佛分际之夹缝中采取的态度和路向，但更显真知灼见的还是黄宗羲“学儒乃能知佛”，不失为真正的儒佛融通之学术命题。如其所谓唯儒者能究佛学底蕴，“昔人言学佛知儒，余以为不然。学儒乃能知佛耳”。他甚至认为，“自来佛法之盛，必有儒者开其沟浍”，“万历间，儒者讲席遍天下，释氏亦遂有紫柏、憨山，因缘而起。”其所撰钱启忠墓志铭说：“道非一家之私，圣贤之血路，散殊于百家，求之愈艰而得之愈真。虽其得之有至有不至，要不可谓无与于道者也。”
黄宗羲于此强调，明末士大夫之学道而“类入宗门”者，尽有“以忠义垂名天壤”，然而仍不能以此而模糊了儒佛分际。“夫宗门无善无不善，事理双遣，有无不著，故万事瓦裂。恶名埋没之夫，一入其中，逍遥而便无愧怍。诸公之忠义，总是血心，未能融化宗风，未许谓之知性。后人见学佛之徒，忠义出焉，遂以此为佛学中所有，儒者亦遂谓佛学无碍于忠孝，不知此血性不可埋没之处，诚之不可掩吾儒真种子，切勿因诸公而误认也。”
明末清初遗民之皈依佛教、遁入空门，其“亦僧亦儒”的形象和儒佛融合的思想归趣，不仅给佛国世界注入了一剂强心针和一股新鲜血液，使儒学“血性”获得了渗入佛学的最佳心理氛围与思想基因，从而使中国思想文化史上长达千余年的儒释道三教融合达到了一种全新的境界，并使佛教与文人士大夫的关系也出现了一种前所未有的新气象。尽管黄宗羲等儒者仍然斤斤于强调儒佛分际，但他昭示世人佛门诸公之忠义总是不可掩埋的吾儒血心、血性之体现。其中感人至深者，当数遗民僧的“以忠义作佛事”，虽未载入官方史册，但在僧史之中彪炳千秋，熠熠生辉。
易代之际僧人与士人的患难与共，僧人的“忠义感激”，并非激于一时意气，而是渊源有自。宋代大慧禅师的名言“予非学佛，而爱君忧国之心，与忠义士大夫等”，明亡之际士人对此耳熟能详。紫柏真可怒斥侍者不哭忠义，至欲推堕崖下，则是明代法门的著名故事。明亡以后，一部分明官宦子弟甚至宗室成员，削发为僧者大有人在。如八大山人、石涛、石溪、渐江，均以擅画著称，被称为清代“四大画僧”
。这些遗民僧人寄情诗画，别树一帜，内藏中锋，笔墨雄豪，自有世外风韵。然遗民僧中更有倡“以忠义作佛事”者，其事迹光辉穿越历史尘埃而豪迈今古。其中荦荦大者，如临济宗法藏系下弘储继起
，曹洞宗天然函昰一系
，分别吸引、凝聚了吴地和岭南的遗民群；而金陵觉浪道盛一支，门下有药地愚者（方以智）、笑（一作啸）峰大然等，亦都是儒佛兼通的饱学之士，且是能尽忠尽孝大义凛然的节操义士。饶宗颐先生曾言及：“明季遗民遁入空门，一时才俊胜流，翕然趋向。其活动自江南迤至岭南，徒众之盛，实以金陵天界觉浪上人一系与番禺海云天然和尚一系最为重镇。”
天然一系为当时大量的岭南遗民所依止。天然弟子今辩所作的《天然行状》曰：“师生平古道自持，壁立千仞，提倡纲宗，眼空今古，婆心为物，至老不衰。……吾粤向来罕信宗乘，自师提持向上，缙绅缝掖，执弟子礼问道，不下数千人，得度弟子，多不盛纪。尤喜与英迈畅谈，穷其隐由，以发其正智，于生死去就，多受其法施之益。即一阐提，与自负奇才而不可一世者，见之无不心服。”
天然函昰一支，至清康熙年间（1662—1722）仍宗门常盛。其中建树卓著者当推在南粤与赣北弘法的“十五今”，即起芸今盌、乐说今解、仞今今璧、海云今湛、梵音今音、性因今释、石鉴今贶、来机今再、广慈今摄、记汝今帾、自昭今诏、诃衍今摩、虫木今无等人，由此可见天然法门之兴盛。其法门中遗民之盛委实不假，而其以忠孝节义垂门，亦可以说是一个不争的事实。《天然和尚年谱》曰：“顾天然虽身处方外，仍以忠孝廉节垂示及门。迨明社既屋，文人学士，缙绅遗老，多皈依受具，一时礼足凡数千人，创立海幢、海云、别传诸刹，呜呼！何其盛哉也。”
觉浪门下，遗民甚众，笑峰倪嘉庆、药地方以智，最为著名，笔者将于下文作专论。顺治五年（1648），觉浪曾以论道书中有“我太祖皇帝”等字，为忌者所告，系狱一年。后辩以其书作于崇祯间，牢狱始解。
觉浪嗣法曹洞宗，而五宗并举，三教并弘，与其高足方以智晚年会通三教之旨同。觉浪法名道盛（1578—1657），别号杖人，住金陵天界寺，与明盂、弘储并以忠孝名天下。觉浪道盛与愚庵明盂、继起弘储等禅师之“并以忠孝名天下”的重要标志，乃在于当时三人门下皆收容了众多决不仕于清的亡明遗民，忠贞不忘复兴故国，坚守志节以明大义。
正因为如此，觉浪和弘储等皆遭牵连而受牢狱之灾，方以智等也遭清廷密捕而最后死于惶恐滩。
弘储退翁师承明末著名的三峰宗祖师汉月法藏，因住苏州灵岩而常称为灵岩退翁和尚，实际是一位寓忠孝于佛理、儒释融通的遗民僧。徐枋自称为弘储“白衣弟子”，他说：“惟吾师一以忠孝作佛事，使天下后世洞然明白，不特知佛道之无碍于忠孝，且以知忠孝实自佛性中来。或曰：吾师之以忠孝作佛事，可得闻乎？沧桑以来二十八年，心之精微，口不能言。每临是讳，必素服焚香，北面挥涕，二十八年直如一日。”
明亡国破后，每逢国难之日，退翁和尚二十八年如一日，“必素服焚香，北面挥涕”。其人对故国忠贞如斯，且以保护士人为道义责任，故其门下亦多有遗民聚集。张有渔、熊开元均系其弟子，丁日昌《明事杂咏》遂有“大丞相与大司农，左右灵岩侍退翁”之句。
全祖望言曰：“丙戌以后，东南之士，濡首没顶于焦原，相寻无已，而吴中为最冲。退翁皆相结纳，从之者如市，辛卯竟被连染，……”辛卯即顺治八年（1651），舟山之役，甬士殉难者无数，退翁和尚当时开法天台，与木陈和尚“同遭白简”，“赴鞫东瓯，庭决大杖归”。
弘储为法忘身，一以忠孝作佛事，虽毁衣出世，仍刻刻与众生同休戚，世出世间，古罕其伦。国变以后，所交游者多为深明大义而具节操之遗民故老。南都覆，东南豪杰，累谋兴复。师偕檗庵竭节殚谋，广为结纳，卒受祸难，“台邑图形，杭都画影”，险遭不测。檗庵，法名正志，即熊开元，字鱼山，明天启五年（1625）进士，甲申变后，参与吴日生部军事，起义吴江，后入闽辅唐王，隆武元年（1646）起为随征东阁大学士。汀州破，隆武帝被执，愤而披剃，隐匡庐、南岳间，弘储招至灵岩，以忠节相砥砺。当此之时，世网高张，法门亦正多事之秋，弘储身入汤火，无所辞避，或戒之，则曰：“忧患得其宜，汤火亦乐国也。”每与诸方往还，言及续慧命，寄道统，则义形于色，谓“使真宗不坠，虽此身碎为微尘，犹为幸甚！”临事耻苟免，履危能饰躬。康熙甲辰（1664），黄宗羲上灵岩，弘储和尚为召文秉、徐枋、周子洁、邹文江、王双白等吴中名士集于天山阁，犹痛论国事，以春秋大义相勉。
檗庵正志忠昭日月，义薄云天，他的道德文章，勋猷气节，为后世所推重。南都覆灭，山河残碎，他披缁逃禅，终老林泉，“身草野而心朝廷，居闾巷而志社稷”，用泪和血谱写下了可歌可泣的《击筑余音》等光辉篇章。其诗云：“谱得新词叹古今，悲歌击筑动知音；莫嫌变征声凄切，要识孤臣一片心。”檗庵的忠节风操并未因逃禅而在佛门中泯灭，自从上了灵岩，为维持法道，启迪人心，担荷如来慧命，他不惮辛劳，处处以身作则。其前半生居官数十年，过惯了优裕生活，可自入缁门，即克勤克俭，悃愊无华，一反往昔尊荣。一条布被盖二十多年，一件衲袍补了又补，衣服也是自己洗。晚年，他更加精勤佛道，梵修弥笃，于灵岩传临济正宗，法幢所至，如老将登坛，壁垒旌旗皆变，非精忠不灭，昼夜精勤，行解超然，曷可臻此？明隐士徐枋有诗赞曰：“昔在朝端现凤麟，后归法苑称龙象；过余土室何殷勤，自谓当仁诚不让。”
明末清初僧家文献史料中对遗民僧之忠义志节多有讴歌。牧云《懒斋别集》卷六有《与木陈书》，评曰：“古人弘法罹难，何代无之？如石门、栖贤、觉范，皆英伟奇杰之人，自经世患，而光明愈赫赫难掩。苟不经世患，又谁见其英伟奇杰也！”陈垣于此说，“言虽如此，然大难当前，非养之有素者，鲜不张皇失措”。故全祖望所撰《退翁第二碑》曰，辛卯之难，寺中星散，南潜“独负书策杖入山，以是尤为时所重”。陈垣以为，“即此可见，世变之来，宗门不能独免，虽已毁衣出世，仍刻刻与众生同休戚也”。当宗门罹祸时，士人的皈佛亦诚勇壮之举，颇为时论所重。而佛门“失节于中途”者则为僧俗两界所鄙，也就不难想见了。木陈应诏入京，气焰煊赫，在时人眼中正如得新朝宠遇的失节遗民。僧家因“修行不密”见知于当道，亦如遗民的避世不远，终坠世网，均被目为节操问题。明清易代之际，乃中国历史上士人殉节现象最突出的时代。
钱穆在给余英时《方以智晚节考》一书所作的序文中说：“晚明诸遗老之在清初，立节制行之高洁，成学著书之精严，影响清代两百六十年，迄今弗衰。”
佛教在清初能维持一段兴盛，清中叶后走向衰落，其中一个重要原因就是明清易代之际大量遗民遁入佛门，披剃为僧，为佛教注入了“血心”“血性”，凸显了遗民僧在世变事难中的感召力，并有力提升了僧团的整体文化素质。而当清代统治逐渐巩固，并且采取了多种吸引士人的机制，一切又恢复到社会从前那样的状况，精英士子都走读书取仕的道路，法门冷清再度出现。乾隆中，明遗民凋零已尽，一般士人作为社会精英大都疏离佛门，亲近佛教者亦多为在家居士学佛，“非不愿出家为僧，实乃可依止之师僧无多”。而至晚清，佛教僧徒流品芜杂，寺庙又几成为游民托足之所，至此佛教更形衰颓。然经此佛教之兴衰演变，也可知佛教之真髓血脉矣。