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宗镜宗书下开清代曹洞宗寿昌、云门二系。宗书（1500—1567），字小山，号大章，俗姓李氏，顺德府南和县人。少时聪慧出众，十岁入学，即通大义，十五岁至本郡开元寺，投钿和尚座下薙发出家，二年后往太行山中闭关。二十岁时慕文载禅师道风，前往少林寺投其门下。随侍八载，尽得洞上宗风，得印可。正德十一年（1516），嗣宗统，为曹洞第二十九世。初住嵩山少林，嘉靖丙申十五年（1536），自少室迁北京宗镜寺。嘉靖二十五年（1546），宗镜祖示寂。曹洞宗统止于是年。继其法席者，为少室润。告香入室者，二百七十人。
嗣法弟子有少室润、廪山忠、隐庵进、大方迁风玄、天然佐五人。少室润，传清凉念、无言道、智空睿、鳌谷银、无疑信五人。廪山忠，传寿昌经一人。清凉念，传云门澄一人。寿昌经，传博山来、东苑镜、鼓山贤、黄龙谧四人。无言道，传少室喜、金山肇二人。云门澄，传苕溪彻、明因怀、佛日方、愚庵盂、东山澓、弁山雪六人。博山来后有雪关訚、檀度密、华首独、金陵严四人。东苑镜传天界盛一人。鼓山贤传鼓山沛一人。
曹洞宗在明中叶主要在北方少林一带弘传，少林法系中高僧辈出。其中有宗镜小山禅师法嗣蕴空常忠、幻休常润等人，将法脉延衍于长江以南，师徒相续，连绵兴盛，成为明中叶后江南曹洞宗的两大法系。其一是洞宗从宗镜书往下传至二代，由廪山常忠传寿昌慧经，开出寿昌系；传至三代，由少室润传清凉念，清凉念再传云门澄，开出云门系。
常忠（1514—1588），字蕴空，建昌府（今属江西抚州）常氏子。少时习儒，稍长致力研究姚江良知之学。转至少林寺参学，投小山禅师，久受钳锤。继随小山禅师改住北京宗镜寺，服勤三载，深得玄理，得印可。其后南下，返回建昌，起初在一僻处静修，后至新城（今江西黎川）癝山结茅习禅，长达二十余年。期间，与罗汝芳、邓元锡二人交谈性命之学。“间拈《金刚》《圆觉》，发挥宗门大意，及举向上事，剖决良知，扫除知解，皆超出情见。”常忠有感于“当嘉、隆间，宇内宗风，多以传习为究竟”，因而“疾时矫弊，志欲匡”。慧经投至门下，始说法传徒，倾心调教，尽囊而付，使无明慧经成为继其之后的一代宗师。
清代曹洞宗延续明代的法脉余绪，寿昌祖庭在江西新城，云门祖庭在浙江绍兴，在明季并称为曹洞宗的中兴道场。入清之后，以无明慧经代表的寿昌系与湛然圆澄代表的云门系下，名匠辈出。如博山来、东苑镜、鼓山贤、愚庵盂、天界盛等人，都是清初活跃的禅门大德。磬山和尚与灵岩和尚书曰：“寿昌、云门，真不忝为曹洞中兴之祖，有统系，无统系，而洞宗的旨，敢不尊崇？东苑隐德深潜，得栖霞（道盛）而大阐。”
江南曹洞中兴寿昌系因慧经弘法于新城寿昌寺而著名。寿昌慧经为明末曹洞宗一大元老，其下出博山元来、永觉元贤、晦台元镜三大宗匠，江南曹洞法脉遂得大兴。
慧经（1548—1618），字无明，崇仁（今属江西）裴氏子。少时聪颖，九岁入乡校，即问何为“浩然之气”。二十一岁偶读《金刚经》，如获故物，由是断荤酒决志出家。遂投癝山礼常忠禅师，执侍三载，知有教外别传之旨。于是，转往峨峰（在江西黎川）结庐潜修三年。一日，闻僧问：“如何是道？”答曰：“大好山。”因而疑情顿发。八月中的一天，因掘石忽裂而大悟，作偈曰：“欲参无上菩提道，急急疏通大好山。知道始知山不好，翻身跳出祖师关。”数日后返回癝山，呈偈常忠禅师，受具戒，许入室，得印可。出世入住宝方寺（系曹山本寂禅师卓锡别院），数年之中，苦心经营，重建禅堂。继入住新城寿昌寺，驻锡十多年，百废俱兴，雄姿再现。又建别庵下院二十余所，法筵盛开。数十年间，慧经潜心传禅，“足迹不履城隍，竿牍不近豪右。日惟随众作务，众未及田，师（慧经）已荷先至，虽栉风沐雨，亦无倦意”。万历四十六年（1618）正月十七日，圆寂于寿昌寺，塔葬寺侧山旁。寿昌慧经的法嗣有博山元来、晦台元镜、鼓山元贤等，各振一方，皆成为明末著名的曹洞宗师，继而形成寿昌一系。寿昌系法派二十八字如下：
慧圆道大兴慈济 悟本传灯继祖光
性海洞朗彰法忽 广弘行愿证真常
其门徒代相传承，直至清代末年。祥符荫曰：“寿昌门下，博山来、黄龙谧、鼓山贤等，皆敬严法道，风韵孤高。住山三二十年，座下常数百众，本色键椎，而不轻易许可。噫，古德风规，安可复见于今日也？”
1.博山元来
元来住江西博山，其道大行。门下出宗宝道独、栖壑道丘、星朗道雄等人，分传曹洞禅法于岭南和江北。道独门下出剩人函可（1611—1659）与天然函昰（1608—1685）等。函可以弘法罹难，充配沈阳，开法于千山。天然为广东一大宗匠，明朝亡后，遗民士子多从他披剃。道丘（1586—1658）开山鼎湖，其法系弘赞、成鹫等，皆一时名德。道雄（1598—1673）住安徽庐江冶父寺，鼓扬洞上宗风，著有《教外直指》。
元来（1575—1630），字大舣，号无异，舒城（今属安徽）沙氏子。少时习儒，十六岁于金陵瓦官寺听讲《法华经》而向佛。遂到五台山，投静安通和尚出家，习修天台止观。后参慧经禅师于寿昌寺，受慧经之嘱，苦参深究“看藏身没踪迹”之话头，见人上树而大悟，得印可，授以心法。万历三十年（1602），主博山能仁禅寺（今江西广丰）法席。天启七年（1627），入主福州鼓山涌泉寺。苦心经营至初见规模时，元来将其交徒住持，迁驻金陵天界寺。崇祯三年（1630）秋，博山元来和尚寂于本山能仁禅寺，其法脉兴盛，名声远播。有《无异元来禅师广录》35卷、《博山无异大师语录集要》6卷等流传。
博山元来门徒甚众，如长庆道独、雪
道奉、古航道舟、瀛山智訚等人，皆成为明末至清代南方曹洞宗大师，弘法于赣、粤、浙、闽等处，后人称之为慧经禅师寿昌一支的博山法系。此系的法派20字曰“元道弘传一，忞光照普通，祖师隆法眼，永播寿昌宗”，可见其对寿昌祖师之尊从，博山法系遵此立法号，代相延承，传至清末。祥符荫曰：“博山虽未分明付授，然雪关訚出世于瀛山，嵩乳密阐化于檀度，空隐独开法于罗浮，竹山严韬迹于独峰，皆拈香承嗣，而法脉未湮。盖博山秘重密严，而訚等久亲实证，各有所得，不敢辜负。非今之承虚接响者，能借口而望项背也。”
曹洞法脉延伸到广东的一支缘自宗宝道独（1599—1660），字宗宝，号空隐，广东南海陆氏子。29岁，游访至博山，礼元来禅师，获印可。先后住长庆寺（在江西庐山）、罗浮山华首台，继迁福建雁湖寺。明亡之后，返粤中，驻锡海幢寺，寂于寺内。有《空隐集》《宗宝法语》等传世。法嗣有祖心函可、天然函昰、木人弘赞等人。
函可（1611—1659），字祖心，号剩人，广东博罗韩氏子。出身于官宦世家，父曰缵，官至礼部尚书。函可自幼习儒，却无意功名。父殁后，即投庐山长庆寺道独和尚出家，久得印可。明崇祯末，入金陵迎请《藏经》，挂单于栖霞寺。时值清兵攻占金陵，洪承畴奉旨征江南，函可被执，以诗相讽。遂谪迁辽阳千山朝阳寺。在千山，函可力弘禅法，聚被谪明臣结“冰天诗社”。出家众有五至七百紧随左右。世人誉之一生“七坐道场，全提直指，绝塞罕闻，称佛出世”。圆寂后，有《剩人禅师语录》传世。
函昰（1608—1685），字丽中，法号天然。祖籍广东南雄，后迁至番禺。俗姓曾，谱名起莘，号瞎堂。少习儒典，明崇祯六年（1633）中举，后赴京应试路过庐山，偶参道独和尚，初闻佛法，颇契入。崇祯十二年（1639）冬，弃仕至庐山归宗寺投道独和尚出家。次年随道独和尚迁住广东罗浮山华首台，潜心禅修，精进不止，久得印可，开曹洞宗华首系，其下法派兴盛。其法脉传承28字曰“道函今古传心法，默契相应达本宗，森罗敷演谈妙谛，祖印亲承永绍隆”。不久，其俗世全家父母妻儿弟弟媳妇等俱入空门。崇祯十五年（1642），改锡海云寺，法筵盛开，弟子不下百人。清顺治十年（1653），入主庐山栖贤寺，鼎新寺宇，重肃寺规。五年后，功成而退，回住广东罗浮山华首台。后移住广州海幢寺、丹霞山别传寺等处。康熙二十年（1681）应南康知府廖文英之请，再主庐山归宗寺法席，道居后，迁住金陵报恩寺。有《瞎堂诗集》《楞严直指》等作传世。
2.永觉元贤
元贤（1578—1657）重兴福州鼓山，法嗣为霖道霈继之，讲学刻经，颇为曹洞生色。顺治丁酉十四年（1657）十月十七日，福州鼓山元贤永觉和尚寂。元贤住山三十年，道望孤高，未尝轻易许可一人。所著有《寤言》《补灯》《继灯》《禅余内外集》，共80余卷行世。戊戌十五年（1658），为霖霈和尚继住鼓山。道霈参永觉贤20余年，得其法。嗣住鼓山，20余年，海内瞻依，以为东南一大法窟。有《餐香录》《圣箭堂共古》诸录行世。
3.东苑元镜
元镜（1577—1630），字晦台，号镜如、湛灵，闽之建阳冯氏子。少时性喜游侠，成年后折节向佛。明万历三十二年（1604）剃发脱俗，潜心参究《楞严经》而有省。继至宝方寺（今属江西南城县）参访慧经禅师，精研《维摩经》，再读《圆觉经》，至“急水滩头快打球”，疑窦释然，即呈偈曰“识破不值半文钱，可怜摸索几多年。宗流尽是欺心汉，说甚祖师别有禅”，得印可，嗣寿昌经。万历四十七年（1619），弘禅于建阳东苑。泰昌元年（1620），择武夷山中石屏山肇建一枝庵，开坛说法，风韵孤峻，道筵极盛，后被尊为“武夷第一代禅祖”。崇祯三年（1630）示寂，仪部黄端伯铭其塔。门下出觉浪道盛，开法于金陵天界寺，为清初曹洞宗一代宗师。觉浪门下法嗣盛大，有竺庵大成、无可大智、啸风大然、石潮大宁、同岑大灯等。
绍兴云门一系，创自湛然圆澄，其势力颇足与临济的天童一系相颉颃。后以镇江焦山为重要传法中心，传承至今。
圆澄（1561—1626），字湛然，号散水道人。会稽（今浙江绍兴）夏氏子。10多岁即充邮卒。20岁出家为僧，受戒后往参隐峰禅师，以“谁”字为话头，连续三昼夜，初有省。继而苦参三载，看乾峰和尚“举一不举二”话头，方得彻悟。万历十九年（1591）于风涂谒慈舟方念禅师，得印可。出世开法于会稽广孝寺、径山万寿禅寺、嘉兴福城东塔寺。
自万历四十二年（1614）以后的30余年，圆澄相继驻锡于会稽云门显圣寺和天华寺，登坛说法，力弘曹洞宗风。以其修持严谨，法门深邃，法筵盛开，听众常盈数千。得其髓者有近百人，绵延传承，自成云门一系。著述有《宗门或问》《慨古录》各一卷，《湛然圆澄禅师语录》八卷等传世。以其业续卓著，被人们誉为与寿昌慧经禅师齐名的“明代江南曹洞宗中兴祖师”。
圆澄门下出石雨明方、三宜明盂、瑞白明雪等人，在清初均为云门系著名宗匠。明方门下的远门净柱、位中净符，明盂门下的俍亭净挺、西遁净超，明雪门下的百愚净斯等，亦都是名闻遐迩的禅宿。而位中净符撰《祖灯大统》多受非议。