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雍正十三年八月二十三日（1735年10月8日），清世宗猝然崩逝，引起了人们的种种猜测和疑虑。京城之内一时谣言四起，人心浮动不安。雍正十三年九月初三（1735年10月18日），皇太子弘历于太和殿即皇帝位，以次年为乾隆元年。新即位的乾隆，早已看出先帝雍正晚年热衷于讲论佛法，在一定程度上损害了他的声誉。于是，立即颁发数道谕旨，先清理与雍正生前有过密切接触的僧人，命令七旬高龄的文觉禅师徒步返回江南，由地方官严加稽查、管束；同时又严厉警告文觉禅师及其他僧徒，此后不准妄言世宗生前所言，如发现打着世宗招牌在外招摇不法，定按国法和佛法加倍治罪；并收缴僧人手中所藏的世宗御书及朱批等件。
乾隆帝（九月）谕曰：
佛法以明心见性、兴善能仁、舍贪除欲、忍辱和光为本，而后世缁流竟借佛祖儿孙之名，以为取利邀名之具，奸诈盗伪，无所不为，以致宗风颓败，象教衰微，此皆不肖僧徒贻之咎也。我皇考聪明睿知，天纵多能，而于性宗之理洞晰精微，深通奥妙。万几余暇每召见僧衲，指示提撕，冀其勉力参悟。俾佛教广有传人，以为劝善去恶之一助，此大慈悲父觉世之苦心也。乃数年以来，真能领会圣训者甚少，皇考尝为叹息。今陆续散出于外，其间品行不一，难保无借端生事之人。如昔年世祖章皇帝时，木陈忞大有名望，深被恩礼。而其所著《北游集》则狂悖怪谬之语甚多，至其夸张恩遇处尤为庸鄙。又玉琳国师弟子骨严（岩）行峰著《侍香纪略》一书，更为诞妄荒唐，供人喷饭，已蒙皇考特降严旨查出销毁。此中外所共知者。前事可鉴，朕不得不留心申饬，著该部传旨通行晓谕，凡在内廷曾经行走之僧人，理应感戴皇考指迷接引之深恩，放倒身心，努力参究，方不负圣慈期望之至意。倘因偶见天颜、曾闻圣训，遂欲借端夸耀，或造作言辞，或招摇不法，此等之人在国典则为匪类，在佛教则为罪人，其过犯不与平人等。朕一经察出，必按国法、佛法加倍治罪，不稍宽贷者。
与雍正帝生前关系密切者莫过于文觉，此外就是参与雍正宫中法会的“沙门羽士”中三“超”僧人，乾隆八年（1743），乾隆帝也毫不留情地对他们进行了严惩。懋勤殿档有乾隆八年闰四月颁发谕旨一道，略云：“昔我皇考雍正十一年八月内，以玉琳、䒢溪法嗣不昌，命超善、超鼎、超盛三人嗣䒢溪后。十三年闰四月，又续以超海、超源、超广、超成四人嗣之。乃超善者，忽于今年潜至京师，船插黄旗，书写‘奉旨进京’字样。事发，查得超鼎等来往字迹，有谓‘法道凌夷’，有谓‘天语稀闻’，又谓‘道不同不相与谋，当此时只宜退不宜进’，种种怨望之言，难以枚举。甚至超海畏罪自经，羞辱法门已极。伊等有何性急？不过俗情尘状，以帝王外护为荣。如此污浊心行，可惜皇考当年一番眉毛拖地。夫必以帝王、宰官之隆重，为佛法之兴，是何佛法耶？！当日玉琳、䒢溪在皇祖时，僧行峰纪录内廷语言，以为世荣，皇考深恶其人，斥出玉琳派下，此已行之成例也。今超善、超鼎、超海等而下之，诈称诏旨，大妄语成，怨恚绝望，贪嗔并发，甚至破佛戒律，自戕其身。每将皇考时承恩之处，夸耀于人，漏泄禁中言语。学为诗文，以结纳士大夫，显悖皇考当日圣训。兹三人者在佛法为宗门之败种，在世法则为梗化之顽民，皇考若在今日，亦必重治其罪。为此特晓示天下宗徒，并令超善、超鼎、超海斥出䒢溪派下，不得叙入‘超’字辈内。在京在外诸紫衣僧，须以三人为戒。特谕。”
乾隆帝即位后，一方面清理与雍正生前有直接接触的僧人，注意维护雍正崇佛的声誉，免使他们在外面“夸耀恩遇”，打着雍正的旗号招摇撞骗，这对当时安抚人心、稳定大局和巩固新君的统治地位具有积极作用；另一方面就是着手清厘僧道，整顿佛教。仅仅在世宗驾崩后一个月的雍正十三年九月二十三日（1735年11月7日），乾隆帝命僧众仍给度牒。情愿出家之人，必须给度牒方准披剃。随后，又命地方官清查寺庙斋田，编入册籍，禁止售卖。又禁擅造寺观神祠，欲兴建者，必呈明督抚，具本奉旨，方准营造。乾隆帝谕礼部曰：
历代僧人披剃，有给予度牒之制，所以稽梵行、重律仪也。我世祖章皇帝于顺治八年停其纳银，仍给度牒；迨圣祖仁皇帝康熙初年，并给发度牒亦经停止。盖其时僧徒尚未甚多，又当玉琳国师、䒢溪禅师主持法席，相继振兴之余，犹知共循遗规，故不给度牒亦属可行。近日缁流太众，品类混淆，各省僧众出家修道者百无一二，而愚下无赖之人游手聚食，且有获罪逃匿者窜迹其中。是以佛门之人日众，而佛法日衰。不惟参求正觉、克绍宗风者寥寥希觏，即严持戒律、习学小乘之人亦不多见。蔑弃清规，徒增尘玷，此其流弊将不可胜言。
朕崇敬佛法，秉信夙深，参悟实功，仰蒙皇考嘉奖，许以当今法会中契超无上者朕为第一，则并无薄待释子之成见可知。特以护持正教之殷怀，不得不辨其薰莸，加之甄别。著该部仍行颁发度牒给在京及各省僧纲司等，嗣后情愿出家之人必须给度牒方准出家披剃。仍饬府州县等衙门严查僧官、胥吏，毋许借端需索，扰累僧徒，违者从重治罪。尔部即遵谕行。
清初沿袭明制，仍严格限制寺院兴建与僧尼出家的人数，对僧籍和寺庙管理十分认真。顺康雍百年间一直通过发放度牒来掌控天下僧尼数量，虽然在是否纳银给牒问题上有过摇摆，但基本上对度牒制沿用不替，且主要实行由官方无偿给牒制。
从以上乾隆帝谕旨不难看出，导致佛教情况复杂而难以掌控的缘由，不只是僧尼数量的问题，更主要的是“品类混淆”的问题。如乾隆所说，真正出家修道的百无一二，相反，有不少游手聚食之徒乃至获罪逃匿者窜迹其中，非但不参求正觉，反而蔑弃清规，以致“佛门之人日众而佛法日衰”。乾隆有鉴于此种流弊，在酌复给度牒基础上又强调要区分僧众品类，使有志于修行者，永守清规。故于同年十一月初六日（12月19日）特颁谕旨，命甄别僧道，并谕礼部曰：
四民之中，惟农夫作苦自食其力，最为无愧；庀化八材以利民用，非百工莫备；士则学大人之学，故禄其贤者能者；至于商贾，阜通货贿，亦未尝无益于人，而古昔圣王尚虑逐末者多，令不得衣丝、乘车、推择为吏，以重抑之。今僧中有号为应付者，各分房头，世守田宅，饮酒食肉，并无顾忌，甚者且畜妻子。道士之火居者亦然。夫一夫不耕或受之饥，一女不织或受之寒，多一僧道即少一农民。乃若辈不惟不耕而食，且食必精良；不惟不织而衣，且衣必细美，室庐、器用、玩好，百物争取华靡。计上农夫三人肉袒深耕，尚不足以给僧道一人，不亦悖乎！
朕于二氏之学，皆洞悉其源流，今降此旨，并非博不尚佛老之名也。盖见今之学佛人，岂独如佛祖者无有，即如近代高僧，实能外形骸清净，超悟者亦稀；今之道士，岂独如老庄者无有，即如前世山泽之癯，能凝神气怡养寿命者亦稀。然苟能遵守戒律，焚修于山林寂寞之区，布衣粗食，独善其身，于民无害也。今则不事作业，甘食美衣，十百为群，农工商贾终岁竭蹶以奉之，而荡检逾闲，于其师之说亦毫不能守。是不独在国家为游民，即绳之以佛老之教亦为败类，而可听其耗民财、溷民俗乎？
乾隆帝一方面以应付僧、火居道士等窃佛、道二氏之名，而无修持之实，甚至作奸犯科，难于稽查约束；另一方面认为农夫终岁辛劳，自食其力，于四民之中最为无愧，僧道不耕而食，不织而衣，耗费民财，多一僧道，即少一农民。因此认为僧道不可不接受约束。故命各省督抚饬州县按籍稽查，除名山古刹、收接十方丛林，及虽在城市而愿受度牒、遵守戒律、闭户清修者不问外，其余房头应付僧、火居道士，皆集众面问，愿还俗者听之，愿守寺院者亦听之，但身领度牒，不得招受僧徒。所有资产，除量给还俗及留寺院者为衣食计，其余归公，留为地方养济穷民之用。命该部详议道士亦给度牒之法。
雍正十三年（1735）十二月，礼部议复僧道给予度牒一事具奏，乾隆帝认为其“虚文多而实际少”，并没有真正领会他的意旨。于是又发上谕：“朕之谕令清查僧道者，并非博不尚佛老、屏斥异端之名也。盖僧道之中有应付、火居二种，借二氏之名而作奸犯科，肆无忌惮，恐将来日流日下，更无所底止。是以酌复度牒之法，辨其薰莸，判其真伪，使有志焚修者永守清规，而市井无赖之徒不得窜入其中，为佛老之玷。此乃培护二氏法门之深意，望其肃清严整。若朕有沙汰僧道之心，则何不降旨勒令伊等还俗，而乃酌复度牒之制，慎加甄别，有何为乎？且礼部议称，度牒一张交银三钱，夫交官者虽仅三钱，而本人之所费恐十倍于此矣。此等之人亦吾赤子，朕忍歧视而使之不得其所乎！僧有宗门、教门、律门之分，皆遵守戒律清净焚修者，即应于此中选择僧录司，以为缁流之领袖，或亦可行。至于应付僧徒，皆令受戒给予度牒，若不愿受戒者勒令还俗。此事礼部所议多有未备。”
从此谕来看，乾隆对下情非常了解，态度也十分明朗，他强调僧道“亦吾赤子”，此举非有沙汰之心，“乃培护二氏法门之深意，望其肃清严整”。故此命王大臣会同九卿定议具奏，若有以此举为多事，无益僧道而徒滋烦扰者，亦准奏闻请旨。
上述乾隆谕本来专门针对应付僧、火居道士而言，至于名山古刹、闭户清修者并不过问，然而由于传述错误，“资产归公”之事引起了僧道们的普遍恐慌。于是，乾隆元年（1736），其再谕：“乃闻外省传述错误，一切僧道皆有惶惑不安之意，恐将资产归公，遂尔弊端百出。有将已身田宅诡寄他人户下希图藏匿者，有谋嘱书吏分立花户诡名以多报少者，有减债速求售卖变银入橐者，且有局外匪类从中借口索诈者。夫此僧道既谋利敛财如是，揆之仙佛之法，乃糠秕稂莠也。即取其私橐归公，以养济穷民，亦何不可之有？天下后世自有公论。但朕之本意，原以天地好生之心为心，一物不得其所，如己推而纳之沟中。此庸愚无知之僧道，亦天下之一物耳，朕何忍视同漠外？况朕先所降旨甚明，原以护持僧道而非有意苛削僧道。今观伊等情形，是愚昧无知、被人恐吓，而不知原降之谕旨也。”乾隆命该部先行晓谕，去僧道之迷惑，而对应付僧、火居道士之资产重议具奏。“又闻外间有尼僧一种，其中年老无依情愿削发者尚无他故，其余年少出家之人心志未定，而强令寂守空门，往往荡闲逾检，为人心风俗之害。且闻江浙地方，竟有未削发而号称比丘者，尤可诧异，似亦应照僧道之例，不许招受生徒，免致牵引日众。有情愿为尼者，必待年岁四十以上，其余概行禁止。”命将此一并交与王公九卿会议妥议具奏。
王公九卿会议遵旨议定：嗣后僧录等，令地方官于戒僧内，选择朴实谨慎之人报部充录；道录等，于道士内无家室、实在住庙者，详慎选择充补。其现在受戒僧人、全真道士素守清规、具有保结者，均应颁给度牒。若经僧道等官之手，易滋需索扰累。应行令顺天府、奉天府、直省督抚转饬该地方官，将各僧道年貌籍贯并焚修所在，缮造清册，取具互结，加具印结，申送该督抚汇齐报部，照册给发度牒。仍饬各地方官当堂给各僧道收执，遇有事故将原领度牒追缴，如有改名更替，或借名影射，及私行出家者，皆照违制律治罪。至于应付僧人，令该地方官传集面询，果系实心出家情愿受戒者，给予度牒；不愿受戒者，即令还俗，编入里甲为民；若老迈残疾，既难受戒，又难还俗者，查实亦给予度牒，许其看守寺庙，以终天年。又如深山僻壤寺庙，僧人不能远出受戒，及俗家并无所归者，亦姑给予度牒，仍别注册，永不许招受生徒。至在京各省道士，果无家室实心住庙焚修者，给予部照，毋庸给牒；火居道士则勒还俗；如有年老别无营运者，亦暂给予部照，永不许招受生徒。其尼僧一项，亦照僧道之例，愿还俗者听其还俗，无归者亦暂给予度牒，不得招受少年女徒；嗣后妇女有年未四十出家者，该地方官严行禁止。至各寺庙所有资产免其稽查，以省纷扰。颁发牒照所需纸板工价等项，均于户工二部支取，岁终奏销。又覆准：年少沙弥、道童，察其果无父兄可依者，暂留寺观，造册备案，年至二十不愿受戒，及二十以内力能谋生愿还俗者听。至年少女尼，不准暂留庵庙，惟四体偏废、五官缺陷及实无所归者，照原题内僧道残疾之例，暂行给牒，以赡余生。
乾隆元年四月初六日（1736年5月16日），礼部议复：清厘僧道，莫善于给度牒。请令顺天府、奉天府、直省督抚转饬该地方官，于文到三月内将现有僧道，清查造册，取具印结，汇齐到部，发给度牒；嗣后情愿出家者，必请给度牒，方准簪剃受戒；火居道士俱令还俗；尼僧不能还俗者暂给度牒，嗣后妇女必年逾四十，方准出家。得旨依议。不久又规定，从乾隆二年（1737）开始，各省每年将发给度牒实数及事故开除者，详细造册报礼部。礼部于岁终汇题。至于番僧给牒，亦照此例行。
到了乾隆二年，各直省长官仍有错会乾隆意旨者，乾隆帝不得不再行谕令直省督抚妥善办理给僧道度牒一事，谕曰：
朕前后两颁谕旨，明切晓示，冀督抚有司办理妥协。昨问及安徽巡抚赵国麟，据伊奏称，有此一番澄汰，嗣后便可不必再给度牒等语。朕不知赵国麟之意，将以度牒为多事滋扰而不必给耶？抑谓释道之教应行禁绝，而嗣后毋庸给发，遂永不许人为僧耶？恐直省督抚未必能如是精明强固，不动声色，遂使天下无一僧道也。
夫朕之酌复度牒，本以僧道徒众太繁，贤愚混杂，其中多童稚孤贫，父母亲戚主张出家而非其所愿者；亦有托迹缁黄利其财产，仍然荡检逾闲者；甚至匪类作奸犯科，不得已而薙发道妆以避逋诘。藏垢纳污，无所不至，是以给发度牒，令有所稽考。一如民间之有保甲，不至藏奸；贡监之有执照，不容假冒。果能奉行尽善，则教律整饬，而闾阎亦觉肃清，岂欲繁为法禁，苦累方外之民耶！
夫释道原为异端，然诵经书而罔顾行检者，其得罪圣贤，视异端尤甚焉。且如星相、杂流及回回、天主等教，国家功令原未尝概行禁绝。彼为僧为道，亦不过营生之一术耳。穷老孤独多赖以存活，其劝善戒恶，化导愚顽，亦不无小补。帝王法天立道，博爱无私，将使天下含生之类，无一不得其所。僧道果能闭户焚修，亦如隐逸之士遁迹山林，于世教非有大害，岂必尽驱还俗，使失业无依，或致颠连以终世哉！至于少年为尼，恐心志未定，别生事端，故待年已老成，始许披剃，亦非尽绝其教也。若云僧道多一人，则尽力南亩者少一人，恐目今为僧道者，未必皆肯尽力南亩者也。
朕令直省督抚年终汇题，即欲徐徐办理之意，亦并非为目下禁绝人之为僧道也。赵国麟此奏误会朕意，他省督抚恐尚有似此者，故再行申谕。务体朕抚育群生、物各得其所之意，详细妥议，徐徐办理。又前年以民间喜建寺庙，而旧时寺庙倾圮者多，特谕止许修葺旧寺庙。近闻旧址重修者绝少，间有新建寺庙者，地方官并不将朕谕旨宣布开导，此亦奉行不谨、怠忽从事之一端也。
乾隆帝既再三晓示酌复度牒之本意，又进一步对各直省办理度牒事加以具体指导。如乾隆三年（1738）议准：直省僧尼道士颁发牒照，宜预筹清厘之法，俾有成数可稽。现在应付、火居人等，止给本身牒照，不准招受生徒，庶牒照止有缴销而无续增。按例应招生徒之道，亦必年逾四十始许招徒一人；所招之人在其师原领牒照上，由地方官注明年貌、籍贯及簪剃年月，用印钤盖，取五人具结存案；师故之后，牒照次第相传，不必别给。该州县岁终汇报该抚，该抚随五年审丁之期，别具清册报礼部。如所招之人身有过犯，应还俗问罪者，即于其师牒照内除名，不准其师补招。若该徒无过病故，准其报明地方官，再行续招，即于牒照内注明，以防影射。若其师犯罪，应追缴牒照撤销，所招生徒愿意还俗者听，不愿还俗而投别师者，也要牒照注明。现有牒照不得隐匿，不得私相授受，均责成僧道官实力稽查，地方官不时查核。如有隐匿、影射情弊，将僧尼道士勒令还俗，治以顶替假冒之罪；僧道官容隐者，斥革还俗，仍照违令律笞责；地方官不行察核者，照失察例罚俸三月。僧道等年未四十而招受生徒，或招受不止一人者，照违令律笞责；僧道官容隐，罪同失察，夺俸。
乾隆四年（1739），定不准新发僧道牒照。对本地和外地情愿出家投师者做出规定：该师将所招之人报地方官，查明年貌、籍贯，并取具邻族地保且无过犯，甘结存案。对于远来投师之人，住持必须呈报地方官，咨取原籍地方印甘各结到日，方准簪剃。又覆准：应付僧、火居道士内有老迈残疾及深山僻壤、俗家无可归者，令地方官查明牒照，即大书“不许招受生徒”字样，钤盖印信。又议准：嗣后民间独子，概不许为僧为道，严饬地方有司明张晓示。倘有故犯，家长及受徒之僧道，均照违制律问拟；僧道勒令还俗，僧道官一并斥革。其现在僧道内如有独子出家、宗祧绝继者，除老迈残疾不能还俗之独子外，其例应还俗者听其自首还俗，将牒照缴销，违者照例治罪。
该年六月初三（7月8日），乾隆帝对不准新发牒照加以说明，谕军机大臣，令其密信各督抚渐次裁减僧道。谕称：往昔帝王之治天下，每有沙汰僧道之令，诚以缁黄之流品类混杂，其间闭户潜修严持戒律者百无一二，而游手无籍之人借名出家以图衣食，且有作奸犯科之徒畏罪潜踪幸逃法网者，又不可以数计。“夫一夫不耕或受之饥，一女不织或受之寒，天下多一僧道即少一力作之农民。若辈不耕而食，不织而衣，且甘食美衣，公然以为分所应得，不知愧耻，是以上农夫三人肉袒深耕之所入，而不足以给僧道一人之用。既耗民财，复溷民俗，在国家则为游民，在佛老教中亦为败类，诚不可听其日引日多而无所底止也。惟是此教流传已久，人数繁众，一时难以禁革。是以朕令复行颁给度牒，使目前有所稽查，将来可以渐次减少，此朕经理之本意也。今礼部颁发各省度牒已三十余万张，领牒之僧按例只准招徒一人，合师徒计算则超过六十万人。但朕查外省官员情形，不过循照部文，敷衍了事，盖未深知朕渐次裁减之本意。尔等可密寄信与各督抚，令其徐徐留心，使之日渐减少，需以岁月，不在取毕于一时。若官吏奉行不善，致滋扰累，则又不可。”
乾隆五年（1740），《大清律例》告成，刊布全国。
本年谕：“僧道亦穷民之一，朕不忍概从沙汰，故复行颁给度牒，使有所核察。今礼部颁发牒照已三十余万张，而各省缴到者尚少，是或仍事因循，仅奉行故事，则甚非朕所以禁游惰、勤力作之本意矣。命各省督抚留意，善为经理，并于岁终将所减少实数具奏。”乾隆七年（1742）覆准：直省僧道由礼部在岁终将所减实数奏闻，令各省督抚缮写黄册进呈，另造清册送部察核。如此形成两册循环清厘制，逐年册籍井然可稽，所有随五年审丁之期造册报部之例，即行停止。乾隆八年（1743）覆准：直省有未曾领牒照之僧道，游手托名，经查明曾经过犯，即勒令还俗，编管为民；若素无过犯实心出家者，准令投师传牌，别款附册，年终奏报。至于外来投歇、验无牒照者，许令住持报地保邻甲，呈官驱逐回籍。若违例私自容留，犯案事发，将住持僧道分别治罪，地方官徇隐者议处。
乾隆十年（1745）五月，乾隆帝命军机大臣寄信各督抚，从宽裁汰僧道。谕称：数年以来，各省所报册籍多寡不同，自因本地僧道多寡不同之故。但止有沙汰之数，而未有续收之数，是有裁而无收也，亦非朕当日办理此事之意。古圣人之严辟异端者，因其有害于政教，今之僧道不过乡里无依之贫民，窜入空门，以为糊口计，岂古昔异端之可比，而能为政教之害耶？若果去一僧道，即多一力田之农民，则善政也；但朕复思之，彼游手坐食之人，既为僧道，习于安闲，若迫令改业，受手胼足胝之劳苦，其势有所不能，不过市井中添无数游惰生事之辈耳。反不如收入寺观，尚可羁縻。“是以朕前原有渐次裁减之旨，不可听其引而日盛。若缁黄之属必应尽汰无遗，则朕从前又何难降旨，全行禁革，不事姑容乎？尔等可将朕意寄信与督抚，令其善为体会，转饬所属，从宽办理。若伊等错会朕意，以为崇高佛老，则又非矣。”
乾隆十八年（1753）覆准：聚众为匪之案多由奸邪僧道主谋，平时煽惑愚民，日渐酿成大案。令该地方文武各官查照元年、四年议准僧道牒照，确取保结，详咨授受顶给之定例，实力奉行。如遇公事之便，就近亲至庵庙寺观细加体访，务使奸宄之徒不能混迹僧道，以消患于未萌。如文武官仍视为具文，以致藏奸匿匪。煽惑愚民，酿成逆案，一经发觉，将该地方官及该管上司并武职各官，皆照不能察缉奸民例，分别议处。再僧纲、道纪等司乃专管僧道之人，僧道如有为匪不法等事，即应随时稽查举首，如坐视不问，瞻徇隐匿，别经发觉者，将该管僧纲、道纪照知情故纵逆犯本律，分别已行、未行定罪。若止失于稽查，并无徇纵情弊，亦当咎其平日不能约束，坐以不应重律，杖八十。