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对于雍正朝的历史贡献，史家没有多大的争议，而对于雍正帝与佛教的关系则褒贬不一，迄今尚无定论，仍有许多问题值得深入探讨。
其一，雍正帝讲佛论法不同凡响，其核心理论是“三教同源”。
雍正御极后10年间不言佛事，据其自述，一则政务冗繁，无暇骛外；二来“恐天下臣民不知朕心者或起崇尚佛教、轻视政事之疑”，这大体如实。至雍正十一年（1733），政局大定，一再颁发佛学谕旨，其中最注目者为三教同源论。“三教同源”思想，明代儒佛人士已多所阐发，雍正熟读经史，尤涉内典，深造而自得，形成自己一套理论。他说：“朕惟三教之觉民，理同出于一原（源），道并行而不悖。”“朕以持三教之论，亦惟得其平而已矣。能得其平，则外略形迹之异，内证性理之同，而知三教初无异旨，无非欲人同归于善。”于此，他不厌其烦举例证明：
夫佛氏之五戒十善，导人于善也；吾儒之五常百行，诱掖奖劝，有一不引人为善者哉？”“古人有曰：周孔六经之训，忠孝履其端；李老二篇之言，道德创其首；瞿昙三藏之大，慈悲为其本。事迹虽异，理数不殊，皆可崇可慕者。”“又有曰：以佛治心，以道治身，以儒治世。又有曰：佛之言性与诸书同，圣人同其性，则广为道德，人能同诚其心，同斋戒其身，同推德于人，则可以福吾亲，可以资吾君之安天下。又有曰：人谓释氏惟务上达，而无下学，不思释氏之六波罗蜜，由禅定而到彼岸，岂非下学上达之旨乎？又有曰：天下无二道，圣人无两心。盖道者先天地而生，亘古今而常存，圣人得道之真以治身，以其绪余土苴治天下国家，岂不大哉！故圣人或生于中国，或生于西方，或生于东夷、西夷，生虽殊方，而其得道之真，若合符契，未始殊也。
雍正帝胪列以上种种，意在说明“三教虽各具治心、治身、治世之道，然各有所专，其各有所长、各有不及处，亦显而易见”。他表示自己“于三教同原（源）之理探溯渊源”，乃“公其心而平其论。令天下臣庶，佛仙弟子，有各挟私心、各执己见、意存偏向、理失平衡者，梦觉醉醒焉。故委曲宣示，以开愚昧”。由此他特谕：凡有地方责任之文武大臣官员，“当诚是朕旨，加意扶持出家修行人，以成大公司善之治”。又强调说：“世言儒佛道三教各有所宗，究之三教之用虽殊，而其体则一。盖古近只此一理，其立教者大抵皆生知上哲、超越等伦之人，如吾儒之五帝、三王、先圣、先师，如释道之佛老，皆性地通明、全体莹彻，皆洞烛至理之精微元妙者。是以言性言心，曰中曰一，无不吻合，但各就所见，为之阐发流传，以牖民觉世。”雍正强调三教形迹虽殊，但道出于一，这个理论并不新鲜，然而他热心提倡，不无政治作用，或者说赋予了它新的内涵和意义。譬如他说圣人生地，虽中土、西方、东夷、西夷有别，但得道之真，则若合符契未始殊也。这与他在《大义觉迷录》卷一中主张华夷无殊类似：“盖生民之道，惟有德者可为天下君。……我朝既仰承天命，为中外臣民之主，则所以蒙抚绥爱育者，何得以华夷而有殊视？……不知本朝之为满洲，犹中国之有籍贯，舜为东夷之人，文王为西夷之人，曾何损于圣德乎？”由此可见，雍正主张三教同源，有针对性地驳斥华夷之辨的排满思想因素，间接也在申辩满洲统治中原的合法化。
其二，雍正帝好佛不废政事，而忌佛门中人“好干世法”。
雍正好佛体现在许多方面，最好的体现是他晚年刊刻了多种佛学著作，这在历代崇佛的帝王中是不多见的。除了《御选语录》和《拣异辨魔录》外，还有《经海一滴》《宗镜大纲》两种。《御选语录》，他不仅躬自编纂，而且亲手书序。内中有永明禅师最为伊倾倒，《宗镜大纲》即为雍正对永明著100卷《宗镜录》的精编。永明著有《宗镜录》和《万善同归集》，前者系集门下英哲之士，汇合中土印度佛经及圣贤著作编纂而成，以万法唯心统领一切宗教；后者融合儒佛禅净，唱万善同归、禅净合一，与万法唯心相呼应。此等思想正与三教同原论相合，因此雍正推崇不已。上文雍正令地方文武大臣官员要诚心领会他提倡的三教同原之旨，“加意扶持出家修行人”，那是因为出家人修行的佛道与圣道“异体而同用”，“可以资吾君安天下”，“牖民觉世”，但若出家人贪慕世荣，“好干世法”，雍正则毫不留情予以抑制。检阅雍正十一年（1733）数道御旨，表明均为僧道而发，实际上多牵涉政事。如玉琳与木陈在顺治朝并受礼遇，雍正一则扬之升天，一则抑之入地，因玉琳摒绝虚荣，与皇帝尽为谈禅谈玄，“语不及古今政治得失、人物臧否，惟以第一义谛启沃圣心”，绝不干世事。而木陈则稍参世法，所著《北游集》内，“乖谬之语，不堪观阅”；还山之后，夸耀恩遇，欺世盗名。又玉琳有徒骨岩行峰著《侍香纪略》，记其恩遇，亦被雍正认为语多冒昧，犹如“梦中呓语”，“荒唐诞妄之处不可枚举”，以致雍正命礼部行文各省，“将《北游集》《侍香纪略》及圣祖皇考巡幸时僧衲记载之书，其中除讲论佛法外，凡有书写时事，虚妄捏成，夸耀恩遇者，概行查毁”。“行峰有玷师玉琳秀之教，自行峰以下，其徒众著直省巡抚详细查明，尽令削去支派，向后永远不许复入祖庭。现在开堂说法者，即摘钟板，另选玉琳下别支承接。”
前文提到雍正帝参禅透三关时，曾褒奖章嘉国师而深抑迦陵性音，但此乃雍正十一年追记时语，当年却曾恩礼性音，予以封赠，并将其著作编入大藏。对此，雍正解释说：“迦陵性音频想接见，当日听其言论，于正知正见不可言无，而情性好干世法，其行履未能贴实。是以朕御极时谕令归隐，盖恐其于法门无益也。越数年间性音圆寂，朕以时下宗徒类多谬参法席，不达佛旨，较之性音更为远逊，如是将伊敕部赐议追封禅师，又因昔伊开堂说法，为禅众所称，想其语录自能裨益佛教，因亦谕令入藏。朕即位后十年来办理政事，于释典一函一轴实未曾披阅，近日方经详悉观览性音之所著述，较之从言铨知解边荐取者，不无稍优，而含糊处不少，惟露一己之爪牙，甚失指接人之婆心，似此究未彻底利生之作，何可以为人天师范？朕从前失于检点，亦性音辜负朕恩处。”
性音最终还是被雍正削去所赐封号，语录则从大藏撤出。雍正好佛而不为缁衣眩惑，他对性音的批评着眼于其“好干世法”，正与贬斥木陈、行峰相同，这就是他高明之处。至于《拣魔辨异录》为雍正力作，他对法藏、弘忍辈的批判，思想宗旨上的鞭挞是主因，骨子里还是恶其“好干世法”。如他贬斥法藏弘忍辈：“惟以结交士大夫，倚托势力，为保护法席”；“惟务吟诗作文，以媚悦士大夫，舍本逐末，如是居心，与娼优何异！”“当日魔藏取悦士大夫，为之保护，使缁徒竞相逐块，遂引为种类。其徒至今散步人间不少，宗门衰坏，职此之由。朕今不加屏斥，魔法何时熄灭？！”
其三，雍正帝深明禅学，不惜帝王尊而挽救宗风颓落。
雍正不惜帝王之尊而以禅门宗师自居，汲汲于挽救宗风之衰颓。雍正自陈：“朕居帝王之位，行帝王之事，于通晓宗乘之虚名何有？”雍正深明禅学，他自叙对禅学已“深明此事”而要“不惜话坠，逐一指明”，其用心实在可嘉。他对不肖僧道和狂参妄作之徒的严声呵责，并对当时禅门弊风所做的揭露和抨击，也在在中的，振聋发聩。如说：“朕意禅宗莫盛于今日，亦莫衰于今日。直省刹寺棋布，开堂秉拂者不可胜计，固莫盛于今日也。然天下宗徒，不特透得向上一关者罕有其人，即能破本参，具正知见者，亦不多得。宗风如此，莫衰于今日也。今溥天之下，万刹万僧，万僧万拂，师以盲传，弟以盲受，人人提唱宗乘，个个不了自心，岂不使正法眼藏，涅槃妙心，垂绝如线？”“若以此为振兴佛教，续佛慧命，与毁佛灭法何殊？甚至名利熏心，造大妄语，动称悟道，喝（呵）佛骂祖，不重戒律，彼此相欺，卖拂卖衣，同于市井。将佛祖之慧命，作世谛之人情，虽窃有佛祖儿孙之名，并无人天师范之实。”
鉴于禅门踏空的流弊，他要求佛教走向宗、教、禅、净融合的道路，进而在三教关系上主张异用同体，并行不悖，致君泽民。尽管他指出的方向不一定是他的创造发明，但由于他带有威权性的强调，对后世的佛教走向确实产生了深远的影响。