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雍正做皇帝一共13年，前10年中基本上是在尽“人王”之责，我们可以回想他在雍正二年（1724）六月召见在京传教士说明中国禁教理由时所说的一句话：“现朕既登皇位，朕唯一之本分，是为国家而治事。”但雍正超越常人的地方是他的驾驭能力极强，在生命的最后3年，他为“法王”的角色也做了冲刺。这表现在他富有计划性地展开各项佛教事业：编语录、斋僧道、开法会等等。
据雍正帝自述，编纂语录过程中阅读到圆悟和法藏之争，勃然而怒，于是写了《拣魔辨异录》加以声讨。然而，雍正不只在文字上大力批判“魔忍父子”，而且还动用皇权灭绝法藏一派，命令各省有司将其开除出“祖庭”，撤去其钟板，削去其宗支，销毁其著书。这就难怪后世说他不惜以帝王之尊干预僧争，臧否禅门大德。但联系其他因素综合来看，雍正这样做，除了抱有深隐之政治目的外，可能还在于他试图针对禅门现状而提倡佛学圆融思想，主张儒释道三教融合，佛教诸宗一致，禅宗五家一味，并主张整肃禅门弊风，鼓吹净土法门（师法云栖祩宏）。而其以帝王之权威提倡融合思想和念佛法门，不惟给当世禅门很大激励，而且对近世佛教迈向净土亦影响甚深，这也是不容置疑的事实。
雍正帝在这3年里对佛教的态度及其致力于佛教事业的功过得失，已有不少学人做了褒贬互见的评价。引人注目的是，圣空法师在《雍正的佛教政策与事业》中如是评论：“自清朝在关外时期开始接触佛教到入关后的顺康时期将近百年，此一时期，清廷的佛教政策从延续明律到逐渐修改与新增的过程中，反映佛教有不同明朝时期的发展与转变。而雍正对于顺康时期的佛教政策，几乎是全盘接收，举凡建寺护僧、亲撰碑文、赐封号等等。若是顺治、康熙曾巡幸的寺院，雍正更加以注重那些寺院的维护。尤其是顺治所景仰的玉琳琇国师门下法嗣所驻锡的寺院，雍正还特颁上谕，督促官员注意寺院的修缮。此外，雍正在最后三年，则致力于佛教政策与事业方面，其公开度与盛大的情况，是清朝开国以来前所未有的，只可惜仅有短短的三年，但雍正对佛教事业的用心，值得称赞。”
据研究，雍正晚年的佛教事业主要有三项：一是编语录并刻藏；二是斋僧道、开法会与传皇戒；三是修缮护持寺庙。兹先对雍正晚年的佛学著作内容及其思想略加述评，然后再阐述其他两项佛教事业，以揭示雍正晚年的佛教态度和心境。
雍正少年时即喜读内典，在读书时，将自己喜欢的文章编辑成《悦心集》，里面所选多是看透世事、任情放达的文章。如《醒世歌》曰：“南来北往走西东，看得浮生总是空。天也空，地也空，人生杳杳在其中。日也空，月也空，来来往往有何功？田也空，地也空，换了多少主人翁。金也空，银也空，死后何曾在手中？妻也空，子也空，黄泉路上不相逢。”据载，早年雍正也曾作《破尘居士录》，但终未刊刻行世。雍正晚年著述，刊刻者有四种最为著名：雍正十一年（1733）编成刊行《御选语录》19卷和《拣魔辨异录》8卷；继十二年（1734）刊行延寿和尚《宗镜录》大纲100卷后，他又于十三年（1735）精编而成《宗镜大纲》20卷刊行；同年又精选20种佛经，编成《经海一滴》6卷刊行。这几种著作基本反映了他的思想渊源和佛学造诣。
雍正十一年四月初一（1733年5月14日），编成《御选语录》，作《御制总序》。该文中，雍正帝自言其学佛经过及编纂用意，他称编此语录是为向众人指明“正法眼藏”“透三关之理”，使民物得安，不被邪魔蒙蔽。他开宗明义说：“朕膺元后父母之任，并非开堂秉拂之人，欲期民物之安，惟循周孔之辙。所以御极以来，十年未谈禅宗。但念人天慧命，佛祖别传，弃双眉拖地，以悟众生，留无上金丹，以起枯朽，岂得任彼邪魔瞎其正眼，鼓诸涂毒，灭尽妙心？朕实有不得不言，不忍不言者。”雍正自陈：“阅从上古锥语录中，择提持向上，直指真宗者，并撷其至言，手为删辑。（中略）其他披览未周，即采掇未及，非曰此外无可取也。”而他选录的这么多大善知识，“实皆穷微洞本，究旨通宗，深契摩诘不二之门、曹溪一味之旨。能使未见者得无见之妙见，未闻者入不闻之妙闻，未知者彻无知之正知，未解者成无解之大解。此是人天眼目，无上宗乘”。“至于净土法门，虽与禅宗似无交涉，但念佛何碍参禅？果其深达性海之禅人，净业正可以兼修，于焉随喜真如，圆证妙果。云栖莲池大师，梵行清净，乃曾参悟有得者，阅其《云栖法汇》一书，见论虽未及数善知识之洞彻，然非不具正知正见，如着相执有者之可比拟，亦采其要语，别为一卷，以附于后。兼此净土一门，使未了证者，建菩提道场，已了证者，为妙觉果海，途路之助。”
《御选语录》共19卷，分正集、外集、前集、后集四类。其正集中采用了13位禅师的语录，依次为僧肇、永嘉觉、寒山、拾得、沩山佑、仰山寂、赵州谂、云门偃、永明寿、雪窦显、圆悟勤、玉林琇、䒢溪森；而以道教祖师紫阳真人张平叔之《悟真篇》及自己与人问答言句编为《圆明居士语录》加入正集，收录于第12卷；外集则采云栖莲池大师语录；前集、后集则采达摩以下历代禅师之语录；最后把他即位之后在内廷与王大臣参究禅理举行法会而集成的语录，亦编为一卷名曰《御选当今法会》，附于《御选语录》卷十九。由此而知其编次之意：正集中以张平叔与诸禅师并列，以示紫阳之由道入释，调和释道二教；而于诸禅师前特冠以罗什门下之僧肇，最后又附入云栖莲池要语，其旨趣盖有调和宗、教、禅、净之深意。近人蒋维乔于此有评说：雍正既喜研禅理，又极提倡净土，“盖鉴于禅门空洞之弊，而欲矫正之，示学人以脚踏实地之修行也。其于净土祖师，特提莲池大师，以为模范”
。雍正本人在云栖语录序文中对他的编辑意趣也有说明：“达摩未到梁土以前，北则什公弟子，讲译经文；南则莲社诸贤，精修净土。迨后直指心传辉映震旦，宗门每以教典为寻文解义、净土为着相菩提，置而勿论，不知不觉，话成两橛。朕于肇法师语录，已详言宗、教之合一矣，至于净土之旨又岂有二？”“曹溪十一传而至永明寿禅师，始以净土提持后学；而长芦、北涧诸人，亦作净土章句。及明莲池大师，专以此为家法，倡导于浙之云栖，其所著《云栖法汇》一书，皆正知正见之说。朕欲表是净土一门，使学人宴坐水月道场，不致歧而视之，误谤般若，故择其言之融会贯通者，刊为外集，以示后世。”
雍正十一年（1733）四月初八佛诞日，雍正帝为刊行《拣魔辨异录》8卷特颁上谕，载于卷首，并作序言。谕曰：“佛祖之道，指悟自心为本。是此说者，名为正知正见，用之以利人接物，令人直达心源，方得称佛祖儿孙。所言外道魔道者，亦具有知见。因其妄认识神生死本，以为极则，误认佛性，谤毁戒行，所以谓之外道魔道。”“朕览密云（圆）悟、天隐（圆）修语录，其言句机用，单提向上，直指人心，乃契西来的意，得曹溪正脉者。及见密云语录内，示其徒法藏辟妄语，其中所据法藏之言，骇其全迷本性。无知妄说，不但不知佛法宗旨，即其本师悟处，亦全未窥见。肆其臆诞，狂世惑人，此真外魔知见。所以其师一辟再辟，而天隐修亦有释疑、普说以斥其谬。然当日魔心不歇，其所著述，不行即毁。如魔嗣弘忍，中其毒者，复有《五宗救》一书，一并流传，冀魔说之不朽，造魔业于无穷。”雍正帝在此直接将法藏鞭挞为“外魔”，而其法嗣弘忍则为“魔忍”，虽有辟之者而“有德无位”，不起作用，故魔说肆行。“天下后世，具眼者少，不知其害，即有知而辟之者，有德无位。一人之言，无征不信，将使究竟禅宗者，怀疑而不知所归。而传染其说者，将谓禅宗在是，始而起邪信，继而具邪见。起邪信则正信断，具邪见则正见灭，必至处处有其魔种，人人承其魔说，自具之性宗不明，而言条之枝蔓肆出。今其魔子魔孙，至于不坐香，不结制，甚至于饮酒食肉，毁戒破律，唯以吟诗作文，媚悦士大夫，同于倡优伎俩，岂不污浊祖庭？若不剪除，则诸佛法眼，众生慧命，所关非细。”“朕为天下主，精一执中，以行修齐治平之事，身居局外，并非开堂说法之人。于悟、修何有？又于藏、忍何有？但既深悉禅宗之旨，洞知魔外之情，灼见现在魔业之大，预识将来魔患之深，实有不得不言，不忍不言者。”
法藏与圆悟同是明末江南的著名禅僧。圆悟传法26年，言满天下，王公大臣皆自远趋风。他以“即事而真”为指导思想，以“棒喝交驰”教授学徒，突出“日应万缘而不挠其神，千难殊对而不干其虑”的禅风。圆悟示寂后，钱谦益为撰塔铭。法藏拜圆悟为师，但以直承北宋觉范（惠洪）的《临济宗旨》自居，以“危言深论，不隐国是”，为士林所敬。从现存的言论看，他主张“但了凡心，别无圣解”，把着衣吃饭、嬉笑怒骂都看作禅的表现；以为人心即是“两端”，不参穷富善恶，不可得悟。这类观点与圆悟显然不同。当他作《五宗原》，阐发觉范对禅宗五家分宗的新说时，立即引起圆悟的驳难，由此开展了两家的争论，并延续到他们死后的清代初年。法藏的禅思想得到黄宗羲等明末遗民的赞赏。法藏著《五宗原》，于崇祯元年刊行。圆悟去信，言书中有离经叛道处。法藏弟子弘忍为捍卫乃师观点，著《五宗救》。圆悟曾著《辟妄救略说》5卷，斥弘忍言论为异端邪说。
至是，雍正编著《拣魔辨异录》，摘录《五宗原》和《五宗救》两书内容，指出其谬误，并下令禁毁之。上谕中称圆悟“其言语机用，单提向上，直指人心，乃契如来之意，得曹溪正脉者”。而法藏之言则“全迷本性，无知妄说”。雍正帝又以帝王之威对法藏一系实行排斥，谕各省督抚详查：“天下祖庭系法藏子孙开堂者，即撤钟板，不许说法；地方官即择天童下别支承接方丈。”同年四月初十日，又谕：“法藏、弘忍辈惟以结交士大夫，倚托势力，为保护法席计。士大夫中喜负作家居士之名者受其颟顸，互相标榜。”“况乃不结制，不坐香，惟务吟诗作文以媚悦士大夫，舍本逐末，如是居心，与倡优何异！若此，则将来佛法扫地矣。”
雍正把死去近百年的法藏重新提出作思想鞭挞，敏锐的学者洞察清帝复杂的心态，认为这一事件颇具政治意义。
他们由上谕中透露的消息，看出雍正介入宗门僧争并不是出于纯粹的佛学争论——雍正批判法藏弘忍辈为“邪魔外道”，表面是为维护所谓的“诸佛法眼”“众生慧命”，而其实争论的背后，有着深隐的政治原因：“这就是在法藏系下，多有明末遗民逃禅者，他们多怀故国之思，多有忠义之士，这就不能不遭到清统治者的注目，必欲尽除之而后安也。”
雍正一再声称，他对佛教禅宗之旨有深刻了解，洞察“魔”外之情，因而自己的任务就是去邪扶正，息邪说以正人心。为此，他借干预圆悟和法藏两派的争论，镇住了法藏派，从而打击了明末清初遁入“空门”而怀有“故国之思”的明遗民，真可谓手到功成，一箭双雕。
也有学者联系清刻《大藏》来进一步说明雍正编撰《拣魔辨异录》和《御选语录》的政治目的，认为这是雍正“在诗文经义题目上大兴文字狱，血腥镇压叛逆后，又继续企图在佛教领域内进行思想镇压了”；雍正的这两部书一破一立，实则要给佛教制定一个合乎其统治利益的政治标准。如雍正在《御选语录》中特别指责那破除偶像崇拜的“丹霞烧木佛”公案，“实为狂参妄作”。他辩论说：据丹霞之见，木佛之外别有佛耶？“若此，则子孙焚烧祖先牌，臣工毁弃帝王位，可乎？”又对于另一则公案“一古德殿前背佛坐，又一古德入殿向佛唾”，雍正也加以指责道：此等见解与丹霞同。“当日但问此二狂徒，你道除此殿中佛，尚别有何佛？此等无稽魔说，何堪提倡书录挂齿？”故此，雍正不管“其言虽皆数千百年以来人人之所提倡，其人虽皆数千百年以来人人之所推崇”，其“公案皆古今丛林中日日所举似者，朕悉不录”。他宣称这是“禀觉王令，黜陟古今”。
对雍正编《御选语录》和《拣魔辨异录》，除了从上述政治角度来洞察外，也有人从单纯佛教角度来解读的，如蒋维乔在其名著《中国佛教史》中论及雍正之参禅时，委婉地说：“帝盖鉴于明末禅门党同伐异之弊，徒在知见上逞机锋，而忘却向上一着，故慨乎言之。观《御选语录》后序中性音劝帝研辨五家宗旨，帝谓五家宗旨，同是曹溪一味，不过权移更换面目接人，可知帝乃不承认有五家之区别，而主张五家一致之说者。其驳弘忍之《五宗救》，特就门户之见最甚者斥之耳。”蒋维乔由此进一步用雍正上谕说明他主张三教一致说，谕云：“粤稽三教之名，始于晋魏，后世拘泥崇儒之虚名，遂有意诋黜二氏。朕思老子与孔子同时，问礼之意，犹龙之褒，载在史册，非与孔子有异教也；佛生西域，先孔子数十年，倘使释迦、孔子接迹同方，自必交相敬礼。（中略）后世或以日、月、星比三教，谓某为日，某为月，某为星，朕意不必如此作拘碍之见，但于日月星之本同一光处，喻三教之异用而同体可也。观紫阳真人之外集，自可无疑于仙佛一贯之旨；道既一贯，愈可以无疑于三教并行不悖之理。爰附及于此，使天下后世，真实究竟性理之人，屏去畛域，广大识见，朕实有厚望焉。”
于此，蒋维乔总结说：“由上言之，可知帝更主张三教一致之说者。以《史记》孔子问礼于老聃之故事，引证儒道二教之根本相同，并引隋李士谦以佛比日、以道比月、以儒比五星之说而修正之，此亦宋明以来三教合一论之影响，而帝之主张，更为鲜明也。”
诚然，要弄清雍正编语录的真正旨趣，应把《御选语录》和《拣魔辨异录》两书联系起来读，而不能割裂开来。对这两部语录，雍正确实是一立一破，精心组织。《御选语录》着眼于立，故以选录历代禅宗名师语录为主，同时也特别表彰明代云栖大师袾宏的净土法门。雍正在每卷语录前都有亲撰序言一篇，计有20余篇，其中充分反映了他对佛教的一些基本看法。如在禅宗方面，他强调五家宗旨同是曹溪一脉；在禅教方面，则强调宗教合一，特别是禅净无二；进而在儒佛道三教关系上，他认为“三教之异用而同体”，倡导三教一致，并行不悖。
在雍正看来，三教皆能“致君泽民”，“三教之觉民于海内也，理同出于一源，道并行而不悖”。而《拣魔辨异录》着力于破，破除其不合乎统治阶级政治标准的“魔外之见”“邪说异端”及“叛逆”思想等，以维护和巩固其统治秩序，这其实也是他继承顺治、康熙以来一以贯之的在佛教思想领域实行“崇正黜邪”的方针政策。总的来看，这两部著作贯穿了雍正的一个基本的思想，即以“崇儒重道”思想作为统治思想的同时，要充分发挥佛道二教“阴翊王道”的作用。为此，他以君主的威权，既倡导佛教内部各宗派的一致，又提倡儒释道三教同源论，这无疑给清代佛教的生存和发展指明了方向。
清代官版藏经之刊行，始于雍正时代。雍正十一年（1733），特开藏经馆，延请博通教义的僧人于北京贤良寺校阅编稿。正式开刊始于雍正十三年（1735）二月，至乾隆三年（1738）十二月完成，前后历时4年，史称《龙藏》。内容系据明刻《北藏》本而增入经论义疏及禅宗语录等，凡724函，1670部，7240卷。总理藏经事务者为和硕庄亲王允禄，参加监造、校阅人员共70余人。但雍正未来得及见其刻竣，开刻半年后就去世了。与此同时，雍正帝开展了搜缴民间邪教经卷的行动。江西巡抚奏报收缴邪教经卷情形：到任后，即令各属遍谕乡村，除释道二教经卷外，一应“邪经”，令其归官自首。现赣县、长宁县、乐平县等处民人自首出罗教《大乘经》共二百余卷，俱称系伊先人遗留。十一月二十日，又奏：自遍谕习邪教者抱经自首以来，各县已首缴大乘罗教九百七十部。仍饬再加稽查，务使缴收净尽。次年，江西按察使凌某传示：嗣后如有私习罗教者，为首者照左道异端惑人律拟绞；不行首报之邻佑、总甲人等，均照律杖一百；凡将罗教经典隐藏在家，不行首出销毁者，枷号两个月，杖一百。
雍正在批判“魔藏邪外知见”，动用行政力量解决僧争、肃清禅门党同伐异之流弊的同时，也谕令天下采取直接安抚僧众举措。雍正十一年三月二十七日（1733年5月10日），命十省督抚斋僧道十万人。先是，冬春雨雪稀少，雍正帝“减膳斋居，修省政事”，且于各处立坛祈祷，总未见应。又命京城斋僧道万人，并默许，若蒙天赐甘露，当于各省会斋僧道十万人，“以广仙佛慈恩”。本月二十六日，大雨，四野均霑。本日，谕：著直隶、山东、河南、山西、陕西、江苏、安徽、江西、浙江、湖广十省督抚，各于省城寺观斋僧道一万人，“为朕酬还得雨之愿，以佑直省雨旸时若之举”。四月二十六日，李卫奏：于保定城外灵雨寺斋僧，城内城隍庙斋道，每人素菜一大碗、面馍馍一斤、大制钱一百文，拟于五月初一日开始。本年五月至七月，其余各省相继奏报，情形与直隶大同小异，每省共用银一千两至二千余两不等。
雍正帝于即位前曾与僧道喇嘛多有来往，即位后曾告近臣曰：“朕欲治世法十载，然后开明释法。”至十年后政事渐理，他果然重讲佛法，乃集王大臣、僧道共14人研究佛教禅宗，同时编辑《御选语录》19卷。其第12卷为《和硕雍亲王圆明居士语录》
，第19卷为《当今法会》。据雍正十一年九月十五日（1733年10月22日）为《当今法会》所撰写序文云：“朕自去腊阅宗乘之书，因选辑从上古德语录，听政余闲，尝与在内廷之王大臣等言之。自春入夏，未及半载，而王大臣之能彻底洞明者，遂得八人。”“选刻《语录》既竣，因取王大臣所著述曾进呈朕览者，择其合作，编为一集，锡名为《当今法会》。”雍正帝在宫中举行法会，召集天下有学行僧人参加。他亲自说法，俨然以“宗师”自居，收门徒14人：庄亲王允禄号爱月居士，果亲王允礼号自得居士，宝亲王弘历号长春居士，和亲王弘昼号旭日居士，平郡王福彭号如心居士，大学士鄂尔泰号坦然居士，大学士张廷玉号澄怀居士，左都御史张照号得意居士，文觉禅师元信雪鸿，悟修禅师明慧楚云，妙正真人娄近垣，僧超善若水，僧超鼎玉铉，僧超盛如川。计亲郡王五人、大臣三人、僧五人、道一人。
雍正本人对此法会自有一番感慨：“夫古今禅侣，或息影云林、栖迟泉石，或诸方行脚，到处参堂，乃谈空说妙者，似粟如麻，而了悟自心者，凤毛麟角。今王大臣于半载之间，略经朕之提示，遂得如许人一时大彻，岂非法会盛事！”对经他仅半载点拨而“彻底洞明者”，他也有一番自白性解释：“朕居帝王之位，行帝王之事，于通晓宗乘之虚名何有？况此数大臣皆学问渊博，公忠方正之君子，一言一行，从无欺妄，又岂肯假此迎合，为谄谀小人之事？朕又岂肯莫传口授，作涂污慧命之端？诚以人果于心性之地直透根源，则其为利益自他，至大而至普。朕之拳拳于此，故非无谓而然也。”
雍正十一年（1733）四月十九日，雍正特谕和硕庄亲王等人，告知将于明春“放皇戒”。待雍正十二年（1734）二月十三日，僧众抵达京城，十五日，庄亲王带领宝华山住持僧福聚
引见。雍正谕：“将愍忠寺改为法源寺。”并于二月二十日，命开皇坛传戒。二月十四日，谕庄亲王带领福聚于圆明园引见，赐紫衣四顶，并御制诸经典。雍正上谕：“将宝华山执事僧一百二十众及新受皇戒僧一千八百十九人，每班十人次第引见。”可见雍正对此次朝廷传戒非常重视；而原本欲收1500名僧人，却激增为1800多人，多出300余人，可见受戒僧之踊跃。待四月五日，长达约45天的戒期圆满时，雍正特谕庄亲王等，劝勉新受戒僧众“人人上达，各各了悟”，勿成“佛门罪人”。谕曰：
尔等谕新受皇戒僧人等，夫持律讲经，因为佛制要务，若不明此本性，纵然持律，俱属空虚。必须明了本性，持律是为真持律，讲经是为真讲经，方为克尽持律讲经之道。如宗门更属紧要，彼又不持戒、又不讲经，若不了悟，实为佛门罪人，较之持律讲经之人，更属不可。尔等新受戒众，荷蒙朕恩，得受皇戒。朕期尔等人人上达、各各了悟，方为不负朕恩也。再著询问伊等，如有向上者，情愿入内闭关操持以洞澈为期，朕以本分钳锤，令其透彻；如纵有一知半解，示莫出宫门。如在内居住，而又不能了明此事者，实为深负朕恩之辈，必将原戒追回，仍从重惩治。尔等将情愿入内者，以识字不识字分为两起，在前带领引见，其余随后次第引见。其福聚并执事等十人从优赏赐之处，议奏，钦此。
同年五月初二，担任此次传皇戒的执事僧福聚和尚，恳请庄亲王、和亲王转奏，将其祖庭宝华山三代祖师所著律宗五部编入清刻《龙藏》，福聚的奏言如下：“臣僧念：本山第一代臣僧寂光著有《梵网直解》四卷，二代臣僧读体著有《毗尼止持》十六卷、《毗尼作持》十五卷、《三坛正范》四卷，三代臣僧德基著有《毗尼关要》十六卷，诚乃戒律之楷模，可为苾刍（比丘）之纲领。今蒙圣恩重修《大藏》，敬将三代著述，上恳天慈，收录末学，编入《大藏》，续如来之慧命，作后学之津梁。臣僧福聚，躬阐殊恩，不胜感格之至。”
从雍正所亲撰的碑文当中，不难发现，雍正在晚年所修缮或护持、济助的佛教丛林古刹，大多是顺治所礼遇的玉琳琇一派驻锡之处，或康熙曾巡幸、修缮、赐匾的寺院。尤其雍正还有意护持玉琳琇一派曾驻锡的湖州之报恩寺、磬山之崇恩寺、海会寺等各寺。雍正一方面打压法藏一系宗支，将其永远开除出祖庭，另一方面又对玉琳国师一脉十分关心，不仅把玉琳国师语录收入《御选语录》，敕入大藏，还十分关心玉琳有无嫡系法裔，亲自安排接续玉琳法门的门徒
，并且爱屋及乌，对玉琳曾经住持过的道场也加以精心修缮护持。
雍正十二年（1734）三月二十日，谕知和硕庄亲王、内大臣海望：“实怡居住之报恩寺，实彻居住之磬山，此二处常住，现有无香火养赡？或足用否？著李英即传知隆升、海保，查明奏闻料理。实怡、实彻入院时，著隆升、海保会同地方官，送伊等入院等因，钦此。”同年四月初四日，奉上谕据留保奏称：“湖州之报恩寺，磬山之崇恩、海会等寺工程，将次告竣，三处香火田，具稍不足，工完之日，请用余银增置田亩，俾得接容僧众等与语。报恩寺应增之田，交隆升自称，查得崇恩寺内现有香火田地一百八十亩，丰岁收租，不过百金，遇歉便难足数，今在寺僧众四十余人，养赡已稍不敷，将来开堂接众，寺僧必自增盛。奴才酌量此处应再增二百亩。其海会寺内现有香火田地七十亩，寺僧三十人，养赡亦少，奴才酌量此处应再增田八十亩，中等田价，约共需银一千五六百两。”雍正朱批道：“好！还觉少些，汝可酌量办理，若可小敷用，则不必加增。”
雍正所兴建修缮的佛寺，大多是他所表彰的磬山系玉琳琇一派驻锡之处。可见雍正对其皇祖顺治曾经恩宠的磬山系一派的景仰。其实，雍正对玉琳国师的景仰和推崇，也可从十一年（1733）八月朔日他为玉琳国师语录所作的御制序中得到印证，文曰：
我朝之初居东土也，风俗淳古，实忠实孝，直心直行，历代敬礼佛天，而于僧道，并无不问高下，一概尊敬之事，与蒙古习尚迥殊。我皇祖世祖章皇帝抚有方夏，万几余暇，与玉琳琇、䒢溪森父子，究竟心性之学，一时遇合。盖与黄帝、成汤之事，无二无别，非我朝夙有崇僧之习而然也。朕览玉琳琇父子之书，阐扬宗乘之妙旨，实能利人济世。如杲日在空，迷云顿净；如清钟响夜，幻梦旋消。惠当来龙象于无穷，媲从上佛祖而不愧，用是采辑校刊，传示后世。因念帝王访道于高世之士，乃古圣之盛轨，而自昔世儒，每于二氏限量区别，朕不忍将来者之终懵，而不为之剖析也，故叙其说如左。至于万善殿西苑说法，并奏对机缘，虽载自骨岩《侍香纪略》，但皆佛法中事，非装点夸张妄谬之说，亦玉琳琇扬日月之光华，作人天之眼目处，尚足取者，故采编数则，敬昭皇祖当日之恩遇云。
雍正于此特别拈出，堪值注意者至少有两点：其一，清朝历代敬礼佛天，对僧道并无不问高下，一概尊敬之事，这一点与蒙古习尚迥殊；其二，顺治与玉琳父子一时遇合，犹如古圣帝王访道于高世之士，而自昔世儒“每于二氏限量区别，朕不忍将来者之终懵，而不为之剖析”。雍正的意旨爱憎分明，天童系木陈当年也同样受顺治恩宠，但雍正嫌其著述《北游集》“狂悖乖谬之语甚多”而不喜之，如同《侍香纪略》多“装点夸张妄谬之说”，乾隆帝即位后以此等书籍“干涉时事，捏造言词，夸耀恩遇”，下令督抚密访销毁。
当世禅门有新旧势力之诤，而靠近清朝的新派之中，玉琳和木陈也有微妙差别，陈垣《清初僧诤记》论之甚详，特别提到玉琳借新朝恩宠而纵容门徒霸占善权寺，以致被人报复，寺院遭焚，最后落到仓皇出逃、客死他乡的悲惨结局。直到雍正十三年（1735）朝廷修复善权寺，此一陈年旧案才得以了结。具体查办此案的江苏巡抚高其倬受到雍正嘉勉，称“高其倬原任督抚，为此一案查奏可嘉”。但雍正又认为，高其倬对陈氏家族的惩处还应更严厉些。
雍正于十三年八月二十三日（1735年10月8日）子刻逝世。资料表明，距离其去世前两三个月，他还处理了如下几件有关修缮护持寺院的事项：十三年五月十八日（1735年7月8日），时王士俊奉旨修整河南少林寺，将改建方案绘图奏闻，有旨命其照颁发之图样修建。同日，海保等又因奉旨修葺杭州净慈寺，查勘估工需银七万六千余两，奏闻。有旨命另议。朱批：“岂有动七、八万钱粮修整寺庙之理？大关舆论，使不得。应减可以将就者。”七月初三海保奏：修理净慈寺工程估工料银二万九千八百余两。