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“会昌法难”之后，牛头宗作为一个禅宗宗派瞬间衰落，并逐渐湮没于中国佛教历史长河中。然而，牛头禅思想并未随着牛头宗的消失而在唐末及以后禅佛教发展过程中沉寂无闻。相反，牛头禅思想以其他存在形式继续在中国禅佛教史上发挥其作用和影响。如上所述，牛头禅与南宗禅之间存在诸多关联。牛头禅的思想，对禅宗尤其南宗禅的发展，产生了重要影响。牛头禅与南宗禅多方面的相似性关联，尤其是牛头禅与石头禅的高度契合，说明牛头禅思想除了依附于牛头宗这一禅宗宗派的形式而发展外，还跳出牛头宗宗派的局限，渗透于南宗禅之中，继续影响着唐末以降禅佛教的发展。正如印顺法师所说：“在禅宗的发展中，牛头宗消失了，而它的特质还是存在的，存在于曹溪门下，以新的姿态——石头系的禅法而出现。”
印顺法师指出，牛头宗消失了，然牛头禅法以“石头禅”这一新的形式续存于曹溪门下。印顺法师极大地肯定了牛头禅与石头禅的关联，甚至认为石头禅的禅法特质与牛头禅是一致的。诚如印顺法师所言，牛头禅在牛头宗消失后，借由石头禅这一新形式，继续在中国禅佛教思想的长河里汩汩流动。然而，牛头禅不但与石头禅高度相似，还与慧能禅、洪州禅在义学与实践层面上存在诸多融合，牛头禅不只是汇入石头禅，而且汇入南宗禅整体之中，继续影响着马祖道一、石头希迁以降南宗禅的整体发展，从而为南宗禅打上了深深的牛头禅思想烙印。牛头禅“虚空为道本”“无心合道”的理论内容及思想精神，注重禅定的实践方法，随着牛头禅汇入南宗禅，而在南宗禅乃至中国禅佛教整体中继续发挥其作用。可以说，牛头禅法中般若“不住”“无得”的精神及其注重“以体明用”以达“体用相合”“空色一如”的思想，都成为南宗禅的重要思想资源。例如，石头门下开出的曹洞宗持“五位君臣”等说法，试图从多个角度全面地诠释“空”与“色”、“体”与“用”之间的关系；又如，洪州门下开出的临济宗在马祖道一禅法基础上更加主张棒喝、机锋，以机锋峻烈著称，然之所以形成如此的禅法特色，在很大程度上可以说，同样旨在证入般若“无得”、“不住”、无分别的实相世界，这正是从另一个侧面对牛头禅思想的赓续与弘扬。
又，如上所述，“圆融”是牛头禅思想的重要特征。牛头禅思想的“圆融”品格对唐末以降禅佛教的整体发展也产生了影响。法眼宗，禅宗五家七宗之一，是清凉文益创立于金陵的重要禅宗宗派。因同出于金陵佛教，法眼宗与牛头宗之间也存在诸多融合。法眼宗门下永明延寿禅师在其《宗镜录》《万善同归集》等著述中多次引用牛头宗《绝观论》《心铭》《法华名相》《华严私记》《无生义》等牛头禅著述及牛头禅僧的语录、问答。在牛头禅文献大量佚失的情况下，延寿所征引的牛头禅著述，成为现存可供考察和研究的牛头禅重要文献。而延寿之所以在其著述中屡次引用牛头禅文献，与牛头禅思想的“圆融”特征有关。如上所述，牛头禅思想中融合了楞伽禅、南宗禅以及三论宗、天台宗、华严宗、密宗、净土宗等诸宗思想，并且牛头禅对禅门教家各宗思想的融合并非简单的杂糅，而是以其自身的理论基源进行统摄与整合。永明延寿之所以在其著述中引用牛头禅文献，除了因为法眼禅与牛头禅同出自金陵，存在共同的思想渊源外，很大程度上旨在借鉴牛头禅思想理论“圆融”与“统一”的特色。延寿主张将禅宗、天台宗、唯识宗、华严宗、密宗等禅佛教诸宗派甚至儒、释、道三家思想皆摄归于“一心”，从而建立以“一心”为基础的、具有统一性的佛教。如上所引，永明延寿在《宗镜录》中引述牛头宗门下安国和尚问答道：“有檀越问：‘和尚是南宗北宗？’答云：‘我非南宗北宗，心为宗。’又问：‘和尚曾看教不？’答云：‘我不曾看教，若识心，一切教看竟。’”安国玄挺禅师指出“识心”是佛教的根本宗旨，无论是南宗还是北宗，皆围绕“识心”这一基本目的展开，从而主张跳脱禅佛教诸宗的差异与限制，将禅佛教诸宗的思想理论摄归到“识心”“明心”的旨趣上来。牛头禅思想与永明延寿佛学在“一心”与“圆融”旨趣上遥相符契。永明延寿正是在牛头禅的基础上，进一步发扬“一心涵摄万法”“万法尽归一心”的思想理则。永明延寿佛学的融合特征，成为五代、宋以后整个禅佛教的基本发展趋向。可以说，牛头禅思想对后世禅佛教“圆融”的思想趋向具有一定的理论先导意义，这也从一个侧面说明牛头禅思想在唐末尤其是宋代以后仍然呈现出重要的理论意义。牛头禅思想反映了唐末以降禅佛教思想的总体发展趋向，这说明牛头禅并非仅为地方性的禅宗宗派思想，而是禅佛教史上非常重要的篇章，具有极为重要的意义。牛头宗与法眼宗禅法对唐末、五代以后中国佛教的深刻影响，无疑是南京佛教对中国佛教发展的重要贡献。
此外，牛头禅不仅在中土传播，还东渡到日本，对日本佛教也产生了一定影响。日本天台宗的创立者最澄，于公元804年入唐，抵达中国天台山，接受了天台山一带以天台教法为主的佛教教理，并于次年回日本。因牛头宗门下佛窟遗则禅师及云居智禅师曾留居于天台山，元和年间（806—820），在天台山一带形成隆兴一时的“佛窟学”。最澄在天台山学习期间，也接受了当时在天台山一带流行的牛头禅，并将牛头宗的相关经典带回日本。最澄门下日僧圆仁、圆珍在唐期间，搜集了诸多佛教文献，其中也包括牛头宗禅僧的著作，从而在一定程度上促进了牛头禅文献及精神在日本的传播。在日僧所编《福州温州台州求得经律论疏记外书等》《日本比丘圆珍入唐求法目录》《智证大师请来目录》中辑录与牛头宗相关的著述如下：《肇论钞》3卷（牛头山幽栖寺慧证撰），《肇论文句图》1卷（牛头山幽栖寺慧证撰），《融心论》1卷，《金刚般若经意》1卷，《牛头山融大师维摩经记》1卷，《维摩诘经要略疏》1卷，《佛窟禅院和尚行状》1本，《佛窟大师写真赞》1卷，《还源集》1卷，《佛窟集》1卷，《无生义》1卷，《华严经私记》2卷，《法华经名相》1卷等。可惜的是，由最澄等遣唐僧带回的牛头禅文献，在日本亦多散佚。
日本建长七年（1255），日僧证定撰《禅宗纲目》，在此书中证定载禅宗“教外别传，不立文字”的经典依据，其中即有《绝观论》。禅宗宗派中，南宗禅主倡“教外别传，不立文字”，马祖道一及其门下禅法尤为突出这一点。日本僧人将《绝观论》归入南宗禅，从而也将牛头禅与南宗禅联结在一起。此外，与牛头禅在唐代佛教的发展中逐渐融合唐代禅佛教诸宗派的思想要素，并和诸禅宗派形成会通、渗透一致，牛头禅东渡日本后，同样并非作为独立的宗派思想对日本佛教产生影响，而是与南宗、北宗、天台宗、密宗、净土宗等佛教宗派融合，以融合体的形式存在于日本佛教中，并对日本佛教产生作用。
质言之，牛头禅在以金陵为中心的江左佛教的孕育中产生，是金陵佛教的重要组成部分。牛头禅产生之后又不断反哺金陵佛教，成为金陵佛教发展过程中一颗璀璨、耀眼的明星。可以说，千百年来，牛头禅已嵌入牛首山，嵌入南京，成为牛首山乃至南京重要的佛教文化符号。牛头禅折射出金陵佛教的诸多特质，如金陵佛教与老庄玄学的天然联系、金陵佛教的般若学特色等等。牛头禅作为禅宗的重要分支，在禅佛教史上具有重要意义，这也从一个侧面呈现出金陵佛教在中国佛教史上的突出地位。