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一般来说，比起语音、语法体系来说，词汇是一种松散、开放的体系，但一般认为，日语中的亲属称谓、指示词以及象声词等具有体系性，属于相对封闭的系统。另外，从语义角度可设定近义词和反义词，从形式与意义的结合角度又分为同音词和同形词。
亲属称谓是以“自己”为中心，对构成各种亲缘关系的人的称呼：这种关系超乎具体的个别家庭而普遍存在，是一种具有自然属性的语言称谓系统。词义的体系性和亲属称谓的相对稳定性也决定了它的系统性，日语中表示家庭内部成员间关系的称呼不太发达，在汉语中细分为“叔伯、舅舅、姑父、姨夫、婶婶、舅母、姑母、姨母”，这是因为中国古代的宗法社会决定了长幼、亲疏对于一个人在家庭中名分的重要性。
象声词的发达是日语词汇的一个显著特征之一，通过象征性的语言模仿来表达人或自然界的声音和状态。拟声词是模仿和表达自然界以及人和动物的声音和音响的词。拟态词是以象征性的语言来模拟自然界的各种状态，人和动物的各种动作以及人的心理状态等的词。在日本，还有学者根据模仿对象的不同将“拟声词”进一步细分为“拟声词”和“拟音词”，前者模仿人和动物的声音；后者模仿自然界的声响。
传统结构主义语言学认为，语言符号具有任意性，即词形和词义之间没有必然的联系，但如下例所示，日语中的拟声词、拟态词中所表现出来的清浊音对立同时也带来意义上的对应。
此外，清音、半浊音和浊音有时也组成彼此意义上呈现关联的一组拟声调（拟态词）现象。日语拟声词、拟态词具有一定体系性的有力证明。其原因在于，拟声词和拟态词是模仿式的象征性词汇，凭借语言的发音给人带来的象征性意义十分明显。加之因为它们诉诸人的感官，所以在一定语言使用者范围里具有很大的共性。
所谓同音词，是指同音异义词。在日语中同音词特别多，这是因为日语音位少，同时以3拍、4拍词居多，这些汉语字音进入日语被简化后，容易出现很多发音相同的词。
此外，日语中还有所谓的同形词。同形词有两种情况：（1）词形（这里指词的标记形式）相同，而读音、词义不同；（2）词形、词义相同或相似，而读音不同的词。
世界大多数语言都有拟声词，但拥有众多的拟态词却是日语的一个显著特点。命名上的多样性一方面也是由于拟声词与拟态词的区别常常不好掌握的缘故。如因人或因语境的不同有时作拟声，有时作拟态；有时二者都解释得通，难以归类；有的词原本是用来拟声，但有时拟声色彩淡化，拟态成分加强；有的词作拟态词时，与拟声词意义差别很大；有的意义用法上的区别表现在词调上。
辅音方面，清音和浊音或半浊音之间一般呈现出下列意义上的对应关系：轻—重、锐—钝、清—浊、弱—强、薄—厚、美—丑。词义上的这种对应规律容易使人对拟声、拟态词逐渐形成某种印象。这种印象在具体使用中不断得到强化，导致有时日本人在认知一个拟声词时仅凭自己的印象，虽然这个词也许并不存在。不过即使有人使用了这些词，人们也能大致猜出这些词的词义，由此可以窥见其系统性。索绪尔认为语言的特点之一就是具有“语言符号的任意性”，但日语中的拟声、拟态词中所表现出来的清浊音对立同时也会带来意义上的对应现象却与他的这个结论不同。
日语拟声、拟态词以3拍、4拍为主。也就是说，语感的差异可以通过语音之间的组合和拍数的分配来实现。造成表现在拟声、拟态词上的这种规律性的原因在于，拟声、拟态词是模仿式的象征性词汇，凭借语言的发音给人带来的象征性意义十分明显。而且正因为它们诉诸人的感官，所以在一定语言使用者范围里具有很大的共通性。
比较词汇学也称对比词汇学，始于日语教育兴盛之初。玉村文郎（1985）提出应将日语词汇同其他语言作对比。除了个别词语的对比外，还可以进行词汇体系上的对比，如将日语中具有一定体系性的亲属称谓、指示词、象声词与其他语言对比。此外，还可以从词汇构造的角度进行对比。词汇构造包括词类的分布、不同来源词汇所占比例、层次覆盖率、拟态词比例等，甚至还可以对比不同语言的造词法。