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词汇是指在一定范围内的词的总汇。所以，任何一种语言的词汇都是可以按照一定标准进行再分类的。同样，现代日语的词汇也不例外。在对现代日语词汇进行分类时，可以有种种标准，其中比较重要和常见的有：词源分类、词义分类、语法分类和语体分类。
日语词汇有固有和外来之分，前者为和语词，后者可分为汉语词和外来词。此外，还有这三类词融合而成的混合词。
和语词是指日本固有的词汇。从形式上看，和语词构成比较简短，基本是1拍、2拍或3拍构成的词。从内容分布看，主要涉及饮食、服装、日用品乃至自然界、动植物名称等，是日语中最贴近日常生活、最基本的一类词。从词类分布看，助词、助动词、指示词、感叹词、接续词皆为和语词，形容词（词干为汉语词的形容动词除外）、动词中也是和语词居多。从意义覆盖的角度看，和语词中抽象词少，词义模糊，造词能力不强。
汉语词则主要是指源自古代汉语的词汇。从标记的角度看，汉语词一般使用汉字书写，但因长期惯用以及受常用汉字的限制，有些汉语词多采用假名标记。这些词由于日常使用频率很高，一般人已不把它们当作是汉语词了。从内容分布的角度看，汉语词深入到日语词汇的各个角落，甚至大量出现在和语词领先的领域。在人体器官、体育、艺术、医学、社会政治等方面更是离不开汉语词。从词类分布的角度看，汉语词绝大部分是名词，包括代词和数词。从意义涵盖的角度看，汉语词表义精练，限定性强。在构词上，汉语词语素十分能产，特别是近代发挥了很大作用。如明治以后，汉语词已超越了借用阶段，作为一个字音语素参与到构词当中，特别是三字汉语词、四字汉语词的大量生成很大程度上是依赖于带有词缀性质的词根的参与。不过，有些词本来是出自古代汉语，但由于它们发音单纯，并且已融入到日语语音体系中的缘故，一般视之为和语词。有些词虽也是来自近代汉语，但不视为汉语词，而是视为外来词，因为这些词在读音上模仿近代汉语的发音。从起源的角度看，汉语词也是外来词，但经过漫长的演变和融入过程，现在一般不把汉语词看作是外来词。
狭义的外来词指的是日本自室町时代以后接受的欧美词汇。最早是1543年葡萄牙人来到日本种子岛
，带来了宗教和通商方面的词汇。随后是西班牙人来到日本，带来了音乐艺术和服饰方面的词汇。1600年荷兰人来到日本，带来了通商和科技词汇。从外来词的来源词语义分布来看，绘画和服装方面的词汇主要源自法语。医学词汇主要源自德语。音乐词汇多源自意大利语。而源自英语的外来词遍布各个领域。第二次世界大战结束后，美式英语如潮水般涌入日本，此后诞生的外来词主要源于美式英语。从词类分布看，大多是语法性质单纯的名词，在原语中不是名词的词进入日语后往往也演变为名词。
从词类分布看，在混合词中，虽然名词占绝大多数，但也有动词、形容词、形容动词和副词以及连体词等。
从词的来源看，日语词汇体系中还有日制汉语词和日制英语词。
将词汇按其词义进行分类的方法自古有之。如早在公元前二世纪中国就出现了第一部词书《尔雅》，它按词的内容归类，共分19类。前3类是汇集古书上的同义词用一个通用词加以解释，后16类分别解释各种事物的名称，如亲属、宫室、器物、天地、山川、草木、虫鱼、鸟类、牲畜等。可以说《尔雅》开创了中国的词义分类学，对后代影响很大，后世仿照它的体例编著的词书连绵不绝。在日本，也予公元十世纪上半叶由源顺编撰出版了一本著作，将日语词汇分成24部128类（10卷本），如有天部、地部、鬼神部、人伦部、鳞介部、虫豸部、草本部等。这种分类是按照事物的性质分门别类，可以说是一种题材分类法。
在西方国家，1852年英国的罗吉特编撰了《英语词汇集》。罗吉特从逻辑学的角度出发，将英语的词汇按其词义整理、分类成6类1000项。由于其分类合理、恰当，深受好评，以后曾多次再版，其后备主要国家和主要语种均仿照其体例，相继出版了自己的类义词典。日本也在20世纪的30年代就开始作编撰现代日语类义词典的尝试，其中最具代表性的是，1964年由国立国语研究所编撰出版的《分类词汇表》。该分类词汇表将现代日语的词汇（约32600词）分成4类11个范畴798项，并在卷末将所有收录词条按五十音图顺序编成索引。
根据词义的分类方法，除上述按词义概念进行分类的方法以外，还可以根据各个词之间的关系来进行分类。在考虑词与词之间的关系时，大致可以有如下几种关系：
单词A与单词B词义相类似时，我们称两个单词的关系为类义关系，两者可称为“类义词”。对于一对类义词，它们在哪些方面相似，在哪些方面不同是要作细致的分析的。它们所表示的概念部分可以说是完全一样的，其不同的部分是分别使用于不同的场合或不同的文体，这样的词可以叫做“同义词”。从广义的角度讲，它们也属于类义关系。
单词A与单词B在许多方面都是相同的，只有在一点上不同，我们把这种关系称为对义关系，二者可以叫做“对义词”。如“男”和“女”这两个词，首先它们都是表示一种“人”的意思，其不同之处在于表示人的不同的“性别”，这一对词就是一对对义词。
如果单词B的意义范围完全包括在单词A的意义范围之内，那么二者的关系就可以称为包容关系。这时，单词A是单词B的上层词，单词B是单词A的下层词。如日语中“木（树）”就是“松（松树）”的上层词。一般来讲，比起形容词和动词，名词之间的包容关系更加明显。另外，同一个上层词可以有几个下层词存在，如对于“产业”这一个词，可以有“农业”“工业”“商业”“服务行业”等几个下层词存在，这几个词可以称作“同层词”。
按照词汇的语法功能即词性对其进行的分类叫“词类”。这种分类应该属于语法的范畴，因而在此只作简单介绍，详细内容待下一章叙述。根据各种语言语法形式的不同，其分类的词类数目也不尽相同。对于现代日语，一般习惯于首先将所有词汇大分为“独立词”和“附属词”。在学校进行的教育语法中，又把独立词分为“动词”“形容词”“形容动词”“名词”“副词”“连体词”“接续词”“感叹词”等8类，把附属词分为“助词”“助动词”两类，总共10类。
每一个词类还可以继续划分。如副词可以分为“状态副词”“程度副词”“陈述副词”，助词可以分为“格助词”“副助词”“系助词”“接续助词”“语气助词”等。
现代日语的动词可根据其变格活用的形式不同，分成“五段活用”“上一段活用”“下一段活用”“寸行变格活用”“力行变格活用”等5种。还可以根据该动词有没有“宾格”以及与宾语的关系，将其分为“自动词”和“他动词”。
一种语言的词汇不是孤立存在的，它随着使用者、使用场合、时间等因素而发生变化，由此产生了日语词汇的诸种变体，其中主要有社会变体、形式变体、时间变体和地域变体。
在日语中指称一个具体事物时，往往要根据说话人的年龄、性别、身份、职业、地区等要素选用不同的词汇，这种差别就是日语词汇的社会变体。
“形式变体”中的“形式”主要指口语和书面语的区别。口语与书面语的差别在日语中十分显著，在用词上主要表现为：
（1）口语多用感叹词、终助词，以及语气词，书面语则一般不用。
（2）口语中指示词用得较多。
（3）口语一般都有特定的听者，所以要顾及到对方的感受，故多使用敬语词汇等方式。
（4）从词汇类别上看，口语中和语词用得较多，相反在书面语中，汉语词用得多，有时还用一些日语古语等。
（5）书面语尤其多见于书名、标题、标语、注释等场合，口语中很少使用。
一般来说，词汇是语言体系中最容易变化的，新词不断产生。新词和流行词二者是有区别的。新词是随着社会发展的需要产生的，不一定流行。流行词多带有诙谐、娱乐甚至讽刺的成分，具有一定的普及性，但不一定就是新的，一般寿命较短。并且，新词都是一个单词，流行词除了少量的单纯词外，大多是合成词，甚至还有词组乃至句子。
具体说来，产生新词和流行词是由于以下原因：（1）新事物、新概念的产生；（2）迎合喜新厌旧的心理，让人耳目一新；（3）源自社会问题或者重大事件；（4）来自文艺作品。
方言是语言因使用地域不同表现出来的一种变体。日本是一个方言现象比较复杂的国家，一般分为：东部方言、西部方言、九州方言、琉球方言四大体系，前三种方言又被称为本州方言。每一种方言还可以细分，如西部方言可再分为北陆方言、近畿方言、中国方言、云伯方言
、四国方言。
现代日语普通话是以东京方言为基础形成的，但是东京方言并不等于“共通语”本身，仍然保存有很多仅属于东京方言的词。方言的形成主要是由于地理阻隔、封建割据以及集体迁徙等因素。方言在语感上多带有乡情，具有特殊的表达效果。