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2019年4月30日，国家税务总局发布的《关于办理增值税期末留抵税额退税有关事项的公告》（国家税务总局公告2019年第20号），进一步明确了享受增值税期末留抵退税的主体条件、增量留抵税额的计算、申请留抵退税需要提交的材料等问题。有关专家提醒，纳税人应把握相关实操要点，顺利办理留抵退税。
当企业增值税销项税额小于进项税额时，当期可以不缴纳税款。同时，未完成抵扣的进项税额可以留存到下期抵扣，留存的部分即为留抵税额。最近两年来，财税部门多次发文，就留抵退税相关问题进行了明确，政策脉络逐渐清晰。2019年4月30日，国家税务总局发布了《关于办理增值税期末留抵税额退税有关事项的公告》（国家税务总局公告2019年第20号，以下简称20号公告），进一步明确了纳税人享受留抵退税的实操要点。
与之前的相关规定相比，20号公告最突出的变化，是取消了对留抵退税的行业限制。
2018年6月27日，财政部、国家税务总局发布的《关于2018年退还部分行业增值税留抵税额有关税收政策的通知》（财税〔2018〕70号，以下简称70号文件）明确规定，对装备制造等先进制造行业、研发等现代服务业和电网企业的增值税期末留抵税额予以退还。20号公告则规定，同时符合5个条件的纳税人，不细分具体行业，即可向主管税务机关申请退还增量留抵税额。
根据20号公告第一条规定，这5个条件是：（1）自2019年4月税款所属期起，连续六个月（按季纳税的，连续两个季度）增量留抵税额均大于零，且第6个月增量留抵税额不低于50万元；（2）纳税信用等级为A级或者B级；（3）申请退税前36个月未发生骗取留抵退税、出口退税或虚开增值税专用发票情形的；（4）申请退税前36个月未因偷税被税务机关处罚两次及以上的；（5）自2019年4月1日起未享受即征即退、先征后返（退）政策的。
根据20号公告规定，纳税人在办理留抵退税期间发生规定情形的，应该按照规定确定允许退还的增量留抵税额。中汇税务（重庆）合伙人李明东说，“增量留抵税额”是一个新概念，值得相关纳税人注意。
李明东解释，增量留抵税额，是指与3月相比，2019年4~9月新增加的期末留抵税额，即每个月的留抵税额必须大于零，9月要求留抵税额必须达到50万元以上。
假设甲公司2019年3月的留抵税额为10万元，2019年4~9月每个月进项税额均大于销项税额，合计产生了增量留抵税额110万元，且9月留抵税额大于50万元。如果该纳税人还满足其他增量留抵税额申请退税的条件，那么，甲公司符合条件的增量留抵税额即为11010=100（万元）。
20号公告第二条规定，纳税人当期允许退还的增量留抵税额，按照以下公式计算：允许退还的增量留抵税额=增量留抵税额×进项构成比例×60%。
进项构成比例，是指2019年4月至申请退税前一税款所属期内，已抵扣的增值税专用发票（含税控机动车销售统一发票）、海关进口增值税专用缴款书、解缴税款完税凭证注明的增值税额，占同期全部已抵扣进项税额的比重。接上例，企业不能简单地认为，可申请退回的增量留抵税额就是100万元，而是要根据进项构成比例做进一步计算。
接上例，假设甲公司2019年4 ~9月共计申报抵扣了进项税额300万元，而这300万元包括了两部分：一部分是满足抵扣条件的增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、解缴税款完税凭证注明的增值税额270万元；另一部分为取得其他扣税凭证可抵扣的进项税额，如农产品计算抵扣的进项税额、取得非专票部分的旅客运输服务抵扣的进项税额等30万元。那么，其进项构成比例为270÷300 =90%，则甲公司允许退还的增量留抵税额为100×90%×60% =54（万元）。
国家税务总局黄山市税务局稽查局严颖提醒，留抵退税对应的发票应为增值税专用发票（含税控机动车销售统一发票）、海关进口增值税专用缴款书以及解缴税款完税凭证，也就是说取得其他扣税凭证计算抵扣的部分并不在退税的范围之内。但上述计算的进项税额并非直接排除在留抵退税的范围之外，而是采用以规定的“允许退还的增量留抵税额”计算公式、通过增加分母比重来计算退税额的形式进行排除。
在申请获得留抵退税后，附加税费的计算基础，也是相关纳税人需要关注的一项内容。
根据现行税法及相关政策规定，纳税人需以实际缴纳的增值税、消费税税额为计税依据，依法缴纳城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加。此前，为配合70号文件规定的部分行业实施期末留抵税额退税政策的实施，财政部、税务总局发布了《关于增值税期末留抵退税有关城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加政策的通知》（财税〔2018〕80号，以下简称80号文件），明确对实行增值税期末留抵退税的纳税人，允许其从城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加的计税（征）依据中扣除退还的增值税税额。
国家税务总局长沙市税务局稽查局段文涛认为，鉴于80号文件并未限定只适用某一时期或某个行业，该项政策适用于所有实行增值税期末留抵退税的纳税人。也就是说，20号公告涉及的增值税期末留抵退税，也适用80号文件的规定。
接上例，假设甲公司位于市区，2019年10月产生增值税销项税额150万元，当期取得进项税额20万元，9月期末留抵税额为110万元，3月期末留抵税额为10万元，甲公司允许退还的增量留抵税额为54万元，已在10月取得申请退还的增量留抵税额54万元。此时，甲公司10月的上期留抵税额变为110-54=56（万元），10月应抵扣进项税额合计为56+20=76（万元）。
10月，甲公司增值税应纳税额=150-76=74（万元）。假设在没有相关配套政策情况下，甲公司应申报缴纳城市维护建设税74×7%=5.18（万元），教育费附加74×3%=2.22（万元），地方教育费附加74×2%=1.48（万元），共缴纳附加税费8.88万元。
如果将留抵退税的金额从城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加的计税（征）依据中扣除，则甲公司10月应以74-54=20（万元）为计税（征）依据，申报缴纳城市维护建设税20×7%=1.4（万元），教育费附加20×3%=0.6（万元），地方教育费附加20×2%=0.4（万元），共缴纳2.4万元。考虑到80号文件的叠加效应，甲公司10月合计可以少缴纳附加税费6.48万元。
