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叶挺离开深圳后，广东省委决定由中共东南特委组织部长吴有恒去深圳负责结束指挥部的善后工作。
吴有恒亲率蔡国梁等30多人转往坪山。并通知王作尧的东莞抗日模范壮丁队不要再开往深圳，由何与成带领东莞抗日模范壮丁队及原拟为叶挺组建警卫营的70多人也转移到坪山，编入惠宝人民抗日游击总队第一中队，成为曾生部队的主力中队。
在政治部工作的王鲁明、何鼎华、祁烽等人则转移到东莞清溪的苦草洞集训，编入东宝惠边人民抗日游击大队。
1938年12月下旬，由王作尧同志带领的东莞模范壮丁队和东宝惠边人民抗日游击队第1大队及各区地方组织动员来的武装人员约200人（包括阮海天同志从增城带来的部分人员），集中在东莞县清溪的苦草洞进行整编，挑选了120人重新组成“东宝惠边人民抗日游击大队”，大队长王作尧、政训员何与成、党总支书记黄高阳，外界惯称“王作尧部队”。
叶挺在深圳设立的游击指挥部，由于复杂的抗战背景只存在了一个多月，但是，它的成立为深圳地区的抗日宣传和东江地区抗日武装队伍的发展起到了重要的推动作用。叶挺将军离开深圳后，我党领导的抗日武装建设并未因此停止，惠宝人民抗日总队和东宝惠边人民抗日游击大队在党的领导下，继续发展，不断壮大。